src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import jalview.schemabinding.version2.JGroup;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class JGroupDescriptor.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class JGroupDescriptor extends\r
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _elementDefinition.\r
  41    */\r
  42   private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * Field _nsPrefix.\r
  46    */\r
  47   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _nsURI.\r
  51    */\r
  52   private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * Field _xmlName.\r
  56    */\r
  57   private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59   // ----------------/\r
  60   // - Constructors -/\r
  61   // ----------------/\r
  62 \r
  63   public JGroupDescriptor()\r
  64   {\r
  65     super();\r
  66     _nsURI = "www.jalview.org";\r
  67     _xmlName = "JGroup";\r
  68     _elementDefinition = true;\r
  69 \r
  70     // -- set grouping compositor\r
  71     setCompositorAsSequence();\r
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  75     // -- initialize attribute descriptors\r
  76 \r
  77     // -- _start\r
  78     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  79             java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",\r
  80             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  81     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  82     {\r
  83       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  84               throws IllegalStateException\r
  85       {\r
  86         JGroup target = (JGroup) object;\r
  87         if (!target.hasStart())\r
  88         {\r
  89           return null;\r
  90         }\r
  91         return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
  92       }\r
  93 \r
  94       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  95               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  96       {\r
  97         try\r
  98         {\r
  99           JGroup target = (JGroup) object;\r
 100           // if null, use delete method for optional primitives\r
 101           if (value == null)\r
 102           {\r
 103             target.deleteStart();\r
 104             return;\r
 105           }\r
 106           target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 107         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 108         {\r
 109           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 110         }\r
 111       }\r
 112 \r
 113       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 114       {\r
 115         return null;\r
 116       }\r
 117     };\r
 118     desc.setHandler(handler);\r
 119     desc.setMultivalued(false);\r
 120     addFieldDescriptor(desc);\r
 121 \r
 122     // -- validation code for: _start\r
 123     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 124     { // -- local scope\r
 125       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 126       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 127       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 128       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 129       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 130     }\r
 131     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 132     // -- _end\r
 133     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 134             java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",\r
 135             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 136     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 137     {\r
 138       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 139               throws IllegalStateException\r
 140       {\r
 141         JGroup target = (JGroup) object;\r
 142         if (!target.hasEnd())\r
 143         {\r
 144           return null;\r
 145         }\r
 146         return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
 147       }\r
 148 \r
 149       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 150               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 151       {\r
 152         try\r
 153         {\r
 154           JGroup target = (JGroup) object;\r
 155           // if null, use delete method for optional primitives\r
 156           if (value == null)\r
 157           {\r
 158             target.deleteEnd();\r
 159             return;\r
 160           }\r
 161           target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 162         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 163         {\r
 164           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 165         }\r
 166       }\r
 167 \r
 168       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 169       {\r
 170         return null;\r
 171       }\r
 172     };\r
 173     desc.setHandler(handler);\r
 174     desc.setMultivalued(false);\r
 175     addFieldDescriptor(desc);\r
 176 \r
 177     // -- validation code for: _end\r
 178     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 179     { // -- local scope\r
 180       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 181       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 182       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 183       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 184       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 185     }\r
 186     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 187     // -- _name\r
 188     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 189             java.lang.String.class, "_name", "name",\r
 190             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 191     desc.setImmutable(true);\r
 192     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 193     {\r
 194       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 195               throws IllegalStateException\r
 196       {\r
 197         JGroup target = (JGroup) object;\r
 198         return target.getName();\r
 199       }\r
 200 \r
 201       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 202               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 203       {\r
 204         try\r
 205         {\r
 206           JGroup target = (JGroup) object;\r
 207           target.setName((java.lang.String) value);\r
 208         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 209         {\r
 210           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 211         }\r
 212       }\r
 213 \r
 214       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 215       {\r
 216         return null;\r
 217       }\r
 218     };\r
 219     desc.setHandler(handler);\r
 220     desc.setMultivalued(false);\r
 221     addFieldDescriptor(desc);\r
 222 \r
 223     // -- validation code for: _name\r
 224     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 225     { // -- local scope\r
 226       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 227       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 228       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 229       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 230     }\r
 231     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 232     // -- _colour\r
 233     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 234             java.lang.String.class, "_colour", "colour",\r
 235             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 236     desc.setImmutable(true);\r
 237     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 238     {\r
 239       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 240               throws IllegalStateException\r
 241       {\r
 242         JGroup target = (JGroup) object;\r
 243         return target.getColour();\r
 244       }\r
 245 \r
 246       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 247               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 248       {\r
 249         try\r
 250         {\r
 251           JGroup target = (JGroup) object;\r
 252           target.setColour((java.lang.String) value);\r
 253         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 254         {\r
 255           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 256         }\r
 257       }\r
 258 \r
 259       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 260       {\r
 261         return null;\r
 262       }\r
 263     };\r
 264     desc.setHandler(handler);\r
 265     desc.setMultivalued(false);\r
 266     addFieldDescriptor(desc);\r
 267 \r
 268     // -- validation code for: _colour\r
 269     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 270     { // -- local scope\r
 271       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 272       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 273       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 274       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 275     }\r
 276     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 277     // -- _consThreshold\r
 278     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 279             java.lang.Integer.TYPE, "_consThreshold", "consThreshold",\r
 280             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 281     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 282     {\r
 283       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 284               throws IllegalStateException\r
 285       {\r
 286         JGroup target = (JGroup) object;\r
 287         if (!target.hasConsThreshold())\r
 288         {\r
 289           return null;\r
 290         }\r
 291         return new java.lang.Integer(target.getConsThreshold());\r
 292       }\r
 293 \r
 294       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 295               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 296       {\r
 297         try\r
 298         {\r
 299           JGroup target = (JGroup) object;\r
 300           // if null, use delete method for optional primitives\r
 301           if (value == null)\r
 302           {\r
 303             target.deleteConsThreshold();\r
 304             return;\r
 305           }\r
 306           target.setConsThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 307         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 308         {\r
 309           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 310         }\r
 311       }\r
 312 \r
 313       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 314       {\r
 315         return null;\r
 316       }\r
 317     };\r
 318     desc.setHandler(handler);\r
 319     desc.setMultivalued(false);\r
 320     addFieldDescriptor(desc);\r
 321 \r
 322     // -- validation code for: _consThreshold\r
 323     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 324     { // -- local scope\r
 325       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 326       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 327       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 328       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 329       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 330     }\r
 331     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 332     // -- _pidThreshold\r
 333     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 334             java.lang.Integer.TYPE, "_pidThreshold", "pidThreshold",\r
 335             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 336     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 337     {\r
 338       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 339               throws IllegalStateException\r
 340       {\r
 341         JGroup target = (JGroup) object;\r
 342         if (!target.hasPidThreshold())\r
 343         {\r
 344           return null;\r
 345         }\r
 346         return new java.lang.Integer(target.getPidThreshold());\r
 347       }\r
 348 \r
 349       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 350               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 351       {\r
 352         try\r
 353         {\r
 354           JGroup target = (JGroup) object;\r
 355           // if null, use delete method for optional primitives\r
 356           if (value == null)\r
 357           {\r
 358             target.deletePidThreshold();\r
 359             return;\r
 360           }\r
 361           target.setPidThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 362         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 363         {\r
 364           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 365         }\r
 366       }\r
 367 \r
 368       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 369       {\r
 370         return null;\r
 371       }\r
 372     };\r
 373     desc.setHandler(handler);\r
 374     desc.setMultivalued(false);\r
 375     addFieldDescriptor(desc);\r
 376 \r
 377     // -- validation code for: _pidThreshold\r
 378     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 379     { // -- local scope\r
 380       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 381       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 382       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 383       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 384       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 385     }\r
 386     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 387     // -- _outlineColour\r
 388     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 389             java.lang.Integer.TYPE, "_outlineColour", "outlineColour",\r
 390             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 391     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 392     {\r
 393       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 394               throws IllegalStateException\r
 395       {\r
 396         JGroup target = (JGroup) object;\r
 397         if (!target.hasOutlineColour())\r
 398         {\r
 399           return null;\r
 400         }\r
 401         return new java.lang.Integer(target.getOutlineColour());\r
 402       }\r
 403 \r
 404       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 405               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 406       {\r
 407         try\r
 408         {\r
 409           JGroup target = (JGroup) object;\r
 410           // if null, use delete method for optional primitives\r
 411           if (value == null)\r
 412           {\r
 413             target.deleteOutlineColour();\r
 414             return;\r
 415           }\r
 416           target.setOutlineColour(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 417         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 418         {\r
 419           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 420         }\r
 421       }\r
 422 \r
 423       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 424       {\r
 425         return null;\r
 426       }\r
 427     };\r
 428     desc.setHandler(handler);\r
 429     desc.setMultivalued(false);\r
 430     addFieldDescriptor(desc);\r
 431 \r
 432     // -- validation code for: _outlineColour\r
 433     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 434     { // -- local scope\r
 435       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 436       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 437       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 438       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 439       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 440     }\r
 441     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 442     // -- _displayBoxes\r
 443     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 444             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayBoxes", "displayBoxes",\r
 445             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 446     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 447     {\r
 448       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 449               throws IllegalStateException\r
 450       {\r
 451         JGroup target = (JGroup) object;\r
 452         if (!target.hasDisplayBoxes())\r
 453         {\r
 454           return null;\r
 455         }\r
 456         return (target.getDisplayBoxes() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 457                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 458       }\r
 459 \r
 460       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 461               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 462       {\r
 463         try\r
 464         {\r
 465           JGroup target = (JGroup) object;\r
 466           // if null, use delete method for optional primitives\r
 467           if (value == null)\r
 468           {\r
 469             target.deleteDisplayBoxes();\r
 470             return;\r
 471           }\r
 472           target.setDisplayBoxes(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 473         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 474         {\r
 475           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 476         }\r
 477       }\r
 478 \r
 479       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 480       {\r
 481         return null;\r
 482       }\r
 483     };\r
 484     desc.setHandler(handler);\r
 485     desc.setMultivalued(false);\r
 486     addFieldDescriptor(desc);\r
 487 \r
 488     // -- validation code for: _displayBoxes\r
 489     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 490     { // -- local scope\r
 491       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 492       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 493       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 494     }\r
 495     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 496     // -- _displayText\r
 497     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 498             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayText", "displayText",\r
 499             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 500     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 501     {\r
 502       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 503               throws IllegalStateException\r
 504       {\r
 505         JGroup target = (JGroup) object;\r
 506         if (!target.hasDisplayText())\r
 507         {\r
 508           return null;\r
 509         }\r
 510         return (target.getDisplayText() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 511                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 512       }\r
 513 \r
 514       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 515               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 516       {\r
 517         try\r
 518         {\r
 519           JGroup target = (JGroup) object;\r
 520           // if null, use delete method for optional primitives\r
 521           if (value == null)\r
 522           {\r
 523             target.deleteDisplayText();\r
 524             return;\r
 525           }\r
 526           target.setDisplayText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 527         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 528         {\r
 529           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 530         }\r
 531       }\r
 532 \r
 533       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 534       {\r
 535         return null;\r
 536       }\r
 537     };\r
 538     desc.setHandler(handler);\r
 539     desc.setMultivalued(false);\r
 540     addFieldDescriptor(desc);\r
 541 \r
 542     // -- validation code for: _displayText\r
 543     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 544     { // -- local scope\r
 545       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 546       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 547       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 548     }\r
 549     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 550     // -- _colourText\r
 551     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 552             java.lang.Boolean.TYPE, "_colourText", "colourText",\r
 553             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 554     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 555     {\r
 556       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 557               throws IllegalStateException\r
 558       {\r
 559         JGroup target = (JGroup) object;\r
 560         if (!target.hasColourText())\r
 561         {\r
 562           return null;\r
 563         }\r
 564         return (target.getColourText() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 565                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 566       }\r
 567 \r
 568       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 569               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 570       {\r
 571         try\r
 572         {\r
 573           JGroup target = (JGroup) object;\r
 574           // if null, use delete method for optional primitives\r
 575           if (value == null)\r
 576           {\r
 577             target.deleteColourText();\r
 578             return;\r
 579           }\r
 580           target.setColourText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 581         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 582         {\r
 583           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 584         }\r
 585       }\r
 586 \r
 587       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 588       {\r
 589         return null;\r
 590       }\r
 591     };\r
 592     desc.setHandler(handler);\r
 593     desc.setMultivalued(false);\r
 594     addFieldDescriptor(desc);\r
 595 \r
 596     // -- validation code for: _colourText\r
 597     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 598     { // -- local scope\r
 599       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 600       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 601       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 602     }\r
 603     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 604     // -- _textCol1\r
 605     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 606             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol1", "textCol1",\r
 607             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 608     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 609     {\r
 610       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 611               throws IllegalStateException\r
 612       {\r
 613         JGroup target = (JGroup) object;\r
 614         if (!target.hasTextCol1())\r
 615         {\r
 616           return null;\r
 617         }\r
 618         return new java.lang.Integer(target.getTextCol1());\r
 619       }\r
 620 \r
 621       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 622               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 623       {\r
 624         try\r
 625         {\r
 626           JGroup target = (JGroup) object;\r
 627           // if null, use delete method for optional primitives\r
 628           if (value == null)\r
 629           {\r
 630             target.deleteTextCol1();\r
 631             return;\r
 632           }\r
 633           target.setTextCol1(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 634         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 635         {\r
 636           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 637         }\r
 638       }\r
 639 \r
 640       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 641       {\r
 642         return null;\r
 643       }\r
 644     };\r
 645     desc.setHandler(handler);\r
 646     desc.setMultivalued(false);\r
 647     addFieldDescriptor(desc);\r
 648 \r
 649     // -- validation code for: _textCol1\r
 650     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 651     { // -- local scope\r
 652       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 653       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 654       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 655       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 656       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 657     }\r
 658     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 659     // -- _textCol2\r
 660     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 661             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol2", "textCol2",\r
 662             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 663     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 664     {\r
 665       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 666               throws IllegalStateException\r
 667       {\r
 668         JGroup target = (JGroup) object;\r
 669         if (!target.hasTextCol2())\r
 670         {\r
 671           return null;\r
 672         }\r
 673         return new java.lang.Integer(target.getTextCol2());\r
 674       }\r
 675 \r
 676       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 677               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 678       {\r
 679         try\r
 680         {\r
 681           JGroup target = (JGroup) object;\r
 682           // if null, use delete method for optional primitives\r
 683           if (value == null)\r
 684           {\r
 685             target.deleteTextCol2();\r
 686             return;\r
 687           }\r
 688           target.setTextCol2(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 689         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 690         {\r
 691           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 692         }\r
 693       }\r
 694 \r
 695       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 696       {\r
 697         return null;\r
 698       }\r
 699     };\r
 700     desc.setHandler(handler);\r
 701     desc.setMultivalued(false);\r
 702     addFieldDescriptor(desc);\r
 703 \r
 704     // -- validation code for: _textCol2\r
 705     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 706     { // -- local scope\r
 707       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 708       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 709       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 710       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 711       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 712     }\r
 713     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 714     // -- _textColThreshold\r
 715     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 716             java.lang.Integer.TYPE, "_textColThreshold",\r
 717             "textColThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 718     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 719     {\r
 720       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 721               throws IllegalStateException\r
 722       {\r
 723         JGroup target = (JGroup) object;\r
 724         if (!target.hasTextColThreshold())\r
 725         {\r
 726           return null;\r
 727         }\r
 728         return new java.lang.Integer(target.getTextColThreshold());\r
 729       }\r
 730 \r
 731       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 732               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 733       {\r
 734         try\r
 735         {\r
 736           JGroup target = (JGroup) object;\r
 737           // if null, use delete method for optional primitives\r
 738           if (value == null)\r
 739           {\r
 740             target.deleteTextColThreshold();\r
 741             return;\r
 742           }\r
 743           target.setTextColThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 744         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 745         {\r
 746           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 747         }\r
 748       }\r
 749 \r
 750       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 751       {\r
 752         return null;\r
 753       }\r
 754     };\r
 755     desc.setHandler(handler);\r
 756     desc.setMultivalued(false);\r
 757     addFieldDescriptor(desc);\r
 758 \r
 759     // -- validation code for: _textColThreshold\r
 760     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 761     { // -- local scope\r
 762       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 763       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 764       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 765       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 766       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 767     }\r
 768     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 769     // -- _showUnconserved\r
 770     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 771             java.lang.Boolean.TYPE, "_showUnconserved", "showUnconserved",\r
 772             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 773     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 774     {\r
 775       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 776               throws IllegalStateException\r
 777       {\r
 778         JGroup target = (JGroup) object;\r
 779         if (!target.hasShowUnconserved())\r
 780         {\r
 781           return null;\r
 782         }\r
 783         return (target.getShowUnconserved() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 784                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 785       }\r
 786 \r
 787       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 788               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 789       {\r
 790         try\r
 791         {\r
 792           JGroup target = (JGroup) object;\r
 793           // if null, use delete method for optional primitives\r
 794           if (value == null)\r
 795           {\r
 796             target.deleteShowUnconserved();\r
 797             return;\r
 798           }\r
 799           target.setShowUnconserved(((java.lang.Boolean) value)\r
 800                   .booleanValue());\r
 801         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 802         {\r
 803           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 804         }\r
 805       }\r
 806 \r
 807       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 808       {\r
 809         return null;\r
 810       }\r
 811     };\r
 812     desc.setHandler(handler);\r
 813     desc.setMultivalued(false);\r
 814     addFieldDescriptor(desc);\r
 815 \r
 816     // -- validation code for: _showUnconserved\r
 817     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 818     { // -- local scope\r
 819       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 820       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 821       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 822     }\r
 823     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 824     // -- _ignoreGapsinConsensus\r
 825     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 826             java.lang.Boolean.TYPE, "_ignoreGapsinConsensus",\r
 827             "ignoreGapsinConsensus",\r
 828             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 829     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 830     {\r
 831       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 832               throws IllegalStateException\r
 833       {\r
 834         JGroup target = (JGroup) object;\r
 835         if (!target.hasIgnoreGapsinConsensus())\r
 836         {\r
 837           return null;\r
 838         }\r
 839         return (target.getIgnoreGapsinConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 840                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 841       }\r
 842 \r
 843       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 844               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 845       {\r
 846         try\r
 847         {\r
 848           JGroup target = (JGroup) object;\r
 849           // if null, use delete method for optional primitives\r
 850           if (value == null)\r
 851           {\r
 852             target.deleteIgnoreGapsinConsensus();\r
 853             return;\r
 854           }\r
 855           target.setIgnoreGapsinConsensus(((java.lang.Boolean) value)\r
 856                   .booleanValue());\r
 857         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 858         {\r
 859           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 860         }\r
 861       }\r
 862 \r
 863       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 864       {\r
 865         return null;\r
 866       }\r
 867     };\r
 868     desc.setHandler(handler);\r
 869     desc.setMultivalued(false);\r
 870     addFieldDescriptor(desc);\r
 871 \r
 872     // -- validation code for: _ignoreGapsinConsensus\r
 873     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 874     { // -- local scope\r
 875       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 876       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 877       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 878     }\r
 879     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 880     // -- _showConsensusHistogram\r
 881     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 882             java.lang.Boolean.TYPE, "_showConsensusHistogram",\r
 883             "showConsensusHistogram",\r
 884             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 885     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 886     {\r
 887       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 888               throws IllegalStateException\r
 889       {\r
 890         JGroup target = (JGroup) object;\r
 891         if (!target.hasShowConsensusHistogram())\r
 892         {\r
 893           return null;\r
 894         }\r
 895         return (target.getShowConsensusHistogram() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 896                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 897       }\r
 898 \r
 899       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 900               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 901       {\r
 902         try\r
 903         {\r
 904           JGroup target = (JGroup) object;\r
 905           // if null, use delete method for optional primitives\r
 906           if (value == null)\r
 907           {\r
 908             target.deleteShowConsensusHistogram();\r
 909             return;\r
 910           }\r
 911           target.setShowConsensusHistogram(((java.lang.Boolean) value)\r
 912                   .booleanValue());\r
 913         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 914         {\r
 915           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 916         }\r
 917       }\r
 918 \r
 919       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 920       {\r
 921         return null;\r
 922       }\r
 923     };\r
 924     desc.setHandler(handler);\r
 925     desc.setMultivalued(false);\r
 926     addFieldDescriptor(desc);\r
 927 \r
 928     // -- validation code for: _showConsensusHistogram\r
 929     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 930     { // -- local scope\r
 931       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 932       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 933       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 934     }\r
 935     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 936     // -- _showSequenceLogo\r
 937     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 938             java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceLogo",\r
 939             "showSequenceLogo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 940     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 941     {\r
 942       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 943               throws IllegalStateException\r
 944       {\r
 945         JGroup target = (JGroup) object;\r
 946         if (!target.hasShowSequenceLogo())\r
 947         {\r
 948           return null;\r
 949         }\r
 950         return (target.getShowSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 951                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 952       }\r
 953 \r
 954       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 955               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 956       {\r
 957         try\r
 958         {\r
 959           JGroup target = (JGroup) object;\r
 960           // if null, use delete method for optional primitives\r
 961           if (value == null)\r
 962           {\r
 963             target.deleteShowSequenceLogo();\r
 964             return;\r
 965           }\r
 966           target.setShowSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)\r
 967                   .booleanValue());\r
 968         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 969         {\r
 970           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 971         }\r
 972       }\r
 973 \r
 974       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 975       {\r
 976         return null;\r
 977       }\r
 978     };\r
 979     desc.setHandler(handler);\r
 980     desc.setMultivalued(false);\r
 981     addFieldDescriptor(desc);\r
 982 \r
 983     // -- validation code for: _showSequenceLogo\r
 984     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 985     { // -- local scope\r
 986       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 987       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 988       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 989     }\r
 990     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 991     // -- _id\r
 992     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 993             java.lang.String.class, "_id", "id",\r
 994             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 995     desc.setImmutable(true);\r
 996     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 997     {\r
 998       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 999               throws IllegalStateException\r
1000       {\r
1001         JGroup target = (JGroup) object;\r
1002         return target.getId();\r
1003       }\r
1004 \r
1005       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
1006               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
1007       {\r
1008         try\r
1009         {\r
1010           JGroup target = (JGroup) object;\r
1011           target.setId((java.lang.String) value);\r
1012         } catch (java.lang.Exception ex)\r
1013         {\r
1014           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
1015         }\r
1016       }\r
1017 \r
1018       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
1019       {\r
1020         return null;\r
1021       }\r
1022     };\r
1023     desc.setHandler(handler);\r
1024     desc.setMultivalued(false);\r
1025     addFieldDescriptor(desc);\r
1026 \r
1027     // -- validation code for: _id\r
1028     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
1029     { // -- local scope\r
1030       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
1031       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
1032       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
1033       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
1034     }\r
1035     desc.setValidator(fieldValidator);\r
1036     // -- initialize element descriptors\r
1037 \r
1038     // -- _seqList\r
1039     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
1040             java.lang.String.class, "_seqList", "seq",\r
1041             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
1042     desc.setImmutable(true);\r
1043     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
1044     {\r
1045       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
1046               throws IllegalStateException\r
1047       {\r
1048         JGroup target = (JGroup) object;\r
1049         return target.getSeq();\r
1050       }\r
1051 \r
1052       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
1053               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
1054       {\r
1055         try\r
1056         {\r
1057           JGroup target = (JGroup) object;\r
1058           target.addSeq((java.lang.String) value);\r
1059         } catch (java.lang.Exception ex)\r
1060         {\r
1061           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
1062         }\r
1063       }\r
1064 \r
1065       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
1066               IllegalArgumentException\r
1067       {\r
1068         try\r
1069         {\r
1070           JGroup target = (JGroup) object;\r
1071           target.removeAllSeq();\r
1072         } catch (java.lang.Exception ex)\r
1073         {\r
1074           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
1075         }\r
1076       }\r
1077 \r
1078       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
1079       {\r
1080         return null;\r
1081       }\r
1082     };\r
1083     desc.setHandler(handler);\r
1084     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
1085     desc.setRequired(true);\r
1086     desc.setMultivalued(true);\r
1087     addFieldDescriptor(desc);\r
1088 \r
1089     // -- validation code for: _seqList\r
1090     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
1091     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
1092     { // -- local scope\r
1093       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
1094       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
1095       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
1096       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
1097     }\r
1098     desc.setValidator(fieldValidator);\r
1099   }\r
1100 \r
1101   // -----------/\r
1102   // - Methods -/\r
1103   // -----------/\r
1104 \r
1105   /**\r
1106    * Method getAccessMode.\r
1107    * \r
1108    * @return the access mode specified for this class.\r
1109    */\r
1110   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
1111   {\r
1112     return null;\r
1113   }\r
1114 \r
1115   /**\r
1116    * Method getIdentity.\r
1117    * \r
1118    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
1119    */\r
1120   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
1121   {\r
1122     return super.getIdentity();\r
1123   }\r
1124 \r
1125   /**\r
1126    * Method getJavaClass.\r
1127    * \r
1128    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
1129    */\r
1130   public java.lang.Class getJavaClass()\r
1131   {\r
1132     return jalview.schemabinding.version2.JGroup.class;\r
1133   }\r
1134 \r
1135   /**\r
1136    * Method getNameSpacePrefix.\r
1137    * \r
1138    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
1139    */\r
1140   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
1141   {\r
1142     return _nsPrefix;\r
1143   }\r
1144 \r
1145   /**\r
1146    * Method getNameSpaceURI.\r
1147    * \r
1148    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
1149    */\r
1150   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
1151   {\r
1152     return _nsURI;\r
1153   }\r
1154 \r
1155   /**\r
1156    * Method getValidator.\r
1157    * \r
1158    * @return a specific validator for the class described by this\r
1159    *         ClassDescriptor.\r
1160    */\r
1161   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
1162   {\r
1163     return this;\r
1164   }\r
1165 \r
1166   /**\r
1167    * Method getXMLName.\r
1168    * \r
1169    * @return the XML Name for the Class being described.\r
1170    */\r
1171   public java.lang.String getXMLName()\r
1172   {\r
1173     return _xmlName;\r
1174   }\r
1175 \r
1176   /**\r
1177    * Method isElementDefinition.\r
1178    * \r
1179    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
1180    *         element or element with anonymous type definition.\r
1181    */\r
1182   public boolean isElementDefinition()\r
1183   {\r
1184     return _elementDefinition;\r
1185   }\r
1186 \r
1187 }\r