src/jalview/util/DBRefUtils.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import java.util.*;
   4
   5 import jalview.datamodel.*;
   6
   7 public class DBRefUtils
   8 {
   9     /**
  10      * Utilities for handling DBRef objects and their collections.
  11      */
  12     /**
  13      *
  14      * @param dbrefs Vector of DBRef objects to search
  15      * @param sources String[] array of source DBRef IDs to retrieve
  16      * @return Vector
  17      */
  18     public static Vector selectRefs(java.util.Vector dbrefs, String[] sources) {
  19       if (dbrefs==null)
  20         return null;
  21       if (sources==null)
  22         return dbrefs;
  23       Hashtable srcs = new Hashtable();
  24       Vector res=new Vector();
  25       for (int i=0; i<sources.length; i++)
  26         srcs.put(new String(sources[i]), new Integer(i));
  27       for (int i=0, j=dbrefs.size(); i<j; i++)
  28         if (dbrefs.get(i) instanceof jalview.datamodel.DBRefEntry) {
  29           jalview.datamodel.DBRefEntry entry = (jalview.datamodel.DBRefEntry) dbrefs.get(i);
  30           if (srcs.containsKey(entry.getSource()))
  31             res.add(entry);
  32         }
  33       if (res.size()>0)
  34         return res;
  35       res = null;
  36       // there are probable  memory leaks in the hashtable!
  37       return null;
  38     }
  39
  40   /**
  41    * isDasCoordinateSystem
  42    *
  43    * @param string String
  44    * @param dBRefEntry DBRefEntry
  45    * @return boolean true if Source DBRefEntry is compatible with DAS CoordinateSystem name
  46    */
  47   public static Hashtable DasCoordinateSystemsLookup = null;
  48   public static boolean isDasCoordinateSystem(String string,
  49                                               DBRefEntry dBRefEntry)
  50   {
  51     if (DasCoordinateSystemsLookup==null)
  52     { // Initialise
  53       DasCoordinateSystemsLookup = new Hashtable();
  54       DasCoordinateSystemsLookup.put("pdbresnum",
  55                                      jalview.datamodel.DBRefSource.PDB);
  56       DasCoordinateSystemsLookup.put("uniprot",
  57                                      jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT);
  58     }
  59
  60     String coordsys = (String) DasCoordinateSystemsLookup.get(string.toLowerCase());
  61     if (coordsys!=null)
  62       return coordsys.equals(dBRefEntry.getSource());
  63     return false;
  64   }
  65 }