src/jalview/struture/PDBEntryUtils.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.struture;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.HashSet;
  25 import java.util.List;
  26 import java.util.Set;
  27 import java.util.regex.Matcher;
  28 import java.util.regex.Pattern;
  29
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.io.StructureFile;
  33 import mc_view.PDBChain;
  34
  35 public class PDBEntryUtils
  36 {
  37
  38   public static String inferChainId(SequenceI seq)
  39   {
  40     String targetChainId;
  41     if (seq.getName().indexOf("|") > -1)
  42     {
  43       targetChainId = seq.getName()
  44               .substring(seq.getName().lastIndexOf("|") + 1);
  45       if (targetChainId.length() > 1)
  46       {
  47         if (targetChainId.trim().length() == 0)
  48         {
  49           targetChainId = " ";
  50         }
  51         else
  52         {
  53           // not a valid chain identifier
  54           targetChainId = "";
  55         }
  56       }
  57     }
  58     else
  59     {
  60       targetChainId = "";
  61     }
  62     return targetChainId;
  63   }
  64   protected static Pattern id_and_chain=Pattern.compile("(\\d[0-9A-Za-z]{3})[_:]?(.+)*");
  65
  66   public static List<PDBEntry> inferPDBEntry(SequenceI seq)
  67   {
  68     Matcher matcher = id_and_chain.matcher(seq.getName());
  69     if (matcher.matches())
  70     {
  71       String id = matcher.group(1);
  72       PDBEntry pdbe = new PDBEntry();
  73       pdbe.setId(id);
  74       if (matcher.groupCount() > 1)
  75       {
  76         pdbe.setChainCode(matcher.group(2));
  77       }
  78
  79       return List.of(pdbe);
  80     }
  81     return List.of();
  82   }
  83
  84
  85   /**
  86    * generate likely PDB IDs & chain codes from seq and ds that fit pdb
  87    * @param seq
  88    * @param ds
  89    * @param pdb
  90    * @return empty list or one or more PDBEntry which match pdb.getId()
  91    */
  92   public static List<PDBEntry> selectPutativePDBe(SequenceI seq,
  93           SequenceI ds, StructureFile pdb)
  94   {
  95     List<PDBEntry> putativePDBe = new ArrayList<PDBEntry>();
  96     Set<PDBEntry> possiblePDBe=PDBEntryUtils.gatherPDBEntries(seq,true);
  97     for (PDBEntry infPDBe: possiblePDBe)
  98     {
  99       if (infPDBe.getId().equalsIgnoreCase(pdb.getId()))
 100       {
 101         putativePDBe.add(infPDBe);
 102       }
 103     }
 104     return putativePDBe;
 105   }
 106
 107
 108   public static Set<PDBEntry> gatherPDBEntries(SequenceI seq,boolean inferFromName)
 109   {
 110     Set<PDBEntry> possiblePDBe=new HashSet<PDBEntry>();
 111     while (seq!=null)
 112     {
 113       if (seq.getAllPDBEntries()!=null) {
 114         possiblePDBe.addAll(seq.getAllPDBEntries());
 115       }
 116       if (inferFromName)
 117       {
 118         possiblePDBe.addAll(PDBEntryUtils.inferPDBEntry(seq));
 119       }
 120       seq = seq.getDatasetSequence();
 121     }
 122     return possiblePDBe;
 123   }
 124
 125
 126   public static PDBEntry selectPutativePDBEntry(List<PDBEntry> putativePDBe,
 127           PDBChain chain)
 128   {
 129     if (putativePDBe.isEmpty())
 130     {
 131       return null;
 132     }
 133
 134     // check if there's a chaincode
 135     PDBEntry putativeEntry = null;
 136     boolean hasChainCodes;
 137     // check for a chaincode mapping
 138     for (PDBEntry pdbe : putativePDBe)
 139     {
 140       if (pdbe.getChainCode() != null)
 141       {
 142         hasChainCodes = true;
 143         if (pdbe.getChainCode().equals(chain.id))
 144         {
 145           putativeEntry = pdbe;
 146           return putativeEntry;
 147         }
 148       }
 149     }
 150     return null;
 151   }
 152 }