src/jalview/schemes/Consensus.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 ////////////////////////////////////////////\r
  22 // This does nothing at all at the moment!!!!!!!!!!\r
  23 // AW 15th Dec 2004\r
  24 /////////////////////////////////////////\r
  25 public class Consensus {\r
  26 \r
  27   int[] mask;\r
  28   double threshold;\r
  29    String maskstr;\r
  30 \r
  31   public Consensus(String mask, double threshold) {\r
  32     // this.id = id;\r
  33     //    this.mask = mask;\r
  34         this.maskstr = mask;\r
  35     setMask(mask);\r
  36     this.threshold = threshold;\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public void setMask(String s) {\r
  40     this.mask = setNums(s);\r
  41     //   for (int i=0; i < mask.length; i++) {\r
  42     //  System.out.println(mask[i] + " " + ResidueProperties.aa[mask[i]]);\r
  43     // }\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public boolean isConserved(int[][] cons2,int col ,int size) {\r
  47     int tot = 0;\r
  48     for (int i = 0; i < mask.length; i++)\r
  49       tot += cons2[col][mask[i]];\r
  50 \r
  51     if ( (double) tot > threshold * size / 100)\r
  52       return true;\r
  53 \r
  54     return false;\r
  55   }\r
  56 \r
  57   int[] setNums(String s)\r
  58   {\r
  59     int [] out = new int[s.length()];\r
  60     int i = 0;\r
  61     while (i < s.length())\r
  62     {\r
  63       out[i] = ( (Integer) ResidueProperties.aaHash.get(s.substring(i, i + 1))).intValue();\r
  64       i++;\r
  65 \r
  66     }\r
  67 \r
  68     return out;\r
  69   }\r
  70 \r
  71 \r
  72 }\r
  73 \r
  74 \r
  75 \r
  76 \r