src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 public class ColourSchemeProperty
   4 {
   5   public static final int CLUSTAL = 0;
   6   public static final int BLOSUM = 1;
   7   public static final int PID = 2;
   8   public static final int ZAPPO = 3;
   9   public static final int HYDROPHOBIC=4;
  10   public static final int HELIX=5;
  11   public static final int STRAND=6;
  12   public static final int TURN = 7;
  13   public static final int BURIED = 8;
  14   public static final int NUCLEOTIDE = 9;
  15   public static final int USER_DEFINED = 10;
  16   public static final int NONE = 11;
  17
  18
  19   public static String getColourName(int index)
  20   {
  21     String ret=null;
  22     switch(index)
  23     {
  24       case CLUSTAL: ret = "Clustal";    break;
  25       case BLOSUM:  ret = "Blosum62";   break;
  26       case PID:     ret = "% Identity"; break;
  27       case ZAPPO:   ret = "Zappo";      break;
  28       case HYDROPHOBIC: ret="Hydrophobic";break;
  29       case HELIX:   ret="Helix Propensity";break;
  30       case STRAND:  ret="Strand Propensity";break;
  31       case TURN:    ret="Turn Propensity";break;
  32       case BURIED:  ret="Buried Index";break;
  33       case NUCLEOTIDE:ret="Nucleotide"; break;
  34       case USER_DEFINED:ret="User Defined";break;
  35       default: ret = "None"; break;
  36     }
  37     return ret;
  38   }
  39
  40   public static ColourSchemeI getColour(jalview.datamodel.AlignmentI al, String name)
  41   {
  42     for(int i=0; i<12; i++)
  43     {
  44       if(getColourName(i).equals(name))
  45         return getColour(al, i);
  46     }
  47     return null;
  48   }
  49
  50   public static ColourSchemeI getColour(jalview.datamodel.AlignmentI al, int index)
  51   {
  52     ColourSchemeI cs = null;
  53     switch(index)
  54     {
  55       case CLUSTAL: cs = new ClustalxColourScheme(al.getSequences(), al.getWidth()); break;
  56       case BLOSUM: cs = new Blosum62ColourScheme(); break;
  57       case PID: cs = new PIDColourScheme();  break;
  58       case ZAPPO: cs = new ZappoColourScheme(); break;
  59       case HYDROPHOBIC: cs = new HydrophobicColourScheme(); break;
  60       case HELIX: cs = new HelixColourScheme(); break;
  61       case STRAND: cs = new StrandColourScheme(); break;
  62       case TURN: cs = new TurnColourScheme(); break;
  63       case BURIED: cs = new BuriedColourScheme(); break;
  64       case NUCLEOTIDE: cs = new NucleotideColourScheme(); break;
  65       case USER_DEFINED:
  66         if(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR")!=null)
  67         {
  68           cs = jalview.gui.UserDefinedColours.loadDefaultColours(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR"));
  69         }
  70         break;
  71
  72       default: break;
  73     }
  74
  75     return cs;
  76   }
  77 }