src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import jalview.schemabinding.version2.VAMSAS;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class VAMSASDescriptor.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class VAMSASDescriptor extends org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl {\r
  33 \r
  34 \r
  35       //--------------------------/\r
  36      //- Class/Member Variables -/\r
  37     //--------------------------/\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _elementDefinition.\r
  41      */\r
  42     private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * Field _nsPrefix.\r
  46      */\r
  47     private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _nsURI.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _xmlName.\r
  56      */\r
  57     private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59 \r
  60       //----------------/\r
  61      //- Constructors -/\r
  62     //----------------/\r
  63 \r
  64     public VAMSASDescriptor() {\r
  65         super();\r
  66         _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
  67         _xmlName = "VAMSAS";\r
  68         _elementDefinition = false;\r
  69         \r
  70         //-- set grouping compositor\r
  71         setCompositorAsSequence();\r
  72         org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl  desc           = null;\r
  73         org.exolab.castor.mapping.FieldHandler             handler        = null;\r
  74         org.exolab.castor.xml.FieldValidator               fieldValidator = null;\r
  75         //-- initialize attribute descriptors\r
  76         \r
  77         //-- initialize element descriptors\r
  78         \r
  79         //-- _treeList\r
  80         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(java.lang.String.class, "_treeList", "Tree", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
  81         desc.setImmutable(true);\r
  82         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
  83             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
  84                 throws IllegalStateException\r
  85             {\r
  86                 VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
  87                 return target.getTree();\r
  88             }\r
  89             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
  90                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  91             {\r
  92                 try {\r
  93                     VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
  94                     target.addTree( (java.lang.String) value);\r
  95                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
  96                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
  97                 }\r
  98             }\r
  99             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 100                 try {\r
 101                     VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 102                     target.removeAllTree();\r
 103                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 104                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 105                 }\r
 106             }\r
 107             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 108                 return null;\r
 109             }\r
 110         };\r
 111         desc.setHandler(handler);\r
 112         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 113         desc.setMultivalued(true);\r
 114         addFieldDescriptor(desc);\r
 115         \r
 116         //-- validation code for: _treeList\r
 117         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 118         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 119         { //-- local scope\r
 120             org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 121             typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 122             fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 123             typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 124         }\r
 125         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 126         //-- _sequenceSetList\r
 127         desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class, "_sequenceSetList", "SequenceSet", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 128         handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler() {\r
 129             public java.lang.Object getValue( java.lang.Object object ) \r
 130                 throws IllegalStateException\r
 131             {\r
 132                 VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 133                 return target.getSequenceSet();\r
 134             }\r
 135             public void setValue( java.lang.Object object, java.lang.Object value) \r
 136                 throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 137             {\r
 138                 try {\r
 139                     VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 140                     target.addSequenceSet( (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) value);\r
 141                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 142                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 143                 }\r
 144             }\r
 145             public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException, IllegalArgumentException {\r
 146                 try {\r
 147                     VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 148                     target.removeAllSequenceSet();\r
 149                 } catch (java.lang.Exception ex) {\r
 150                     throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 151                 }\r
 152             }\r
 153             public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent) {\r
 154                 return new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet();\r
 155             }\r
 156         };\r
 157         desc.setHandler(handler);\r
 158         desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 159         desc.setMultivalued(true);\r
 160         addFieldDescriptor(desc);\r
 161         \r
 162         //-- validation code for: _sequenceSetList\r
 163         fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 164         fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 165         { //-- local scope\r
 166         }\r
 167         desc.setValidator(fieldValidator);\r
 168     }\r
 169 \r
 170 \r
 171       //-----------/\r
 172      //- Methods -/\r
 173     //-----------/\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * Method getAccessMode.\r
 177      * \r
 178      * @return the access mode specified for this class.\r
 179      */\r
 180     public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode(\r
 181     ) {\r
 182         return null;\r
 183     }\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * Method getIdentity.\r
 187      * \r
 188      * @return the identity field, null if this class has no\r
 189      * identity.\r
 190      */\r
 191     public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity(\r
 192     ) {\r
 193         return super.getIdentity();\r
 194     }\r
 195 \r
 196     /**\r
 197      * Method getJavaClass.\r
 198      * \r
 199      * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 200      */\r
 201     public java.lang.Class getJavaClass(\r
 202     ) {\r
 203         return jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class;\r
 204     }\r
 205 \r
 206     /**\r
 207      * Method getNameSpacePrefix.\r
 208      * \r
 209      * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 210      */\r
 211     public java.lang.String getNameSpacePrefix(\r
 212     ) {\r
 213         return _nsPrefix;\r
 214     }\r
 215 \r
 216     /**\r
 217      * Method getNameSpaceURI.\r
 218      * \r
 219      * @return the namespace URI used when marshaling and\r
 220      * unmarshaling as XML.\r
 221      */\r
 222     public java.lang.String getNameSpaceURI(\r
 223     ) {\r
 224         return _nsURI;\r
 225     }\r
 226 \r
 227     /**\r
 228      * Method getValidator.\r
 229      * \r
 230      * @return a specific validator for the class described by this\r
 231      * ClassDescriptor.\r
 232      */\r
 233     public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator(\r
 234     ) {\r
 235         return this;\r
 236     }\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * Method getXMLName.\r
 240      * \r
 241      * @return the XML Name for the Class being described.\r
 242      */\r
 243     public java.lang.String getXMLName(\r
 244     ) {\r
 245         return _xmlName;\r
 246     }\r
 247 \r
 248     /**\r
 249      * Method isElementDefinition.\r
 250      * \r
 251      * @return true if XML schema definition of this Class is that\r
 252      * of a global\r
 253      * element or element with anonymous type definition.\r
 254      */\r
 255     public boolean isElementDefinition(\r
 256     ) {\r
 257         return _elementDefinition;\r
 258     }\r
 259 \r
 260 }\r