src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.structure;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import MCview.*;\r
  25 import jalview.analysis.*;\r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 \r
  28 public class StructureSelectionManager\r
  29 {\r
  30   static StructureSelectionManager instance;\r
  31   StructureMapping[] mappings;\r
  32   Hashtable mappingData = new Hashtable();\r
  33 \r
  34   public static StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()\r
  35   {\r
  36     if (instance == null)\r
  37     {\r
  38       instance = new StructureSelectionManager();\r
  39     }\r
  40 \r
  41     return instance;\r
  42   }\r
  43 \r
  44   Vector listeners = new Vector();\r
  45   public void addStructureViewerListener(Object svl)\r
  46   {\r
  47     if (!listeners.contains(svl))\r
  48     {\r
  49       listeners.addElement(svl);\r
  50     }\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public String alreadyMappedToFile(String pdbid)\r
  54   {\r
  55     if (mappings != null)\r
  56     {\r
  57       for (int i = 0; i < mappings.length; i++)\r
  58       {\r
  59         if (mappings[i].getPdbId().equals(pdbid))\r
  60         {\r
  61           return mappings[i].pdbfile;\r
  62         }\r
  63       }\r
  64     }\r
  65     return null;\r
  66   }\r
  67 \r
  68   /*\r
  69      There will be better ways of doing this in the future, for now we'll use\r
  70      the tried and tested MCview pdb mapping\r
  71    */\r
  72   public MCview.PDBfile setMapping(SequenceI[] sequence,\r
  73                            String pdbFile,\r
  74                            String protocol)\r
  75   {\r
  76     MCview.PDBfile pdb = null;\r
  77     try\r
  78     {\r
  79       pdb = new MCview.PDBfile(pdbFile, protocol);\r
  80     }\r
  81     catch (Exception ex)\r
  82     {\r
  83       ex.printStackTrace();\r
  84       return null;\r
  85     }\r
  86 \r
  87     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)\r
  88     {\r
  89       String targetChain = "";\r
  90 \r
  91       if (sequence[s].getName().indexOf("|") > -1)\r
  92       {\r
  93         targetChain = sequence[s].getName().substring(\r
  94             sequence[s].getName().lastIndexOf("|") + 1);\r
  95       }\r
  96 \r
  97       int max = -10;\r
  98       AlignSeq maxAlignseq = null;\r
  99       String maxChainId = " ";\r
 100       PDBChain maxChain = null;\r
 101 \r
 102       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 103       {\r
 104         AlignSeq as = new AlignSeq(sequence[s],\r
 105                                    ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).\r
 106                                    sequence,\r
 107                                    AlignSeq.PEP);\r
 108         as.calcScoreMatrix();\r
 109         as.traceAlignment();\r
 110         PDBChain chain = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i));\r
 111 \r
 112         if (as.maxscore > max\r
 113             || (as.maxscore == max && chain.id.equals(targetChain)))\r
 114         {\r
 115           maxChain = chain;\r
 116           max = as.maxscore;\r
 117           maxAlignseq = as;\r
 118           maxChainId = chain.id;\r
 119         }\r
 120       }\r
 121 \r
 122       final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
 123       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +\r
 124                             maxChain.sequence.getSequenceAsString());\r
 125       mappingDetails.append("\nNo of residues = " +\r
 126                             maxChain.residues.\r
 127                             size() +\r
 128                             "\n\n");\r
 129       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)\r
 130       {\r
 131         public void print(String x)\r
 132         {\r
 133           mappingDetails.append(x);\r
 134         }\r
 135 \r
 136         public void println()\r
 137         {\r
 138           mappingDetails.append("\n");\r
 139         }\r
 140       };\r
 141 \r
 142       maxAlignseq.printAlignment(ps);\r
 143 \r
 144       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + maxAlignseq.seq2start + " " +\r
 145                             maxAlignseq.seq2end);\r
 146       mappingDetails.append("\nSEQ start/end "\r
 147                             + (maxAlignseq.seq1start + sequence[s].getStart() - 1) +\r
 148                             " "\r
 149                             + (maxAlignseq.seq1end + sequence[s].getEnd() - 1));\r
 150 \r
 151       maxChain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence[s]);\r
 152 \r
 153     //  maxChain.transferRESNUMFeatures(sequence[s], null);\r
 154 \r
 155       int[][] mapping = new int[sequence[s].getEnd() + 2][2];\r
 156       int resNum = -10000;\r
 157       int index = 0;\r
 158 \r
 159 \r
 160       do\r
 161       {\r
 162         Atom tmp = (Atom) maxChain.atoms.elementAt(index);\r
 163         if (resNum != tmp.resNumber && tmp.alignmentMapping != -1)\r
 164         {\r
 165           resNum = tmp.resNumber;\r
 166           mapping[tmp.alignmentMapping+1][0] = tmp.resNumber;\r
 167           mapping[tmp.alignmentMapping+1][1] = tmp.atomIndex;\r
 168         }\r
 169 \r
 170         index++;\r
 171       }\r
 172       while(index < maxChain.atoms.size());\r
 173 \r
 174       if (mappings == null)\r
 175       {\r
 176         mappings = new StructureMapping[1];\r
 177       }\r
 178       else\r
 179       {\r
 180         StructureMapping[] tmp = new StructureMapping[mappings.length + 1];\r
 181         System.arraycopy(mappings, 0, tmp, 0, mappings.length);\r
 182         mappings = tmp;\r
 183       }\r
 184 \r
 185       if(protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 186         pdbFile = "INLINE"+pdb.id;\r
 187 \r
 188       mappings[mappings.length - 1]\r
 189           = new StructureMapping(sequence[s], pdbFile, pdb.id, maxChainId,\r
 190                                  mapping, mappingDetails.toString());\r
 191     }\r
 192     /////////\r
 193 \r
 194     return pdb;\r
 195   }\r
 196 \r
 197   public void removeStructureViewerListener(Object svl, String pdbfile)\r
 198   {\r
 199     listeners.removeElement(svl);\r
 200 \r
 201     boolean removeMapping = true;\r
 202 \r
 203     StructureListener sl;\r
 204     for (int i = 0; i < listeners.size(); i++)\r
 205     {\r
 206       if (listeners.elementAt(i) instanceof StructureListener)\r
 207       {\r
 208         sl = (StructureListener) listeners.elementAt(i);\r
 209         if (sl.getPdbFile().equals(pdbfile))\r
 210         {\r
 211           removeMapping = false;\r
 212           break;\r
 213         }\r
 214       }\r
 215     }\r
 216 \r
 217     if (removeMapping && mappings!=null)\r
 218     {\r
 219       Vector tmp = new Vector();\r
 220       for (int i = 0; i < mappings.length; i++)\r
 221       {\r
 222         if (!mappings[i].pdbfile.equals(pdbfile))\r
 223         {\r
 224           tmp.addElement(mappings[i]);\r
 225         }\r
 226       }\r
 227 \r
 228       mappings = new StructureMapping[tmp.size()];\r
 229       tmp.copyInto(mappings);\r
 230     }\r
 231   }\r
 232 \r
 233   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain, String pdbfile)\r
 234   {\r
 235     SequenceListener sl;\r
 236     for (int i = 0; i < listeners.size(); i++)\r
 237     {\r
 238       if (listeners.elementAt(i) instanceof SequenceListener)\r
 239       {\r
 240         sl = (SequenceListener) listeners.elementAt(i);\r
 241 \r
 242         for (int j = 0; j < mappings.length; j++)\r
 243         {\r
 244           if (mappings[j].pdbfile.equals(pdbfile) &&\r
 245               mappings[j].pdbchain.equals(chain))\r
 246           {\r
 247             sl.highlightSequence(mappings[j].sequence,\r
 248                                  mappings[j].getSeqPos(pdbResNum));\r
 249           }\r
 250         }\r
 251 \r
 252         sl.highlightSequence(null, pdbResNum);\r
 253       }\r
 254     }\r
 255   }\r
 256 \r
 257   public void mouseOverSequence(SequenceI seq, int index)\r
 258   {\r
 259     StructureListener sl;\r
 260     int atomNo = 0;\r
 261     for (int i = 0; i < listeners.size(); i++)\r
 262     {\r
 263       if (listeners.elementAt(i) instanceof StructureListener)\r
 264       {\r
 265         sl = (StructureListener) listeners.elementAt(i);\r
 266 \r
 267         for (int j = 0; j < mappings.length; j++)\r
 268         {\r
 269           if (mappings[j].sequence == seq)\r
 270           {\r
 271             atomNo = mappings[j].getAtomNum(index);\r
 272 \r
 273             if (atomNo > 0)\r
 274             {\r
 275               sl.highlightAtom(atomNo,\r
 276                                mappings[j].getPDBResNum(index),\r
 277                                mappings[j].pdbchain,\r
 278                                mappings[j].pdbfile);\r
 279             }\r
 280           }\r
 281         }\r
 282       }\r
 283     }\r
 284   }\r
 285 \r
 286   public void structureSelectionChanged()\r
 287   {\r
 288     StructureListener svl;\r
 289     for (int i = 0; i < listeners.size(); i++)\r
 290     {\r
 291       svl = (StructureListener) listeners.elementAt(i);\r
 292     }\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void sequenceSelectionChanged()\r
 296   {\r
 297     StructureListener svl;\r
 298     for (int i = 0; i < listeners.size(); i++)\r
 299     {\r
 300       svl = (StructureListener) listeners.elementAt(i);\r
 301     }\r
 302   }\r
 303 \r
 304   public void sequenceColoursChanged(Object source)\r
 305   {\r
 306     StructureListener sl;\r
 307     for (int i = 0; i < listeners.size(); i++)\r
 308     {\r
 309       if (listeners.elementAt(i) instanceof StructureListener)\r
 310       {\r
 311         sl = (StructureListener) listeners.elementAt(i);\r
 312         sl.updateColours(source);\r
 313       }\r
 314     }\r
 315   }\r
 316 \r
 317   public StructureMapping[] getMapping(String pdbfile)\r
 318   {\r
 319     Vector tmp = new Vector();\r
 320     for (int i = 0; i < mappings.length; i++)\r
 321     {\r
 322       if (mappings[i].pdbfile.equals(pdbfile))\r
 323       {\r
 324         tmp.addElement(mappings[i]);\r
 325       }\r
 326     }\r
 327 \r
 328     StructureMapping[] ret = new StructureMapping[tmp.size()];\r
 329     for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 330     {\r
 331       ret[i] = (StructureMapping) tmp.elementAt(i);\r
 332     }\r
 333 \r
 334     return ret;\r
 335   }\r
 336 \r
 337   public String printMapping(String pdbfile)\r
 338   {\r
 339     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 340     for (int i = 0; i < mappings.length; i++)\r
 341     {\r
 342       if (mappings[i].pdbfile.equals(pdbfile))\r
 343       {\r
 344         sb.append(mappings[i].mappingDetails);\r
 345       }\r
 346     }\r
 347 \r
 348     return sb.toString();\r
 349   }\r
 350 }\r