src/jalview/util/DBRefUtils.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import java.util.*;
   4
   5 import jalview.datamodel.*;
   6
   7
   8 public class DBRefUtils
   9 {
  10     /**
  11      * Utilities for handling DBRef objects and their collections.
  12      */
  13     /**
  14      *
  15      * @param dbrefs Vector of DBRef objects to search
  16      * @param sources String[] array of source DBRef IDs to retrieve
  17      * @return Vector
  18      */
  19     public static DBRefEntry [] selectRefs(DBRefEntry [] dbrefs, String[] sources) {
  20       if (dbrefs==null)
  21         return null;
  22       if (sources==null)
  23         return dbrefs;
  24       Hashtable srcs = new Hashtable();
  25       Vector res=new Vector();
  26
  27       for (int i=0; i<sources.length; i++)
  28         srcs.put(new String(sources[i]), new Integer(i));
  29       for (int i = 0, j = dbrefs.length; i < j; i++)
  30         {
  31           if (srcs.containsKey(dbrefs[i].getSource()))
  32             res.add(dbrefs[i]);
  33         }
  34
  35       if (res.size()>0)
  36       {
  37         DBRefEntry [] reply = new DBRefEntry[res.size()];
  38         for(int i=0; i<res.size(); i++)
  39           reply[i] = (DBRefEntry)res.elementAt(i);
  40         return reply;
  41       }
  42       res = null;
  43       // there are probable  memory leaks in the hashtable!
  44       return null;
  45     }
  46
  47   /**
  48    * isDasCoordinateSystem
  49    *
  50    * @param string String
  51    * @param dBRefEntry DBRefEntry
  52    * @return boolean true if Source DBRefEntry is compatible with DAS CoordinateSystem name
  53    */
  54   public static Hashtable DasCoordinateSystemsLookup = null;
  55   public static boolean isDasCoordinateSystem(String string,
  56                                               DBRefEntry dBRefEntry)
  57   {
  58     if (DasCoordinateSystemsLookup==null)
  59     { // Initialise
  60       DasCoordinateSystemsLookup = new Hashtable();
  61       DasCoordinateSystemsLookup.put("pdbresnum",
  62                                      jalview.datamodel.DBRefSource.PDB);
  63       DasCoordinateSystemsLookup.put("uniprot",
  64                                      jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT);
  65     }
  66
  67     String coordsys = (String) DasCoordinateSystemsLookup.get(string.toLowerCase());
  68     if (coordsys!=null)
  69       return coordsys.equals(dBRefEntry.getSource());
  70     return false;
  71   }
  72 }