src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  20 \r
  21 // ---------------------------------/\r
  22 // - Imported classes and packages -/\r
  23 // ---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class AnnotationDescriptor.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class AnnotationDescriptor extends\r
  33         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  34 {\r
  35 \r
  36   // --------------------------/\r
  37   // - Class/Member Variables -/\r
  38   // --------------------------/\r
  39 \r
  40   /**\r
  41    * Field _elementDefinition.\r
  42    */\r
  43   private boolean _elementDefinition;\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * Field _nsPrefix.\r
  47    */\r
  48   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  49 \r
  50   /**\r
  51    * Field _nsURI.\r
  52    */\r
  53   private java.lang.String _nsURI;\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * Field _xmlName.\r
  57    */\r
  58   private java.lang.String _xmlName;\r
  59 \r
  60   // ----------------/\r
  61   // - Constructors -/\r
  62   // ----------------/\r
  63 \r
  64   public AnnotationDescriptor()\r
  65   {\r
  66     super();\r
  67     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
  68     _xmlName = "Annotation";\r
  69     _elementDefinition = true;\r
  70 \r
  71     // -- set grouping compositor\r
  72     setCompositorAsSequence();\r
  73     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  74     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  75     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  76     // -- initialize attribute descriptors\r
  77 \r
  78     // -- _graph\r
  79     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  80             java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph",\r
  81             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  82     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  83     {\r
  84       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  85               throws IllegalStateException\r
  86       {\r
  87         Annotation target = (Annotation) object;\r
  88         if (!target.hasGraph())\r
  89         {\r
  90           return null;\r
  91         }\r
  92         return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
  93                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
  94       }\r
  95 \r
  96       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  97               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  98       {\r
  99         try\r
 100         {\r
 101           Annotation target = (Annotation) object;\r
 102           // ignore null values for non optional primitives\r
 103           if (value == null)\r
 104           {\r
 105             return;\r
 106           }\r
 107 \r
 108           target.setGraph(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 109         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 110         {\r
 111           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 112         }\r
 113       }\r
 114 \r
 115       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 116       {\r
 117         return null;\r
 118       }\r
 119     };\r
 120     desc.setHandler(handler);\r
 121     desc.setRequired(true);\r
 122     desc.setMultivalued(false);\r
 123     addFieldDescriptor(desc);\r
 124 \r
 125     // -- validation code for: _graph\r
 126     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 127     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 128     { // -- local scope\r
 129       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 130       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 131       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 132     }\r
 133     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 134     // -- _graphType\r
 135     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 136             java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType",\r
 137             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 138     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 139     {\r
 140       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 141               throws IllegalStateException\r
 142       {\r
 143         Annotation target = (Annotation) object;\r
 144         if (!target.hasGraphType())\r
 145         {\r
 146           return null;\r
 147         }\r
 148         return new java.lang.Integer(target.getGraphType());\r
 149       }\r
 150 \r
 151       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 152               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 153       {\r
 154         try\r
 155         {\r
 156           Annotation target = (Annotation) object;\r
 157           // if null, use delete method for optional primitives\r
 158           if (value == null)\r
 159           {\r
 160             target.deleteGraphType();\r
 161             return;\r
 162           }\r
 163           target.setGraphType(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 164         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 165         {\r
 166           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 167         }\r
 168       }\r
 169 \r
 170       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 171       {\r
 172         return null;\r
 173       }\r
 174     };\r
 175     desc.setHandler(handler);\r
 176     desc.setMultivalued(false);\r
 177     addFieldDescriptor(desc);\r
 178 \r
 179     // -- validation code for: _graphType\r
 180     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 181     { // -- local scope\r
 182       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 183       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 184       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 185       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 186       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 187     }\r
 188     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 189     // -- _sequenceRef\r
 190     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 191             java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef",\r
 192             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 193     desc.setImmutable(true);\r
 194     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 195     {\r
 196       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 197               throws IllegalStateException\r
 198       {\r
 199         Annotation target = (Annotation) object;\r
 200         return target.getSequenceRef();\r
 201       }\r
 202 \r
 203       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 204               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 205       {\r
 206         try\r
 207         {\r
 208           Annotation target = (Annotation) object;\r
 209           target.setSequenceRef((java.lang.String) value);\r
 210         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 211         {\r
 212           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 213         }\r
 214       }\r
 215 \r
 216       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 217       {\r
 218         return null;\r
 219       }\r
 220     };\r
 221     desc.setHandler(handler);\r
 222     desc.setMultivalued(false);\r
 223     addFieldDescriptor(desc);\r
 224 \r
 225     // -- validation code for: _sequenceRef\r
 226     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 227     { // -- local scope\r
 228       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 229       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 230       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 231       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 232     }\r
 233     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 234     // -- _graphColour\r
 235     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 236             java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour",\r
 237             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 238     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 239     {\r
 240       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 241               throws IllegalStateException\r
 242       {\r
 243         Annotation target = (Annotation) object;\r
 244         if (!target.hasGraphColour())\r
 245         {\r
 246           return null;\r
 247         }\r
 248         return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());\r
 249       }\r
 250 \r
 251       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 252               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 253       {\r
 254         try\r
 255         {\r
 256           Annotation target = (Annotation) object;\r
 257           // if null, use delete method for optional primitives\r
 258           if (value == null)\r
 259           {\r
 260             target.deleteGraphColour();\r
 261             return;\r
 262           }\r
 263           target.setGraphColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 264         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 265         {\r
 266           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 267         }\r
 268       }\r
 269 \r
 270       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 271       {\r
 272         return null;\r
 273       }\r
 274     };\r
 275     desc.setHandler(handler);\r
 276     desc.setMultivalued(false);\r
 277     addFieldDescriptor(desc);\r
 278 \r
 279     // -- validation code for: _graphColour\r
 280     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 281     { // -- local scope\r
 282       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 283       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 284       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 285       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 286       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 287     }\r
 288     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 289     // -- _graphGroup\r
 290     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 291             java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup",\r
 292             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 293     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 294     {\r
 295       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 296               throws IllegalStateException\r
 297       {\r
 298         Annotation target = (Annotation) object;\r
 299         if (!target.hasGraphGroup())\r
 300         {\r
 301           return null;\r
 302         }\r
 303         return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());\r
 304       }\r
 305 \r
 306       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 307               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 308       {\r
 309         try\r
 310         {\r
 311           Annotation target = (Annotation) object;\r
 312           // if null, use delete method for optional primitives\r
 313           if (value == null)\r
 314           {\r
 315             target.deleteGraphGroup();\r
 316             return;\r
 317           }\r
 318           target.setGraphGroup(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 319         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 320         {\r
 321           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 322         }\r
 323       }\r
 324 \r
 325       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 326       {\r
 327         return null;\r
 328       }\r
 329     };\r
 330     desc.setHandler(handler);\r
 331     desc.setMultivalued(false);\r
 332     addFieldDescriptor(desc);\r
 333 \r
 334     // -- validation code for: _graphGroup\r
 335     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 336     { // -- local scope\r
 337       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 338       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 339       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 340       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 341       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 342     }\r
 343     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 344     // -- _id\r
 345     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 346             java.lang.String.class, "_id", "id",\r
 347             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 348     desc.setImmutable(true);\r
 349     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 350     {\r
 351       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 352               throws IllegalStateException\r
 353       {\r
 354         Annotation target = (Annotation) object;\r
 355         return target.getId();\r
 356       }\r
 357 \r
 358       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 359               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 360       {\r
 361         try\r
 362         {\r
 363           Annotation target = (Annotation) object;\r
 364           target.setId((java.lang.String) value);\r
 365         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 366         {\r
 367           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 368         }\r
 369       }\r
 370 \r
 371       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 372       {\r
 373         return null;\r
 374       }\r
 375     };\r
 376     desc.setHandler(handler);\r
 377     desc.setMultivalued(false);\r
 378     addFieldDescriptor(desc);\r
 379 \r
 380     // -- validation code for: _id\r
 381     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 382     { // -- local scope\r
 383       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 384       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 385       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 386       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 387     }\r
 388     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 389     // -- _scoreOnly\r
 390     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 391             java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly",\r
 392             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 393     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 394     {\r
 395       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 396               throws IllegalStateException\r
 397       {\r
 398         Annotation target = (Annotation) object;\r
 399         if (!target.hasScoreOnly())\r
 400         {\r
 401           return null;\r
 402         }\r
 403         return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 404                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 405       }\r
 406 \r
 407       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 408               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 409       {\r
 410         try\r
 411         {\r
 412           Annotation target = (Annotation) object;\r
 413           // if null, use delete method for optional primitives\r
 414           if (value == null)\r
 415           {\r
 416             target.deleteScoreOnly();\r
 417             return;\r
 418           }\r
 419           target.setScoreOnly(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 420         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 421         {\r
 422           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 423         }\r
 424       }\r
 425 \r
 426       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 427       {\r
 428         return null;\r
 429       }\r
 430     };\r
 431     desc.setHandler(handler);\r
 432     desc.setMultivalued(false);\r
 433     addFieldDescriptor(desc);\r
 434 \r
 435     // -- validation code for: _scoreOnly\r
 436     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 437     { // -- local scope\r
 438       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 439       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 440       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 441     }\r
 442     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 443     // -- _score\r
 444     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 445             java.lang.Double.TYPE, "_score", "score",\r
 446             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 447     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 448     {\r
 449       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 450               throws IllegalStateException\r
 451       {\r
 452         Annotation target = (Annotation) object;\r
 453         if (!target.hasScore())\r
 454         {\r
 455           return null;\r
 456         }\r
 457         return new java.lang.Double(target.getScore());\r
 458       }\r
 459 \r
 460       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 461               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 462       {\r
 463         try\r
 464         {\r
 465           Annotation target = (Annotation) object;\r
 466           // if null, use delete method for optional primitives\r
 467           if (value == null)\r
 468           {\r
 469             target.deleteScore();\r
 470             return;\r
 471           }\r
 472           target.setScore(((java.lang.Double) value).doubleValue());\r
 473         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 474         {\r
 475           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 476         }\r
 477       }\r
 478 \r
 479       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 480       {\r
 481         return null;\r
 482       }\r
 483     };\r
 484     desc.setHandler(handler);\r
 485     desc.setMultivalued(false);\r
 486     addFieldDescriptor(desc);\r
 487 \r
 488     // -- validation code for: _score\r
 489     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 490     { // -- local scope\r
 491       org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;\r
 492       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();\r
 493       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 494       typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);\r
 495       typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);\r
 496     }\r
 497     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 498     // -- _visible\r
 499     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 500             java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible",\r
 501             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 502     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 503     {\r
 504       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 505               throws IllegalStateException\r
 506       {\r
 507         Annotation target = (Annotation) object;\r
 508         if (!target.hasVisible())\r
 509         {\r
 510           return null;\r
 511         }\r
 512         return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 513                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 514       }\r
 515 \r
 516       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 517               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 518       {\r
 519         try\r
 520         {\r
 521           Annotation target = (Annotation) object;\r
 522           // if null, use delete method for optional primitives\r
 523           if (value == null)\r
 524           {\r
 525             target.deleteVisible();\r
 526             return;\r
 527           }\r
 528           target.setVisible(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 529         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 530         {\r
 531           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 532         }\r
 533       }\r
 534 \r
 535       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 536       {\r
 537         return null;\r
 538       }\r
 539     };\r
 540     desc.setHandler(handler);\r
 541     desc.setMultivalued(false);\r
 542     addFieldDescriptor(desc);\r
 543 \r
 544     // -- validation code for: _visible\r
 545     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 546     { // -- local scope\r
 547       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 548       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 549       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 550     }\r
 551     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 552     // -- initialize element descriptors\r
 553 \r
 554     // -- _annotationElementList\r
 555     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 556             jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class,\r
 557             "_annotationElementList", "annotationElement",\r
 558             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 559     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 560     {\r
 561       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 562               throws IllegalStateException\r
 563       {\r
 564         Annotation target = (Annotation) object;\r
 565         return target.getAnnotationElement();\r
 566       }\r
 567 \r
 568       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 569               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 570       {\r
 571         try\r
 572         {\r
 573           Annotation target = (Annotation) object;\r
 574           target\r
 575                   .addAnnotationElement((jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);\r
 576         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 577         {\r
 578           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 579         }\r
 580       }\r
 581 \r
 582       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 583               IllegalArgumentException\r
 584       {\r
 585         try\r
 586         {\r
 587           Annotation target = (Annotation) object;\r
 588           target.removeAllAnnotationElement();\r
 589         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 590         {\r
 591           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 592         }\r
 593       }\r
 594 \r
 595       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 596       {\r
 597         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();\r
 598       }\r
 599     };\r
 600     desc.setHandler(handler);\r
 601     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 602     desc.setMultivalued(true);\r
 603     addFieldDescriptor(desc);\r
 604 \r
 605     // -- validation code for: _annotationElementList\r
 606     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 607     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 608     { // -- local scope\r
 609     }\r
 610     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 611     // -- _label\r
 612     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 613             java.lang.String.class, "_label", "label",\r
 614             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 615     desc.setImmutable(true);\r
 616     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 617     {\r
 618       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 619               throws IllegalStateException\r
 620       {\r
 621         Annotation target = (Annotation) object;\r
 622         return target.getLabel();\r
 623       }\r
 624 \r
 625       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 626               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 627       {\r
 628         try\r
 629         {\r
 630           Annotation target = (Annotation) object;\r
 631           target.setLabel((java.lang.String) value);\r
 632         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 633         {\r
 634           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 635         }\r
 636       }\r
 637 \r
 638       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 639       {\r
 640         return null;\r
 641       }\r
 642     };\r
 643     desc.setHandler(handler);\r
 644     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 645     desc.setRequired(true);\r
 646     desc.setMultivalued(false);\r
 647     addFieldDescriptor(desc);\r
 648 \r
 649     // -- validation code for: _label\r
 650     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 651     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 652     { // -- local scope\r
 653       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 654       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 655       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 656       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 657     }\r
 658     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 659     // -- _description\r
 660     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 661             java.lang.String.class, "_description", "description",\r
 662             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 663     desc.setImmutable(true);\r
 664     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 665     {\r
 666       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 667               throws IllegalStateException\r
 668       {\r
 669         Annotation target = (Annotation) object;\r
 670         return target.getDescription();\r
 671       }\r
 672 \r
 673       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 674               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 675       {\r
 676         try\r
 677         {\r
 678           Annotation target = (Annotation) object;\r
 679           target.setDescription((java.lang.String) value);\r
 680         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 681         {\r
 682           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 683         }\r
 684       }\r
 685 \r
 686       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 687       {\r
 688         return null;\r
 689       }\r
 690     };\r
 691     desc.setHandler(handler);\r
 692     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 693     desc.setMultivalued(false);\r
 694     addFieldDescriptor(desc);\r
 695 \r
 696     // -- validation code for: _description\r
 697     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 698     { // -- local scope\r
 699       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 700       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 701       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 702       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 703     }\r
 704     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 705     // -- _thresholdLine\r
 706     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 707             jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,\r
 708             "_thresholdLine", "thresholdLine",\r
 709             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 710     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 711     {\r
 712       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 713               throws IllegalStateException\r
 714       {\r
 715         Annotation target = (Annotation) object;\r
 716         return target.getThresholdLine();\r
 717       }\r
 718 \r
 719       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 720               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 721       {\r
 722         try\r
 723         {\r
 724           Annotation target = (Annotation) object;\r
 725           target\r
 726                   .setThresholdLine((jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);\r
 727         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 728         {\r
 729           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 730         }\r
 731       }\r
 732 \r
 733       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 734       {\r
 735         return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();\r
 736       }\r
 737     };\r
 738     desc.setHandler(handler);\r
 739     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 740     desc.setMultivalued(false);\r
 741     addFieldDescriptor(desc);\r
 742 \r
 743     // -- validation code for: _thresholdLine\r
 744     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 745     { // -- local scope\r
 746     }\r
 747     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 748   }\r
 749 \r
 750   // -----------/\r
 751   // - Methods -/\r
 752   // -----------/\r
 753 \r
 754   /**\r
 755    * Method getAccessMode.\r
 756    * \r
 757    * @return the access mode specified for this class.\r
 758    */\r
 759   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 760   {\r
 761     return null;\r
 762   }\r
 763 \r
 764   /**\r
 765    * Method getIdentity.\r
 766    * \r
 767    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
 768    */\r
 769   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 770   {\r
 771     return super.getIdentity();\r
 772   }\r
 773 \r
 774   /**\r
 775    * Method getJavaClass.\r
 776    * \r
 777    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 778    */\r
 779   public java.lang.Class getJavaClass()\r
 780   {\r
 781     return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;\r
 782   }\r
 783 \r
 784   /**\r
 785    * Method getNameSpacePrefix.\r
 786    * \r
 787    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 788    */\r
 789   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 790   {\r
 791     return _nsPrefix;\r
 792   }\r
 793 \r
 794   /**\r
 795    * Method getNameSpaceURI.\r
 796    * \r
 797    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
 798    */\r
 799   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 800   {\r
 801     return _nsURI;\r
 802   }\r
 803 \r
 804   /**\r
 805    * Method getValidator.\r
 806    * \r
 807    * @return a specific validator for the class described by this\r
 808    *         ClassDescriptor.\r
 809    */\r
 810   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 811   {\r
 812     return this;\r
 813   }\r
 814 \r
 815   /**\r
 816    * Method getXMLName.\r
 817    * \r
 818    * @return the XML Name for the Class being described.\r
 819    */\r
 820   public java.lang.String getXMLName()\r
 821   {\r
 822     return _xmlName;\r
 823   }\r
 824 \r
 825   /**\r
 826    * Method isElementDefinition.\r
 827    * \r
 828    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
 829    *         element or element with anonymous type definition.\r
 830    */\r
 831   public boolean isElementDefinition()\r
 832   {\r
 833     return _elementDefinition;\r
 834   }\r
 835 \r
 836 }\r