src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.schemes;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 public class ScoreColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  25   public double min;\r
  26   public double max;\r
  27   public double[] scores;\r
  28 \r
  29   public ScoreColourScheme( double[] scores,\r
  30                            double min,\r
  31                            double max) {\r
  32 \r
  33     super();\r
  34 \r
  35     this.scores = scores;\r
  36     this.min = min;\r
  37     this.max = max;\r
  38   }\r
  39 \r
  40 \r
  41     public Color findColour(String s,int j)\r
  42     {\r
  43 \r
  44       if (threshold > 0)\r
  45       {\r
  46          if (!aboveThreshold(s,j))\r
  47              return Color.white;\r
  48       }\r
  49 \r
  50         float red = (float)(scores[((Integer)ResidueProperties.aaHash.get(s)).intValue()]\r
  51                             - (float)min)/(float)(max - min);\r
  52         if (red > 1.0f)\r
  53             red = 1.0f;\r
  54 \r
  55         if (red < 0.0f)\r
  56             red = 0.0f;\r
  57 \r
  58     char c = s.charAt(0);\r
  59 \r
  60     if(jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
  61         return Color.white;\r
  62 \r
  63         // This isn';t great - pool of colours in here?\r
  64         return makeColour(red);\r
  65     }\r
  66     public Color makeColour(float c) {\r
  67         return new Color(c,(float)0.0,(float)1.0-c);\r
  68     }\r
  69 }\r
  70 \r