src/jalview/util/Platform.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import java.awt.Component;
  24 import java.awt.Dimension;
  25 import java.awt.Toolkit;
  26 import java.awt.event.MouseEvent;
  27 import java.io.BufferedReader;
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.FileOutputStream;
  30 import java.io.FileReader;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.io.InputStream;
  33 import java.io.InputStreamReader;
  34 import java.io.Reader;
  35 import java.net.URL;
  36 import java.nio.file.Files;
  37 import java.nio.file.Path;
  38 import java.nio.file.attribute.BasicFileAttributes;
  39 import java.util.Date;
  40 import java.util.Locale;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.Properties;
  43 import java.util.logging.ConsoleHandler;
  44 import java.util.logging.Level;
  45 import java.util.logging.Logger;
  46
  47 import javax.swing.SwingUtilities;
  48
  49 import org.json.simple.parser.JSONParser;
  50 import org.json.simple.parser.ParseException;
  51
  52 import com.stevesoft.pat.Regex;
  53
  54 import jalview.bin.Jalview;
  55 import jalview.javascript.json.JSON;
  56 import swingjs.api.JSUtilI;
  57
  58 /**
  59  * System platform information used by Applet and Application
  60  *
  61  * @author Jim Procter
  62  */
  63 public class Platform
  64 {
  65
  66   private static boolean isJS = /** @j2sNative true || */
  67           false;
  68
  69   private static Boolean isNoJSMac = null, isNoJSWin = null, isMac = null,
  70           isWin = null;
  71
  72   private static Boolean isHeadless = null;
  73
  74   private static swingjs.api.JSUtilI jsutil;
  75
  76   static
  77   {
  78     if (isJS)
  79     {
  80       try
  81       {
  82         // this is ok - it's a highly embedded method in Java; the deprecation
  83         // is
  84         // really a recommended best practice.
  85         jsutil = ((JSUtilI) Class.forName("swingjs.JSUtil").newInstance());
  86       } catch (InstantiationException | IllegalAccessException
  87               | ClassNotFoundException e)
  88       {
  89         e.printStackTrace();
  90       }
  91     }
  92   }
  93   // private static Boolean isHeadless = null;
  94
  95   /**
  96    * added to group mouse events into Windows and nonWindows (mac, unix, linux)
  97    *
  98    * @return
  99    */
 100   public static boolean isMac()
 101   {
 102     return (isMac == null
 103             ? (isMac = (System.getProperty("os.name").indexOf("Mac") >= 0))
 104             : isMac);
 105   }
 106
 107   /**
 108    * added to group mouse events into Windows and nonWindows (mac, unix, linux)
 109    *
 110    * @return
 111    */
 112   public static boolean isWin()
 113   {
 114     return (isWin == null
 115             ? (isWin = (System.getProperty("os.name").indexOf("Win") >= 0))
 116             : isWin);
 117   }
 118
 119   /**
 120    *
 121    * @return true if HTML5 JavaScript
 122    */
 123   public static boolean isJS()
 124   {
 125     return isJS;
 126   }
 127
 128   /**
 129    * sorry folks - Macs really are different
 130    *
 131    * BH: disabled for SwingJS -- will need to check key-press issues
 132    *
 133    * @return true if we do things in a special way.
 134    */
 135   public static boolean isAMacAndNotJS()
 136   {
 137     return (isNoJSMac == null ? (isNoJSMac = !isJS && isMac()) : isNoJSMac);
 138   }
 139
 140   /**
 141    * Check if we are on a Microsoft plaform...
 142    *
 143    * @return true if we have to cope with another platform variation
 144    */
 145   public static boolean isWindowsAndNotJS()
 146   {
 147     return (isNoJSWin == null ? (isNoJSWin = !isJS && isWin()) : isNoJSWin);
 148   }
 149
 150   /**
 151    *
 152    * @return true if we are running in non-interactive no UI mode
 153    */
 154   public static boolean isHeadless()
 155   {
 156     if (isHeadless == null)
 157     {
 158       isHeadless = "true".equals(System.getProperty("java.awt.headless"));
 159     }
 160     return isHeadless;
 161   }
 162
 163   /**
 164    *
 165    * @return nominal maximum command line length for this platform
 166    */
 167   public static int getMaxCommandLineLength()
 168   {
 169     // TODO: determine nominal limits for most platforms.
 170     return 2046; // this is the max length for a windows NT system.
 171   }
 172
 173   /**
 174    * Answers the input with every backslash replaced with a double backslash (an
 175    * 'escaped' single backslash)
 176    *
 177    * @param s
 178    * @return
 179    */
 180   public static String escapeBackslashes(String s)
 181   {
 182     return s == null ? null : s.replace("\\", "\\\\");
 183   }
 184
 185   /**
 186    * Answers true if the mouse event has Meta-down (Command key on Mac) or
 187    * Ctrl-down (on other o/s). Note this answers _false_ if the Ctrl key is
 188    * pressed instead of the Meta/Cmd key on Mac. To test for Ctrl-pressed on
 189    * Mac, you can use e.isPopupTrigger().
 190    *
 191    * @param e
 192    * @return
 193    */
 194   public static boolean isControlDown(MouseEvent e)
 195   {
 196     return isControlDown(e, isMac());
 197   }
 198
 199   /**
 200    * Overloaded version of method (to allow unit testing)
 201    *
 202    * @param e
 203    * @param aMac
 204    * @return
 205    */
 206   protected static boolean isControlDown(MouseEvent e, boolean aMac)
 207   {
 208     if (!aMac)
 209     {
 210       return e.isControlDown();
 211
 212       // Jalview 2.11 code below: above is as amended for JalviewJS
 213       // /*
 214       // * answer false for right mouse button
 215       // */
 216       // if (e.isPopupTrigger())
 217       // {
 218       // return false;
 219       // }
 220       // return
 221       // (jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx() //
 222       // .getMenuShortcutKeyMaskEx()
 223       // & jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper
 224       // .getModifiersEx(e)) != 0; // getModifiers()) != 0;
 225     }
 226     // answer false for right mouse button
 227     // shortcut key will be META for a Mac
 228     return !e.isPopupTrigger()
 229             && (Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()
 230                     & e.getModifiers()) != 0;
 231     // could we use e.isMetaDown() here?
 232   }
 233
 234   // BH: I don't know about that previous method. Here is what SwingJS uses.
 235   // Notice the distinction in mouse events. (BUTTON3_MASK == META)
 236   //
 237   // private static boolean isPopupTrigger(int id, int mods, boolean isWin) {
 238   // boolean rt = ((mods & InputEvent.BUTTON3_MASK) != 0);
 239   // if (isWin) {
 240   // if (id != MouseEvent.MOUSE_RELEASED)
 241   // return false;
 242   ////
 243   //// // Oddly, Windows returns InputEvent.META_DOWN_MASK on release, though
 244   //// // BUTTON3_DOWN_MASK for pressed. So here we just accept both.
 245   ////
 246   //// actually, we can use XXX_MASK, not XXX_DOWN_MASK and avoid this issue,
 247   // because
 248   //// J2S adds the appropriate extended (0x3FC0) and simple (0x3F) modifiers.
 249   ////
 250   // return rt;
 251   // } else {
 252   // // mac, linux, unix
 253   // if (id != MouseEvent.MOUSE_PRESSED)
 254   // return false;
 255   // boolean lt = ((mods & InputEvent.BUTTON1_MASK) != 0);
 256   // boolean ctrl = ((mods & InputEvent.CTRL_MASK) != 0);
 257   // return rt || (ctrl && lt);
 258   // }
 259   // }
 260   //
 261
 262   /**
 263    * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and right button to test for the
 264    * right-mouse pressed event in Windows that would have opened a menu or a
 265    * Mac.
 266    *
 267    * @param e
 268    * @return
 269    */
 270   public static boolean isWinRightButton(MouseEvent e)
 271   {
 272     // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS,
 273
 274     return isWin() && SwingUtilities.isRightMouseButton(e);
 275   }
 276
 277   /**
 278    * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and middle button -- for mouse wheeling
 279    * without pressing the button.
 280    *
 281    * @param e
 282    * @return
 283    */
 284   public static boolean isWinMiddleButton(MouseEvent e)
 285   {
 286     // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS
 287     return isWin() && SwingUtilities.isMiddleMouseButton(e);
 288   }
 289
 290   public static boolean allowMnemonics()
 291   {
 292     return !isMac();
 293   }
 294
 295   public final static int TIME_RESET = 0;
 296
 297   public final static int TIME_MARK = 1;
 298
 299   public static final int TIME_SET = 2;
 300
 301   public static final int TIME_GET = 3;
 302
 303   public static long time, mark, set, duration;
 304
 305   /**
 306    * typical usage:
 307    *
 308    * Platform.timeCheck(null, Platform.TIME_MARK);
 309    *
 310    * ...
 311    *
 312    * Platform.timeCheck("some message", Platform.TIME_MARK);
 313    *
 314    * reset...[set/mark]n...get
 315    *
 316    * @param msg
 317    * @param mode
 318    */
 319   public static void timeCheck(String msg, int mode)
 320   {
 321     long t = System.currentTimeMillis();
 322     switch (mode)
 323     {
 324     case TIME_RESET:
 325       time = mark = t;
 326       duration = 0;
 327       if (msg != null)
 328       {
 329         System.err.println("Platform: timer reset\t\t\t" + msg);
 330       }
 331       break;
 332     case TIME_MARK:
 333       if (set > 0)
 334       {
 335         // total time between set/mark points
 336         duration += (t - set);
 337       }
 338       else
 339       {
 340         if (time == 0)
 341         {
 342           time = mark = t;
 343         }
 344         if (msg != null)
 345         {
 346           System.err.println("Platform: timer mark\t" + ((t - time) / 1000f)
 347                   + "\t" + ((t - mark) / 1000f) + "\t" + msg);
 348         }
 349         mark = t;
 350       }
 351       break;
 352     case TIME_SET:
 353       set = t;
 354       break;
 355     case TIME_GET:
 356       if (msg != null)
 357       {
 358         System.err.println("Platform: timer dur\t" + ((t - time) / 1000f)
 359                 + "\t" + ((duration) / 1000f) + "\t" + msg);
 360       }
 361       set = 0;
 362       break;
 363     }
 364   }
 365
 366   public static void cacheFileData(String path, Object data)
 367   {
 368     if (isJS && data != null)
 369     {
 370       jsutil.cachePathData(path, data);
 371     }
 372   }
 373
 374   public static void cacheFileData(File file)
 375   {
 376     if (isJS)
 377     {
 378       byte[] data = Platform.getFileBytes(file);
 379       {
 380         if (data != null)
 381         {
 382           cacheFileData(file.toString(), data);
 383         }
 384       }
 385     }
 386   }
 387
 388   public static byte[] getFileBytes(File f)
 389   {
 390     return (isJS && f != null ? jsutil.getBytes(f) : null);
 391   }
 392
 393   public static byte[] getFileAsBytes(String fileStr)
 394   {
 395     if (isJS && fileStr != null)
 396     {
 397       byte[] bytes = (byte[]) jsutil.getFile(fileStr, false);
 398       cacheFileData(fileStr, bytes);
 399       return bytes;
 400     }
 401     return null;
 402   }
 403
 404   public static String getFileAsString(String url)
 405   {
 406     if (isJS && url != null)
 407     {
 408       String ret = (String) jsutil.getFile(url, true);
 409       cacheFileData(url, ret);
 410       return ret;
 411     }
 412     return null;
 413   }
 414
 415   public static boolean setFileBytes(File f, String urlstring)
 416   {
 417     if (isJS && f != null && urlstring != null)
 418     {
 419       @SuppressWarnings("unused")
 420       byte[] bytes = getFileAsBytes(urlstring);
 421       jsutil.setFileBytes(f, bytes);
 422       return true;
 423     }
 424     return false;
 425   }
 426
 427   public static void addJ2SBinaryType(String ext)
 428   {
 429     if (isJS)
 430     {
 431       jsutil.addBinaryFileType(ext);
 432     }
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Encode the URI using JavaScript encodeURIComponent
 437    *
 438    * @param value
 439    * @return encoded value
 440    */
 441   public static String encodeURI(String value)
 442   {
 443     /**
 444      * @j2sNative value = encodeURIComponent(value);
 445      */
 446     return value;
 447   }
 448
 449   /**
 450    * Open the URL using a simple window call if this is JavaScript
 451    *
 452    * @param url
 453    * @return true if window has been opened
 454    */
 455   public static boolean openURL(String url) throws IOException
 456   {
 457     if (!isJS())
 458     {
 459       return false;
 460     }
 461     /**
 462      * @j2sNative
 463      *
 464      *
 465      *            window.open(url);
 466      */
 467     return true;
 468   }
 469
 470   public static String getUniqueAppletID()
 471   {
 472     return (isJS ? (String) jsutil.getAppletAttribute("_uniqueId") : null);
 473   }
 474
 475   /**
 476    * Read the Info block for this applet.
 477    *
 478    * @param prefix
 479    *          "jalview_"
 480    * @param p
 481    * @return unique id for this applet
 482    */
 483   public static void readInfoProperties(String prefix, Properties p)
 484   {
 485     if (isJS)
 486     {
 487       String id = getUniqueAppletID();
 488
 489       String key = "";
 490       String value = "";
 491       @SuppressWarnings("unused")
 492       Object info = jsutil.getAppletAttribute("__Info");
 493       /**
 494        * @j2sNative for (key in info) { value = info[key];
 495        */
 496
 497       if (key.indexOf(prefix) == 0)
 498       {
 499         System.out.println("Platform id=" + id + " reading Info." + key
 500                 + " = " + value);
 501         p.put(key, value);
 502
 503       }
 504
 505       /**
 506        * @j2sNative }
 507        */
 508     }
 509   }
 510
 511   public static void setAjaxJSON(URL url)
 512   {
 513     if (isJS())
 514     {
 515       JSON.setAjax(url);
 516     }
 517   }
 518
 519   public static Object parseJSON(InputStream response)
 520           throws IOException, ParseException
 521   {
 522     if (isJS())
 523     {
 524       return JSON.parse(response);
 525     }
 526
 527     BufferedReader br = null;
 528     try
 529     {
 530       br = new BufferedReader(new InputStreamReader(response, "UTF-8"));
 531       return new JSONParser().parse(br);
 532     } finally
 533     {
 534       if (br != null)
 535       {
 536         try
 537         {
 538           br.close();
 539         } catch (IOException e)
 540         {
 541           // ignore
 542         }
 543       }
 544     }
 545   }
 546
 547   public static Object parseJSON(String json) throws ParseException
 548   {
 549     return (isJS() ? JSON.parse(json) : new JSONParser().parse(json));
 550   }
 551
 552   public static Object parseJSON(Reader r)
 553           throws IOException, ParseException
 554   {
 555     if (r == null)
 556     {
 557       return null;
 558     }
 559
 560     if (!isJS())
 561     {
 562       return new JSONParser().parse(r);
 563     }
 564     // Using a file reader is not currently supported in SwingJS JavaScript
 565
 566     if (r instanceof FileReader)
 567     {
 568       throw new IOException(
 569               "StringJS does not support FileReader parsing for JSON -- but it could...");
 570     }
 571     return JSON.parse(r);
 572   }
 573
 574   /**
 575    * Dump the input stream to an output file.
 576    *
 577    * @param is
 578    * @param outFile
 579    * @throws IOException
 580    *           if the file cannot be created or there is a problem reading the
 581    *           input stream.
 582    */
 583   public static void streamToFile(InputStream is, File outFile)
 584           throws IOException
 585   {
 586
 587     if (isJS)
 588     {
 589       jsutil.setFileBytes(outFile, is);
 590       return;
 591     }
 592
 593     FileOutputStream fio = new FileOutputStream(outFile);
 594     try
 595     {
 596       byte[] bb = new byte[32 * 1024];
 597       int l;
 598       while ((l = is.read(bb)) > 0)
 599       {
 600         fio.write(bb, 0, l);
 601       }
 602     } finally
 603     {
 604       fio.close();
 605     }
 606   }
 607
 608   /**
 609    * Add a known domain that implements access-control-allow-origin:*
 610    *
 611    * These should be reviewed periodically.
 612    *
 613    * @param domain
 614    *          for a service that is not allowing ajax
 615    *
 616    * @author hansonr@stolaf.edu
 617    *
 618    */
 619   public static void addJ2SDirectDatabaseCall(String domain)
 620   {
 621
 622     if (isJS)
 623     {
 624       jsutil.addDirectDatabaseCall(domain);
 625
 626       System.out.println(
 627               "Platform adding known access-control-allow-origin * for domain "
 628                       + domain);
 629     }
 630
 631   }
 632
 633   /**
 634    * Allow for URL-line command arguments. Untested.
 635    *
 636    */
 637   public static void getURLCommandArguments()
 638   {
 639
 640     try {
 641     /**
 642      * Retrieve the first query field as command arguments to Jalview. Include
 643      * only if prior to "?j2s" or "&j2s" or "#". Assign the applet's __Info.args
 644      * element to this value.
 645      *
 646      * @j2sNative var a =
 647      *            decodeURI((document.location.href.replace("&","?").split("?j2s")[0]
 648      *            + "?").split("?")[1].split("#")[0]); a &&
 649      *            (J2S.thisApplet.__Info.args = a.split(" "));
 650      *
 651      *            System.out.println("URL arguments: " + a);
 652      */
 653     } catch (Throwable t) {
 654     }
 655   }
 656
 657   /**
 658    * A (case sensitive) file path comparator that ignores the difference between
 659    * / and \
 660    *
 661    * @param path1
 662    * @param path2
 663    * @return
 664    */
 665   public static boolean pathEquals(String path1, String path2)
 666   {
 667     if (path1 == null)
 668     {
 669       return path2 == null;
 670     }
 671     if (path2 == null)
 672     {
 673       return false;
 674     }
 675     String p1 = path1.replace('\\', '/');
 676     String p2 = path2.replace('\\', '/');
 677     return p1.equals(p2);
 678   }
 679
 680   ///////////// JAL-3253 Applet additions //////////////
 681
 682   /**
 683    * Retrieve the object's embedded size from a div's style on a page if
 684    * embedded in SwingJS.
 685    *
 686    * @param frame
 687    *          JFrame or JInternalFrame
 688    * @param defaultWidth
 689    *          use -1 to return null (no default size)
 690    * @param defaultHeight
 691    * @return the embedded dimensions or null (no default size or not embedded)
 692    */
 693   public static Dimension getDimIfEmbedded(Component frame,
 694           int defaultWidth, int defaultHeight)
 695   {
 696     Dimension d = null;
 697     if (isJS)
 698     {
 699       d = (Dimension) getEmbeddedAttribute(frame, "dim");
 700     }
 701     return (d == null && defaultWidth >= 0
 702             ? new Dimension(defaultWidth, defaultHeight)
 703             : d);
 704
 705   }
 706
 707   public static Regex newRegex(String regex)
 708   {
 709     return newRegex(regex, null);
 710   }
 711
 712   public static Regex newRegex(String searchString, String replaceString)
 713   {
 714     ensureRegex();
 715     return (replaceString == null ? new Regex(searchString)
 716             : new Regex(searchString, replaceString));
 717   }
 718
 719   public static Regex newRegexPerl(String code)
 720   {
 721     ensureRegex();
 722     return Regex.perlCode(code);
 723   }
 724
 725   /**
 726    * Initialize Java debug logging. A representative sample -- adapt as desired.
 727    */
 728   public static void startJavaLogging()
 729   {
 730     /**
 731      * @j2sIgnore
 732      */
 733     {
 734       logClass("java.awt.EventDispatchThread", "java.awt.EventQueue",
 735               "java.awt.Component", "java.awt.focus.Component",
 736               "java.awt.event.Component",
 737               "java.awt.focus.DefaultKeyboardFocusManager");
 738     }
 739   }
 740
 741   /**
 742    * Initiate Java logging for a given class. Only for Java, not JavaScript;
 743    * Allows debugging of complex event processing.
 744    *
 745    * @param className
 746    */
 747   public static void logClass(String... classNames)
 748   {
 749     /**
 750      * @j2sIgnore
 751      *
 752      *
 753      */
 754     {
 755       Logger rootLogger = Logger.getLogger("");
 756       rootLogger.setLevel(Level.ALL);
 757       ConsoleHandler consoleHandler = new ConsoleHandler();
 758       consoleHandler.setLevel(Level.ALL);
 759       for (int i = classNames.length; --i >= 0;)
 760       {
 761         Logger logger = Logger.getLogger(classNames[i]);
 762         logger.setLevel(Level.ALL);
 763         logger.addHandler(consoleHandler);
 764       }
 765     }
 766   }
 767
 768   /**
 769    * load a resource -- probably a core file -- if and only if a particular
 770    * class has not been instantialized. We use a String here because if we used
 771    * a .class object, that reference itself would simply load the class, and we
 772    * want the core package to include that as well.
 773    *
 774    * @param resourcePath
 775    * @param className
 776    */
 777   public static void loadStaticResource(String resourcePath,
 778           String className)
 779   {
 780     if (isJS)
 781     {
 782       jsutil.loadResourceIfClassUnknown(resourcePath, className);
 783     }
 784   }
 785
 786   public static void ensureRegex()
 787   {
 788     if (isJS)
 789     {
 790       loadStaticResource("core/core_stevesoft.z.js",
 791               "com.stevesoft.pat.Regex");
 792     }
 793   }
 794
 795   /**
 796    * Set the "app" property of the HTML5 applet object, for example,
 797    * "testApplet.app", to point to the Jalview instance. This will be the object
 798    * that page developers use that is similar to the original Java applet object
 799    * that was accessed via LiveConnect.
 800    *
 801    * @param j
 802    */
 803   public static void setAppClass(Object j)
 804   {
 805     if (isJS)
 806     {
 807       jsutil.setAppletAttribute("app", j);
 808     }
 809   }
 810
 811   /**
 812    *
 813    * If this frame ia embedded in a web page, return a known type.
 814    *
 815    * @param frame
 816    *          a JFrame or JInternalFrame
 817    * @param type
 818    * @return null if frame is not embedded.
 819    */
 820   public static Object getEmbeddedAttribute(Component frame, String type)
 821   {
 822     return (isJS ? jsutil.getEmbeddedAttribute(frame, type) : null);
 823   }
 824
 825   public static void stackTrace()
 826   {
 827     try
 828     {
 829       throw new NullPointerException();
 830     } catch (Exception e)
 831     {
 832       e.printStackTrace();
 833     }
 834
 835   }
 836
 837   public static URL getDocumentBase()
 838   {
 839     return (isJS ? jsutil.getDocumentBase() : null);
 840   }
 841
 842   public static URL getCodeBase()
 843   {
 844     return (isJS ? jsutil.getCodeBase() : null);
 845   }
 846
 847   public static String getUserPath(String subpath)
 848   {
 849     char sep = File.separatorChar;
 850     return System.getProperty("user.home") + sep
 851             + subpath.replace('/', sep);
 852   }
 853
 854   /**
 855    * This method enables checking if a cached file has exceeded a certain
 856    * threshold(in days)
 857    *
 858    * @param file
 859    *          the cached file
 860    * @param noOfDays
 861    *          the threshold in days
 862    * @return
 863    */
 864   public static boolean isFileOlderThanThreshold(File file, int noOfDays)
 865   {
 866     if (isJS())
 867     {
 868       // not meaningful in SwingJS -- this is a session-specific temp file. It
 869       // doesn't have a timestamp.
 870       return false;
 871     }
 872     Path filePath = file.toPath();
 873     BasicFileAttributes attr;
 874     int diffInDays = 0;
 875     try
 876     {
 877       attr = Files.readAttributes(filePath, BasicFileAttributes.class);
 878       diffInDays = (int) ((new Date().getTime()
 879               - attr.lastModifiedTime().toMillis())
 880               / (1000 * 60 * 60 * 24));
 881       // System.out.println("Diff in days : " + diffInDays);
 882     } catch (IOException e)
 883     {
 884       e.printStackTrace();
 885     }
 886     return noOfDays <= diffInDays;
 887   }
 888
 889   /**
 890    * Get the leading integer part of a string that begins with an integer.
 891    *
 892    * @param input
 893    *          - the string input to process
 894    * @param failValue
 895    *          - value returned if unsuccessful
 896    * @return
 897    */
 898   public static int getLeadingIntegerValue(String input, int failValue)
 899   {
 900     if (input == null)
 901     {
 902       return failValue;
 903     }
 904     if (isJS)
 905     {
 906       int val = /** @j2sNative 1 ? parseInt(input) : */
 907               0;
 908       return (val == val + 0 ? val : failValue);
 909     }
 910     // JavaScript does not support Regex ? lookahead
 911     String[] parts = input.split("(?=\\D)(?<=\\d)");
 912     if (parts != null && parts.length > 0 && parts[0].matches("[0-9]+"))
 913     {
 914       return Integer.valueOf(parts[0]);
 915     }
 916     return failValue;
 917   }
 918
 919   public static Map<String, Object> getAppletInfoAsMap()
 920   {
 921     return (isJS ? jsutil.getAppletInfoAsMap() : null);
 922   }
 923
 924   /**
 925    * Get the SwingJS applet ID and combine that with the frameType
 926    *
 927    * @param frameType
 928    *          "alignment", "desktop", etc., or null
 929    * @return
 930    */
 931   public static String getAppID(String frameType)
 932   {
 933
 934     String id = Jalview.getInstance().j2sAppletID;
 935     if (id == null)
 936     {
 937       Jalview.getInstance().j2sAppletID = id = (isJS ? (String) jsutil
 938               .getAppletAttribute("_id") : "jalview");
 939     }
 940     return id + (frameType == null ? "" : "-" + frameType);
 941   }
 942
 943
 944   /**
 945    * Option to avoid unnecessary seeking of nonexistent resources in JavaScript.
 946    * Works in Java as well.
 947    *
 948    * @param loc
 949    * @return
 950    */
 951   public static Locale getLocaleOrNone(Locale loc)
 952   {
 953     return (isJS && loc.getCountry() == "en" ? new Locale("") : loc);
 954   }
 955
 956 }