src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp
   3  *
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  13  *
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  15  * along with this program; if not, write to the Free Software
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
  17  */
  18
  19 package jalview.schemes;
  20 import java.awt.*;
  21 import jalview.analysis.*;
  22 import java.util.Vector;
  23
  24 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {
  25   public Conservation conserve;
  26   public ColourSchemeI cs;
  27   public int inc = 30;
  28
  29   public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)
  30   {
  31     super();
  32     conserve = cons;
  33     cs = oldcs;
  34   }
  35
  36   public void setConsensus(Vector consensus)
  37   {
  38     this.consensus = consensus;
  39     cs.setConsensus(consensus);
  40   }
  41
  42    public Color findColour(String s, int i)
  43    {
  44      Color c = Color.white;
  45      if (cs == null)
  46        return c;
  47
  48      char ch = conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i);
  49      if (ch == '*' || ch == '+')
  50      {
  51        c = cs.findColour(s, i);
  52      }
  53      else
  54      {
  55        int tmp = 10;
  56        int t = 0;
  57        if (!jalview.util.Comparison.isGap(ch))
  58          t = Integer.parseInt(ch + "");
  59
  60        c = cs.findColour(s, i);
  61
  62        while (tmp >= t)
  63        {
  64          c = lighter(c, inc);
  65          tmp--;
  66        }
  67
  68      }
  69
  70    return c;
  71    }
  72
  73
  74   public Color lighter(Color c, int inc) {
  75     int red = c.getRed();
  76     int blue = c.getBlue();
  77     int green = c.getGreen();
  78
  79     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}
  80     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}
  81     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}
  82
  83     return new Color(red,green,blue);
  84   }
  85
  86 }