src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 public class ColourSchemeProperty\r
   4 {\r
   5   public static final int CLUSTAL = 0;\r
   6   public static final int BLOSUM = 1;\r
   7   public static final int PID = 2;\r
   8   public static final int ZAPPO = 3;\r
   9   public static final int HYDROPHOBIC=4;\r
  10   public static final int HELIX=5;\r
  11   public static final int STRAND=6;\r
  12   public static final int TURN = 7;\r
  13   public static final int BURIED = 8;\r
  14   public static final int NUCLEOTIDE = 9;\r
  15   public static final int USER_DEFINED = 10;\r
  16   public static final int NONE = 11;\r
  17 \r
  18   public static int getColourIndexFromName(String name)\r
  19   {\r
  20     int ret=11;\r
  21     if(name.equalsIgnoreCase("Clustal"))\r
  22       ret = CLUSTAL;\r
  23     else if(name.equalsIgnoreCase("Blosum62"))\r
  24       ret = BLOSUM;\r
  25     else if(name.equalsIgnoreCase("% Identity"))\r
  26       ret = PID;\r
  27     else if(name.equalsIgnoreCase("Zappo"))\r
  28       ret = ZAPPO;\r
  29     else if(name.equalsIgnoreCase("Hydrophobic"))\r
  30       ret = HYDROPHOBIC;\r
  31     else if(name.equalsIgnoreCase("Helix Propensity"))\r
  32       ret = HELIX;\r
  33     else if(name.equalsIgnoreCase("Strand Propensity"))\r
  34       ret = STRAND;\r
  35     else if(name.equalsIgnoreCase("Turn Propensity"))\r
  36       ret = TURN;\r
  37     else if(name.equalsIgnoreCase("Buried Index"))\r
  38       ret = BURIED;\r
  39     else if(name.equalsIgnoreCase("Nucleotide"))\r
  40       ret = NUCLEOTIDE;\r
  41     else if(name.equalsIgnoreCase("User Defined"))\r
  42       ret =  USER_DEFINED;\r
  43 \r
  44     return ret;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public static String getColourName(ColourSchemeI cs)\r
  48   {\r
  49     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
  50      cs = ((ConservationColourScheme)cs).cs;\r
  51 \r
  52 \r
  53     int index = 11;\r
  54     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
  55       index = CLUSTAL;\r
  56     else if(cs instanceof  Blosum62ColourScheme)\r
  57       index = BLOSUM;\r
  58     else if(cs instanceof  PIDColourScheme)\r
  59       index = PID;\r
  60     else if(cs instanceof  ZappoColourScheme)\r
  61       index = ZAPPO;\r
  62     else if(cs instanceof  HydrophobicColourScheme)\r
  63       index = HYDROPHOBIC;\r
  64     else if(cs instanceof  HelixColourScheme)\r
  65       index = HELIX;\r
  66     else if(cs instanceof  StrandColourScheme)\r
  67       index = STRAND;\r
  68     else if(cs instanceof  TurnColourScheme)\r
  69       index = TURN;\r
  70     else if(cs instanceof  BuriedColourScheme)\r
  71       index = BURIED;\r
  72     else if(cs instanceof  NucleotideColourScheme)\r
  73       index = NUCLEOTIDE;\r
  74     else if(cs instanceof  UserColourScheme)\r
  75       index = USER_DEFINED;\r
  76 \r
  77     return getColourName(index);\r
  78   }\r
  79 \r
  80   public static String getColourName(int index)\r
  81   {\r
  82     String ret=null;\r
  83     switch(index)\r
  84     {\r
  85       case CLUSTAL: ret = "Clustal";    break;\r
  86       case BLOSUM:  ret = "Blosum62";   break;\r
  87       case PID:     ret = "% Identity"; break;\r
  88       case ZAPPO:   ret = "Zappo";      break;\r
  89       case HYDROPHOBIC: ret="Hydrophobic";break;\r
  90       case HELIX:   ret="Helix Propensity";break;\r
  91       case STRAND:  ret="Strand Propensity";break;\r
  92       case TURN:    ret="Turn Propensity";break;\r
  93       case BURIED:  ret="Buried Index";break;\r
  94       case NUCLEOTIDE:ret="Nucleotide"; break;\r
  95       case USER_DEFINED:ret="User Defined";break;\r
  96       default: ret = "None"; break;\r
  97     }\r
  98     return ret;\r
  99   }\r
 100 \r
 101   public static ColourSchemeI getColour(jalview.datamodel.AlignmentI al, String name)\r
 102   {\r
 103     return getColour(al, getColourIndexFromName(name));\r
 104   }\r
 105 \r
 106   public static ColourSchemeI getColour(jalview.datamodel.AlignmentI al, int index)\r
 107   {\r
 108     ColourSchemeI cs = null;\r
 109     switch(index)\r
 110     {\r
 111       case CLUSTAL: cs = new ClustalxColourScheme(al.getSequences(), al.getWidth()); break;\r
 112       case BLOSUM: cs = new Blosum62ColourScheme(); break;\r
 113       case PID: cs = new PIDColourScheme();  break;\r
 114       case ZAPPO: cs = new ZappoColourScheme(); break;\r
 115       case HYDROPHOBIC: cs = new HydrophobicColourScheme(); break;\r
 116       case HELIX: cs = new HelixColourScheme(); break;\r
 117       case STRAND: cs = new StrandColourScheme(); break;\r
 118       case TURN: cs = new TurnColourScheme(); break;\r
 119       case BURIED: cs = new BuriedColourScheme(); break;\r
 120       case NUCLEOTIDE: cs = new NucleotideColourScheme(); break;\r
 121       case USER_DEFINED: cs = new UserColourScheme(null);\r
 122         break;\r
 123 \r
 124       default: break;\r
 125     }\r
 126 \r
 127     return cs;\r
 128   }\r
 129 }\r