src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.Vector;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme\r
  35 {\r
  36     /** DOCUMENT ME!! */\r
  37     public Conservation conserve;\r
  38 \r
  39     /** DOCUMENT ME!! */\r
  40     public ColourSchemeI cs;\r
  41 \r
  42     /** DOCUMENT ME!! */\r
  43     public int inc = 30;\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * Creates a new ConservationColourScheme object.\r
  47      *\r
  48      * @param cons DOCUMENT ME!\r
  49      * @param oldcs DOCUMENT ME!\r
  50      */\r
  51     public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)\r
  52     {\r
  53         super();\r
  54         conserve = cons;\r
  55         cs = oldcs;\r
  56     }\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * DOCUMENT ME!\r
  60      *\r
  61      * @param consensus DOCUMENT ME!\r
  62      */\r
  63     public void setConsensus(Vector consensus)\r
  64     {\r
  65         super.setConsensus(consensus);\r
  66 \r
  67         if (cs != null)\r
  68         {\r
  69             cs.setConsensus(consensus);\r
  70         }\r
  71     }\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * DOCUMENT ME!\r
  75      *\r
  76      * @param s DOCUMENT ME!\r
  77      * @param i DOCUMENT ME!\r
  78      *\r
  79      * @return DOCUMENT ME!\r
  80      */\r
  81     public Color findColour(String s, int i)\r
  82     {\r
  83         Color c = Color.white;\r
  84 \r
  85         if (cs == null)\r
  86         {\r
  87             return c;\r
  88         }\r
  89 \r
  90         char ch = conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i);\r
  91 \r
  92         if ((ch == '*') || (ch == '+'))\r
  93         {\r
  94             c = cs.findColour(s, i);\r
  95         }\r
  96         else\r
  97         {\r
  98             int tmp = 10;\r
  99             int t = 0;\r
 100 \r
 101             if (!jalview.util.Comparison.isGap(ch))\r
 102             {\r
 103                 t = Integer.parseInt(ch + "");\r
 104             }\r
 105 \r
 106             c = cs.findColour(s, i);\r
 107 \r
 108             while (tmp >= t)\r
 109             {\r
 110                 c = lighter(c, inc);\r
 111                 tmp--;\r
 112             }\r
 113         }\r
 114 \r
 115         return c;\r
 116     }\r
 117 \r
 118     /**\r
 119      * DOCUMENT ME!\r
 120      *\r
 121      * @param c DOCUMENT ME!\r
 122      * @param inc DOCUMENT ME!\r
 123      *\r
 124      * @return DOCUMENT ME!\r
 125      */\r
 126     public Color lighter(Color c, int inc)\r
 127     {\r
 128         int red = c.getRed();\r
 129         int blue = c.getBlue();\r
 130         int green = c.getGreen();\r
 131 \r
 132         if (red < (255 - inc))\r
 133         {\r
 134             red = red + inc;\r
 135         }\r
 136         else\r
 137         {\r
 138             red = 255;\r
 139         }\r
 140 \r
 141         if (blue < (255 - inc))\r
 142         {\r
 143             blue = blue + inc;\r
 144         }\r
 145         else\r
 146         {\r
 147             blue = 255;\r
 148         }\r
 149 \r
 150         if (green < (255 - inc))\r
 151         {\r
 152             green = green + inc;\r
 153         }\r
 154         else\r
 155         {\r
 156             green = 255;\r
 157         }\r
 158 \r
 159         return new Color(red, green, blue);\r
 160     }\r
 161 }\r