src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.util.Map;
  30
  31 public class RNAInteractionColourScheme extends ResidueColourScheme
  32 {
  33   public RNAInteractionColourScheme()
  34   {
  35     super();
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public Color findColour(char c)
  40   {
  41     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
  42     return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  47   {
  48     // FIXME this is just a copy of NucleotideColourScheme
  49     Color currentColour = Color.white;
  50     try
  51     {
  52       currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  53     } catch (Exception ex)
  54     {
  55     }
  56
  57     return currentColour;
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public boolean isNucleotideSpecific()
  62   {
  63     return true;
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public String getSchemeName()
  68   {
  69     return "RNA Interaction type";
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  74    * be coloured
  75    */
  76   @Override
  77   public ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI view,
  78           AnnotatedCollectionI coll,
  79           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hrs)
  80   {
  81     return new RNAInteractionColourScheme();
  82   }
  83 }