src/jalview/util/DBRefUtils.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.util;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25
  26 public class DBRefUtils
  27 {
  28     /**
  29      * Utilities for handling DBRef objects and their collections.
  30      */
  31     /**
  32      *
  33      * @param dbrefs Vector of DBRef objects to search
  34      * @param sources String[] array of source DBRef IDs to retrieve
  35      * @return Vector
  36      */
  37     public static DBRefEntry [] selectRefs(DBRefEntry [] dbrefs, String[] sources) {
  38       if (dbrefs==null)
  39         return null;
  40       if (sources==null)
  41         return dbrefs;
  42       Hashtable srcs = new Hashtable();
  43       Vector res=new Vector();
  44
  45       for (int i=0; i<sources.length; i++)
  46         srcs.put(new String(sources[i]), new Integer(i));
  47       for (int i = 0, j = dbrefs.length; i < j; i++)
  48         {
  49           if (srcs.containsKey(dbrefs[i].getSource()))
  50             res.add(dbrefs[i]);
  51         }
  52
  53       if (res.size()>0)
  54       {
  55         DBRefEntry [] reply = new DBRefEntry[res.size()];
  56         for(int i=0; i<res.size(); i++)
  57           reply[i] = (DBRefEntry)res.elementAt(i);
  58         return reply;
  59       }
  60       res = null;
  61       // there are probable  memory leaks in the hashtable!
  62       return null;
  63     }
  64
  65   /**
  66    * isDasCoordinateSystem
  67    *
  68    * @param string String
  69    * @param dBRefEntry DBRefEntry
  70    * @return boolean true if Source DBRefEntry is compatible with DAS CoordinateSystem name
  71    */
  72   public static Hashtable DasCoordinateSystemsLookup = null;
  73   public static boolean isDasCoordinateSystem(String string,
  74                                               DBRefEntry dBRefEntry)
  75   {
  76     if (DasCoordinateSystemsLookup==null)
  77     { // Initialise
  78       DasCoordinateSystemsLookup = new Hashtable();
  79       DasCoordinateSystemsLookup.put("pdbresnum",
  80                                      jalview.datamodel.DBRefSource.PDB);
  81       DasCoordinateSystemsLookup.put("uniprot",
  82                                      jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT);
  83     }
  84
  85     String coordsys = (String) DasCoordinateSystemsLookup.get(string.toLowerCase());
  86     if (coordsys!=null)
  87       return coordsys.equals(dBRefEntry.getSource());
  88     return false;
  89   }
  90 }