src/jalview/structure/StructureImportSettings.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3
   4 public class StructureImportSettings
   5 {
   6   /**
   7    * set to true to add derived sequence annotations (temp factor read from
   8    * file, or computed secondary structure) to the alignment
   9    */
  10   private static boolean visibleChainAnnotation = false;
  11
  12   /**
  13    * Set true to predict secondary structure (using JMol for protein, Annotate3D
  14    * for RNA)
  15    */
  16   private static boolean processSecStr = false;
  17
  18   /**
  19    * Set true (with predictSecondaryStructure=true) to predict secondary
  20    * structure using an external service (currently Annotate3D for RNA only)
  21    */
  22   private static boolean externalSecondaryStructure = false;
  23
  24   private static boolean showSeqFeatures = true;
  25
  26   private static boolean processHETATMs = false;
  27
  28   public enum StructureFormat
  29   {
  30     PDB, MMCIF
  31   };
  32
  33   private static StructureFormat currentDefaultFormat = StructureFormat.PDB;
  34
  35   public static void addSettings(boolean addAlignmentAnnotations,
  36           boolean processSecStr, boolean externalSecStr)
  37   {
  38     StructureImportSettings.visibleChainAnnotation = addAlignmentAnnotations;
  39     StructureImportSettings.processSecStr = processSecStr;
  40     StructureImportSettings.externalSecondaryStructure = externalSecStr;
  41     StructureImportSettings.showSeqFeatures = true;
  42   }
  43
  44   public static boolean isVisibleChainAnnotation()
  45   {
  46     return visibleChainAnnotation;
  47   }
  48
  49   public static void setVisibleChainAnnotation(
  50           boolean visibleChainAnnotation)
  51   {
  52     StructureImportSettings.visibleChainAnnotation = visibleChainAnnotation;
  53   }
  54
  55   public static boolean isProcessSecondaryStructure()
  56   {
  57     return processSecStr;
  58   }
  59
  60   public static void setProcessSecondaryStructure(
  61           boolean processSecondaryStructure)
  62   {
  63     StructureImportSettings.processSecStr = processSecondaryStructure;
  64   }
  65
  66   public static boolean isExternalSecondaryStructure()
  67   {
  68     return externalSecondaryStructure;
  69   }
  70
  71   public static void setExternalSecondaryStructure(
  72           boolean externalSecondaryStructure)
  73   {
  74     StructureImportSettings.externalSecondaryStructure = externalSecondaryStructure;
  75   }
  76
  77   public static boolean isShowSeqFeatures()
  78   {
  79     return showSeqFeatures;
  80   }
  81
  82   public static void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
  83   {
  84     StructureImportSettings.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
  85   }
  86
  87   public static String getCurrentDefaultFormat()
  88   {
  89     return currentDefaultFormat.toString();
  90   }
  91
  92   public static void setCurrentDefaultFormat(String currentDefaultFormat)
  93   {
  94     StructureImportSettings.currentDefaultFormat = StructureFormat
  95             .valueOf(currentDefaultFormat);
  96   }
  97
  98   public static boolean isProcessHETATMs()
  99   {
 100     return processHETATMs;
 101   }
 102
 103   public static void setProcessHETATMs(boolean processHETATMs)
 104   {
 105     StructureImportSettings.processHETATMs = processHETATMs;
 106   }
 107
 108 }