src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.schemes;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 public class NucleotideColourScheme extends ResidueColourScheme\r
  25 {\r
  26   public NucleotideColourScheme() {\r
  27   super(ResidueProperties.nucleotide,0);\r
  28   }\r
  29 \r
  30 \r
  31   public Color findColour(String n)\r
  32   {\r
  33     // System.out.println("called"); log.debug\r
  34     return colors[((Integer)(ResidueProperties.nucleotideHash.get(n))).intValue()];\r
  35   }\r
  36 \r
  37 \r
  38   public Color findColour(String n, int j) {\r
  39 \r
  40     if (threshold == 0 || aboveThreshold( n, j))\r
  41       try\r
  42       {\r
  43         return colors[ ( (Integer) (ResidueProperties.nucleotideHash.get(n))).intValue()];\r
  44       }\r
  45       catch (Exception ex)\r
  46       {\r
  47         return Color.white;\r
  48       }\r
  49     else\r
  50       return Color.white;\r
  51 \r
  52   }\r
  53 \r
  54 }\r