src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 \r
   5 public class ScoreColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
   6   public double min;\r
   7   public double max;\r
   8   public double[] scores;\r
   9 \r
  10   public ScoreColourScheme( double[] scores,\r
  11                            double min,\r
  12                            double max) {\r
  13 \r
  14     super();\r
  15 \r
  16     this.scores = scores;\r
  17     this.min = min;\r
  18     this.max = max;\r
  19   }\r
  20 \r
  21 \r
  22     public Color findColour(String s,int j)\r
  23     {\r
  24 \r
  25       if (threshold > 0)\r
  26       {\r
  27          if (!aboveThreshold(s,j))\r
  28              return Color.white;\r
  29       }\r
  30 \r
  31         float red = (float)(scores[((Integer)ResidueProperties.aaHash.get(s)).intValue()]\r
  32                             - (float)min)/(float)(max - min);\r
  33         if (red > 1.0f)\r
  34             red = 1.0f;\r
  35 \r
  36         if (red < 0.0f)\r
  37             red = 0.0f;\r
  38 \r
  39     char c = s.charAt(0);\r
  40 \r
  41     if(jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
  42         return Color.white;\r
  43 \r
  44         // This isn';t great - pool of colours in here?\r
  45         return makeColour(red);\r
  46     }\r
  47     public Color makeColour(float c) {\r
  48         return new Color(c,(float)0.0,(float)1.0-c);\r
  49     }\r
  50 }\r
  51 \r