src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 import java.awt.*;\r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 \r
  25 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  26   public Conservation conserve;\r
  27   public ColourSchemeI cs;\r
  28   public int inc = 30;\r
  29   int colourThreshold =  7;\r
  30 \r
  31   public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)\r
  32   {\r
  33     super();\r
  34     conserve = cons;\r
  35     cs = oldcs;\r
  36 \r
  37   }\r
  38 \r
  39 \r
  40    public Color findColour(String s, int i, java.util.Vector v)\r
  41    {\r
  42      Color c = Color.white;\r
  43      if(cs == null)\r
  44        return c;\r
  45 \r
  46      if (colourThreshold > 0 && conserve.getConsSequence() != null)\r
  47      {\r
  48        if (conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i) == '*'\r
  49            || conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i) == '+')\r
  50        {\r
  51            c = cs.findColour(s, i, v);\r
  52        }\r
  53        else\r
  54        {\r
  55            int tmp = 10;\r
  56            int t = 0;\r
  57            if (!jalview.util.Comparison.isGap(conserve.getConsSequence().\r
  58                                               getSequence().charAt(i)))\r
  59              t = Integer.parseInt(conserve.getConsSequence().getSequence().\r
  60                                   substring(i, i + 1));\r
  61 \r
  62            c = cs.findColour(s, i, v);\r
  63            while (tmp >= t)\r
  64            {\r
  65              c = lighter(c, inc);\r
  66              tmp--;\r
  67            }\r
  68        }\r
  69      }\r
  70      return c;\r
  71    }\r
  72 \r
  73 \r
  74   public Color lighter(Color c, int inc) {\r
  75     int red = c.getRed();\r
  76     int blue = c.getBlue();\r
  77     int green = c.getGreen();\r
  78 \r
  79     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}\r
  80     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}\r
  81     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}\r
  82 \r
  83     return new Color(red,green,blue);\r
  84   }\r
  85 \r
  86 }\r