src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.jbgui.*;\r
   5 \r
   6 import java.util.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 \r
   9 public class ScoreColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  10   public double min;\r
  11   public double max;\r
  12   public double[] scores;\r
  13 \r
  14   public ScoreColourScheme( double[] scores,\r
  15                            double min,\r
  16                            double max) {\r
  17 \r
  18     super();\r
  19 \r
  20     this.scores = scores;\r
  21     this.min = min;\r
  22     this.max = max;\r
  23   }\r
  24 \r
  25   public Color getColour(SequenceI seq, int j, Vector aa) {\r
  26       Color c = Color.white;\r
  27       String s = seq.getSequence(j,j+1);\r
  28 \r
  29       if (threshold > 0)\r
  30       {\r
  31           if (aboveThreshold(aa,seq,j,threshold))\r
  32               c = findColour(seq,s,j,aa);\r
  33       }\r
  34       else if ( !s.equals("-")  && !s.equals(".") && !s.equals(" ") )\r
  35           c = findColour(seq,s,j,aa);\r
  36      //  else\r
  37         //  c = Color.white;\r
  38 \r
  39       return c;\r
  40   }\r
  41 \r
  42     public Color findColour(SequenceI seq,String s,int j,Vector aa)\r
  43     {\r
  44 \r
  45         float red = (float)(scores[((Integer)ResidueProperties.aaHash.get(s)).intValue()]\r
  46                             - (float)min)/(float)(max - min);\r
  47         if (red > (float)1.0)\r
  48             red = (float)1.0;\r
  49 \r
  50         if (red < (float)0.0)\r
  51             red = (float)0.0;\r
  52 \r
  53     if(s.equals(" ")|| s.equals(".")  || s.equals("-"))\r
  54         return Color.white;\r
  55 \r
  56         // This isn';t great - pool of colours in here?\r
  57         return makeColour(red);\r
  58     }\r
  59     public Color makeColour(float c) {\r
  60         return new Color(c,(float)0.0,(float)1.0-c);\r
  61     }\r
  62 }\r
  63 \r