src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  19 \r
  20 //---------------------------------/\r
  21 //- Imported classes and packages -/\r
  22 //---------------------------------/\r
  23 \r
  24 import jalview.schemabinding.version2.VAMSAS;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class VAMSASDescriptor.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class VAMSASDescriptor extends\r
  32         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  33 {\r
  34 \r
  35   // --------------------------/\r
  36   // - Class/Member Variables -/\r
  37   // --------------------------/\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _elementDefinition.\r
  41    */\r
  42   private boolean _elementDefinition;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * Field _nsPrefix.\r
  46    */\r
  47   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _nsURI.\r
  51    */\r
  52   private java.lang.String _nsURI;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * Field _xmlName.\r
  56    */\r
  57   private java.lang.String _xmlName;\r
  58 \r
  59   // ----------------/\r
  60   // - Constructors -/\r
  61   // ----------------/\r
  62 \r
  63   public VAMSASDescriptor()\r
  64   {\r
  65     super();\r
  66     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";\r
  67     _xmlName = "VAMSAS";\r
  68     _elementDefinition = false;\r
  69 \r
  70     // -- set grouping compositor\r
  71     setCompositorAsSequence();\r
  72     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  73     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  74     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  75     // -- initialize attribute descriptors\r
  76 \r
  77     // -- initialize element descriptors\r
  78 \r
  79     // -- _treeList\r
  80     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  81             java.lang.String.class, "_treeList", "Tree",\r
  82             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
  83     desc.setImmutable(true);\r
  84     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  85     {\r
  86       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  87               throws IllegalStateException\r
  88       {\r
  89         VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
  90         return target.getTree();\r
  91       }\r
  92 \r
  93       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  94               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  95       {\r
  96         try\r
  97         {\r
  98           VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
  99           target.addTree((java.lang.String) value);\r
 100         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 101         {\r
 102           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 103         }\r
 104       }\r
 105 \r
 106       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 107               IllegalArgumentException\r
 108       {\r
 109         try\r
 110         {\r
 111           VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 112           target.removeAllTree();\r
 113         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 114         {\r
 115           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 116         }\r
 117       }\r
 118 \r
 119       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 120       {\r
 121         return null;\r
 122       }\r
 123     };\r
 124     desc.setHandler(handler);\r
 125     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 126     desc.setMultivalued(true);\r
 127     addFieldDescriptor(desc);\r
 128 \r
 129     // -- validation code for: _treeList\r
 130     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 131     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 132     { // -- local scope\r
 133       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 134       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 135       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 136       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 137     }\r
 138     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 139     // -- _sequenceSetList\r
 140     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 141             jalview.schemabinding.version2.SequenceSet.class,\r
 142             "_sequenceSetList", "SequenceSet",\r
 143             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 144     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 145     {\r
 146       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 147               throws IllegalStateException\r
 148       {\r
 149         VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 150         return target.getSequenceSet();\r
 151       }\r
 152 \r
 153       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 154               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 155       {\r
 156         try\r
 157         {\r
 158           VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 159           target.addSequenceSet((jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) value);\r
 160         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 161         {\r
 162           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 163         }\r
 164       }\r
 165 \r
 166       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,\r
 167               IllegalArgumentException\r
 168       {\r
 169         try\r
 170         {\r
 171           VAMSAS target = (VAMSAS) object;\r
 172           target.removeAllSequenceSet();\r
 173         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 174         {\r
 175           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 176         }\r
 177       }\r
 178 \r
 179       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 180       {\r
 181         return new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet();\r
 182       }\r
 183     };\r
 184     desc.setHandler(handler);\r
 185     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");\r
 186     desc.setMultivalued(true);\r
 187     addFieldDescriptor(desc);\r
 188 \r
 189     // -- validation code for: _sequenceSetList\r
 190     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 191     fieldValidator.setMinOccurs(0);\r
 192     { // -- local scope\r
 193     }\r
 194     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 195   }\r
 196 \r
 197   // -----------/\r
 198   // - Methods -/\r
 199   // -----------/\r
 200 \r
 201   /**\r
 202    * Method getAccessMode.\r
 203    * \r
 204    * @return the access mode specified for this class.\r
 205    */\r
 206   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 207   {\r
 208     return null;\r
 209   }\r
 210 \r
 211   /**\r
 212    * Method getIdentity.\r
 213    * \r
 214    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
 215    */\r
 216   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 217   {\r
 218     return super.getIdentity();\r
 219   }\r
 220 \r
 221   /**\r
 222    * Method getJavaClass.\r
 223    * \r
 224    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 225    */\r
 226   public java.lang.Class getJavaClass()\r
 227   {\r
 228     return jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class;\r
 229   }\r
 230 \r
 231   /**\r
 232    * Method getNameSpacePrefix.\r
 233    * \r
 234    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 235    */\r
 236   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 237   {\r
 238     return _nsPrefix;\r
 239   }\r
 240 \r
 241   /**\r
 242    * Method getNameSpaceURI.\r
 243    * \r
 244    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
 245    */\r
 246   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 247   {\r
 248     return _nsURI;\r
 249   }\r
 250 \r
 251   /**\r
 252    * Method getValidator.\r
 253    * \r
 254    * @return a specific validator for the class described by this\r
 255    *         ClassDescriptor.\r
 256    */\r
 257   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 258   {\r
 259     return this;\r
 260   }\r
 261 \r
 262   /**\r
 263    * Method getXMLName.\r
 264    * \r
 265    * @return the XML Name for the Class being described.\r
 266    */\r
 267   public java.lang.String getXMLName()\r
 268   {\r
 269     return _xmlName;\r
 270   }\r
 271 \r
 272   /**\r
 273    * Method isElementDefinition.\r
 274    * \r
 275    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
 276    *         element or element with anonymous type definition.\r
 277    */\r
 278   public boolean isElementDefinition()\r
 279   {\r
 280     return _elementDefinition;\r
 281   }\r
 282 \r
 283 }\r