src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 import java.awt.*;\r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 \r
  25 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  26   public Conservation conserve;\r
  27   boolean byResidue = true;\r
  28   public ColourSchemeI cs;\r
  29   public int inc = 30;\r
  30   int colourThreshold =  7;\r
  31 \r
  32   public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)\r
  33   {\r
  34     super();\r
  35     conserve = cons;\r
  36     cs = oldcs;\r
  37 \r
  38   }\r
  39 \r
  40 \r
  41    public Color findColour(String s, int i, java.util.Vector whatever)\r
  42    {\r
  43      Color c = null;\r
  44      if (colourThreshold > 0 && conserve.getConsSequence() != null)\r
  45      {\r
  46        if (conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i)=='*')\r
  47        {\r
  48          if (byResidue)\r
  49            c = findColour(s, i);\r
  50          else\r
  51            c = Color.red;\r
  52        }\r
  53        else\r
  54        {\r
  55          if (byResidue)\r
  56          {\r
  57 \r
  58            int tmp = 10;\r
  59            int t = 0;\r
  60            if (!jalview.util.Comparison.isGap(conserve.getConsSequence().\r
  61                                               getSequence().charAt(i)))\r
  62              t = Integer.parseInt(conserve.getConsSequence().getSequence().\r
  63                                   substring(i, i + 1));\r
  64 \r
  65            c = findColour(s, i);\r
  66 \r
  67            while (tmp >= t)\r
  68            {\r
  69              //      c = c.darker();\r
  70              c = lighter(c, inc);\r
  71              tmp--;\r
  72            }\r
  73          }\r
  74          else\r
  75            c = Color.yellow;\r
  76        }\r
  77      }\r
  78      return c;\r
  79    }\r
  80 \r
  81   public Color findColour(String s, int j) {\r
  82     if(cs!=null)\r
  83       return cs.findColour( s, j, null);\r
  84     else\r
  85       return Color.white;\r
  86   }\r
  87 \r
  88 \r
  89 \r
  90   public Color lighter(Color c, int inc) {\r
  91     int red = c.getRed();\r
  92     int blue = c.getBlue();\r
  93     int green = c.getGreen();\r
  94 \r
  95     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}\r
  96     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}\r
  97     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}\r
  98 \r
  99     return new Color(red,green,blue);\r
 100   }\r
 101 \r
 102 }\r