src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18  package jalview.schemes;
  19
  20 import jalview.datamodel.SequenceI;
  21
  22 import java.awt.Color;
  23
  24
  25 public class RNAInteractionColourScheme extends ResidueColourScheme{
  26          public RNAInteractionColourScheme()
  27           {
  28             super();
  29           }
  30
  31           /**
  32            * DOCUMENT ME!
  33            *
  34            * @param n
  35            *          DOCUMENT ME!
  36            *
  37            * @return DOCUMENT ME!
  38            */
  39           @Override
  40           public Color findColour(char c)
  41           {
  42             // System.out.println("called"); log.debug
  43             return colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  44           }
  45
  46           /**
  47            * DOCUMENT ME!
  48            *
  49            * @param n
  50            *          DOCUMENT ME!
  51            * @param j
  52            *          DOCUMENT ME!
  53            *
  54            * @return DOCUMENT ME!
  55            */
  56           @Override
  57           public Color findColour(char c, int j, SequenceI seq)
  58           {
  59             Color currentColour;
  60             if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
  61             {
  62               try
  63               {
  64                 currentColour = colors[ResidueProperties.nucleotideIndex[c]];
  65               } catch (Exception ex)
  66               {
  67                 return Color.white;
  68               }
  69             }
  70             else
  71             {
  72               return Color.white;
  73             }
  74
  75             if (conservationColouring)
  76             {
  77               currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  78             }
  79
  80             return currentColour;
  81           }
  82         }