src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23
  24 public class ResidueProperties
  25 {
  26   public static Hashtable scoreMatrices = new Hashtable();
  27
  28   // Stores residue codes/names and colours and other things
  29   public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
  30
  31   public static final int[] nucleotideIndex;
  32
  33   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();
  34
  35   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();
  36
  37   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();
  38
  39   static
  40   {
  41     aaIndex = new int[255];
  42     for (int i = 0; i < 255; i++)
  43     {
  44       aaIndex[i] = 23;
  45     }
  46
  47     aaIndex['A'] = 0;
  48     aaIndex['R'] = 1;
  49     aaIndex['N'] = 2;
  50     aaIndex['D'] = 3;
  51     aaIndex['C'] = 4;
  52     aaIndex['Q'] = 5;
  53     aaIndex['E'] = 6;
  54     aaIndex['G'] = 7;
  55     aaIndex['H'] = 8;
  56     aaIndex['I'] = 9;
  57     aaIndex['L'] = 10;
  58     aaIndex['K'] = 11;
  59     aaIndex['M'] = 12;
  60     aaIndex['F'] = 13;
  61     aaIndex['P'] = 14;
  62     aaIndex['S'] = 15;
  63     aaIndex['T'] = 16;
  64     aaIndex['W'] = 17;
  65     aaIndex['Y'] = 18;
  66     aaIndex['V'] = 19;
  67     aaIndex['B'] = 20;
  68     aaIndex['Z'] = 21;
  69     aaIndex['X'] = 22;
  70     aaIndex['U'] = 22;
  71     aaIndex['a'] = 0;
  72     aaIndex['r'] = 1;
  73     aaIndex['n'] = 2;
  74     aaIndex['d'] = 3;
  75     aaIndex['c'] = 4;
  76     aaIndex['q'] = 5;
  77     aaIndex['e'] = 6;
  78     aaIndex['g'] = 7;
  79     aaIndex['h'] = 8;
  80     aaIndex['i'] = 9;
  81     aaIndex['l'] = 10;
  82     aaIndex['k'] = 11;
  83     aaIndex['m'] = 12;
  84     aaIndex['f'] = 13;
  85     aaIndex['p'] = 14;
  86     aaIndex['s'] = 15;
  87     aaIndex['t'] = 16;
  88     aaIndex['w'] = 17;
  89     aaIndex['y'] = 18;
  90     aaIndex['v'] = 19;
  91     aaIndex['b'] = 20;
  92     aaIndex['z'] = 21;
  93     aaIndex['x'] = 22;
  94     aaIndex['u'] = 22; // TODO: selenocystine triplet and codons needed. also
  95     // extend subt. matrices
  96   }
  97
  98   static
  99   {
 100     nucleotideIndex = new int[255];
 101     for (int i = 0; i < 255; i++)
 102     {
 103       nucleotideIndex[i] = 10; // non-nucleotide symbols are all non-gap gaps.
 104     }
 105
 106     nucleotideIndex['A'] = 0;
 107     nucleotideIndex['a'] = 0;
 108     nucleotideIndex['C'] = 1;
 109     nucleotideIndex['c'] = 1;
 110     nucleotideIndex['G'] = 2;
 111     nucleotideIndex['g'] = 2;
 112     nucleotideIndex['T'] = 3;
 113     nucleotideIndex['t'] = 3;
 114     nucleotideIndex['U'] = 4;
 115     nucleotideIndex['u'] = 4;
 116     nucleotideIndex['I'] = 5;
 117     nucleotideIndex['i'] = 5;
 118     nucleotideIndex['X'] = 6;
 119     nucleotideIndex['x'] = 6;
 120     nucleotideIndex['R'] = 7;
 121     nucleotideIndex['r'] = 7;
 122     nucleotideIndex['Y'] = 8;
 123     nucleotideIndex['y'] = 8;
 124     nucleotideIndex['N'] = 9;
 125     nucleotideIndex['n'] = 9;
 126
 127     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 128     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 129     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 130     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 131     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 132     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 133     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 134     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 135     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 136     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 137     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 138     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 139     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 140     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 141     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 142     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 143     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 144     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 145     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 146     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 147   }
 148
 149   static
 150   {
 151     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));
 152     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));
 153     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));
 154     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); // D
 155     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));
 156     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); // Q
 157     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E
 158     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));
 159     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));
 160     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));
 161     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));
 162     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));
 163     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));
 164     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));
 165     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));
 166     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));
 167     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));
 168     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));
 169     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));
 170     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));
 171     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 172     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";
 173     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X
 174     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22)); // X unknown
 175     aa3Hash.put("-", new Integer(23));
 176     aa3Hash.put("*", new Integer(23));
 177     aa3Hash.put(".", new Integer(23));
 178     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));
 179     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));
 180   }
 181
 182   static
 183   {
 184     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 185     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 186     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 187     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 188     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 189     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 190     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 191     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 192     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 193     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 194     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 195     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 196     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 197     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 198     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 199     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 200     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 201     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 202     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 203     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 204     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 205     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 206     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 207     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 208     aa2Triplet.put("M", "MET");
 209     aa2Triplet.put("m", "MET");
 210     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 211     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 212     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 213     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 214     aa2Triplet.put("S", "SER");
 215     aa2Triplet.put("s", "SER");
 216     aa2Triplet.put("T", "THR");
 217     aa2Triplet.put("t", "THR");
 218     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 219     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 220     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 221     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 222     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 223     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 224   }
 225
 226   public static final String[] aa =
 227   { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
 228       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " " };
 229
 230   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 231
 232   public static final Vector scaleColours = new Vector();
 233
 234   static
 235   {
 236     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 237     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 238     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 239     scaleColours.addElement(Color.red);
 240     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 241     scaleColours.addElement(Color.orange);
 242     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 243     scaleColours.addElement(Color.yellow);
 244     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 245     scaleColours.addElement(Color.white);
 246   }
 247
 248   public static final Color[] taylor =
 249   { new Color(204, 255, 0), // A Greenish-yellowy-yellow
 250       new Color(0, 0, 255), // R Blueish-bluey-blue
 251       new Color(204, 0, 255), // N Blueish-reddy-blue
 252       new Color(255, 0, 0), // D Reddish-reddy-red
 253       new Color(255, 255, 0), // C Yellowish-yellowy-yellow
 254       new Color(255, 0, 204), // Q Reddish-bluey-red
 255       new Color(255, 0, 102), // E Blueish-reddy-red
 256       new Color(255, 153, 0), // G Yellowy-reddy-yellow
 257       new Color(0, 102, 255), // H Greenish-bluey-blue
 258       new Color(102, 255, 0), // I Greenish-yellowy-green
 259       new Color(51, 255, 0), // L Yellowish-greeny-green
 260       new Color(102, 0, 255), // K Reddish-bluey-blue
 261       new Color(0, 255, 0), // M Greenish-greeny-green
 262       new Color(0, 255, 102), // F Blueish-greeny-green
 263       new Color(255, 204, 0), // P Reddish-yellowy-yellow
 264       new Color(255, 51, 0), // S Yellowish-reddy-red
 265       new Color(255, 102, 0), // T Reddish-yellowy-red
 266       new Color(0, 204, 255), // W Blueish-greeny-green
 267       new Color(0, 255, 204), // Y Greenish-bluey-green
 268       new Color(153, 255, 0), // V Yellowish-greeny-yellow
 269       Color.white, // B
 270       Color.white, // Z
 271       Color.white, // X
 272       Color.white, // -
 273       Color.white, // *
 274       Color.white // .
 275   };
 276
 277   public static final Color[] nucleotide =
 278   { new Color(100, 247, 63), // A
 279       new Color(255, 179, 64), // C
 280       new Color(235, 65, 60), // G
 281       new Color(60, 136, 238), // T
 282       new Color(60, 136, 238), // U
 283       Color.white, // I
 284       Color.white, // X
 285       Color.white, // R
 286       Color.white, // Y
 287       Color.white, // N
 288       Color.white, // Gap
 289   };
 290
 291   // Zappo
 292   public static final Color[] zappo =
 293   { Color.pink, // A
 294       midBlue, // R
 295       Color.green, // N
 296       Color.red, // D
 297       Color.yellow, // C
 298       Color.green, // Q
 299       Color.red, // E
 300       Color.magenta, // G
 301       midBlue,// Color.red, // H
 302       Color.pink, // I
 303       Color.pink, // L
 304       midBlue, // K
 305       Color.pink, // M
 306       Color.orange, // F
 307       Color.magenta, // P
 308       Color.green, // S
 309       Color.green, // T
 310       Color.orange, // W
 311       Color.orange, // Y
 312       Color.pink, // V
 313       Color.white, // B
 314       Color.white, // Z
 315       Color.white, // X
 316       Color.white, // -
 317       Color.white, // *
 318       Color.white, // .
 319       Color.white // ' '
 320   };
 321
 322   // Dunno where I got these numbers from
 323   public static final double[] hyd2 =
 324   { 0.62, // A
 325       0.29, // R
 326       -0.90, // N
 327       -0.74, // D
 328       1.19, // C
 329       0.48, // Q
 330       -0.40, // E
 331       1.38, // G
 332       -1.50, // H
 333       1.06, // I
 334       0.64, // L
 335       -0.78, // K
 336       0.12, // M
 337       -0.85, // F
 338       -2.53, // P
 339       -0.18, // S
 340       -0.05, // T
 341       1.08, // W
 342       0.81, // Y
 343       0.0, // V
 344       0.26, // B
 345       0.0, // Z
 346       0.0 // X
 347   };
 348
 349   public static final double[] helix =
 350   { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
 351       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
 352
 353   public static final double helixmin = 0.57;
 354
 355   public static final double helixmax = 1.51;
 356
 357   public static final double[] strand =
 358   { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
 359       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0 };
 360
 361   public static final double strandmin = 0.37;
 362
 363   public static final double strandmax = 1.7;
 364
 365   public static final double[] turn =
 366   { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
 367       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0,
 368       0 };
 369
 370   public static final double turnmin = 0.47;
 371
 372   public static final double turnmax = 1.56;
 373
 374   public static final double[] buried =
 375   { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
 376       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00 };
 377
 378   public static final double buriedmin = 0.05;
 379
 380   public static final double buriedmax = 4.6;
 381
 382   // This is hydropathy index
 383   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 384   // 1157, 105-132, 1982
 385   public static final double[] hyd =
 386   { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9,
 387       1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
 388
 389   public static final double hydmax = 4.5;
 390
 391   public static final double hydmin = -3.9;
 392
 393   // public static final double hydmax = 1.38;
 394   // public static final double hydmin = -2.53;
 395   private static final int[][] BLOSUM62 =
 396   {
 397       { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
 398           -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
 399       { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
 400           -2, -3, -1, 0, -1, -4 },
 401       { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2,
 402           -3, 3, 0, -1, -4 },
 403       { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
 404           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 405       { 0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1,
 406           -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
 407       { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
 408           -2, 0, 3, -1, -4 },
 409       { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 410           -2, 1, 4, -1, -4 },
 411       { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
 412           -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
 413       { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
 414           2, -3, 0, 0, -1, -4 },
 415       { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
 416           -1, 3, -3, -3, -1, -4 },
 417       { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
 418           -1, 1, -4, -3, -1, -4 },
 419       { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
 420           -2, -2, 0, 1, -1, -4 },
 421       { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
 422           -1, 1, -3, -1, -1, -4 },
 423       { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
 424           3, -1, -3, -3, -1, -4 },
 425       { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
 426           -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
 427       { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
 428           -2, 0, 0, 0, -4 },
 429       { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
 430           -2, 0, -1, -1, 0, -4 },
 431       { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
 432           11, 2, -3, -4, -3, -2, -4 },
 433       { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2,
 434           2, 7, -1, -3, -2, -1, -4 },
 435       { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
 436           -1, 4, -3, -2, -1, -4 },
 437       { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
 438           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 439       { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 440           -2, 1, 4, -1, -4 },
 441       { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0,
 442           -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
 443       { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
 444           -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
 445
 446   static final int[][] PAM250 =
 447   {
 448       { 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3,
 449           0, 0, 0, 0, -8 },
 450       { -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
 451           -2, -1, 0, -1, -8 },
 452       { 0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
 453           2, 1, 0, -8 },
 454       { 0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4,
 455           -2, 3, 3, -1, -8 },
 456       { -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
 457           -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8 },
 458       { 0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
 459           -2, 1, 3, -1, -8 },
 460       { 0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4,
 461           -2, 3, 3, -1, -8 },
 462       { 1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
 463           -1, 0, 0, -1, -8 },
 464       { -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
 465           -2, 1, 2, -1, -8 },
 466       { -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
 467           -1, 4, -2, -2, -1, -8 },
 468       { -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
 469           -1, 2, -3, -3, -1, -8 },
 470       { -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4,
 471           -2, 1, 0, -1, -8 },
 472       { -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4,
 473           -2, 2, -2, -2, -1, -8 },
 474       { -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0,
 475           7, -1, -4, -5, -2, -8 },
 476       { 1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
 477           -1, -1, 0, -1, -8 },
 478       { 1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3,
 479           -1, 0, 0, 0, -8 },
 480       { 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3,
 481           0, 0, -1, 0, -8 },
 482       { -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5,
 483           17, 0, -6, -5, -6, -4, -8 },
 484       { -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
 485           10, -2, -3, -4, -2, -8 },
 486       { 0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
 487           -2, 4, -2, -2, -1, -8 },
 488       { 0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3,
 489           -2, 3, 2, -1, -8 },
 490       { 0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4,
 491           -2, 2, 3, -1, -8 },
 492       { 0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
 493           -2, -1, -1, -1, -1, -8 },
 494       { -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
 495           -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1 }, };
 496
 497   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number
 498   // value of the aa
 499
 500   static
 501   {
 502     ssHash.put("H", Color.magenta);
 503     ssHash.put("E", Color.yellow);
 504     ssHash.put("-", Color.white);
 505     ssHash.put(".", Color.white);
 506     ssHash.put("S", Color.cyan);
 507     ssHash.put("T", Color.blue);
 508     ssHash.put("G", Color.pink);
 509     ssHash.put("I", Color.pink);
 510     ssHash.put("B", Color.yellow);
 511   }
 512
 513   /*
 514    * new Color(60, 136, 238), // U Color.white, // I Color.white, // X
 515    * Color.white, // R Color.white, // Y Color.white, // N Color.white, // Gap
 516    */
 517
 518   // JBPNote: patch matrix for T/U equivalence when working with DNA or RNA.
 519   // Will equate sequences if working with mixed nucleotide sets.
 520   // treats T and U identically. R and Y weak equivalence with AG and CTU.
 521   // N matches any other base weakly
 522   //
 523   static final int[][] DNA =
 524   {
 525       { 10, -8, -8, -8, -8, 1,  1, -8,  1,  1, 1 }, // C
 526       { -8, 10, -8, -8, 10, 1,  1, -8,  1,  1, 1 }, // T
 527       { -8, -8, 10, -8, -8, 1,  1,  1, -8,  1, 1 }, // A
 528       { -8, -8, -8, 10, -8, 1,  1,  1, -8,  1, 1 }, // G
 529       { -8, 10, -8, -8, 10, 1,  1, -8,  1,  1, 1 }, // U
 530       {  1,  1,  1,  1,  1, 10, 0,  0,  0,  1, 1 }, // I
 531       {  1,  1,  1,  1,  1, 0, 10,  0,  0,  1, 1 }, // X
 532       { -8, -8,  1,  1, -8, 0,  0, 10,  0,  1, 1 }, // R
 533       {  1,  1, -8, -8,  1, 0,  0,  0, 10,  1, 1 }, // Y
 534       {  1,  1,  1,  1,  1, 1,  1,  1,  1, 10, 1 }, // N
 535       {  1,  1,  1,  1,  1, 1,  1,  1,  1,  1, 1 }, // -
 536   };
 537 /**
 538    * register matrices in list
 539    */
 540   static
 541   {
 542     scoreMatrices.put("BLOSUM62", new ScoreMatrix("BLOSUM62", BLOSUM62, 0));
 543     scoreMatrices.put("PAM250", new ScoreMatrix("PAM250", PAM250, 0));
 544     scoreMatrices.put("DNA", new ScoreMatrix("DNA", DNA, 1));
 545
 546   }
 547
 548   public static final Color[] pidColours =
 549   { midBlue, new Color(153, 153, 255),
 550       // Color.lightGray,
 551       new Color(204, 204, 255), };
 552
 553   public static final float[] pidThresholds =
 554   { 80, 60, 40, };
 555
 556   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();
 557
 558   public static Vector Lys = new Vector();
 559
 560   public static Vector Asn = new Vector();
 561
 562   public static Vector Gln = new Vector();
 563
 564   public static Vector His = new Vector();
 565
 566   public static Vector Glu = new Vector();
 567
 568   public static Vector Asp = new Vector();
 569
 570   public static Vector Tyr = new Vector();
 571
 572   public static Vector Thr = new Vector();
 573
 574   public static Vector Pro = new Vector();
 575
 576   public static Vector Ala = new Vector();
 577
 578   public static Vector Ser = new Vector();
 579
 580   public static Vector Arg = new Vector();
 581
 582   public static Vector Gly = new Vector();
 583
 584   public static Vector Trp = new Vector();
 585
 586   public static Vector Cys = new Vector();
 587
 588   public static Vector Ile = new Vector();
 589
 590   public static Vector Met = new Vector();
 591
 592   public static Vector Leu = new Vector();
 593
 594   public static Vector Val = new Vector();
 595
 596   public static Vector Phe = new Vector();
 597
 598   public static Vector STOP = new Vector();
 599
 600   static
 601   {
 602     codonHash.put("K", Lys);
 603     codonHash.put("N", Asn);
 604     codonHash.put("Q", Gln);
 605     codonHash.put("H", His);
 606     codonHash.put("E", Glu);
 607     codonHash.put("D", Asp);
 608     codonHash.put("Y", Tyr);
 609     codonHash.put("T", Thr);
 610     codonHash.put("P", Pro);
 611     codonHash.put("A", Ala);
 612     codonHash.put("S", Ser);
 613     codonHash.put("R", Arg);
 614     codonHash.put("G", Gly);
 615     codonHash.put("W", Trp);
 616     codonHash.put("C", Cys);
 617     codonHash.put("I", Ile);
 618     codonHash.put("M", Met);
 619     codonHash.put("L", Leu);
 620     codonHash.put("V", Val);
 621     codonHash.put("F", Phe);
 622     codonHash.put("STOP", STOP);
 623   }
 624
 625   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();
 626
 627   static
 628   {
 629     codonHash2.put("AAA", "K");
 630     codonHash2.put("AAG", "K");
 631     codonHash2.put("AAC", "N");
 632     codonHash2.put("AAT", "N");
 633
 634     codonHash2.put("CAA", "E");
 635     codonHash2.put("CAG", "E");
 636     codonHash2.put("CAC", "H");
 637     codonHash2.put("CAT", "H");
 638
 639     codonHash2.put("GAA", "Q");
 640     codonHash2.put("GAG", "Q");
 641     codonHash2.put("GAC", "D");
 642     codonHash2.put("GAT", "D");
 643
 644     codonHash2.put("TAC", "Y");
 645     codonHash2.put("TAT", "Y");
 646
 647     codonHash2.put("ACA", "T");
 648     codonHash2.put("AAG", "T");
 649     codonHash2.put("ACC", "T");
 650     codonHash2.put("ACT", "T");
 651
 652     codonHash2.put("CCA", "P");
 653     codonHash2.put("CCG", "P");
 654     codonHash2.put("CCC", "P");
 655     codonHash2.put("CCT", "P");
 656
 657     codonHash2.put("GCA", "A");
 658     codonHash2.put("GCG", "A");
 659     codonHash2.put("GCC", "A");
 660     codonHash2.put("GCT", "A");
 661
 662     codonHash2.put("TCA", "S");
 663     codonHash2.put("TCG", "S");
 664     codonHash2.put("TCC", "S");
 665     codonHash2.put("TCT", "S");
 666     codonHash2.put("AGC", "S");
 667     codonHash2.put("AGT", "S");
 668
 669     codonHash2.put("AGA", "R");
 670     codonHash2.put("AGG", "R");
 671     codonHash2.put("CGA", "R");
 672     codonHash2.put("CGG", "R");
 673     codonHash2.put("CGC", "R");
 674     codonHash2.put("CGT", "R");
 675
 676     codonHash2.put("GGA", "G");
 677     codonHash2.put("GGG", "G");
 678     codonHash2.put("GGC", "G");
 679     codonHash2.put("GGT", "G");
 680
 681     codonHash2.put("TGA", "*");
 682     codonHash2.put("TAA", "*");
 683     codonHash2.put("TAG", "*");
 684
 685     codonHash2.put("TGG", "W");
 686
 687     codonHash2.put("TGC", "C");
 688     codonHash2.put("TGT", "C");
 689
 690     codonHash2.put("ATA", "I");
 691     codonHash2.put("ATC", "I");
 692     codonHash2.put("ATT", "I");
 693
 694     codonHash2.put("ATG", "M");
 695
 696     codonHash2.put("CTA", "L");
 697     codonHash2.put("CTG", "L");
 698     codonHash2.put("CTC", "L");
 699     codonHash2.put("CTT", "L");
 700     codonHash2.put("TTA", "L");
 701     codonHash2.put("TTG", "L");
 702
 703     codonHash2.put("GTA", "V");
 704     codonHash2.put("GTG", "V");
 705     codonHash2.put("GTC", "V");
 706     codonHash2.put("GTT", "V");
 707
 708     codonHash2.put("TTC", "F");
 709     codonHash2.put("TTT", "F");
 710   }
 711
 712   static
 713   {
 714     Lys.addElement("AAA");
 715     Lys.addElement("AAG");
 716     Asn.addElement("AAC");
 717     Asn.addElement("AAT");
 718
 719     Gln.addElement("CAA");
 720     Gln.addElement("CAG");
 721     His.addElement("CAC");
 722     His.addElement("CAT");
 723
 724     Glu.addElement("GAA");
 725     Glu.addElement("GAG");
 726     Asp.addElement("GAC");
 727     Asp.addElement("GAT");
 728
 729     Tyr.addElement("TAC");
 730     Tyr.addElement("TAT");
 731
 732     Thr.addElement("ACA");
 733     Thr.addElement("ACG");
 734     Thr.addElement("ACC");
 735     Thr.addElement("ACT");
 736
 737     Pro.addElement("CCA");
 738     Pro.addElement("CCG");
 739     Pro.addElement("CCC");
 740     Pro.addElement("CCT");
 741
 742     Ala.addElement("GCA");
 743     Ala.addElement("GCG");
 744     Ala.addElement("GCC");
 745     Ala.addElement("GCT");
 746
 747     Ser.addElement("TCA");
 748     Ser.addElement("TCG");
 749     Ser.addElement("TCC");
 750     Ser.addElement("TCT");
 751     Ser.addElement("AGC");
 752     Ser.addElement("AGT");
 753
 754     Arg.addElement("AGA");
 755     Arg.addElement("AGG");
 756     Arg.addElement("CGA");
 757     Arg.addElement("CGG");
 758     Arg.addElement("CGC");
 759     Arg.addElement("CGT");
 760
 761     Gly.addElement("GGA");
 762     Gly.addElement("GGG");
 763     Gly.addElement("GGC");
 764     Gly.addElement("GGT");
 765
 766     STOP.addElement("TGA");
 767     STOP.addElement("TAA");
 768     STOP.addElement("TAG");
 769
 770     Trp.addElement("TGG");
 771
 772     Cys.addElement("TGC");
 773     Cys.addElement("TGT");
 774
 775     Ile.addElement("ATA");
 776     Ile.addElement("ATC");
 777     Ile.addElement("ATT");
 778
 779     Met.addElement("ATG");
 780
 781     Leu.addElement("CTA");
 782     Leu.addElement("CTG");
 783     Leu.addElement("CTC");
 784     Leu.addElement("CTT");
 785     Leu.addElement("TTA");
 786     Leu.addElement("TTG");
 787
 788     Val.addElement("GTA");
 789     Val.addElement("GTG");
 790     Val.addElement("GTC");
 791     Val.addElement("GTT");
 792
 793     Phe.addElement("TTC");
 794     Phe.addElement("TTT");
 795   }
 796
 797   // Stores residue codes/names and colours and other things
 798   public static Hashtable propHash = new Hashtable();
 799
 800   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();
 801
 802   public static Hashtable polar = new Hashtable();
 803
 804   public static Hashtable small = new Hashtable();
 805
 806   public static Hashtable positive = new Hashtable();
 807
 808   public static Hashtable negative = new Hashtable();
 809
 810   public static Hashtable charged = new Hashtable();
 811
 812   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();
 813
 814   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();
 815
 816   public static Hashtable tiny = new Hashtable();
 817
 818   public static Hashtable proline = new Hashtable();
 819
 820   static
 821   {
 822     hydrophobic.put("I", new Integer(1));
 823     hydrophobic.put("L", new Integer(1));
 824     hydrophobic.put("V", new Integer(1));
 825     hydrophobic.put("C", new Integer(1));
 826     hydrophobic.put("A", new Integer(1));
 827     hydrophobic.put("G", new Integer(1));
 828     hydrophobic.put("M", new Integer(1));
 829     hydrophobic.put("F", new Integer(1));
 830     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));
 831     hydrophobic.put("W", new Integer(1));
 832     hydrophobic.put("H", new Integer(1));
 833     hydrophobic.put("K", new Integer(1));
 834     hydrophobic.put("X", new Integer(1));
 835     hydrophobic.put("-", new Integer(1));
 836     hydrophobic.put("*", new Integer(1));
 837     hydrophobic.put("R", new Integer(0));
 838     hydrophobic.put("E", new Integer(0));
 839     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));
 840     hydrophobic.put("D", new Integer(0));
 841     hydrophobic.put("N", new Integer(0));
 842     hydrophobic.put("S", new Integer(0));
 843     hydrophobic.put("T", new Integer(0));
 844     hydrophobic.put("P", new Integer(0));
 845   }
 846
 847   static
 848   {
 849     polar.put("Y", new Integer(1));
 850     polar.put("W", new Integer(1));
 851     polar.put("H", new Integer(1));
 852     polar.put("K", new Integer(1));
 853     polar.put("R", new Integer(1));
 854     polar.put("E", new Integer(1));
 855     polar.put("Q", new Integer(1));
 856     polar.put("D", new Integer(1));
 857     polar.put("N", new Integer(1));
 858     polar.put("S", new Integer(1));
 859     polar.put("T", new Integer(1));
 860     polar.put("X", new Integer(1));
 861     polar.put("-", new Integer(1));
 862     polar.put("*", new Integer(1));
 863     polar.put("I", new Integer(0));
 864     polar.put("L", new Integer(0));
 865     polar.put("V", new Integer(0));
 866     polar.put("C", new Integer(0));
 867     polar.put("A", new Integer(0));
 868     polar.put("G", new Integer(0));
 869     polar.put("M", new Integer(0));
 870     polar.put("F", new Integer(0));
 871     polar.put("P", new Integer(0));
 872   }
 873
 874   static
 875   {
 876     small.put("I", new Integer(0));
 877     small.put("L", new Integer(0));
 878     small.put("V", new Integer(1));
 879     small.put("C", new Integer(1));
 880     small.put("A", new Integer(1));
 881     small.put("G", new Integer(1));
 882     small.put("M", new Integer(0));
 883     small.put("F", new Integer(0));
 884     small.put("Y", new Integer(0));
 885     small.put("W", new Integer(0));
 886     small.put("H", new Integer(0));
 887     small.put("K", new Integer(0));
 888     small.put("R", new Integer(0));
 889     small.put("E", new Integer(0));
 890     small.put("Q", new Integer(0));
 891     small.put("D", new Integer(1));
 892     small.put("N", new Integer(1));
 893     small.put("S", new Integer(1));
 894     small.put("T", new Integer(1));
 895     small.put("P", new Integer(1));
 896     small.put("-", new Integer(1));
 897     small.put("*", new Integer(1));
 898   }
 899
 900   static
 901   {
 902     positive.put("I", new Integer(0));
 903     positive.put("L", new Integer(0));
 904     positive.put("V", new Integer(0));
 905     positive.put("C", new Integer(0));
 906     positive.put("A", new Integer(0));
 907     positive.put("G", new Integer(0));
 908     positive.put("M", new Integer(0));
 909     positive.put("F", new Integer(0));
 910     positive.put("Y", new Integer(0));
 911     positive.put("W", new Integer(0));
 912     positive.put("H", new Integer(1));
 913     positive.put("K", new Integer(1));
 914     positive.put("R", new Integer(1));
 915     positive.put("E", new Integer(0));
 916     positive.put("Q", new Integer(0));
 917     positive.put("D", new Integer(0));
 918     positive.put("N", new Integer(0));
 919     positive.put("S", new Integer(0));
 920     positive.put("T", new Integer(0));
 921     positive.put("P", new Integer(0));
 922     positive.put("-", new Integer(1));
 923     positive.put("*", new Integer(1));
 924   }
 925
 926   static
 927   {
 928     negative.put("I", new Integer(0));
 929     negative.put("L", new Integer(0));
 930     negative.put("V", new Integer(0));
 931     negative.put("C", new Integer(0));
 932     negative.put("A", new Integer(0));
 933     negative.put("G", new Integer(0));
 934     negative.put("M", new Integer(0));
 935     negative.put("F", new Integer(0));
 936     negative.put("Y", new Integer(0));
 937     negative.put("W", new Integer(0));
 938     negative.put("H", new Integer(0));
 939     negative.put("K", new Integer(0));
 940     negative.put("R", new Integer(0));
 941     negative.put("E", new Integer(1));
 942     negative.put("Q", new Integer(0));
 943     negative.put("D", new Integer(1));
 944     negative.put("N", new Integer(0));
 945     negative.put("S", new Integer(0));
 946     negative.put("T", new Integer(0));
 947     negative.put("P", new Integer(0));
 948     negative.put("-", new Integer(1));
 949     negative.put("*", new Integer(1));
 950   }
 951
 952   static
 953   {
 954     charged.put("I", new Integer(0));
 955     charged.put("L", new Integer(0));
 956     charged.put("V", new Integer(0));
 957     charged.put("C", new Integer(0));
 958     charged.put("A", new Integer(0));
 959     charged.put("G", new Integer(0));
 960     charged.put("M", new Integer(0));
 961     charged.put("F", new Integer(0));
 962     charged.put("Y", new Integer(0));
 963     charged.put("W", new Integer(0));
 964     charged.put("H", new Integer(1));
 965     charged.put("K", new Integer(1));
 966     charged.put("R", new Integer(1));
 967     charged.put("E", new Integer(1));
 968     charged.put("Q", new Integer(0));
 969     charged.put("D", new Integer(1));
 970     charged.put("N", new Integer(0)); // Asparagine is polar but not charged.
 971                                       // Alternative would be charged and
 972                                       // negative (in basic form)?
 973     charged.put("S", new Integer(0));
 974     charged.put("T", new Integer(0));
 975     charged.put("P", new Integer(0));
 976     charged.put("-", new Integer(1));
 977     charged.put("*", new Integer(1));
 978   }
 979
 980   static
 981   {
 982     aromatic.put("I", new Integer(0));
 983     aromatic.put("L", new Integer(0));
 984     aromatic.put("V", new Integer(0));
 985     aromatic.put("C", new Integer(0));
 986     aromatic.put("A", new Integer(0));
 987     aromatic.put("G", new Integer(0));
 988     aromatic.put("M", new Integer(0));
 989     aromatic.put("F", new Integer(1));
 990     aromatic.put("Y", new Integer(1));
 991     aromatic.put("W", new Integer(1));
 992     aromatic.put("H", new Integer(1));
 993     aromatic.put("K", new Integer(0));
 994     aromatic.put("R", new Integer(0));
 995     aromatic.put("E", new Integer(0));
 996     aromatic.put("Q", new Integer(0));
 997     aromatic.put("D", new Integer(0));
 998     aromatic.put("N", new Integer(0));
 999     aromatic.put("S", new Integer(0));
1000     aromatic.put("T", new Integer(0));
1001     aromatic.put("P", new Integer(0));
1002     aromatic.put("-", new Integer(1));
1003     aromatic.put("*", new Integer(1));
1004   }
1005
1006   static
1007   {
1008     aliphatic.put("I", new Integer(1));
1009     aliphatic.put("L", new Integer(1));
1010     aliphatic.put("V", new Integer(1));
1011     aliphatic.put("C", new Integer(0));
1012     aliphatic.put("A", new Integer(0));
1013     aliphatic.put("G", new Integer(0));
1014     aliphatic.put("M", new Integer(0));
1015     aliphatic.put("F", new Integer(0));
1016     aliphatic.put("Y", new Integer(0));
1017     aliphatic.put("W", new Integer(0));
1018     aliphatic.put("H", new Integer(0));
1019     aliphatic.put("K", new Integer(0));
1020     aliphatic.put("R", new Integer(0));
1021     aliphatic.put("E", new Integer(0));
1022     aliphatic.put("Q", new Integer(0));
1023     aliphatic.put("D", new Integer(0));
1024     aliphatic.put("N", new Integer(0));
1025     aliphatic.put("S", new Integer(0));
1026     aliphatic.put("T", new Integer(0));
1027     aliphatic.put("P", new Integer(0));
1028     aliphatic.put("-", new Integer(1));
1029     aliphatic.put("*", new Integer(1));
1030   }
1031
1032   static
1033   {
1034     tiny.put("I", new Integer(0));
1035     tiny.put("L", new Integer(0));
1036     tiny.put("V", new Integer(0));
1037     tiny.put("C", new Integer(0));
1038     tiny.put("A", new Integer(1));
1039     tiny.put("G", new Integer(1));
1040     tiny.put("M", new Integer(0));
1041     tiny.put("F", new Integer(0));
1042     tiny.put("Y", new Integer(0));
1043     tiny.put("W", new Integer(0));
1044     tiny.put("H", new Integer(0));
1045     tiny.put("K", new Integer(0));
1046     tiny.put("R", new Integer(0));
1047     tiny.put("E", new Integer(0));
1048     tiny.put("Q", new Integer(0));
1049     tiny.put("D", new Integer(0));
1050     tiny.put("N", new Integer(0));
1051     tiny.put("S", new Integer(1));
1052     tiny.put("T", new Integer(0));
1053     tiny.put("P", new Integer(0));
1054     tiny.put("-", new Integer(1));
1055     tiny.put("*", new Integer(1));
1056   }
1057
1058   static
1059   {
1060     proline.put("I", new Integer(0));
1061     proline.put("L", new Integer(0));
1062     proline.put("V", new Integer(0));
1063     proline.put("C", new Integer(0));
1064     proline.put("A", new Integer(0));
1065     proline.put("G", new Integer(0));
1066     proline.put("M", new Integer(0));
1067     proline.put("F", new Integer(0));
1068     proline.put("Y", new Integer(0));
1069     proline.put("W", new Integer(0));
1070     proline.put("H", new Integer(0));
1071     proline.put("K", new Integer(0));
1072     proline.put("R", new Integer(0));
1073     proline.put("E", new Integer(0));
1074     proline.put("Q", new Integer(0));
1075     proline.put("D", new Integer(0));
1076     proline.put("N", new Integer(0));
1077     proline.put("S", new Integer(0));
1078     proline.put("T", new Integer(0));
1079     proline.put("P", new Integer(1));
1080     proline.put("-", new Integer(1));
1081     proline.put("*", new Integer(1));
1082   }
1083
1084   static
1085   {
1086     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1087     propHash.put("small", small);
1088     propHash.put("positive", positive);
1089     propHash.put("negative", negative);
1090     propHash.put("charged", charged);
1091     propHash.put("aromatic", aromatic);
1092     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1093     propHash.put("tiny", tiny);
1094     propHash.put("proline", proline);
1095     propHash.put("polar", polar);
1096   }
1097
1098   private ResidueProperties()
1099   {
1100   }
1101
1102   public static double getHydmax()
1103   {
1104     return hydmax;
1105   }
1106
1107   public static double getHydmin()
1108   {
1109     return hydmin;
1110   }
1111
1112   public static double[] getHyd()
1113   {
1114     return hyd;
1115   }
1116
1117   public static Hashtable getAA3Hash()
1118   {
1119     return aa3Hash;
1120   }
1121
1122   public static int[][] getDNA()
1123   {
1124     return ResidueProperties.DNA;
1125   }
1126
1127   public static int[][] getBLOSUM62()
1128   {
1129     return ResidueProperties.BLOSUM62;
1130   }
1131
1132   public static int getPAM250(String A1, String A2)
1133   {
1134     return getPAM250(A1.charAt(0), A2.charAt(0));
1135   }
1136
1137   public static int getBLOSUM62(char c1, char c2)
1138   {
1139     int pog = 0;
1140
1141     try
1142     {
1143       int a = aaIndex[c1];
1144       int b = aaIndex[c2];
1145
1146       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];
1147     } catch (Exception e)
1148     {
1149       // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
1150     }
1151
1152     return pog;
1153   }
1154
1155   public static Vector getCodons(String res)
1156   {
1157     if (codonHash.containsKey(res))
1158     {
1159       return (Vector) codonHash.get(res);
1160     }
1161
1162     return null;
1163   }
1164
1165   public static String codonTranslate(String lccodon)
1166   {
1167     String codon = lccodon.toUpperCase();
1168     // all base ambiguity codes yield an 'X' amino acid residue
1169     if (codon.indexOf('X') > -1 || codon.indexOf('N') > -1)
1170     {
1171       return "X";
1172     }
1173     Enumeration e = codonHash.keys();
1174
1175     while (e.hasMoreElements())
1176     {
1177       String key = (String) e.nextElement();
1178       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);
1179
1180       if (tmp.contains(codon))
1181       {
1182         return key;
1183       }
1184     }
1185
1186     return null;
1187   }
1188
1189   public static int[][] getDefaultPeptideMatrix()
1190   {
1191     return ResidueProperties.getBLOSUM62();
1192   }
1193
1194   public static int[][] getDefaultDnaMatrix()
1195   {
1196     return ResidueProperties.getDNA();
1197   }
1198
1199   /**
1200    * get a ScoreMatrix based on its string name
1201    *
1202    * @param pwtype
1203    * @return matrix in scoreMatrices with key pwtype or null
1204    */
1205   public static ScoreMatrix getScoreMatrix(String pwtype)
1206   {
1207     Object val = scoreMatrices.get(pwtype);
1208     if (val != null)
1209     {
1210       return (ScoreMatrix) val;
1211     }
1212     return null;
1213   }
1214
1215   public static int getPAM250(char c, char d)
1216   {
1217     int a = aaIndex[c];
1218     int b = aaIndex[d];
1219
1220     int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];
1221
1222     return pog;
1223   }
1224
1225   public static Hashtable toDssp3State;
1226   static
1227   {
1228     toDssp3State = new Hashtable();
1229     toDssp3State.put("H", "H");
1230     toDssp3State.put("E", "E");
1231     toDssp3State.put("C", " ");
1232     toDssp3State.put(" ", " ");
1233     toDssp3State.put("T", " ");
1234     toDssp3State.put("B", "E");
1235     toDssp3State.put("G", "H");
1236     toDssp3State.put("I", "H");
1237     toDssp3State.put("X", " ");
1238   }
1239
1240   /**
1241    * translate from other dssp secondary structure alphabets to 3-state
1242    *
1243    * @param ssstring
1244    * @return ssstring as a three-state secondary structure assignment.
1245    */
1246   public static String getDssp3state(String ssstring)
1247   {
1248     if (ssstring == null)
1249     {
1250       return null;
1251     }
1252     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1253     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1254     {
1255       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1256       if (toDssp3State.containsKey(ssc))
1257       {
1258         ss.append((String) toDssp3State.get(ssc));
1259       }
1260       else
1261       {
1262         ss.append(" ");
1263       }
1264     }
1265     return ss.toString();
1266   }
1267
1268   // main method generates perl representation of residue property hash
1269   // / cut here
1270   public static void main(String[] args)
1271   {
1272     Hashtable aa = new Hashtable();
1273     System.out.println("my %aa = {");
1274     // invert property hashes
1275     Enumeration prop = propHash.keys();
1276     while (prop.hasMoreElements())
1277     {
1278       String pname = (String) prop.nextElement();
1279       Hashtable phash = (Hashtable) propHash.get(pname);
1280       Enumeration res = phash.keys();
1281       while (res.hasMoreElements())
1282       {
1283         String rname = (String) res.nextElement();
1284         Vector aprops = (Vector) aa.get(rname);
1285         if (aprops == null)
1286         {
1287           aprops = new Vector();
1288           aa.put(rname, aprops);
1289         }
1290         Integer hasprop = (Integer) phash.get(rname);
1291         if (hasprop.intValue() == 1)
1292         {
1293           aprops.addElement(pname);
1294         }
1295       }
1296     }
1297     Enumeration res = aa.keys();
1298     while (res.hasMoreElements())
1299     {
1300       String rname = (String) res.nextElement();
1301
1302       System.out.print("'" + rname + "' => [");
1303       Enumeration props = ((Vector) aa.get(rname)).elements();
1304       while (props.hasMoreElements())
1305       {
1306         System.out.print("'" + (String) props.nextElement() + "'");
1307         if (props.hasMoreElements())
1308         {
1309           System.out.println(", ");
1310         }
1311       }
1312       System.out.println("]" + (res.hasMoreElements() ? "," : ""));
1313     }
1314     System.out.println("};");
1315   }
1316   // to here
1317 }