src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  20 \r
  21 // ---------------------------------/\r
  22 // - Imported classes and packages -/\r
  23 // ---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class JalviewModelSequenceDescriptor.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class JalviewModelSequenceDescriptor extends\r
  33         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  34 {\r
  35 \r
  36   // --------------------------/\r
  37   // - Class/Member Variables -/\r
  38   // --------------------------/\r
  39 \r
  40   /**\r
  41    * Field _elementDefinition.\r
  42    */\r
  43   private boolean _elementDefinition;\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * Field _nsPrefix.\r
  47    */\r
  48   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  49 \r
  50   /**\r
  51    * Field _nsURI.\r
  52    */\r
  53   private java.lang.String _nsURI;\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * Field _xmlName.\r
  57    */\r
  58   private java.lang.String _xmlName;\r
  59 \r
  60   // ----------------/\r
  61   // - Constructors -/\r
  62   // ----------------/\r
  63 \r
  64   public JalviewModelSequenceDescriptor()\r
  65   {\r
  66     super();\r
  67     _nsURI = "www.jalview.org";\r
  68     _elementDefinition = false;\r
  69 \r
  70     // -- set grouping compositor\r
  71     setCompositorAsSequence();\r
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  75     // -- initialize attribute descriptors\r
  76 \r
  77     // -- initialize element descriptors\r
  78 \r
  79     // -- _JSeqList\r
  80     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  81             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, "_JSeqList", "JSeq",\r
  82             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
  83     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  84     {\r
  85       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  86               throws IllegalStateException\r
  87       {\r
  88         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
  89         return target.getJSeq();\r
  90       }\r
  91 \r
  92       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  93               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  94       {\r
  95         try\r
  96         {\r
  97           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
  98           target.addJSeq((jalview.schemabinding.version2.JSeq) value);\r
  99         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 100         {\r
 101           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 102         }\r
 103       }\r
 104 \r
 105       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 106               IllegalArgumentException\r
 107       {\r
 108         try\r
 109         {\r
 110           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 111           target.removeAllJSeq();\r
 112         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 113         {\r
 114           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 115         }\r
 116       }\r
 117 \r
 118       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 119       {\r
 120         return new jalview.schemabinding.version2.JSeq();\r
 121       }\r
 122     };\r
 123     desc.setHandler(handler);\r
 124     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 125     desc.setRequired(true);\r
 126     desc.setMultivalued(true);\r
 127     addFieldDescriptor(desc);\r
 128 \r
 129     // -- validation code for: _JSeqList\r
 130     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 131     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 132     { // -- local scope\r
 133     }\r
 134     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 135     // -- _JGroupList\r
 136     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 137             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, "_JGroupList",\r
 138             "JGroup", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 139     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 140     {\r
 141       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 142               throws IllegalStateException\r
 143       {\r
 144         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 145         return target.getJGroup();\r
 146       }\r
 147 \r
 148       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 149               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 150       {\r
 151         try\r
 152         {\r
 153           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 154           target.addJGroup((jalview.schemabinding.version2.JGroup) value);\r
 155         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 156         {\r
 157           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 158         }\r
 159       }\r
 160 \r
 161       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 162               IllegalArgumentException\r
 163       {\r
 164         try\r
 165         {\r
 166           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 167           target.removeAllJGroup();\r
 168         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 169         {\r
 170           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 171         }\r
 172       }\r
 173 \r
 174       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 175       {\r
 176         return new jalview.schemabinding.version2.JGroup();\r
 177       }\r
 178     };\r
 179     desc.setHandler(handler);\r
 180     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 181     desc.setMultivalued(true);\r
 182     addFieldDescriptor(desc);\r
 183 \r
 184     // -- validation code for: _JGroupList\r
 185     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 186     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 187     { // -- local scope\r
 188     }\r
 189     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 190     // -- _viewportList\r
 191     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 192             jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, "_viewportList",\r
 193             "Viewport", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 194     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 195     {\r
 196       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 197               throws IllegalStateException\r
 198       {\r
 199         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 200         return target.getViewport();\r
 201       }\r
 202 \r
 203       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 204               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 205       {\r
 206         try\r
 207         {\r
 208           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 209           target\r
 210                   .addViewport((jalview.schemabinding.version2.Viewport) value);\r
 211         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 212         {\r
 213           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 214         }\r
 215       }\r
 216 \r
 217       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 218               IllegalArgumentException\r
 219       {\r
 220         try\r
 221         {\r
 222           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 223           target.removeAllViewport();\r
 224         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 225         {\r
 226           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 227         }\r
 228       }\r
 229 \r
 230       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 231       {\r
 232         return new jalview.schemabinding.version2.Viewport();\r
 233       }\r
 234     };\r
 235     desc.setHandler(handler);\r
 236     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 237     desc.setRequired(true);\r
 238     desc.setMultivalued(true);\r
 239     addFieldDescriptor(desc);\r
 240 \r
 241     // -- validation code for: _viewportList\r
 242     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 243     fieldValidator.setMinOccurs(1);\r
 244     { // -- local scope\r
 245     }\r
 246     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 247     // -- _userColoursList\r
 248     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 249             jalview.schemabinding.version2.UserColours.class,\r
 250             "_userColoursList", "UserColours",\r
 251             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 252     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 253     {\r
 254       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 255               throws IllegalStateException\r
 256       {\r
 257         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 258         return target.getUserColours();\r
 259       }\r
 260 \r
 261       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 262               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 263       {\r
 264         try\r
 265         {\r
 266           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 267           target\r
 268                   .addUserColours((jalview.schemabinding.version2.UserColours) value);\r
 269         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 270         {\r
 271           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 272         }\r
 273       }\r
 274 \r
 275       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 276               IllegalArgumentException\r
 277       {\r
 278         try\r
 279         {\r
 280           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 281           target.removeAllUserColours();\r
 282         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 283         {\r
 284           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 285         }\r
 286       }\r
 287 \r
 288       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 289       {\r
 290         return new jalview.schemabinding.version2.UserColours();\r
 291       }\r
 292     };\r
 293     desc.setHandler(handler);\r
 294     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 295     desc.setMultivalued(true);\r
 296     addFieldDescriptor(desc);\r
 297 \r
 298     // -- validation code for: _userColoursList\r
 299     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 300     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 301     { // -- local scope\r
 302     }\r
 303     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 304     // -- _treeList\r
 305     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 306             jalview.schemabinding.version2.Tree.class, "_treeList", "tree",\r
 307             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 308     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 309     {\r
 310       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 311               throws IllegalStateException\r
 312       {\r
 313         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 314         return target.getTree();\r
 315       }\r
 316 \r
 317       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 318               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 319       {\r
 320         try\r
 321         {\r
 322           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 323           target.addTree((jalview.schemabinding.version2.Tree) value);\r
 324         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 325         {\r
 326           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 327         }\r
 328       }\r
 329 \r
 330       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 331               IllegalArgumentException\r
 332       {\r
 333         try\r
 334         {\r
 335           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 336           target.removeAllTree();\r
 337         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 338         {\r
 339           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 340         }\r
 341       }\r
 342 \r
 343       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 344       {\r
 345         return new jalview.schemabinding.version2.Tree();\r
 346       }\r
 347     };\r
 348     desc.setHandler(handler);\r
 349     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 350     desc.setMultivalued(true);\r
 351     addFieldDescriptor(desc);\r
 352 \r
 353     // -- validation code for: _treeList\r
 354     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 355     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 356     { // -- local scope\r
 357     }\r
 358     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 359     // -- _featureSettings\r
 360     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 361             jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class,\r
 362             "_featureSettings", "FeatureSettings",\r
 363             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 364     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 365     {\r
 366       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 367               throws IllegalStateException\r
 368       {\r
 369         JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 370         return target.getFeatureSettings();\r
 371       }\r
 372 \r
 373       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 374               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 375       {\r
 376         try\r
 377         {\r
 378           JalviewModelSequence target = (JalviewModelSequence) object;\r
 379           target\r
 380                   .setFeatureSettings((jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) value);\r
 381         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 382         {\r
 383           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 384         }\r
 385       }\r
 386 \r
 387       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 388       {\r
 389         return new jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings();\r
 390       }\r
 391     };\r
 392     desc.setHandler(handler);\r
 393     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 394     desc.setMultivalued(false);\r
 395     addFieldDescriptor(desc);\r
 396 \r
 397     // -- validation code for: _featureSettings\r
 398     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 399     { // -- local scope\r
 400     }\r
 401     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 402   }\r
 403 \r
 404   // -----------/\r
 405   // - Methods -/\r
 406   // -----------/\r
 407 \r
 408   /**\r
 409    * Method getAccessMode.\r
 410    * \r
 411    * @return the access mode specified for this class.\r
 412    */\r
 413   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 414   {\r
 415     return null;\r
 416   }\r
 417 \r
 418   /**\r
 419    * Method getIdentity.\r
 420    * \r
 421    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
 422    */\r
 423   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 424   {\r
 425     return super.getIdentity();\r
 426   }\r
 427 \r
 428   /**\r
 429    * Method getJavaClass.\r
 430    * \r
 431    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 432    */\r
 433   public java.lang.Class getJavaClass()\r
 434   {\r
 435     return jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class;\r
 436   }\r
 437 \r
 438   /**\r
 439    * Method getNameSpacePrefix.\r
 440    * \r
 441    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 442    */\r
 443   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 444   {\r
 445     return _nsPrefix;\r
 446   }\r
 447 \r
 448   /**\r
 449    * Method getNameSpaceURI.\r
 450    * \r
 451    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
 452    */\r
 453   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 454   {\r
 455     return _nsURI;\r
 456   }\r
 457 \r
 458   /**\r
 459    * Method getValidator.\r
 460    * \r
 461    * @return a specific validator for the class described by this\r
 462    *         ClassDescriptor.\r
 463    */\r
 464   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 465   {\r
 466     return this;\r
 467   }\r
 468 \r
 469   /**\r
 470    * Method getXMLName.\r
 471    * \r
 472    * @return the XML Name for the Class being described.\r
 473    */\r
 474   public java.lang.String getXMLName()\r
 475   {\r
 476     return _xmlName;\r
 477   }\r
 478 \r
 479   /**\r
 480    * Method isElementDefinition.\r
 481    * \r
 482    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
 483    *         element or element with anonymous type definition.\r
 484    */\r
 485   public boolean isElementDefinition()\r
 486   {\r
 487     return _elementDefinition;\r
 488   }\r
 489 \r
 490 }\r