src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 public class ScoreMatrix\r
  22 {\r
  23   String name;\r
  24 \r
  25   /**\r
  26    * reference to integer score matrix\r
  27    */\r
  28   int[][] matrix;\r
  29 \r
  30   /**\r
  31    * 0 for Protein Score matrix. 1 for dna score matrix\r
  32    */\r
  33   int type;\r
  34 \r
  35   ScoreMatrix(String name, int[][] matrix, int type)\r
  36   {\r
  37     this.matrix = matrix;\r
  38     this.type = type;\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public boolean isDNA()\r
  42   {\r
  43     return type == 1;\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public boolean isProtein()\r
  47   {\r
  48     return type == 0;\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public int[][] getMatrix()\r
  52   {\r
  53     return matrix;\r
  54   }\r
  55 \r
  56   /**\r
  57    * \r
  58    * @param A1\r
  59    * @param A2\r
  60    * @return score for substituting first char in A1 with first char in A2\r
  61    */\r
  62   public int getPairwiseScore(String A1, String A2)\r
  63   {\r
  64     return getPairwiseScore(A1.charAt(0), A2.charAt(0));\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public int getPairwiseScore(char c, char d)\r
  68   {\r
  69     int pog = 0;\r
  70 \r
  71     try\r
  72     {\r
  73       int a = (type == 0) ? ResidueProperties.aaIndex[c]\r
  74               : ResidueProperties.nucleotideIndex[c];\r
  75       int b = (type == 0) ? ResidueProperties.aaIndex[d]\r
  76               : ResidueProperties.nucleotideIndex[d];\r
  77 \r
  78       pog = matrix[a][b];\r
  79     } catch (Exception e)\r
  80     {\r
  81       // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);\r
  82     }\r
  83 \r
  84     return pog;\r
  85   }\r
  86 \r
  87 }\r