src/jalview/structures/models/AAStructureBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.structures.models;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.SequenceRenderer;
  25 import jalview.api.StructureSelectionManagerProvider;
  26 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.io.DataSourceType;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  33 import jalview.structure.AtomSpec;
  34 import jalview.structure.StructureListener;
  35 import jalview.structure.StructureMapping;
  36 import jalview.structure.StructureMappingcommandSet;
  37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  38 import jalview.util.Comparison;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.Arrays;
  44 import java.util.BitSet;
  45 import java.util.List;
  46
  47 /**
  48  *
  49  * A base class to hold common function for protein structure model binding.
  50  * Initial version created by refactoring JMol and Chimera binding models, but
  51  * other structure viewers could in principle be accommodated in future.
  52  *
  53  * @author gmcarstairs
  54  *
  55  */
  56 public abstract class AAStructureBindingModel
  57         extends SequenceStructureBindingModel
  58         implements StructureListener, StructureSelectionManagerProvider
  59 {
  60
  61   private StructureSelectionManager ssm;
  62
  63   /*
  64    * distinct PDB entries (pdb files) associated
  65    * with sequences
  66    */
  67   private PDBEntry[] pdbEntry;
  68
  69   /*
  70    * sequences mapped to each pdbentry
  71    */
  72   private SequenceI[][] sequence;
  73
  74   /*
  75    * array of target chains for sequences - tied to pdbentry and sequence[]
  76    */
  77   private String[][] chains;
  78
  79   /*
  80    * datasource protocol for access to PDBEntrylatest
  81    */
  82   DataSourceType protocol = null;
  83
  84   protected boolean colourBySequence = true;
  85
  86   private boolean nucleotide;
  87
  88   private boolean finishedInit = false;
  89
  90   /**
  91    * current set of model filenames loaded in the Jmol instance
  92    */
  93   protected String[] modelFileNames = null;
  94
  95   public String fileLoadingError;
  96
  97   /**
  98    * Data bean class to simplify parameterisation in superposeStructures
  99    */
 100   protected class SuperposeData
 101   {
 102     /**
 103      * Constructor with alignment width argument
 104      *
 105      * @param width
 106      */
 107     public SuperposeData(int width)
 108     {
 109       pdbResNo = new int[width];
 110     }
 111
 112     public String filename;
 113
 114     public String pdbId;
 115
 116     public String chain = "";
 117
 118     public boolean isRna;
 119
 120     /*
 121      * The pdb residue number (if any) mapped to each column of the alignment
 122      */
 123     public int[] pdbResNo;
 124   }
 125
 126   /**
 127    * Constructor
 128    *
 129    * @param ssm
 130    * @param seqs
 131    */
 132   public AAStructureBindingModel(StructureSelectionManager ssm,
 133           SequenceI[][] seqs)
 134   {
 135     this.ssm = ssm;
 136     this.sequence = seqs;
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Constructor
 141    *
 142    * @param ssm
 143    * @param pdbentry
 144    * @param sequenceIs
 145    * @param protocol
 146    */
 147   public AAStructureBindingModel(StructureSelectionManager ssm,
 148           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 149           DataSourceType protocol)
 150   {
 151     this.ssm = ssm;
 152     this.sequence = sequenceIs;
 153     this.nucleotide = Comparison.isNucleotide(sequenceIs);
 154     this.pdbEntry = pdbentry;
 155     this.protocol = protocol;
 156     resolveChains();
 157   }
 158
 159   private boolean resolveChains()
 160   {
 161     /**
 162      * final count of chain mappings discovered
 163      */
 164     int chainmaps = 0;
 165     // JBPNote: JAL-2693 - this should be a list of chain mappings per
 166     // [pdbentry][sequence]
 167     String[][] newchains = new String[pdbEntry.length][];
 168     int pe = 0;
 169     for (PDBEntry pdb : pdbEntry)
 170     {
 171       SequenceI[] seqsForPdb = sequence[pe];
 172       if (seqsForPdb != null)
 173       {
 174         newchains[pe] = new String[seqsForPdb.length];
 175         int se = 0;
 176         for (SequenceI asq : seqsForPdb)
 177         {
 178           String chain = (chains != null && chains[pe] != null)
 179                   ? chains[pe][se]
 180                   : null;
 181           SequenceI sq = asq.getDatasetSequence();
 182           if (sq.getAllPDBEntries() != null)
 183           {
 184             for (PDBEntry pdbentry : sq.getAllPDBEntries())
 185             {
 186               if (pdb.getFile() != null && pdbentry.getFile() != null
 187                       && pdb.getFile().equals(pdbentry.getFile()))
 188               {
 189                 String chaincode = pdbentry.getChainCode();
 190                 if (chaincode != null && chaincode.length() > 0)
 191                 {
 192                   chain = chaincode;
 193                   chainmaps++;
 194                   break;
 195                 }
 196               }
 197             }
 198           }
 199           newchains[pe][se] = chain;
 200           se++;
 201         }
 202         pe++;
 203       }
 204     }
 205
 206     chains = newchains;
 207     return chainmaps > 0;
 208   }
 209   public StructureSelectionManager getSsm()
 210   {
 211     return ssm;
 212   }
 213
 214   /**
 215    * Returns the i'th PDBEntry (or null)
 216    *
 217    * @param i
 218    * @return
 219    */
 220   public PDBEntry getPdbEntry(int i)
 221   {
 222     return (pdbEntry != null && pdbEntry.length > i) ? pdbEntry[i] : null;
 223   }
 224
 225   /**
 226    * Answers true if this binding includes the given PDB id, else false
 227    *
 228    * @param pdbId
 229    * @return
 230    */
 231   public boolean hasPdbId(String pdbId)
 232   {
 233     if (pdbEntry != null)
 234     {
 235       for (PDBEntry pdb : pdbEntry)
 236       {
 237         if (pdb.getId().equals(pdbId))
 238         {
 239           return true;
 240         }
 241       }
 242     }
 243     return false;
 244   }
 245
 246   /**
 247    * Returns the number of modelled PDB file entries.
 248    *
 249    * @return
 250    */
 251   public int getPdbCount()
 252   {
 253     return pdbEntry == null ? 0 : pdbEntry.length;
 254   }
 255
 256   public SequenceI[][] getSequence()
 257   {
 258     return sequence;
 259   }
 260
 261   public String[][] getChains()
 262   {
 263     return chains;
 264   }
 265
 266   public DataSourceType getProtocol()
 267   {
 268     return protocol;
 269   }
 270
 271   // TODO may remove this if calling methods can be pulled up here
 272   protected void setPdbentry(PDBEntry[] pdbentry)
 273   {
 274     this.pdbEntry = pdbentry;
 275   }
 276
 277   protected void setSequence(SequenceI[][] sequence)
 278   {
 279     this.sequence = sequence;
 280   }
 281
 282   protected void setChains(String[][] chains)
 283   {
 284     this.chains = chains;
 285   }
 286
 287   /**
 288    * Construct a title string for the viewer window based on the data Jalview
 289    * knows about
 290    *
 291    * @param viewerName
 292    *          TODO
 293    * @param verbose
 294    *
 295    * @return
 296    */
 297   public String getViewerTitle(String viewerName, boolean verbose)
 298   {
 299     if (getSequence() == null || getSequence().length < 1
 300             || getPdbCount() < 1 || getSequence()[0].length < 1)
 301     {
 302       return ("Jalview " + viewerName + " Window");
 303     }
 304     // TODO: give a more informative title when multiple structures are
 305     // displayed.
 306     StringBuilder title = new StringBuilder(64);
 307     final PDBEntry pdbe = getPdbEntry(0);
 308     title.append(viewerName + " view for " + getSequence()[0][0].getName()
 309             + ":" + pdbe.getId());
 310
 311     if (verbose)
 312     {
 313       String method = (String) pdbe.getProperty("method");
 314       if (method != null)
 315       {
 316         title.append(" Method: ").append(method);
 317       }
 318       String chain = (String) pdbe.getProperty("chains");
 319       if (chain != null)
 320       {
 321         title.append(" Chain:").append(chain);
 322       }
 323     }
 324     return title.toString();
 325   }
 326
 327   /**
 328    * Called by after closeViewer is called, to release any resources and
 329    * references so they can be garbage collected. Override if needed.
 330    */
 331   protected void releaseUIResources()
 332   {
 333
 334   }
 335
 336   public boolean isColourBySequence()
 337   {
 338     return colourBySequence;
 339   }
 340
 341   public void setColourBySequence(boolean colourBySequence)
 342   {
 343     this.colourBySequence = colourBySequence;
 344   }
 345
 346   protected void addSequenceAndChain(int pe, SequenceI[] seq,
 347           String[] tchain)
 348   {
 349     if (pe < 0 || pe >= getPdbCount())
 350     {
 351       throw new Error(MessageManager.formatMessage(
 352               "error.implementation_error_no_pdbentry_from_index",
 353               new Object[]
 354               { Integer.valueOf(pe).toString() }));
 355     }
 356     final String nullChain = "TheNullChain";
 357     List<SequenceI> s = new ArrayList<SequenceI>();
 358     List<String> c = new ArrayList<String>();
 359     if (getChains() == null)
 360     {
 361       setChains(new String[getPdbCount()][]);
 362     }
 363     if (getSequence()[pe] != null)
 364     {
 365       for (int i = 0; i < getSequence()[pe].length; i++)
 366       {
 367         s.add(getSequence()[pe][i]);
 368         if (getChains()[pe] != null)
 369         {
 370           if (i < getChains()[pe].length)
 371           {
 372             c.add(getChains()[pe][i]);
 373           }
 374           else
 375           {
 376             c.add(nullChain);
 377           }
 378         }
 379         else
 380         {
 381           if (tchain != null && tchain.length > 0)
 382           {
 383             c.add(nullChain);
 384           }
 385         }
 386       }
 387     }
 388     for (int i = 0; i < seq.length; i++)
 389     {
 390       if (!s.contains(seq[i]))
 391       {
 392         s.add(seq[i]);
 393         if (tchain != null && i < tchain.length)
 394         {
 395           c.add(tchain[i] == null ? nullChain : tchain[i]);
 396         }
 397       }
 398     }
 399     SequenceI[] tmp = s.toArray(new SequenceI[s.size()]);
 400     getSequence()[pe] = tmp;
 401     if (c.size() > 0)
 402     {
 403       String[] tch = c.toArray(new String[c.size()]);
 404       for (int i = 0; i < tch.length; i++)
 405       {
 406         if (tch[i] == nullChain)
 407         {
 408           tch[i] = null;
 409         }
 410       }
 411       getChains()[pe] = tch;
 412     }
 413     else
 414     {
 415       getChains()[pe] = null;
 416     }
 417   }
 418
 419   /**
 420    * add structures and any known sequence associations
 421    *
 422    * @returns the pdb entries added to the current set.
 423    */
 424   public synchronized PDBEntry[] addSequenceAndChain(PDBEntry[] pdbe,
 425           SequenceI[][] seq, String[][] chns)
 426   {
 427     List<PDBEntry> v = new ArrayList<PDBEntry>();
 428     List<int[]> rtn = new ArrayList<int[]>();
 429     for (int i = 0; i < getPdbCount(); i++)
 430     {
 431       v.add(getPdbEntry(i));
 432     }
 433     for (int i = 0; i < pdbe.length; i++)
 434     {
 435       int r = v.indexOf(pdbe[i]);
 436       if (r == -1 || r >= getPdbCount())
 437       {
 438         rtn.add(new int[] { v.size(), i });
 439         v.add(pdbe[i]);
 440       }
 441       else
 442       {
 443         // just make sure the sequence/chain entries are all up to date
 444         addSequenceAndChain(r, seq[i], chns[i]);
 445       }
 446     }
 447     pdbe = v.toArray(new PDBEntry[v.size()]);
 448     setPdbentry(pdbe);
 449     if (rtn.size() > 0)
 450     {
 451       // expand the tied sequence[] and string[] arrays
 452       SequenceI[][] sqs = new SequenceI[getPdbCount()][];
 453       String[][] sch = new String[getPdbCount()][];
 454       System.arraycopy(getSequence(), 0, sqs, 0, getSequence().length);
 455       System.arraycopy(getChains(), 0, sch, 0, this.getChains().length);
 456       setSequence(sqs);
 457       setChains(sch);
 458       pdbe = new PDBEntry[rtn.size()];
 459       for (int r = 0; r < pdbe.length; r++)
 460       {
 461         int[] stri = (rtn.get(r));
 462         // record the pdb file as a new addition
 463         pdbe[r] = getPdbEntry(stri[0]);
 464         // and add the new sequence/chain entries
 465         addSequenceAndChain(stri[0], seq[stri[1]], chns[stri[1]]);
 466       }
 467     }
 468     else
 469     {
 470       pdbe = null;
 471     }
 472     return pdbe;
 473   }
 474
 475   /**
 476    * Add sequences to the pe'th pdbentry's sequence set.
 477    *
 478    * @param pe
 479    * @param seq
 480    */
 481   public void addSequence(int pe, SequenceI[] seq)
 482   {
 483     addSequenceAndChain(pe, seq, null);
 484   }
 485
 486   /**
 487    * add the given sequences to the mapping scope for the given pdb file handle
 488    *
 489    * @param pdbFile
 490    *          - pdbFile identifier
 491    * @param seq
 492    *          - set of sequences it can be mapped to
 493    */
 494   public void addSequenceForStructFile(String pdbFile, SequenceI[] seq)
 495   {
 496     for (int pe = 0; pe < getPdbCount(); pe++)
 497     {
 498       if (getPdbEntry(pe).getFile().equals(pdbFile))
 499       {
 500         addSequence(pe, seq);
 501       }
 502     }
 503   }
 504
 505   @Override
 506   public abstract void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms);
 507
 508   protected boolean isNucleotide()
 509   {
 510     return this.nucleotide;
 511   }
 512
 513   /**
 514    * Returns a readable description of all mappings for the wrapped pdbfile to
 515    * any mapped sequences
 516    *
 517    * @param pdbfile
 518    * @param seqs
 519    * @return
 520    */
 521   public String printMappings()
 522   {
 523     if (pdbEntry == null)
 524     {
 525       return "";
 526     }
 527     StringBuilder sb = new StringBuilder(128);
 528     for (int pdbe = 0; pdbe < getPdbCount(); pdbe++)
 529     {
 530       String pdbfile = getPdbEntry(pdbe).getFile();
 531       List<SequenceI> seqs = Arrays.asList(getSequence()[pdbe]);
 532       sb.append(getSsm().printMappings(pdbfile, seqs));
 533     }
 534     return sb.toString();
 535   }
 536
 537   /**
 538    * Returns the mapped structure position for a given aligned column of a given
 539    * sequence, or -1 if the column is gapped, beyond the end of the sequence, or
 540    * not mapped to structure.
 541    *
 542    * @param seq
 543    * @param alignedPos
 544    * @param mapping
 545    * @return
 546    */
 547   protected int getMappedPosition(SequenceI seq, int alignedPos,
 548           StructureMapping mapping)
 549   {
 550     if (alignedPos >= seq.getLength())
 551     {
 552       return -1;
 553     }
 554
 555     if (Comparison.isGap(seq.getCharAt(alignedPos)))
 556     {
 557       return -1;
 558     }
 559     int seqPos = seq.findPosition(alignedPos);
 560     int pos = mapping.getPDBResNum(seqPos);
 561     return pos;
 562   }
 563
 564   /**
 565    * Helper method to identify residues that can participate in a structure
 566    * superposition command. For each structure, identify a sequence in the
 567    * alignment which is mapped to the structure. Identify non-gapped columns in
 568    * the sequence which have a mapping to a residue in the structure. Returns
 569    * the index of the first structure that has a mapping to the alignment.
 570    *
 571    * @param alignment
 572    *          the sequence alignment which is the basis of structure
 573    *          superposition
 574    * @param matched
 575    *          a BitSet, where bit j is set to indicate that every structure has
 576    *          a mapped residue present in column j (so the column can
 577    *          participate in structure alignment)
 578    * @param structures
 579    *          an array of data beans corresponding to pdb file index
 580    * @return
 581    */
 582   protected int findSuperposableResidues(AlignmentI alignment,
 583           BitSet matched, SuperposeData[] structures)
 584   {
 585     int refStructure = -1;
 586     String[] files = getStructureFiles();
 587     if (files == null)
 588     {
 589       return -1;
 590     }
 591     for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 592     {
 593       StructureMapping[] mappings = getSsm().getMapping(files[pdbfnum]);
 594       int lastPos = -1;
 595
 596       /*
 597        * Find the first mapped sequence (if any) for this PDB entry which is in
 598        * the alignment
 599        */
 600       final int seqCountForPdbFile = getSequence()[pdbfnum].length;
 601       for (int s = 0; s < seqCountForPdbFile; s++)
 602       {
 603         for (StructureMapping mapping : mappings)
 604         {
 605           final SequenceI theSequence = getSequence()[pdbfnum][s];
 606           if (mapping.getSequence() == theSequence
 607                   && alignment.findIndex(theSequence) > -1)
 608           {
 609             if (refStructure < 0)
 610             {
 611               refStructure = pdbfnum;
 612             }
 613             for (int r = 0; r < alignment.getWidth(); r++)
 614             {
 615               if (!matched.get(r))
 616               {
 617                 continue;
 618               }
 619               int pos = getMappedPosition(theSequence, r, mapping);
 620               if (pos < 1 || pos == lastPos)
 621               {
 622                 matched.clear(r);
 623                 continue;
 624               }
 625               lastPos = pos;
 626               structures[pdbfnum].pdbResNo[r] = pos;
 627             }
 628             String chain = mapping.getChain();
 629             if (chain != null && chain.trim().length() > 0)
 630             {
 631               structures[pdbfnum].chain = chain;
 632             }
 633             structures[pdbfnum].pdbId = mapping.getPdbId();
 634             structures[pdbfnum].isRna = theSequence.getRNA() != null;
 635
 636             /*
 637              * move on to next pdb file (ignore sequences for other chains
 638              * for the same structure)
 639              */
 640             s = seqCountForPdbFile;
 641             break;
 642           }
 643         }
 644       }
 645     }
 646     return refStructure;
 647   }
 648
 649   /**
 650    * Returns true if the structure viewer has loaded all of the files of
 651    * interest (identified by the file mapping having been set up), or false if
 652    * any are still not loaded after a timeout interval.
 653    *
 654    * @param files
 655    */
 656   protected boolean waitForFileLoad(String[] files)
 657   {
 658     /*
 659      * give up after 10 secs plus 1 sec per file
 660      */
 661     long starttime = System.currentTimeMillis();
 662     long endTime = 10000 + 1000 * files.length + starttime;
 663     String notLoaded = null;
 664
 665     boolean waiting = true;
 666     while (waiting && System.currentTimeMillis() < endTime)
 667     {
 668       waiting = false;
 669       for (String file : files)
 670       {
 671         notLoaded = file;
 672         if (file == null)
 673         {
 674           continue;
 675         }
 676         try
 677         {
 678           StructureMapping[] sm = getSsm().getMapping(file);
 679           if (sm == null || sm.length == 0)
 680           {
 681             waiting = true;
 682           }
 683         } catch (Throwable x)
 684         {
 685           waiting = true;
 686         }
 687       }
 688     }
 689
 690     if (waiting)
 691     {
 692       System.err.println(
 693               "Timed out waiting for structure viewer to load file "
 694                       + notLoaded);
 695       return false;
 696     }
 697     return true;
 698   }
 699
 700   @Override
 701   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
 702   {
 703     if (sequence != null)
 704     {
 705       for (SequenceI[] seqs : sequence)
 706       {
 707         if (seqs != null)
 708         {
 709           for (SequenceI s : seqs)
 710           {
 711             if (s == seq || (s.getDatasetSequence() != null
 712                     && s.getDatasetSequence() == seq.getDatasetSequence()))
 713             {
 714               return true;
 715             }
 716           }
 717         }
 718       }
 719     }
 720     return false;
 721   }
 722
 723   public boolean isFinishedInit()
 724   {
 725     return finishedInit;
 726   }
 727
 728   public void setFinishedInit(boolean fi)
 729   {
 730     this.finishedInit = fi;
 731   }
 732
 733   /**
 734    * Returns a list of chains mapped in this viewer.
 735    *
 736    * @return
 737    */
 738   public abstract List<String> getChainNames();
 739
 740   /**
 741    * Returns the Jalview panel hosting the structure viewer (if any)
 742    *
 743    * @return
 744    */
 745   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
 746   {
 747     return null;
 748   }
 749
 750   public abstract void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs);
 751
 752   /**
 753    * Constructs and sends a command to align structures against a reference
 754    * structure, based on one or more sequence alignments. May optionally return
 755    * an error or warning message for the alignment command.
 756    *
 757    * @param alignments
 758    *          an array of alignments to process
 759    * @param structureIndices
 760    *          an array of corresponding reference structures (index into pdb
 761    *          file array); if a negative value is passed, the first PDB file
 762    *          mapped to an alignment sequence is used as the reference for
 763    *          superposition
 764    * @param hiddenCols
 765    *          an array of corresponding hidden columns for each alignment
 766    * @return
 767    */
 768   public abstract String superposeStructures(AlignmentI[] alignments,
 769           int[] structureIndices, HiddenColumns[] hiddenCols);
 770
 771   public abstract void setBackgroundColour(Color col);
 772
 773   protected abstract StructureMappingcommandSet[] getColourBySequenceCommands(
 774           String[] files, SequenceRenderer sr, AlignmentViewPanel avp);
 775
 776   /**
 777    * returns the current sequenceRenderer that should be used to colour the
 778    * structures
 779    *
 780    * @param alignment
 781    *
 782    * @return
 783    */
 784   public abstract SequenceRenderer getSequenceRenderer(
 785           AlignmentViewPanel alignment);
 786
 787   protected abstract void colourBySequence(
 788           StructureMappingcommandSet[] colourBySequenceCommands);
 789
 790   public abstract void colourByChain();
 791
 792   public abstract void colourByCharge();
 793
 794   /**
 795    * colour any structures associated with sequences in the given alignment
 796    * using the getFeatureRenderer() and getSequenceRenderer() renderers but only
 797    * if colourBySequence is enabled.
 798    */
 799   public void colourBySequence(AlignmentViewPanel alignmentv)
 800   {
 801     if (!colourBySequence || !isLoadingFinished())
 802     {
 803       return;
 804     }
 805     if (getSsm() == null)
 806     {
 807       return;
 808     }
 809     String[] files = getStructureFiles();
 810
 811     SequenceRenderer sr = getSequenceRenderer(alignmentv);
 812
 813     StructureMappingcommandSet[] colourBySequenceCommands = getColourBySequenceCommands(
 814             files, sr, alignmentv);
 815     colourBySequence(colourBySequenceCommands);
 816   }
 817
 818   public boolean hasFileLoadingError()
 819   {
 820     return fileLoadingError != null && fileLoadingError.length() > 0;
 821   }
 822
 823   public abstract jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
 824           AlignmentViewPanel alignment);
 825 }