src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class ResidueColourScheme implements ColourSchemeI\r
  35 {\r
  36 \r
  37     boolean conservationColouring = false;\r
  38     boolean consensusColouring = false;\r
  39 \r
  40     Color[] colors;\r
  41     int threshold = 0;\r
  42 \r
  43     /* Set when threshold colouring to either pid_gaps or pid_nogaps*/\r
  44     protected String ignoreGaps = "pid_gaps";\r
  45 \r
  46     /** Consenus as a hashtable array */\r
  47     Hashtable [] consensus;\r
  48 \r
  49     /** Conservation string as a char array */\r
  50    char [] conservation;\r
  51 \r
  52    /** DOCUMENT ME!! */\r
  53    int inc = 30;\r
  54 \r
  55    /**\r
  56     * The colour to be calculated, manipulated and returned\r
  57     */\r
  58    Color currentColour = null;\r
  59 \r
  60 \r
  61 \r
  62     /**\r
  63      * Creates a new ResidueColourScheme object.\r
  64      *\r
  65      * @param colors DOCUMENT ME!\r
  66      * @param threshold DOCUMENT ME!\r
  67      */\r
  68     public ResidueColourScheme(Color[] colours, int threshold)\r
  69     {\r
  70         this.colors = colours;\r
  71         this.threshold = threshold;\r
  72     }\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Creates a new ResidueColourScheme object.\r
  76      */\r
  77     public ResidueColourScheme()\r
  78     {\r
  79     }\r
  80 \r
  81     /**\r
  82     * Find a colour without an index in a sequence\r
  83     */\r
  84    public Color findColour(String aa)\r
  85    {\r
  86        return colors[((Integer) (ResidueProperties.aaHash.get(aa))).intValue()];\r
  87    }\r
  88 \r
  89 \r
  90 \r
  91    public Color findColour(String s, int j)\r
  92    {\r
  93 \r
  94        int index = ((Integer) (ResidueProperties.aaHash.get(s))).intValue();\r
  95 \r
  96        if ((threshold == 0) || aboveThreshold(ResidueProperties.aa[index], j))\r
  97        {\r
  98            currentColour = colors[index];\r
  99        }\r
 100        else\r
 101        {\r
 102            currentColour = Color.white;\r
 103        }\r
 104 \r
 105        if(conservationColouring)\r
 106          applyConservation(j);\r
 107 \r
 108 \r
 109        return currentColour;\r
 110    }\r
 111 \r
 112 \r
 113     /**\r
 114      * Get the percentage threshold for this colour scheme\r
 115      *\r
 116      * @return Returns the percentage threshold\r
 117      */\r
 118     public int getThreshold()\r
 119     {\r
 120         return threshold;\r
 121     }\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * DOCUMENT ME!\r
 125      *\r
 126      * @param ct DOCUMENT ME!\r
 127      */\r
 128     public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps)\r
 129     {\r
 130         threshold = ct;\r
 131         if(ignoreGaps)\r
 132           this.ignoreGaps = "pid_nogaps";\r
 133         else\r
 134           this.ignoreGaps = "pid_gaps";\r
 135     }\r
 136 \r
 137     /**\r
 138      * DOCUMENT ME!\r
 139      *\r
 140      * @param s DOCUMENT ME!\r
 141      * @param j DOCUMENT ME!\r
 142      *\r
 143      * @return DOCUMENT ME!\r
 144      */\r
 145     public boolean aboveThreshold(String s, int j)\r
 146     {\r
 147       char c = s.charAt(0);\r
 148       if ('a' <= c && c <= 'z')\r
 149         {\r
 150           // TO UPPERCASE !!!\r
 151           //Faster than toUpperCase\r
 152           c -= ('a' - 'A');\r
 153           s = String.valueOf(c);\r
 154         }\r
 155 \r
 156 \r
 157       if ((((Integer) consensus[j].get("maxCount")).intValue() != -1) &&\r
 158                 consensus[j].contains(s))\r
 159         {\r
 160             if (((Float)consensus[j].get(ignoreGaps)).floatValue() >= threshold)\r
 161             {\r
 162                 return true;\r
 163             }\r
 164         }\r
 165 \r
 166         return false;\r
 167     }\r
 168 \r
 169 \r
 170     public boolean conservationApplied()\r
 171     {\r
 172       return conservationColouring;\r
 173     }\r
 174 \r
 175     public void setConservationInc(int i)\r
 176     {\r
 177       inc = i;\r
 178     }\r
 179 \r
 180     public int getConservationInc()\r
 181     {\r
 182       return inc;\r
 183     }\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * DOCUMENT ME!\r
 187      *\r
 188      * @param consensus DOCUMENT ME!\r
 189      */\r
 190     public void setConsensus(Hashtable [] consensus)\r
 191     {\r
 192       if(consensus==null)\r
 193         return;\r
 194 \r
 195       this.consensus = consensus;\r
 196     }\r
 197 \r
 198 \r
 199 \r
 200     public void setConservation(Conservation cons)\r
 201     {\r
 202       if(cons==null)\r
 203       {\r
 204         conservationColouring = false;\r
 205         conservation = null;\r
 206       }\r
 207       else\r
 208       {\r
 209         conservationColouring = true;\r
 210         int i, iSize = cons.getConsSequence().getLength();\r
 211         conservation = new char[iSize];\r
 212         for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 213           conservation[i] = cons.getConsSequence().getCharAt(i);\r
 214       }\r
 215 \r
 216     }\r
 217 \r
 218 \r
 219     /**\r
 220     * DOCUMENT ME!\r
 221     *\r
 222     * @param s DOCUMENT ME!\r
 223     * @param i DOCUMENT ME!\r
 224     *\r
 225     * @return DOCUMENT ME!\r
 226     */\r
 227 \r
 228    void applyConservation(int i)\r
 229    {\r
 230 \r
 231      if ((conservation[i] != '*') && (conservation[i] != '+'))\r
 232      {\r
 233        if(jalview.util.Comparison.isGap(conservation[i]))\r
 234        {\r
 235          currentColour = Color.white;\r
 236        }\r
 237        else\r
 238        {\r
 239          float t = 11 - (conservation[i] - '0');\r
 240          if(t==0)\r
 241          {\r
 242            currentColour = Color.white;\r
 243            return;\r
 244          }\r
 245 \r
 246          int red = currentColour.getRed();\r
 247          int green = currentColour.getGreen();\r
 248          int blue = currentColour.getBlue();\r
 249 \r
 250          int dr = 255 - red;\r
 251          int dg = 255 - green;\r
 252          int db = 255 - blue;\r
 253 \r
 254          dr *= t / 10f;\r
 255          dg *= t / 10f;\r
 256          db *= t / 10f;\r
 257 \r
 258          red += (inc / 20f) * dr;\r
 259          green += (inc / 20f) * dg;\r
 260          blue += (inc / 20f) * db;\r
 261 \r
 262          if (red > 255 || green > 255 || blue > 255)\r
 263            currentColour = Color.white;\r
 264          else\r
 265            currentColour = new Color(red, green, blue);\r
 266        }\r
 267        }\r
 268    }\r
 269 \r
 270 \r
 271 }\r