src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 public class ResidueProperties
  26 {
  27   public static Hashtable scoreMatrices = new Hashtable();
  28
  29   // Stores residue codes/names and colours and other things
  30   public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
  31
  32   public static final int[] nucleotideIndex;
  33
  34   public static final Hashtable aa3Hash = new Hashtable();
  35
  36   public static final Hashtable aa2Triplet = new Hashtable();
  37
  38   public static final Hashtable nucleotideName = new Hashtable();
  39
  40   static
  41   {
  42     aaIndex = new int[255];
  43     for (int i = 0; i < 255; i++)
  44     {
  45       aaIndex[i] = 23;
  46     }
  47
  48     aaIndex['A'] = 0;
  49     aaIndex['R'] = 1;
  50     aaIndex['N'] = 2;
  51     aaIndex['D'] = 3;
  52     aaIndex['C'] = 4;
  53     aaIndex['Q'] = 5;
  54     aaIndex['E'] = 6;
  55     aaIndex['G'] = 7;
  56     aaIndex['H'] = 8;
  57     aaIndex['I'] = 9;
  58     aaIndex['L'] = 10;
  59     aaIndex['K'] = 11;
  60     aaIndex['M'] = 12;
  61     aaIndex['F'] = 13;
  62     aaIndex['P'] = 14;
  63     aaIndex['S'] = 15;
  64     aaIndex['T'] = 16;
  65     aaIndex['W'] = 17;
  66     aaIndex['Y'] = 18;
  67     aaIndex['V'] = 19;
  68     aaIndex['B'] = 20;
  69     aaIndex['Z'] = 21;
  70     aaIndex['X'] = 22;
  71     aaIndex['U'] = 22;
  72     aaIndex['a'] = 0;
  73     aaIndex['r'] = 1;
  74     aaIndex['n'] = 2;
  75     aaIndex['d'] = 3;
  76     aaIndex['c'] = 4;
  77     aaIndex['q'] = 5;
  78     aaIndex['e'] = 6;
  79     aaIndex['g'] = 7;
  80     aaIndex['h'] = 8;
  81     aaIndex['i'] = 9;
  82     aaIndex['l'] = 10;
  83     aaIndex['k'] = 11;
  84     aaIndex['m'] = 12;
  85     aaIndex['f'] = 13;
  86     aaIndex['p'] = 14;
  87     aaIndex['s'] = 15;
  88     aaIndex['t'] = 16;
  89     aaIndex['w'] = 17;
  90     aaIndex['y'] = 18;
  91     aaIndex['v'] = 19;
  92     aaIndex['b'] = 20;
  93     aaIndex['z'] = 21;
  94     aaIndex['x'] = 22;
  95     aaIndex['u'] = 22; // TODO: selenocystine triplet and codons needed. also
  96                         // extend subt. matrices
  97   }
  98
  99   static
 100   {
 101     nucleotideIndex = new int[255];
 102     for (int i = 0; i < 255; i++)
 103     {
 104       nucleotideIndex[i] = 10; // non-nucleotide symbols are all non-gap gaps.
 105     }
 106
 107     nucleotideIndex['A'] = 0;
 108     nucleotideIndex['a'] = 0;
 109     nucleotideIndex['C'] = 1;
 110     nucleotideIndex['c'] = 1;
 111     nucleotideIndex['G'] = 2;
 112     nucleotideIndex['g'] = 2;
 113     nucleotideIndex['T'] = 3;
 114     nucleotideIndex['t'] = 3;
 115     nucleotideIndex['U'] = 4;
 116     nucleotideIndex['u'] = 4;
 117     nucleotideIndex['I'] = 5;
 118     nucleotideIndex['i'] = 5;
 119     nucleotideIndex['X'] = 6;
 120     nucleotideIndex['x'] = 6;
 121     nucleotideIndex['R'] = 7;
 122     nucleotideIndex['r'] = 7;
 123     nucleotideIndex['Y'] = 8;
 124     nucleotideIndex['y'] = 8;
 125     nucleotideIndex['N'] = 9;
 126     nucleotideIndex['n'] = 9;
 127
 128     nucleotideName.put("A", "Adenine");
 129     nucleotideName.put("a", "Adenine");
 130     nucleotideName.put("G", "Guanine");
 131     nucleotideName.put("g", "Guanine");
 132     nucleotideName.put("C", "Cytosine");
 133     nucleotideName.put("c", "Cytosine");
 134     nucleotideName.put("T", "Thymine");
 135     nucleotideName.put("t", "Thymine");
 136     nucleotideName.put("U", "Uracil");
 137     nucleotideName.put("u", "Uracil");
 138     nucleotideName.put("I", "Inosine");
 139     nucleotideName.put("i", "Inosine");
 140     nucleotideName.put("X", "Xanthine");
 141     nucleotideName.put("x", "Xanthine");
 142     nucleotideName.put("R", "Unknown Purine");
 143     nucleotideName.put("r", "Unknown Purine");
 144     nucleotideName.put("Y", "Unknown Pyrimidine");
 145     nucleotideName.put("y", "Unknown Pyrimidine");
 146     nucleotideName.put("N", "Unknown");
 147     nucleotideName.put("n", "Unknown");
 148   }
 149
 150   static
 151   {
 152     aa3Hash.put("ALA", new Integer(0));
 153     aa3Hash.put("ARG", new Integer(1));
 154     aa3Hash.put("ASN", new Integer(2));
 155     aa3Hash.put("ASP", new Integer(3)); // D
 156     aa3Hash.put("CYS", new Integer(4));
 157     aa3Hash.put("GLN", new Integer(5)); // Q
 158     aa3Hash.put("GLU", new Integer(6)); // E
 159     aa3Hash.put("GLY", new Integer(7));
 160     aa3Hash.put("HIS", new Integer(8));
 161     aa3Hash.put("ILE", new Integer(9));
 162     aa3Hash.put("LEU", new Integer(10));
 163     aa3Hash.put("LYS", new Integer(11));
 164     aa3Hash.put("MET", new Integer(12));
 165     aa3Hash.put("PHE", new Integer(13));
 166     aa3Hash.put("PRO", new Integer(14));
 167     aa3Hash.put("SER", new Integer(15));
 168     aa3Hash.put("THR", new Integer(16));
 169     aa3Hash.put("TRP", new Integer(17));
 170     aa3Hash.put("TYR", new Integer(18));
 171     aa3Hash.put("VAL", new Integer(19));
 172     // IUB Nomenclature for ambiguous peptides
 173     aa3Hash.put("ASX", new Integer(20)); // "B";
 174     aa3Hash.put("GLX", new Integer(21)); // X
 175     aa3Hash.put("XAA", new Integer(22)); // X unknown
 176     aa3Hash.put("-", new Integer(23));
 177     aa3Hash.put("*", new Integer(23));
 178     aa3Hash.put(".", new Integer(23));
 179     aa3Hash.put(" ", new Integer(23));
 180     aa3Hash.put("Gap", new Integer(23));
 181   }
 182
 183   static
 184   {
 185     aa2Triplet.put("A", "ALA");
 186     aa2Triplet.put("a", "ALA");
 187     aa2Triplet.put("R", "ARG");
 188     aa2Triplet.put("r", "ARG");
 189     aa2Triplet.put("N", "ASN");
 190     aa2Triplet.put("n", "ASN");
 191     aa2Triplet.put("D", "ASP");
 192     aa2Triplet.put("d", "ASP");
 193     aa2Triplet.put("C", "CYS");
 194     aa2Triplet.put("c", "CYS");
 195     aa2Triplet.put("Q", "GLN");
 196     aa2Triplet.put("q", "GLN");
 197     aa2Triplet.put("E", "GLU");
 198     aa2Triplet.put("e", "GLU");
 199     aa2Triplet.put("G", "GLY");
 200     aa2Triplet.put("g", "GLY");
 201     aa2Triplet.put("H", "HIS");
 202     aa2Triplet.put("h", "HIS");
 203     aa2Triplet.put("I", "ILE");
 204     aa2Triplet.put("i", "ILE");
 205     aa2Triplet.put("L", "LEU");
 206     aa2Triplet.put("l", "LEU");
 207     aa2Triplet.put("K", "LYS");
 208     aa2Triplet.put("k", "LYS");
 209     aa2Triplet.put("M", "MET");
 210     aa2Triplet.put("m", "MET");
 211     aa2Triplet.put("F", "PHE");
 212     aa2Triplet.put("f", "PHE");
 213     aa2Triplet.put("P", "PRO");
 214     aa2Triplet.put("p", "PRO");
 215     aa2Triplet.put("S", "SER");
 216     aa2Triplet.put("s", "SER");
 217     aa2Triplet.put("T", "THR");
 218     aa2Triplet.put("t", "THR");
 219     aa2Triplet.put("W", "TRP");
 220     aa2Triplet.put("w", "TRP");
 221     aa2Triplet.put("Y", "TYR");
 222     aa2Triplet.put("y", "TYR");
 223     aa2Triplet.put("V", "VAL");
 224     aa2Triplet.put("v", "VAL");
 225   }
 226
 227   public static final String[] aa =
 228   { "A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F",
 229       "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "_", "*", ".", " " };
 230
 231   public static final Color midBlue = new Color(100, 100, 255);
 232
 233   public static final Vector scaleColours = new Vector();
 234
 235   static
 236   {
 237     scaleColours.addElement(new Color(114, 0, 147));
 238     scaleColours.addElement(new Color(156, 0, 98));
 239     scaleColours.addElement(new Color(190, 0, 0));
 240     scaleColours.addElement(Color.red);
 241     scaleColours.addElement(new Color(255, 125, 0));
 242     scaleColours.addElement(Color.orange);
 243     scaleColours.addElement(new Color(255, 194, 85));
 244     scaleColours.addElement(Color.yellow);
 245     scaleColours.addElement(new Color(255, 255, 181));
 246     scaleColours.addElement(Color.white);
 247   }
 248
 249   public static final Color[] taylor =
 250   { new Color(204, 255, 0), // A Greenish-yellowy-yellow
 251       new Color(0, 0, 255), // R Blueish-bluey-blue
 252       new Color(204, 0, 255), // N Blueish-reddy-blue
 253       new Color(255, 0, 0), // D Reddish-reddy-red
 254       new Color(255, 255, 0), // C Yellowish-yellowy-yellow
 255       new Color(255, 0, 204), // Q Reddish-bluey-red
 256       new Color(255, 0, 102), // E Blueish-reddy-red
 257       new Color(255, 153, 0), // G Yellowy-reddy-yellow
 258       new Color(0, 102, 255), // H Greenish-bluey-blue
 259       new Color(102, 255, 0), // I Greenish-yellowy-green
 260       new Color(51, 255, 0), // L Yellowish-greeny-green
 261       new Color(102, 0, 255), // K Reddish-bluey-blue
 262       new Color(0, 255, 0), // M Greenish-greeny-green
 263       new Color(0, 255, 102), // F Blueish-greeny-green
 264       new Color(255, 204, 0), // P Reddish-yellowy-yellow
 265       new Color(255, 51, 0), // S Yellowish-reddy-red
 266       new Color(255, 102, 0), // T Reddish-yellowy-red
 267       new Color(0, 204, 255), // W Blueish-greeny-green
 268       new Color(0, 255, 204), // Y Greenish-bluey-green
 269       new Color(153, 255, 0), // V Yellowish-greeny-yellow
 270       Color.white, // B
 271       Color.white, // Z
 272       Color.white, // X
 273       Color.white, // -
 274       Color.white, // *
 275       Color.white // .
 276   };
 277
 278   public static final Color[] nucleotide =
 279   { new Color(100, 247, 63), // A
 280       new Color(255, 179, 64), // C
 281       new Color(235, 65, 60), // G
 282       new Color(60, 136, 238), // T
 283       new Color(60, 136, 238), // U
 284   Color.white, // I
 285   Color.white, // X
 286   Color.white, // R
 287   Color.white, // Y
 288   Color.white, // N
 289   Color.white, // Gap
 290   };
 291
 292   // Zappo
 293   public static final Color[] zappo =
 294   { Color.pink, // A
 295       midBlue, // R
 296       Color.green, // N
 297       Color.red, // D
 298       Color.yellow, // C
 299       Color.green, // Q
 300       Color.red, // E
 301       Color.magenta, // G
 302       midBlue,// Color.red, // H
 303       Color.pink, // I
 304       Color.pink, // L
 305       midBlue, // K
 306       Color.pink, // M
 307       Color.orange, // F
 308       Color.magenta, // P
 309       Color.green, // S
 310       Color.green, // T
 311       Color.orange, // W
 312       Color.orange, // Y
 313       Color.pink, // V
 314       Color.white, // B
 315       Color.white, // Z
 316       Color.white, // X
 317       Color.white, // -
 318       Color.white, // *
 319       Color.white, // .
 320       Color.white // ' '
 321   };
 322
 323   // Dunno where I got these numbers from
 324   public static final double[] hyd2 =
 325   { 0.62, // A
 326       0.29, // R
 327       -0.90, // N
 328       -0.74, // D
 329       1.19, // C
 330       0.48, // Q
 331       -0.40, // E
 332       1.38, // G
 333       -1.50, // H
 334       1.06, // I
 335       0.64, // L
 336       -0.78, // K
 337       0.12, // M
 338       -0.85, // F
 339       -2.53, // P
 340       -0.18, // S
 341       -0.05, // T
 342       1.08, // W
 343       0.81, // Y
 344       0.0, // V
 345       0.26, // B
 346       0.0, // Z
 347       0.0 // X
 348   };
 349
 350   public static final double[] helix =
 351   { 1.42, 0.98, 0.67, 1.01, 0.70, 1.11, 1.51, 0.57, 1.00, 1.08, 1.21, 1.16,
 352       1.45, 1.13, 0.57, 0.77, 0.83, 1.08, 0.69, 1.06, 0.84, 1.31, 1.00, 0.0 };
 353
 354   public static final double helixmin = 0.57;
 355
 356   public static final double helixmax = 1.51;
 357
 358   public static final double[] strand =
 359   { 0.83, 0.93, 0.89, 0.54, 1.19, 1.10, 0.37, 0.75, 0.87, 1.60, 1.30, 0.74,
 360       1.05, 1.38, 0.55, 0.75, 1.19, 1.37, 1.47, 1.70, 0.72, 0.74, 1.0, 0.0 };
 361
 362   public static final double strandmin = 0.37;
 363
 364   public static final double strandmax = 1.7;
 365
 366   public static final double[] turn =
 367   { 0.66, 0.95, 1.56, 1.46, 1.19, 0.98, 0.74, 1.56, 0.95, 0.47, 0.59, 1.01,
 368       0.60, 0.60, 1.52, 1.43, 0.96, 0.96, 1.14, 0.50, 1.51, 0.86, 1.00, 0,
 369       0 };
 370
 371   public static final double turnmin = 0.47;
 372
 373   public static final double turnmax = 1.56;
 374
 375   public static final double[] buried =
 376   { 1.7, 0.1, 0.4, 0.4, 4.6, 0.3, 0.3, 1.8, 0.8, 3.1, 2.4, 0.05, 1.9, 2.2,
 377       0.6, 0.8, 0.7, 1.6, 0.5, 2.9, 0.4, 0.3, 1.358, 0.00 };
 378
 379   public static final double buriedmin = 0.05;
 380
 381   public static final double buriedmax = 4.6;
 382
 383   // This is hydropathy index
 384   // Kyte, J., and Doolittle, R.F., J. Mol. Biol.
 385   // 1157, 105-132, 1982
 386   public static final double[] hyd =
 387   { 1.8, -4.5, -3.5, -3.5, 2.5, -3.5, -3.5, -0.4, -3.2, 4.5, 3.8, -3.9,
 388       1.9, 2.8, -1.6, -0.8, -0.7, -0.9, -1.3, 4.2, -3.5, -3.5, -0.49, 0.0 };
 389
 390   public static final double hydmax = 4.5;
 391
 392   public static final double hydmin = -3.9;
 393
 394   // public static final double hydmax = 1.38;
 395   // public static final double hydmin = -2.53;
 396   private static final int[][] BLOSUM62 =
 397   {
 398       { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
 399           -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
 400       { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
 401           -2, -3, -1, 0, -1, -4 },
 402       { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2,
 403           -3, 3, 0, -1, -4 },
 404       { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
 405           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 406       { 0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1,
 407           -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
 408       { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
 409           -2, 0, 3, -1, -4 },
 410       { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 411           -2, 1, 4, -1, -4 },
 412       { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
 413           -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
 414       { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
 415           2, -3, 0, 0, -1, -4 },
 416       { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
 417           -1, 3, -3, -3, -1, -4 },
 418       { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
 419           -1, 1, -4, -3, -1, -4 },
 420       { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
 421           -2, -2, 0, 1, -1, -4 },
 422       { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
 423           -1, 1, -3, -1, -1, -4 },
 424       { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
 425           3, -1, -3, -3, -1, -4 },
 426       { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
 427           -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
 428       { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
 429           -2, 0, 0, 0, -4 },
 430       { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
 431           -2, 0, -1, -1, 0, -4 },
 432       { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
 433           11, 2, -3, -4, -3, -2, -4 },
 434       { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2,
 435           2, 7, -1, -3, -2, -1, -4 },
 436       { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
 437           -1, 4, -3, -2, -1, -4 },
 438       { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
 439           -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
 440       { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
 441           -2, 1, 4, -1, -4 },
 442       { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0,
 443           -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
 444       { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
 445           -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
 446
 447   static final int[][] PAM250 =
 448   {
 449       { 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3,
 450           0, 0, 0, 0, -8 },
 451       { -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
 452           -2, -1, 0, -1, -8 },
 453       { 0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
 454           2, 1, 0, -8 },
 455       { 0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4,
 456           -2, 3, 3, -1, -8 },
 457       { -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
 458           -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8 },
 459       { 0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
 460           -2, 1, 3, -1, -8 },
 461       { 0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4,
 462           -2, 3, 3, -1, -8 },
 463       { 1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
 464           -1, 0, 0, -1, -8 },
 465       { -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
 466           -2, 1, 2, -1, -8 },
 467       { -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
 468           -1, 4, -2, -2, -1, -8 },
 469       { -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
 470           -1, 2, -3, -3, -1, -8 },
 471       { -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4,
 472           -2, 1, 0, -1, -8 },
 473       { -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4,
 474           -2, 2, -2, -2, -1, -8 },
 475       { -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0,
 476           7, -1, -4, -5, -2, -8 },
 477       { 1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
 478           -1, -1, 0, -1, -8 },
 479       { 1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3,
 480           -1, 0, 0, 0, -8 },
 481       { 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3,
 482           0, 0, -1, 0, -8 },
 483       { -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5,
 484           17, 0, -6, -5, -6, -4, -8 },
 485       { -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
 486           10, -2, -3, -4, -2, -8 },
 487       { 0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
 488           -2, 4, -2, -2, -1, -8 },
 489       { 0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3,
 490           -2, 3, 2, -1, -8 },
 491       { 0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4,
 492           -2, 2, 3, -1, -8 },
 493       { 0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
 494           -2, -1, -1, -1, -1, -8 },
 495       { -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
 496           -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1 }, };
 497
 498   public static final Hashtable ssHash = new Hashtable(); // stores the number
 499                                                           // value of the aa
 500
 501   static
 502   {
 503     ssHash.put("H", Color.magenta);
 504     ssHash.put("E", Color.yellow);
 505     ssHash.put("-", Color.white);
 506     ssHash.put(".", Color.white);
 507     ssHash.put("S", Color.cyan);
 508     ssHash.put("T", Color.blue);
 509     ssHash.put("G", Color.pink);
 510     ssHash.put("I", Color.pink);
 511     ssHash.put("B", Color.yellow);
 512   }
 513 /*      new Color(60, 136, 238), // U
 514   Color.white, // I
 515   Color.white, // X
 516   Color.white, // R
 517   Color.white, // Y
 518   Color.white, // N
 519   Color.white, // Gap
 520 */
 521   static final int[][] DNA =
 522   {
 523   { 10, -8, -8, -8, 1, 0  ,0  ,0  ,0  ,0 ,1 }, // C
 524   { -8, 10, -8, -8, 1, 0  ,0  ,0  ,0  ,0 ,1 }, // T
 525   { -8, -8, 10, -8, 1, 0  ,0  ,0  ,0  ,0 ,1 }, // A
 526   { -8, -8, -8, 10, 1, 0  ,0  ,0  ,0  ,0 ,1 }, // G
 527   { 1,   1,  1, 1, 10,0  ,0  ,0  ,0  ,0 ,1 }, // -
 528   { 1,   1,  1, 1, 1 ,10 ,0  ,0  ,0  ,0 ,1 }, // -
 529   { 1,   1,  1, 1, 1 ,0  ,10 ,0  ,0  ,0 ,1 }, // -
 530   { 1,   1,  1, 1, 1 ,0  ,0  ,10 ,0  ,0 ,1 }, // -
 531   { 1,   1,  1, 1, 1 ,0  ,0  ,0  ,10 ,0 ,1 }, // -
 532   { 1,   1,  1, 1, 1 ,0  ,0  ,0  ,0 ,10 ,1 }, // -
 533   { 1,   1,  1, 1, 1 ,1  ,1  ,1  ,1  ,1 ,1 }, // -
 534   };
 535   /**
 536    * register matrices in list
 537    */
 538   static
 539   {
 540     scoreMatrices.put("BLOSUM62", new ScoreMatrix("BLOSUM62", BLOSUM62, 0));
 541     scoreMatrices.put("PAM250", new ScoreMatrix("PAM250", PAM250, 0));
 542     scoreMatrices.put("DNA", new ScoreMatrix("DNA", DNA, 1));
 543   }
 544
 545   public static final Color[] pidColours =
 546   { midBlue, new Color(153, 153, 255),
 547   // Color.lightGray,
 548       new Color(204, 204, 255), };
 549
 550   public static final float[] pidThresholds =
 551   { 80, 60, 40, };
 552
 553   public static Hashtable codonHash = new Hashtable();
 554
 555   public static Vector Lys = new Vector();
 556
 557   public static Vector Asn = new Vector();
 558
 559   public static Vector Gln = new Vector();
 560
 561   public static Vector His = new Vector();
 562
 563   public static Vector Glu = new Vector();
 564
 565   public static Vector Asp = new Vector();
 566
 567   public static Vector Tyr = new Vector();
 568
 569   public static Vector Thr = new Vector();
 570
 571   public static Vector Pro = new Vector();
 572
 573   public static Vector Ala = new Vector();
 574
 575   public static Vector Ser = new Vector();
 576
 577   public static Vector Arg = new Vector();
 578
 579   public static Vector Gly = new Vector();
 580
 581   public static Vector Trp = new Vector();
 582
 583   public static Vector Cys = new Vector();
 584
 585   public static Vector Ile = new Vector();
 586
 587   public static Vector Met = new Vector();
 588
 589   public static Vector Leu = new Vector();
 590
 591   public static Vector Val = new Vector();
 592
 593   public static Vector Phe = new Vector();
 594
 595   public static Vector STOP = new Vector();
 596
 597   static
 598   {
 599     codonHash.put("K", Lys);
 600     codonHash.put("N", Asn);
 601     codonHash.put("Q", Gln);
 602     codonHash.put("H", His);
 603     codonHash.put("E", Glu);
 604     codonHash.put("D", Asp);
 605     codonHash.put("Y", Tyr);
 606     codonHash.put("T", Thr);
 607     codonHash.put("P", Pro);
 608     codonHash.put("A", Ala);
 609     codonHash.put("S", Ser);
 610     codonHash.put("R", Arg);
 611     codonHash.put("G", Gly);
 612     codonHash.put("W", Trp);
 613     codonHash.put("C", Cys);
 614     codonHash.put("I", Ile);
 615     codonHash.put("M", Met);
 616     codonHash.put("L", Leu);
 617     codonHash.put("V", Val);
 618     codonHash.put("F", Phe);
 619     codonHash.put("STOP", STOP);
 620   }
 621
 622   public static Hashtable codonHash2 = new Hashtable();
 623
 624   static
 625   {
 626     codonHash2.put("AAA", "K");
 627     codonHash2.put("AAG", "K");
 628     codonHash2.put("AAC", "N");
 629     codonHash2.put("AAT", "N");
 630
 631     codonHash2.put("CAA", "E");
 632     codonHash2.put("CAG", "E");
 633     codonHash2.put("CAC", "H");
 634     codonHash2.put("CAT", "H");
 635
 636     codonHash2.put("GAA", "Q");
 637     codonHash2.put("GAG", "Q");
 638     codonHash2.put("GAC", "D");
 639     codonHash2.put("GAT", "D");
 640
 641     codonHash2.put("TAC", "Y");
 642     codonHash2.put("TAT", "Y");
 643
 644     codonHash2.put("ACA", "T");
 645     codonHash2.put("AAG", "T");
 646     codonHash2.put("ACC", "T");
 647     codonHash2.put("ACT", "T");
 648
 649     codonHash2.put("CCA", "P");
 650     codonHash2.put("CCG", "P");
 651     codonHash2.put("CCC", "P");
 652     codonHash2.put("CCT", "P");
 653
 654     codonHash2.put("GCA", "A");
 655     codonHash2.put("GCG", "A");
 656     codonHash2.put("GCC", "A");
 657     codonHash2.put("GCT", "A");
 658
 659     codonHash2.put("TCA", "S");
 660     codonHash2.put("TCG", "S");
 661     codonHash2.put("TCC", "S");
 662     codonHash2.put("TCT", "S");
 663     codonHash2.put("AGC", "S");
 664     codonHash2.put("AGT", "S");
 665
 666     codonHash2.put("AGA", "R");
 667     codonHash2.put("AGG", "R");
 668     codonHash2.put("CGA", "R");
 669     codonHash2.put("CGG", "R");
 670     codonHash2.put("CGC", "R");
 671     codonHash2.put("CGT", "R");
 672
 673     codonHash2.put("GGA", "G");
 674     codonHash2.put("GGG", "G");
 675     codonHash2.put("GGC", "G");
 676     codonHash2.put("GGT", "G");
 677
 678     codonHash2.put("TGA", "*");
 679     codonHash2.put("TAA", "*");
 680     codonHash2.put("TAG", "*");
 681
 682     codonHash2.put("TGG", "W");
 683
 684     codonHash2.put("TGC", "C");
 685     codonHash2.put("TGT", "C");
 686
 687     codonHash2.put("ATA", "I");
 688     codonHash2.put("ATC", "I");
 689     codonHash2.put("ATT", "I");
 690
 691     codonHash2.put("ATG", "M");
 692
 693     codonHash2.put("CTA", "L");
 694     codonHash2.put("CTG", "L");
 695     codonHash2.put("CTC", "L");
 696     codonHash2.put("CTT", "L");
 697     codonHash2.put("TTA", "L");
 698     codonHash2.put("TTG", "L");
 699
 700     codonHash2.put("GTA", "V");
 701     codonHash2.put("GTG", "V");
 702     codonHash2.put("GTC", "V");
 703     codonHash2.put("GTT", "V");
 704
 705     codonHash2.put("TTC", "F");
 706     codonHash2.put("TTT", "F");
 707   }
 708
 709   static
 710   {
 711     Lys.addElement("AAA");
 712     Lys.addElement("AAG");
 713     Asn.addElement("AAC");
 714     Asn.addElement("AAT");
 715
 716     Gln.addElement("CAA");
 717     Gln.addElement("CAG");
 718     His.addElement("CAC");
 719     His.addElement("CAT");
 720
 721     Glu.addElement("GAA");
 722     Glu.addElement("GAG");
 723     Asp.addElement("GAC");
 724     Asp.addElement("GAT");
 725
 726     Tyr.addElement("TAC");
 727     Tyr.addElement("TAT");
 728
 729     Thr.addElement("ACA");
 730     Thr.addElement("ACG");
 731     Thr.addElement("ACC");
 732     Thr.addElement("ACT");
 733
 734     Pro.addElement("CCA");
 735     Pro.addElement("CCG");
 736     Pro.addElement("CCC");
 737     Pro.addElement("CCT");
 738
 739     Ala.addElement("GCA");
 740     Ala.addElement("GCG");
 741     Ala.addElement("GCC");
 742     Ala.addElement("GCT");
 743
 744     Ser.addElement("TCA");
 745     Ser.addElement("TCG");
 746     Ser.addElement("TCC");
 747     Ser.addElement("TCT");
 748     Ser.addElement("AGC");
 749     Ser.addElement("AGT");
 750
 751     Arg.addElement("AGA");
 752     Arg.addElement("AGG");
 753     Arg.addElement("CGA");
 754     Arg.addElement("CGG");
 755     Arg.addElement("CGC");
 756     Arg.addElement("CGT");
 757
 758     Gly.addElement("GGA");
 759     Gly.addElement("GGG");
 760     Gly.addElement("GGC");
 761     Gly.addElement("GGT");
 762
 763     STOP.addElement("TGA");
 764     STOP.addElement("TAA");
 765     STOP.addElement("TAG");
 766
 767     Trp.addElement("TGG");
 768
 769     Cys.addElement("TGC");
 770     Cys.addElement("TGT");
 771
 772     Ile.addElement("ATA");
 773     Ile.addElement("ATC");
 774     Ile.addElement("ATT");
 775
 776     Met.addElement("ATG");
 777
 778     Leu.addElement("CTA");
 779     Leu.addElement("CTG");
 780     Leu.addElement("CTC");
 781     Leu.addElement("CTT");
 782     Leu.addElement("TTA");
 783     Leu.addElement("TTG");
 784
 785     Val.addElement("GTA");
 786     Val.addElement("GTG");
 787     Val.addElement("GTC");
 788     Val.addElement("GTT");
 789
 790     Phe.addElement("TTC");
 791     Phe.addElement("TTT");
 792   }
 793
 794   // Stores residue codes/names and colours and other things
 795   public static Hashtable propHash = new Hashtable();
 796
 797   public static Hashtable hydrophobic = new Hashtable();
 798
 799   public static Hashtable polar = new Hashtable();
 800
 801   public static Hashtable small = new Hashtable();
 802
 803   public static Hashtable positive = new Hashtable();
 804
 805   public static Hashtable negative = new Hashtable();
 806
 807   public static Hashtable charged = new Hashtable();
 808
 809   public static Hashtable aromatic = new Hashtable();
 810
 811   public static Hashtable aliphatic = new Hashtable();
 812
 813   public static Hashtable tiny = new Hashtable();
 814
 815   public static Hashtable proline = new Hashtable();
 816
 817   static
 818   {
 819     hydrophobic.put("I", new Integer(1));
 820     hydrophobic.put("L", new Integer(1));
 821     hydrophobic.put("V", new Integer(1));
 822     hydrophobic.put("C", new Integer(1));
 823     hydrophobic.put("A", new Integer(1));
 824     hydrophobic.put("G", new Integer(1));
 825     hydrophobic.put("M", new Integer(1));
 826     hydrophobic.put("F", new Integer(1));
 827     hydrophobic.put("Y", new Integer(1));
 828     hydrophobic.put("W", new Integer(1));
 829     hydrophobic.put("H", new Integer(1));
 830     hydrophobic.put("K", new Integer(1));
 831     hydrophobic.put("X", new Integer(1));
 832     hydrophobic.put("-", new Integer(1));
 833     hydrophobic.put("*", new Integer(1));
 834     hydrophobic.put("R", new Integer(0));
 835     hydrophobic.put("E", new Integer(0));
 836     hydrophobic.put("Q", new Integer(0));
 837     hydrophobic.put("D", new Integer(0));
 838     hydrophobic.put("N", new Integer(0));
 839     hydrophobic.put("S", new Integer(0));
 840     hydrophobic.put("T", new Integer(0));
 841     hydrophobic.put("P", new Integer(0));
 842   }
 843
 844   static
 845   {
 846     polar.put("Y", new Integer(1));
 847     polar.put("W", new Integer(1));
 848     polar.put("H", new Integer(1));
 849     polar.put("K", new Integer(1));
 850     polar.put("R", new Integer(1));
 851     polar.put("E", new Integer(1));
 852     polar.put("Q", new Integer(1));
 853     polar.put("D", new Integer(1));
 854     polar.put("N", new Integer(1));
 855     polar.put("S", new Integer(1));
 856     polar.put("T", new Integer(1));
 857     polar.put("X", new Integer(1));
 858     polar.put("-", new Integer(1));
 859     polar.put("*", new Integer(1));
 860     polar.put("I", new Integer(0));
 861     polar.put("L", new Integer(0));
 862     polar.put("V", new Integer(0));
 863     polar.put("C", new Integer(0));
 864     polar.put("A", new Integer(0));
 865     polar.put("G", new Integer(0));
 866     polar.put("M", new Integer(0));
 867     polar.put("F", new Integer(0));
 868     polar.put("P", new Integer(0));
 869   }
 870
 871   static
 872   {
 873     small.put("I", new Integer(0));
 874     small.put("L", new Integer(0));
 875     small.put("V", new Integer(1));
 876     small.put("C", new Integer(1));
 877     small.put("A", new Integer(1));
 878     small.put("G", new Integer(1));
 879     small.put("M", new Integer(0));
 880     small.put("F", new Integer(0));
 881     small.put("Y", new Integer(0));
 882     small.put("W", new Integer(0));
 883     small.put("H", new Integer(0));
 884     small.put("K", new Integer(0));
 885     small.put("R", new Integer(0));
 886     small.put("E", new Integer(0));
 887     small.put("Q", new Integer(0));
 888     small.put("D", new Integer(1));
 889     small.put("N", new Integer(1));
 890     small.put("S", new Integer(1));
 891     small.put("T", new Integer(1));
 892     small.put("P", new Integer(1));
 893     small.put("-", new Integer(1));
 894     small.put("*", new Integer(1));
 895   }
 896
 897   static
 898   {
 899     positive.put("I", new Integer(0));
 900     positive.put("L", new Integer(0));
 901     positive.put("V", new Integer(0));
 902     positive.put("C", new Integer(0));
 903     positive.put("A", new Integer(0));
 904     positive.put("G", new Integer(0));
 905     positive.put("M", new Integer(0));
 906     positive.put("F", new Integer(0));
 907     positive.put("Y", new Integer(0));
 908     positive.put("W", new Integer(0));
 909     positive.put("H", new Integer(1));
 910     positive.put("K", new Integer(1));
 911     positive.put("R", new Integer(1));
 912     positive.put("E", new Integer(0));
 913     positive.put("Q", new Integer(0));
 914     positive.put("D", new Integer(0));
 915     positive.put("N", new Integer(0));
 916     positive.put("S", new Integer(0));
 917     positive.put("T", new Integer(0));
 918     positive.put("P", new Integer(0));
 919     positive.put("-", new Integer(1));
 920     positive.put("*", new Integer(1));
 921   }
 922
 923   static
 924   {
 925     negative.put("I", new Integer(0));
 926     negative.put("L", new Integer(0));
 927     negative.put("V", new Integer(0));
 928     negative.put("C", new Integer(0));
 929     negative.put("A", new Integer(0));
 930     negative.put("G", new Integer(0));
 931     negative.put("M", new Integer(0));
 932     negative.put("F", new Integer(0));
 933     negative.put("Y", new Integer(0));
 934     negative.put("W", new Integer(0));
 935     negative.put("H", new Integer(0));
 936     negative.put("K", new Integer(0));
 937     negative.put("R", new Integer(0));
 938     negative.put("E", new Integer(1));
 939     negative.put("Q", new Integer(0));
 940     negative.put("D", new Integer(1));
 941     negative.put("N", new Integer(0));
 942     negative.put("S", new Integer(0));
 943     negative.put("T", new Integer(0));
 944     negative.put("P", new Integer(0));
 945     negative.put("-", new Integer(1));
 946     negative.put("*", new Integer(1));
 947   }
 948
 949   static
 950   {
 951     charged.put("I", new Integer(0));
 952     charged.put("L", new Integer(0));
 953     charged.put("V", new Integer(0));
 954     charged.put("C", new Integer(0));
 955     charged.put("A", new Integer(0));
 956     charged.put("G", new Integer(0));
 957     charged.put("M", new Integer(0));
 958     charged.put("F", new Integer(0));
 959     charged.put("Y", new Integer(0));
 960     charged.put("W", new Integer(0));
 961     charged.put("H", new Integer(1));
 962     charged.put("K", new Integer(1));
 963     charged.put("R", new Integer(1));
 964     charged.put("E", new Integer(1));
 965     charged.put("Q", new Integer(0));
 966     charged.put("D", new Integer(1));
 967     charged.put("N", new Integer(0)); // Asparagine is polar but not charged. Alternative would be charged and negative (in basic form)?
 968     charged.put("S", new Integer(0));
 969     charged.put("T", new Integer(0));
 970     charged.put("P", new Integer(0));
 971     charged.put("-", new Integer(1));
 972     charged.put("*", new Integer(1));
 973   }
 974
 975   static
 976   {
 977     aromatic.put("I", new Integer(0));
 978     aromatic.put("L", new Integer(0));
 979     aromatic.put("V", new Integer(0));
 980     aromatic.put("C", new Integer(0));
 981     aromatic.put("A", new Integer(0));
 982     aromatic.put("G", new Integer(0));
 983     aromatic.put("M", new Integer(0));
 984     aromatic.put("F", new Integer(1));
 985     aromatic.put("Y", new Integer(1));
 986     aromatic.put("W", new Integer(1));
 987     aromatic.put("H", new Integer(1));
 988     aromatic.put("K", new Integer(0));
 989     aromatic.put("R", new Integer(0));
 990     aromatic.put("E", new Integer(0));
 991     aromatic.put("Q", new Integer(0));
 992     aromatic.put("D", new Integer(0));
 993     aromatic.put("N", new Integer(0));
 994     aromatic.put("S", new Integer(0));
 995     aromatic.put("T", new Integer(0));
 996     aromatic.put("P", new Integer(0));
 997     aromatic.put("-", new Integer(1));
 998     aromatic.put("*", new Integer(1));
 999   }
1000
1001   static
1002   {
1003     aliphatic.put("I", new Integer(1));
1004     aliphatic.put("L", new Integer(1));
1005     aliphatic.put("V", new Integer(1));
1006     aliphatic.put("C", new Integer(0));
1007     aliphatic.put("A", new Integer(0));
1008     aliphatic.put("G", new Integer(0));
1009     aliphatic.put("M", new Integer(0));
1010     aliphatic.put("F", new Integer(0));
1011     aliphatic.put("Y", new Integer(0));
1012     aliphatic.put("W", new Integer(0));
1013     aliphatic.put("H", new Integer(0));
1014     aliphatic.put("K", new Integer(0));
1015     aliphatic.put("R", new Integer(0));
1016     aliphatic.put("E", new Integer(0));
1017     aliphatic.put("Q", new Integer(0));
1018     aliphatic.put("D", new Integer(0));
1019     aliphatic.put("N", new Integer(0));
1020     aliphatic.put("S", new Integer(0));
1021     aliphatic.put("T", new Integer(0));
1022     aliphatic.put("P", new Integer(0));
1023     aliphatic.put("-", new Integer(1));
1024     aliphatic.put("*", new Integer(1));
1025   }
1026
1027   static
1028   {
1029     tiny.put("I", new Integer(0));
1030     tiny.put("L", new Integer(0));
1031     tiny.put("V", new Integer(0));
1032     tiny.put("C", new Integer(0));
1033     tiny.put("A", new Integer(1));
1034     tiny.put("G", new Integer(1));
1035     tiny.put("M", new Integer(0));
1036     tiny.put("F", new Integer(0));
1037     tiny.put("Y", new Integer(0));
1038     tiny.put("W", new Integer(0));
1039     tiny.put("H", new Integer(0));
1040     tiny.put("K", new Integer(0));
1041     tiny.put("R", new Integer(0));
1042     tiny.put("E", new Integer(0));
1043     tiny.put("Q", new Integer(0));
1044     tiny.put("D", new Integer(0));
1045     tiny.put("N", new Integer(0));
1046     tiny.put("S", new Integer(1));
1047     tiny.put("T", new Integer(0));
1048     tiny.put("P", new Integer(0));
1049     tiny.put("-", new Integer(1));
1050     tiny.put("*", new Integer(1));
1051   }
1052
1053   static
1054   {
1055     proline.put("I", new Integer(0));
1056     proline.put("L", new Integer(0));
1057     proline.put("V", new Integer(0));
1058     proline.put("C", new Integer(0));
1059     proline.put("A", new Integer(0));
1060     proline.put("G", new Integer(0));
1061     proline.put("M", new Integer(0));
1062     proline.put("F", new Integer(0));
1063     proline.put("Y", new Integer(0));
1064     proline.put("W", new Integer(0));
1065     proline.put("H", new Integer(0));
1066     proline.put("K", new Integer(0));
1067     proline.put("R", new Integer(0));
1068     proline.put("E", new Integer(0));
1069     proline.put("Q", new Integer(0));
1070     proline.put("D", new Integer(0));
1071     proline.put("N", new Integer(0));
1072     proline.put("S", new Integer(0));
1073     proline.put("T", new Integer(0));
1074     proline.put("P", new Integer(1));
1075     proline.put("-", new Integer(1));
1076     proline.put("*", new Integer(1));
1077   }
1078
1079   static
1080   {
1081     propHash.put("hydrophobic", hydrophobic);
1082     propHash.put("small", small);
1083     propHash.put("positive", positive);
1084     propHash.put("negative", negative);
1085     propHash.put("charged", charged);
1086     propHash.put("aromatic", aromatic);
1087     propHash.put("aliphatic", aliphatic);
1088     propHash.put("tiny", tiny);
1089     propHash.put("proline", proline);
1090     propHash.put("polar", polar);
1091   }
1092
1093   private ResidueProperties()
1094   {
1095   }
1096
1097   public static double getHydmax()
1098   {
1099     return hydmax;
1100   }
1101
1102   public static double getHydmin()
1103   {
1104     return hydmin;
1105   }
1106
1107   public static double[] getHyd()
1108   {
1109     return hyd;
1110   }
1111
1112   public static Hashtable getAA3Hash()
1113   {
1114     return aa3Hash;
1115   }
1116
1117   public static int[][] getDNA()
1118   {
1119     return ResidueProperties.DNA;
1120   }
1121
1122   public static int[][] getBLOSUM62()
1123   {
1124     return ResidueProperties.BLOSUM62;
1125   }
1126
1127   public static int getPAM250(String A1, String A2)
1128   {
1129     return getPAM250(A1.charAt(0), A2.charAt(0));
1130   }
1131
1132   public static int getBLOSUM62(char c1, char c2)
1133   {
1134     int pog = 0;
1135
1136     try
1137     {
1138       int a = aaIndex[c1];
1139       int b = aaIndex[c2];
1140
1141       pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];
1142     } catch (Exception e)
1143     {
1144       // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
1145     }
1146
1147     return pog;
1148   }
1149
1150   public static Vector getCodons(String res)
1151   {
1152     if (codonHash.containsKey(res))
1153     {
1154       return (Vector) codonHash.get(res);
1155     }
1156
1157     return null;
1158   }
1159
1160   public static String codonTranslate(String lccodon)
1161   {
1162     String codon=lccodon.toUpperCase();
1163     // all base ambiguity codes yield an 'X' amino acid residue
1164     if (codon.indexOf('X')>-1 || codon.indexOf('N')>-1)
1165     {
1166       return "X";
1167     }
1168     Enumeration e = codonHash.keys();
1169
1170     while (e.hasMoreElements())
1171     {
1172       String key = (String) e.nextElement();
1173       Vector tmp = (Vector) codonHash.get(key);
1174
1175       if (tmp.contains(codon))
1176       {
1177         return key;
1178       }
1179     }
1180
1181     return null;
1182   }
1183
1184   public static int[][] getDefaultPeptideMatrix()
1185   {
1186     return ResidueProperties.getBLOSUM62();
1187   }
1188
1189   public static int[][] getDefaultDnaMatrix()
1190   {
1191     return ResidueProperties.getDNA();
1192   }
1193
1194   /**
1195    * get a ScoreMatrix based on its string name
1196    *
1197    * @param pwtype
1198    * @return matrix in scoreMatrices with key pwtype or null
1199    */
1200   public static ScoreMatrix getScoreMatrix(String pwtype)
1201   {
1202     Object val = scoreMatrices.get(pwtype);
1203     if (val != null)
1204     {
1205       return (ScoreMatrix) val;
1206     }
1207     return null;
1208   }
1209
1210   public static int getPAM250(char c, char d)
1211   {
1212     int a = aaIndex[c];
1213     int b = aaIndex[d];
1214
1215     int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];
1216
1217     return pog;
1218   }
1219
1220   public static Hashtable toDssp3State;
1221   static
1222   {
1223     toDssp3State = new Hashtable();
1224     toDssp3State.put("H", "H");
1225     toDssp3State.put("E", "E");
1226     toDssp3State.put("C", " ");
1227     toDssp3State.put(" ", " ");
1228     toDssp3State.put("T", " ");
1229     toDssp3State.put("B", "E");
1230     toDssp3State.put("G", "H");
1231     toDssp3State.put("I", "H");
1232     toDssp3State.put("X", " ");
1233   }
1234
1235   /**
1236    * translate from other dssp secondary structure alphabets to 3-state
1237    *
1238    * @param ssstring
1239    * @return ssstring as a three-state secondary structure assignment.
1240    */
1241   public static String getDssp3state(String ssstring)
1242   {
1243     if (ssstring == null)
1244     {
1245       return null;
1246     }
1247     StringBuffer ss = new StringBuffer();
1248     for (int i = 0; i < ssstring.length(); i++)
1249     {
1250       String ssc = ssstring.substring(i, i + 1);
1251       if (toDssp3State.containsKey(ssc))
1252       {
1253         ss.append((String) toDssp3State.get(ssc));
1254       }
1255       else
1256       {
1257         ss.append(" ");
1258       }
1259     }
1260     return ss.toString();
1261   }
1262
1263   // main method generates perl representation of residue property hash
1264   // / cut here
1265   public static void main(String[] args)
1266   {
1267     Hashtable aa = new Hashtable();
1268     System.out.println("my %aa = {");
1269     // invert property hashes
1270     Enumeration prop = propHash.keys();
1271     while (prop.hasMoreElements())
1272     {
1273       String pname = (String) prop.nextElement();
1274       Hashtable phash = (Hashtable) propHash.get(pname);
1275       Enumeration res = phash.keys();
1276       while (res.hasMoreElements())
1277       {
1278         String rname = (String) res.nextElement();
1279         Vector aprops = (Vector) aa.get(rname);
1280         if (aprops == null)
1281         {
1282           aprops = new Vector();
1283           aa.put(rname, aprops);
1284         }
1285         Integer hasprop = (Integer) phash.get(rname);
1286         if (hasprop.intValue() == 1)
1287         {
1288           aprops.addElement(pname);
1289         }
1290       }
1291     }
1292     Enumeration res = aa.keys();
1293     while (res.hasMoreElements())
1294     {
1295       String rname = (String) res.nextElement();
1296
1297       System.out.print("'" + rname + "' => [");
1298       Enumeration props = ((Vector) aa.get(rname)).elements();
1299       while (props.hasMoreElements())
1300       {
1301         System.out.print("'" + (String) props.nextElement() + "'");
1302         if (props.hasMoreElements())
1303         {
1304           System.out.println(", ");
1305         }
1306       }
1307       System.out.println("]" + (res.hasMoreElements() ? "," : ""));
1308     }
1309     System.out.println("};");
1310   }
1311   // to here
1312 }