src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class JalviewModelSequenceDescriptor.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class JalviewModelSequenceDescriptor extends\r
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _elementDefinition.\r
  41    */\r
  42   private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * Field _nsPrefix.\r
  46    */\r
  47   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _nsURI.\r
  51    */\r
  52   private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * Field _xmlName.\r
  56    */\r
  57   private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59   // ----------------/\r
  60   // - Constructors -/\r
  61   // ----------------/\r
  62 \r
  63   public JalviewModelSequenceDescriptor()\r
  64   {\r
  65     super();\r
  66     _nsURI = "www.jalview.org";\r
  67     _elementDefinition = false;\r
  68 \r
  69     // -- set grouping compositor\r
  70     setCompositorAsSequence();\r
  71     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  72     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  73     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  74     // -- initialize attribute descriptors\r
  75 \r
  76     // -- initialize element descriptors\r
  77 \r
  78     // -- _JSeqList\r
  79     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  80             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, "_JSeqList", "JSeq",\r
  81             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
  82     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  83     {\r
  84       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  85               throws IllegalStateException\r
  86       {\r
  87         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
  88         return target.getJSeq();\r
  89       }\r
  90 \r
  91       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  92               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  93       {\r
  94         try\r
  95         {\r
  96           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
  97           target.addJSeq((jalview.schemabinding.version2.JSeq) value);\r
  98         } catch (java.lang.Exception ex)\r
  99         {\r
 100           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 101         }\r
 102       }\r
 103 \r
 104       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 105               IllegalArgumentException\r
 106       {\r
 107         try\r
 108         {\r
 109           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 110           target.removeAllJSeq();\r
 111         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 112         {\r
 113           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 114         }\r
 115       }\r
 116 \r
 117       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 118       {\r
 119         return new jalview.schemabinding.version2.JSeq();\r
 120       }\r
 121     };\r
 122     desc.setHandler(handler);\r
 123     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 124     desc.setRequired(true);\r
 125     desc.setMultivalued(true);\r
 126     addFieldDescriptor(desc);\r
 127 \r
 128     // -- validation code for: _JSeqList\r
 129     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 130     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 131     { // -- local scope\r
 132     }\r
 133     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 134     // -- _JGroupList\r
 135     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 136             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, "_JGroupList",\r
 137             "JGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 138     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 139     {\r
 140       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 141               throws IllegalStateException\r
 142       {\r
 143         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 144         return target.getJGroup();\r
 145       }\r
 146 \r
 147       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 148               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 149       {\r
 150         try\r
 151         {\r
 152           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 153           target.addJGroup((jalview.schemabinding.version2.JGroup) value);\r
 154         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 155         {\r
 156           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 157         }\r
 158       }\r
 159 \r
 160       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 161               IllegalArgumentException\r
 162       {\r
 163         try\r
 164         {\r
 165           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 166           target.removeAllJGroup();\r
 167         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 168         {\r
 169           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 170         }\r
 171       }\r
 172 \r
 173       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 174       {\r
 175         return new jalview.schemabinding.version2.JGroup();\r
 176       }\r
 177     };\r
 178     desc.setHandler(handler);\r
 179     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 180     desc.setMultivalued(true);\r
 181     addFieldDescriptor(desc);\r
 182 \r
 183     // -- validation code for: _JGroupList\r
 184     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 185     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 186     { // -- local scope\r
 187     }\r
 188     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 189     // -- _viewportList\r
 190     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 191             jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, "_viewportList",\r
 192             "Viewport", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 193     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 194     {\r
 195       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 196               throws IllegalStateException\r
 197       {\r
 198         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 199         return target.getViewport();\r
 200       }\r
 201 \r
 202       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 203               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 204       {\r
 205         try\r
 206         {\r
 207           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 208           target.addViewport((jalview.schemabinding.version2.Viewport) value);\r
 209         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 210         {\r
 211           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 212         }\r
 213       }\r
 214 \r
 215       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 216               IllegalArgumentException\r
 217       {\r
 218         try\r
 219         {\r
 220           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 221           target.removeAllViewport();\r
 222         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 223         {\r
 224           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 225         }\r
 226       }\r
 227 \r
 228       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 229       {\r
 230         return new jalview.schemabinding.version2.Viewport();\r
 231       }\r
 232     };\r
 233     desc.setHandler(handler);\r
 234     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 235     desc.setRequired(true);\r
 236     desc.setMultivalued(true);\r
 237     addFieldDescriptor(desc);\r
 238 \r
 239     // -- validation code for: _viewportList\r
 240     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 241     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 242     { // -- local scope\r
 243     }\r
 244     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 245     // -- _userColoursList\r
 246     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 247             jalview.schemabinding.version2.UserColours.class,\r
 248             "_userColoursList", "UserColours",\r
 249             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 250     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 251     {\r
 252       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 253               throws IllegalStateException\r
 254       {\r
 255         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 256         return target.getUserColours();\r
 257       }\r
 258 \r
 259       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 260               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 261       {\r
 262         try\r
 263         {\r
 264           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 265           target.addUserColours((jalview.schemabinding.version2.UserColours) value);\r
 266         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 267         {\r
 268           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 269         }\r
 270       }\r
 271 \r
 272       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 273               IllegalArgumentException\r
 274       {\r
 275         try\r
 276         {\r
 277           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 278           target.removeAllUserColours();\r
 279         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 280         {\r
 281           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 282         }\r
 283       }\r
 284 \r
 285       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 286       {\r
 287         return new jalview.schemabinding.version2.UserColours();\r
 288       }\r
 289     };\r
 290     desc.setHandler(handler);\r
 291     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 292     desc.setMultivalued(true);\r
 293     addFieldDescriptor(desc);\r
 294 \r
 295     // -- validation code for: _userColoursList\r
 296     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 297     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 298     { // -- local scope\r
 299     }\r
 300     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 301     // -- _treeList\r
 302     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 303             jalview.schemabinding.version2.Tree.class, "_treeList", "tree",\r
 304             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 305     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 306     {\r
 307       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 308               throws IllegalStateException\r
 309       {\r
 310         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 311         return target.getTree();\r
 312       }\r
 313 \r
 314       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 315               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 316       {\r
 317         try\r
 318         {\r
 319           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 320           target.addTree((jalview.schemabinding.version2.Tree) value);\r
 321         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 322         {\r
 323           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 324         }\r
 325       }\r
 326 \r
 327       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 328               IllegalArgumentException\r
 329       {\r
 330         try\r
 331         {\r
 332           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 333           target.removeAllTree();\r
 334         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 335         {\r
 336           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 337         }\r
 338       }\r
 339 \r
 340       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 341       {\r
 342         return new jalview.schemabinding.version2.Tree();\r
 343       }\r
 344     };\r
 345     desc.setHandler(handler);\r
 346     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 347     desc.setMultivalued(true);\r
 348     addFieldDescriptor(desc);\r
 349 \r
 350     // -- validation code for: _treeList\r
 351     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 352     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 353     { // -- local scope\r
 354     }\r
 355     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 356     // -- _featureSettings\r
 357     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 358             jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class,\r
 359             "_featureSettings", "FeatureSettings",\r
 360             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 361     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 362     {\r
 363       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 364               throws IllegalStateException\r
 365       {\r
 366         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 367         return target.getFeatureSettings();\r
 368       }\r
 369 \r
 370       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 371               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 372       {\r
 373         try\r
 374         {\r
 375           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 376           target.setFeatureSettings((jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) value);\r
 377         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 378         {\r
 379           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 380         }\r
 381       }\r
 382 \r
 383       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 384       {\r
 385         return new jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings();\r
 386       }\r
 387     };\r
 388     desc.setHandler(handler);\r
 389     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 390     desc.setMultivalued(false);\r
 391     addFieldDescriptor(desc);\r
 392 \r
 393     // -- validation code for: _featureSettings\r
 394     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 395     { // -- local scope\r
 396     }\r
 397     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 398   }\r
 399 \r
 400   // -----------/\r
 401   // - Methods -/\r
 402   // -----------/\r
 403 \r
 404   /**\r
 405    * Method getAccessMode.\r
 406    * \r
 407    * @return the access mode specified for this class.\r
 408    */\r
 409   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 410   {\r
 411     return null;\r
 412   }\r
 413 \r
 414   /**\r
 415    * Method getIdentity.\r
 416    * \r
 417    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
 418    */\r
 419   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 420   {\r
 421     return super.getIdentity();\r
 422   }\r
 423 \r
 424   /**\r
 425    * Method getJavaClass.\r
 426    * \r
 427    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 428    */\r
 429   public java.lang.Class getJavaClass()\r
 430   {\r
 431     return jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class;\r
 432   }\r
 433 \r
 434   /**\r
 435    * Method getNameSpacePrefix.\r
 436    * \r
 437    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 438    */\r
 439   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 440   {\r
 441     return _nsPrefix;\r
 442   }\r
 443 \r
 444   /**\r
 445    * Method getNameSpaceURI.\r
 446    * \r
 447    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
 448    */\r
 449   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 450   {\r
 451     return _nsURI;\r
 452   }\r
 453 \r
 454   /**\r
 455    * Method getValidator.\r
 456    * \r
 457    * @return a specific validator for the class described by this\r
 458    *         ClassDescriptor.\r
 459    */\r
 460   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 461   {\r
 462     return this;\r
 463   }\r
 464 \r
 465   /**\r
 466    * Method getXMLName.\r
 467    * \r
 468    * @return the XML Name for the Class being described.\r
 469    */\r
 470   public java.lang.String getXMLName()\r
 471   {\r
 472     return _xmlName;\r
 473   }\r
 474 \r
 475   /**\r
 476    * Method isElementDefinition.\r
 477    * \r
 478    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
 479    *         element or element with anonymous type definition.\r
 480    */\r
 481   public boolean isElementDefinition()\r
 482   {\r
 483     return _elementDefinition;\r
 484   }\r
 485 \r
 486 }\r