src/jalview/schemes/Consensus.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.schemes;\r
  21 \r
  22 ////////////////////////////////////////////\r
  23 // This does nothing at all at the moment!!!!!!!!!!\r
  24 // AW 15th Dec 2004\r
  25 /////////////////////////////////////////\r
  26 public class Consensus {\r
  27 \r
  28   int[] mask;\r
  29   double threshold;\r
  30    String maskstr;\r
  31 \r
  32   public Consensus(String mask, double threshold) {\r
  33     // this.id = id;\r
  34     //    this.mask = mask;\r
  35         this.maskstr = mask;\r
  36     setMask(mask);\r
  37     this.threshold = threshold;\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public void setMask(String s) {\r
  41     this.mask = setNums(s);\r
  42     //   for (int i=0; i < mask.length; i++) {\r
  43     //  System.out.println(mask[i] + " " + ResidueProperties.aa[mask[i]]);\r
  44     // }\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public boolean isConserved(int[][] cons2,int col ,int size) {\r
  48     int tot = 0;\r
  49     for (int i = 0; i < mask.length; i++)\r
  50       tot += cons2[col][mask[i]];\r
  51 \r
  52     if ( (double) tot > threshold * size / 100)\r
  53       return true;\r
  54 \r
  55     return false;\r
  56   }\r
  57 \r
  58   int[] setNums(String s)\r
  59   {\r
  60     int [] out = new int[s.length()];\r
  61     int i = 0;\r
  62     while (i < s.length())\r
  63     {\r
  64       out[i] = ( (Integer) ResidueProperties.aaHash.get(s.substring(i, i + 1))).intValue();\r
  65       i++;\r
  66 \r
  67     }\r
  68 \r
  69     return out;\r
  70   }\r
  71 \r
  72 \r
  73 }\r
  74 \r
  75 \r
  76 \r
  77 \r