JAL-1767 save PCA D and E vectors instead of 'details' text
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / descriptors / PcaDataTypeDescriptor.java
1 /*
2  * This class was automatically generated with 
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
4  * Schema.
5  * $Id$
6  */
7
8 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
9
10 //---------------------------------/
11 //- Imported classes and packages -/
12 //---------------------------------/
13
14 import jalview.schemabinding.version2.PcaDataType;
15
16 /**
17  * Class PcaDataTypeDescriptor.
18  * 
19  * @version $Revision$ $Date$
20  */
21 public class PcaDataTypeDescriptor
22         extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
23 {
24
25   // --------------------------/
26   // - Class/Member Variables -/
27   // --------------------------/
28
29   /**
30    * Field _elementDefinition.
31    */
32   private boolean _elementDefinition;
33
34   /**
35    * Field _nsPrefix.
36    */
37   private java.lang.String _nsPrefix;
38
39   /**
40    * Field _nsURI.
41    */
42   private java.lang.String _nsURI;
43
44   /**
45    * Field _xmlName.
46    */
47   private java.lang.String _xmlName;
48
49   // ----------------/
50   // - Constructors -/
51   // ----------------/
52
53   public PcaDataTypeDescriptor()
54   {
55     super();
56     _nsURI = "www.jalview.org";
57     _xmlName = "PcaDataType";
58     _elementDefinition = false;
59
60     // -- set grouping compositor
61     setCompositorAsSequence();
62     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
63     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
64     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
65     // -- initialize attribute descriptors
66
67     // -- initialize element descriptors
68
69     // -- _pairwiseMatrix
70     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
71             jalview.schemabinding.version2.PairwiseMatrix.class,
72             "_pairwiseMatrix", "pairwiseMatrix",
73             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
74     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
75     {
76       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
77               throws IllegalStateException
78       {
79         PcaDataType target = (PcaDataType) object;
80         return target.getPairwiseMatrix();
81       }
82
83       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
84               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
85       {
86         try
87         {
88           PcaDataType target = (PcaDataType) object;
89           target.setPairwiseMatrix(
90                   (jalview.schemabinding.version2.PairwiseMatrix) value);
91         } catch (java.lang.Exception ex)
92         {
93           throw new IllegalStateException(ex.toString());
94         }
95       }
96
97       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
98       {
99         return new jalview.schemabinding.version2.PairwiseMatrix();
100       }
101     };
102     desc.setHandler(handler);
103     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
104     desc.setRequired(true);
105     desc.setMultivalued(false);
106     addFieldDescriptor(desc);
107
108     // -- validation code for: _pairwiseMatrix
109     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
110     fieldValidator.setMinOccurs(1);
111     { // -- local scope
112     }
113     desc.setValidator(fieldValidator);
114     // -- _tridiagonalMatrix
115     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
116             jalview.schemabinding.version2.TridiagonalMatrix.class,
117             "_tridiagonalMatrix", "tridiagonalMatrix",
118             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
119     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
120     {
121       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
122               throws IllegalStateException
123       {
124         PcaDataType target = (PcaDataType) object;
125         return target.getTridiagonalMatrix();
126       }
127
128       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
129               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
130       {
131         try
132         {
133           PcaDataType target = (PcaDataType) object;
134           target.setTridiagonalMatrix(
135                   (jalview.schemabinding.version2.TridiagonalMatrix) value);
136         } catch (java.lang.Exception ex)
137         {
138           throw new IllegalStateException(ex.toString());
139         }
140       }
141
142       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
143       {
144         return new jalview.schemabinding.version2.TridiagonalMatrix();
145       }
146     };
147     desc.setHandler(handler);
148     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
149     desc.setRequired(true);
150     desc.setMultivalued(false);
151     addFieldDescriptor(desc);
152
153     // -- validation code for: _tridiagonalMatrix
154     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
155     fieldValidator.setMinOccurs(1);
156     { // -- local scope
157     }
158     desc.setValidator(fieldValidator);
159     // -- _tridiagonalD
160     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
161             jalview.schemabinding.version2.TridiagonalD.class,
162             "_tridiagonalD", "tridiagonalD",
163             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
164     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
165     {
166       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
167               throws IllegalStateException
168       {
169         PcaDataType target = (PcaDataType) object;
170         return target.getTridiagonalD();
171       }
172
173       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
174               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
175       {
176         try
177         {
178           PcaDataType target = (PcaDataType) object;
179           target.setTridiagonalD(
180                   (jalview.schemabinding.version2.TridiagonalD) value);
181         } catch (java.lang.Exception ex)
182         {
183           throw new IllegalStateException(ex.toString());
184         }
185       }
186
187       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
188       {
189         return new jalview.schemabinding.version2.TridiagonalD();
190       }
191     };
192     desc.setHandler(handler);
193     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
194     desc.setRequired(true);
195     desc.setMultivalued(false);
196     addFieldDescriptor(desc);
197
198     // -- validation code for: _tridiagonalD
199     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
200     fieldValidator.setMinOccurs(1);
201     { // -- local scope
202     }
203     desc.setValidator(fieldValidator);
204     // -- _tridiagonalE
205     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
206             jalview.schemabinding.version2.TridiagonalE.class,
207             "_tridiagonalE", "tridiagonalE",
208             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
209     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
210     {
211       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
212               throws IllegalStateException
213       {
214         PcaDataType target = (PcaDataType) object;
215         return target.getTridiagonalE();
216       }
217
218       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
219               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
220       {
221         try
222         {
223           PcaDataType target = (PcaDataType) object;
224           target.setTridiagonalE(
225                   (jalview.schemabinding.version2.TridiagonalE) value);
226         } catch (java.lang.Exception ex)
227         {
228           throw new IllegalStateException(ex.toString());
229         }
230       }
231
232       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
233       {
234         return new jalview.schemabinding.version2.TridiagonalE();
235       }
236     };
237     desc.setHandler(handler);
238     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
239     desc.setRequired(true);
240     desc.setMultivalued(false);
241     addFieldDescriptor(desc);
242
243     // -- validation code for: _tridiagonalE
244     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
245     fieldValidator.setMinOccurs(1);
246     { // -- local scope
247     }
248     desc.setValidator(fieldValidator);
249     // -- _eigenMatrix
250     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
251             jalview.schemabinding.version2.EigenMatrix.class,
252             "_eigenMatrix", "eigenMatrix",
253             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
254     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
255     {
256       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
257               throws IllegalStateException
258       {
259         PcaDataType target = (PcaDataType) object;
260         return target.getEigenMatrix();
261       }
262
263       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
264               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
265       {
266         try
267         {
268           PcaDataType target = (PcaDataType) object;
269           target.setEigenMatrix(
270                   (jalview.schemabinding.version2.EigenMatrix) value);
271         } catch (java.lang.Exception ex)
272         {
273           throw new IllegalStateException(ex.toString());
274         }
275       }
276
277       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
278       {
279         return new jalview.schemabinding.version2.EigenMatrix();
280       }
281     };
282     desc.setHandler(handler);
283     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
284     desc.setRequired(true);
285     desc.setMultivalued(false);
286     addFieldDescriptor(desc);
287
288     // -- validation code for: _eigenMatrix
289     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
290     fieldValidator.setMinOccurs(1);
291     { // -- local scope
292     }
293     desc.setValidator(fieldValidator);
294     // -- _eigenMatrixD
295     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
296             jalview.schemabinding.version2.EigenMatrixD.class,
297             "_eigenMatrixD", "eigenMatrixD",
298             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
299     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
300     {
301       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
302               throws IllegalStateException
303       {
304         PcaDataType target = (PcaDataType) object;
305         return target.getEigenMatrixD();
306       }
307
308       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
309               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
310       {
311         try
312         {
313           PcaDataType target = (PcaDataType) object;
314           target.setEigenMatrixD(
315                   (jalview.schemabinding.version2.EigenMatrixD) value);
316         } catch (java.lang.Exception ex)
317         {
318           throw new IllegalStateException(ex.toString());
319         }
320       }
321
322       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
323       {
324         return new jalview.schemabinding.version2.EigenMatrixD();
325       }
326     };
327     desc.setHandler(handler);
328     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
329     desc.setRequired(true);
330     desc.setMultivalued(false);
331     addFieldDescriptor(desc);
332
333     // -- validation code for: _eigenMatrixD
334     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
335     fieldValidator.setMinOccurs(1);
336     { // -- local scope
337     }
338     desc.setValidator(fieldValidator);
339   }
340
341   // -----------/
342   // - Methods -/
343   // -----------/
344
345   /**
346    * Method getAccessMode.
347    * 
348    * @return the access mode specified for this class.
349    */
350   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
351   {
352     return null;
353   }
354
355   /**
356    * Method getIdentity.
357    * 
358    * @return the identity field, null if this class has no identity.
359    */
360   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
361   {
362     return super.getIdentity();
363   }
364
365   /**
366    * Method getJavaClass.
367    * 
368    * @return the Java class represented by this descriptor.
369    */
370   public java.lang.Class getJavaClass()
371   {
372     return jalview.schemabinding.version2.PcaDataType.class;
373   }
374
375   /**
376    * Method getNameSpacePrefix.
377    * 
378    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
379    */
380   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
381   {
382     return _nsPrefix;
383   }
384
385   /**
386    * Method getNameSpaceURI.
387    * 
388    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
389    */
390   public java.lang.String getNameSpaceURI()
391   {
392     return _nsURI;
393   }
394
395   /**
396    * Method getValidator.
397    * 
398    * @return a specific validator for the class described by this
399    *         ClassDescriptor.
400    */
401   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
402   {
403     return this;
404   }
405
406   /**
407    * Method getXMLName.
408    * 
409    * @return the XML Name for the Class being described.
410    */
411   public java.lang.String getXMLName()
412   {
413     return _xmlName;
414   }
415
416   /**
417    * Method isElementDefinition.
418    * 
419    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
420    *         element or element with anonymous type definition.
421    */
422   public boolean isElementDefinition()
423   {
424     return _elementDefinition;
425   }
426
427 }