src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 import java.awt.*;\r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 \r
  25 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  26   public Conservation conserve;\r
  27   public ColourSchemeI cs;\r
  28   public int inc = 30;\r
  29 \r
  30   public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)\r
  31   {\r
  32     super();\r
  33     conserve = cons;\r
  34     cs = oldcs;\r
  35   }\r
  36 \r
  37 \r
  38    public Color findColour(String s, int i)\r
  39    {\r
  40      Color c = Color.white;\r
  41      if (cs == null)\r
  42        return c;\r
  43 \r
  44      char ch = conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i);\r
  45      if (ch == '*' || ch == '+')\r
  46      {\r
  47        c = cs.findColour(s, i);\r
  48      }\r
  49      else\r
  50      {\r
  51        int tmp = 10;\r
  52        int t = 0;\r
  53        if (!jalview.util.Comparison.isGap(ch))\r
  54          t = Integer.parseInt(ch + "");\r
  55 \r
  56        c = cs.findColour(s, i);\r
  57 \r
  58        while (tmp >= t)\r
  59        {\r
  60          c = lighter(c, inc);\r
  61          tmp--;\r
  62        }\r
  63 \r
  64      }\r
  65 \r
  66    return c;\r
  67    }\r
  68 \r
  69 \r
  70   public Color lighter(Color c, int inc) {\r
  71     int red = c.getRed();\r
  72     int blue = c.getBlue();\r
  73     int green = c.getGreen();\r
  74 \r
  75     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}\r
  76     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}\r
  77     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}\r
  78 \r
  79     return new Color(red,green,blue);\r
  80   }\r
  81 \r
  82 }\r