src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 import java.awt.*;\r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 \r
  25 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  26   public Conservation conserve;\r
  27   boolean byResidue = true;\r
  28   public ColourSchemeI cs;\r
  29   public int inc = 30;\r
  30   int colourThreshold =  7;\r
  31 \r
  32   public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)\r
  33   {\r
  34     super();\r
  35     conserve = cons;\r
  36     cs = oldcs;\r
  37 \r
  38   }\r
  39 \r
  40 \r
  41    public Color findColour(String s, int i, java.util.Vector whatever)\r
  42    {\r
  43      Color c = null;\r
  44      if (colourThreshold > 0 && conserve.getConsSequence() != null)\r
  45      {\r
  46        if (conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i)=='*'\r
  47            || conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i)=='+')\r
  48        {\r
  49          if (byResidue)\r
  50            c = findColour(s, i);\r
  51          else\r
  52            c = Color.red;\r
  53        }\r
  54        else\r
  55        {\r
  56          if (byResidue)\r
  57          {\r
  58 \r
  59            int tmp = 10;\r
  60            int t = 0;\r
  61            if (!jalview.util.Comparison.isGap(conserve.getConsSequence().\r
  62                                               getSequence().charAt(i)))\r
  63              t = Integer.parseInt(conserve.getConsSequence().getSequence().\r
  64                                   substring(i, i + 1));\r
  65 \r
  66            c = findColour(s, i);\r
  67 \r
  68            while (tmp >= t)\r
  69            {\r
  70              //      c = c.darker();\r
  71              c = lighter(c, inc);\r
  72              tmp--;\r
  73            }\r
  74          }\r
  75          else\r
  76            c = Color.yellow;\r
  77        }\r
  78      }\r
  79      return c;\r
  80    }\r
  81 \r
  82   public Color findColour(String s, int j) {\r
  83     if(cs!=null)\r
  84       return cs.findColour( s, j, null);\r
  85     else\r
  86       return Color.white;\r
  87   }\r
  88 \r
  89 \r
  90 \r
  91   public Color lighter(Color c, int inc) {\r
  92     int red = c.getRed();\r
  93     int blue = c.getBlue();\r
  94     int green = c.getGreen();\r
  95 \r
  96     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}\r
  97     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}\r
  98     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}\r
  99 \r
 100     return new Color(red,green,blue);\r
 101   }\r
 102 \r
 103 }\r