src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 public class ScoreColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  25     public double min;\r
  26     public double max;\r
  27     public double[] scores;\r
  28 \r
  29     public ScoreColourScheme(double[] scores, double min, double max) {\r
  30         super();\r
  31 \r
  32         this.scores = scores;\r
  33         this.min = min;\r
  34         this.max = max;\r
  35     }\r
  36 \r
  37     public Color findColour(String s, int j) {\r
  38         if (threshold > 0) {\r
  39             if (!aboveThreshold(s, j)) {\r
  40                 return Color.white;\r
  41             }\r
  42         }\r
  43 \r
  44         float red = (float) (scores[((Integer) ResidueProperties.aaHash.get(s)).intValue()] -\r
  45             (float) min) / (float) (max - min);\r
  46 \r
  47         if (red > 1.0f) {\r
  48             red = 1.0f;\r
  49         }\r
  50 \r
  51         if (red < 0.0f) {\r
  52             red = 0.0f;\r
  53         }\r
  54 \r
  55         char c = s.charAt(0);\r
  56 \r
  57         if (jalview.util.Comparison.isGap((c))) {\r
  58             return Color.white;\r
  59         }\r
  60 \r
  61         // This isn';t great - pool of colours in here?\r
  62         return makeColour(red);\r
  63     }\r
  64 \r
  65     public Color makeColour(float c) {\r
  66         return new Color(c, (float) 0.0, (float) 1.0 - c);\r
  67     }\r
  68 }\r