src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import jalview.schemabinding.version2.JSeq;\r
  15 \r
  16 /**\r
  17  * Class JSeqDescriptor.\r
  18  * \r
  19  * @version $Revision$ $Date$\r
  20  */\r
  21 public class JSeqDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
  22 \r
  23 \r
  24       //--------------------------/\r
  25      //- Class/Member Variables -/\r
  26     //--------------------------/\r
  27 \r
  28     /**\r
  29      * Field _elementDefinition.\r
  30      */\r
  31     private boolean _elementDefinition;\r
  32 \r
  33     /**\r
  34      * Field _nsPrefix.\r
  35      */\r
  36     private java.lang.String _nsPrefix;\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _nsURI.\r
  40      */\r
  41     private java.lang.String _nsURI;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * Field _xmlName.\r
  45      */\r
  46     private java.lang.String _xmlName;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _identity.\r
  50      */\r
  51     private org.exolab.castor.xml.XMLFieldDescriptor _identity;\r
  52 \r
  53 \r
  54       //----------------/\r
  55      //- Constructors -/\r
  56     //----------------/\r
  57 \r
  58     public JSeqDescriptor() {\r
  59         super();\r
  60         _nsURI = "www.jalview.org";\r
  61         _xmlName = "JSeq";\r
  62         _elementDefinition = true;\r
  63         \r
  64         //-- set grouping compositor\r
  65         setCompositorAsSequence();\r
  66         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
  67         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
  68         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
  69         //-- initialize attribute descriptors\r
  70         \r
  71         //-- _colour\r
  72         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_colour", "colour", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  73         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
  74             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
  75                 throws IllegalStateException\r
  76             {\r
  77                 JSeq target = (JSeq) object;\r
  78                 if (!target.hasColour()) { return null; }\r
  79                 return new java.lang.Integer(target.getColour());\r
  80             }\r
  81             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
  82                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  83             {\r
  84                 try {\r
  85                     JSeq target = (JSeq) object;\r
  86                     // if null, use delete method for optional primitives \r
  87                     if (value == null) {\r
  88                         target.deleteColour();\r
  89                         return;\r
  90                     }\r
  91                     target.setColour( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
  92                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
  93                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
  94                 }\r
  95             }\r
  96             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
  97                 return null;\r
  98             }\r
  99         };\r
 100         desc.setHandler(handler);\r
 101         desc.setMultivalued(false);\r
 102         addFieldDescriptor(desc);\r
 103         \r
 104         //-- validation code for: _colour\r
 105         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 106         { //-- local scope\r
 107             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 108             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 109             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 110             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 111             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 112         }\r
 113         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 114         //-- _start\r
 115         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 116         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 117             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 118                 throws IllegalStateException\r
 119             {\r
 120                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 121                 if (!target.hasStart()) { return null; }\r
 122                 return new java.lang.Integer(target.getStart());\r
 123             }\r
 124             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 125                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 126             {\r
 127                 try {\r
 128                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 129                     // ignore null values for non optional primitives\r
 130                     if (value == null) { return; }\r
 131                     \r
 132                     target.setStart( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 133                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 134                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 135                 }\r
 136             }\r
 137             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 138                 return null;\r
 139             }\r
 140         };\r
 141         desc.setHandler(handler);\r
 142         desc.setRequired(true);\r
 143         desc.setMultivalued(false);\r
 144         addFieldDescriptor(desc);\r
 145         \r
 146         //-- validation code for: _start\r
 147         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 148         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 149         { //-- local scope\r
 150             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 151             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 152             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 153             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 154             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 155         }\r
 156         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 157         //-- _end\r
 158         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 159         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 160             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 161                 throws IllegalStateException\r
 162             {\r
 163                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 164                 if (!target.hasEnd()) { return null; }\r
 165                 return new java.lang.Integer(target.getEnd());\r
 166             }\r
 167             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 168                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 169             {\r
 170                 try {\r
 171                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 172                     // ignore null values for non optional primitives\r
 173                     if (value == null) { return; }\r
 174                     \r
 175                     target.setEnd( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 176                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 177                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 178                 }\r
 179             }\r
 180             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 181                 return null;\r
 182             }\r
 183         };\r
 184         desc.setHandler(handler);\r
 185         desc.setRequired(true);\r
 186         desc.setMultivalued(false);\r
 187         addFieldDescriptor(desc);\r
 188         \r
 189         //-- validation code for: _end\r
 190         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 191         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 192         { //-- local scope\r
 193             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 194             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 195             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 196             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 197             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 198         }\r
 199         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 200         //-- _id\r
 201         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_id", "id", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 202         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 203             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 204                 throws IllegalStateException\r
 205             {\r
 206                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 207                 if (!target.hasId()) { return null; }\r
 208                 return new java.lang.Integer(target.getId());\r
 209             }\r
 210             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 211                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 212             {\r
 213                 try {\r
 214                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 215                     // ignore null values for non optional primitives\r
 216                     if (value == null) { return; }\r
 217                     \r
 218                     target.setId( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 219                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 220                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 221                 }\r
 222             }\r
 223             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 224                 return null;\r
 225             }\r
 226         };\r
 227         desc.setHandler(handler);\r
 228         desc.setRequired(true);\r
 229         desc.setMultivalued(false);\r
 230         addFieldDescriptor(desc);\r
 231         \r
 232         //-- validation code for: _id\r
 233         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 234         fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 235         { //-- local scope\r
 236             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 237             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 238             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 239             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 240             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 241         }\r
 242         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 243         //-- _hidden\r
 244         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Boolean.TYPE, "_hidden", "hidden", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 245         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 246             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 247                 throws IllegalStateException\r
 248             {\r
 249                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 250                 if (!target.hasHidden()) { return null; }\r
 251                 return (target.getHidden() ? java.lang.Boolean.TRUE : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 252             }\r
 253             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 254                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 255             {\r
 256                 try {\r
 257                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 258                     // if null, use delete method for optional primitives \r
 259                     if (value == null) {\r
 260                         target.deleteHidden();\r
 261                         return;\r
 262                     }\r
 263                     target.setHidden( ((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 264                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 265                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 266                 }\r
 267             }\r
 268             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 269                 return null;\r
 270             }\r
 271         };\r
 272         desc.setHandler(handler);\r
 273         desc.setMultivalued(false);\r
 274         addFieldDescriptor(desc);\r
 275         \r
 276         //-- validation code for: _hidden\r
 277         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 278         { //-- local scope\r
 279             org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 280             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 281             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 282         }\r
 283         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 284         //-- initialize element descriptors\r
 285         \r
 286         //-- _featuresList\r
 287         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Features.class, "_featuresList", "features", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 288         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 289             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 290                 throws IllegalStateException\r
 291             {\r
 292                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 293                 return target.getFeatures();\r
 294             }\r
 295             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 296                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 297             {\r
 298                 try {\r
 299                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 300                     target.addFeatures( (jalview.schemabinding.version2.Features) value);\r
 301                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 302                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 303                 }\r
 304             }\r
 305             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 306                 try {\r
 307                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 308                     target.removeAllFeatures();\r
 309                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 310                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 311                 }\r
 312             }\r
 313             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 314                 return new jalview.schemabinding.version2.Features();\r
 315             }\r
 316         };\r
 317         desc.setHandler(handler);\r
 318         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 319         desc.setMultivalued(true);\r
 320         addFieldDescriptor(desc);\r
 321         \r
 322         //-- validation code for: _featuresList\r
 323         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 324         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 325         { //-- local scope\r
 326         }\r
 327         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 328         //-- _pdbidsList\r
 329         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.Pdbids.class, "_pdbidsList", "pdbids", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 330         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 331             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 332                 throws IllegalStateException\r
 333             {\r
 334                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 335                 return target.getPdbids();\r
 336             }\r
 337             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 338                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 339             {\r
 340                 try {\r
 341                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 342                     target.addPdbids( (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) value);\r
 343                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 344                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 345                 }\r
 346             }\r
 347             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 348                 try {\r
 349                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 350                     target.removeAllPdbids();\r
 351                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 352                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 353                 }\r
 354             }\r
 355             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 356                 return new jalview.schemabinding.version2.Pdbids();\r
 357             }\r
 358         };\r
 359         desc.setHandler(handler);\r
 360         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 361         desc.setMultivalued(true);\r
 362         addFieldDescriptor(desc);\r
 363         \r
 364         //-- validation code for: _pdbidsList\r
 365         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 366         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 367         { //-- local scope\r
 368         }\r
 369         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 370         //-- _hiddenSequencesList\r
 371         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.Integer.TYPE, "_hiddenSequencesList", "hiddenSequences", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 372         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 373             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 374                 throws IllegalStateException\r
 375             {\r
 376                 JSeq target = (JSeq) object;\r
 377                 return target.getHiddenSequences();\r
 378             }\r
 379             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 380                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 381             {\r
 382                 try {\r
 383                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 384                     // ignore null values for non optional primitives\r
 385                     if (value == null) { return; }\r
 386                     \r
 387                     target.addHiddenSequences( ((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 388                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 389                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 390                 }\r
 391             }\r
 392             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 393                 try {\r
 394                     JSeq target = (JSeq) object;\r
 395                     target.removeAllHiddenSequences();\r
 396                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 397                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 398                 }\r
 399             }\r
 400             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 401                 return null;\r
 402             }\r
 403         };\r
 404         desc.setHandler(handler);\r
 405         desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 406         desc.setMultivalued(true);\r
 407         addFieldDescriptor(desc);\r
 408         \r
 409         //-- validation code for: _hiddenSequencesList\r
 410         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 411         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 412         { //-- local scope\r
 413             org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 414             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 415             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 416             typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 417             typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 418         }\r
 419         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 420     }\r
 421 \r
 422 \r
 423       //-----------/\r
 424      //- Methods -/\r
 425     //-----------/\r
 426 \r
 427     /**\r
 428      * Method getAccessMode.\r
 429      * \r
 430      * @return the access mode specified for this class.\r
 431      */\r
 432     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
 433     ) {\r
 434         return null;\r
 435     }\r
 436 \r
 437     /**\r
 438      * Method getIdentity.\r
 439      * \r
 440      * @return the identity field, null if this class has no\r
 441      * identity.\r
 442      */\r
 443     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
 444     ) {\r
 445         return _identity;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     /**\r
 449      * Method getJavaClass.\r
 450      * \r
 451      * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 452      */\r
 453     public java.lang.Class getJavaClass(\r
 454     ) {\r
 455         return jalview.schemabinding.version2.JSeq.class;\r
 456     }\r
 457 \r
 458     /**\r
 459      * Method getNameSpacePrefix.\r
 460      * \r
 461      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 462      */\r
 463     public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
 464     ) {\r
 465         return _nsPrefix;\r
 466     }\r
 467 \r
 468     /**\r
 469      * Method getNameSpaceURI.\r
 470      * \r
 471      * @return the namespace URI used when marshaling and\r
 472      * unmarshaling as XML.\r
 473      */\r
 474     public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
 475     ) {\r
 476         return _nsURI;\r
 477     }\r
 478 \r
 479     /**\r
 480      * Method getValidator.\r
 481      * \r
 482      * @return a specific validator for the class described by this\r
 483      * ClassDescriptor.\r
 484      */\r
 485     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
 486     ) {\r
 487         return this;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     /**\r
 491      * Method getXMLName.\r
 492      * \r
 493      * @return the XML Name for the Class being described.\r
 494      */\r
 495     public java.lang.String getXMLName(\r
 496     ) {\r
 497         return _xmlName;\r
 498     }\r
 499 \r
 500     /**\r
 501      * Method isElementDefinition.\r
 502      * \r
 503      * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
 504      * of a global\r
 505      * element or element with anonymous type definition.\r
 506      */\r
 507     public boolean isElementDefinition(\r
 508     ) {\r
 509         return _elementDefinition;\r
 510     }\r
 511 \r
 512 }\r