src/jalview/util/UrlLink.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.util;\r
  20 \r
  21 import java.util.Vector;\r
  22 \r
  23 public class UrlLink\r
  24 {\r
  25   /**\r
  26    * helper class to parse URL Link strings taken from applet parameters or\r
  27    * jalview properties file using the com.stevesoft.pat.Regex implementation.\r
  28    * Jalview 2.4 extension allows regular expressions to be used to parse ID\r
  29    * strings and replace the result in the URL. Regex's operate on the whole ID\r
  30    * string given to the matchURL method, if no regex is supplied, then only\r
  31    * text following the first pipe symbol will be susbstituted.\r
  32    */\r
  33   private String url_suffix, url_prefix, target, label, regexReplace;\r
  34 \r
  35   private boolean dynamic = false;\r
  36 \r
  37   private String invalidMessage = null;\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * parse the given linkString of the form '<label>|<url>' into parts url may\r
  41    * contain a string $SEQUENCE_ID<=optional regex=>$ where <=optional regex=>\r
  42    * must be of the form =/<perl style regex>/=$\r
  43    * \r
  44    * @param link\r
  45    */\r
  46   public UrlLink(String link)\r
  47   {\r
  48     int sep = link.indexOf("|"), psqid = link.indexOf("$SEQUENCE_ID");\r
  49     if (psqid > -1)\r
  50     {\r
  51       dynamic = true;\r
  52       int p = sep;\r
  53       do\r
  54       {\r
  55         sep = p;\r
  56         p = link.indexOf("|", sep + 1);\r
  57       } while (p > sep && p < psqid);\r
  58       // Assuming that the URL itself does not contain any '|' symbols\r
  59       // sep now contains last pipe symbol position prior to any regex symbols\r
  60       label = link.substring(0, sep);\r
  61       if (label.indexOf("|") > -1)\r
  62       {\r
  63         // | terminated database name / www target at start of Label\r
  64         target = label.substring(0, label.indexOf("|"));\r
  65       }\r
  66       else if (label.indexOf(" ") > 2)\r
  67       {\r
  68         // space separated Label - matches database name\r
  69         target = label.substring(0, label.indexOf(" "));\r
  70       }\r
  71       else\r
  72       {\r
  73         target = label;\r
  74       }\r
  75       // Parse URL : Whole URL string first\r
  76       url_prefix = link.substring(sep + 1, psqid);\r
  77       if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID=/") == psqid\r
  78               && (p = link.indexOf("/=$", psqid + 14)) > psqid + 14)\r
  79       {\r
  80         // Extract Regex and suffix\r
  81         url_suffix = link.substring(p + 3);\r
  82         regexReplace = link.substring(psqid + 14, p);\r
  83         try\r
  84         {\r
  85           com.stevesoft.pat.Regex rg = com.stevesoft.pat.Regex.perlCode("/"\r
  86                   + regexReplace + "/");\r
  87           if (rg == null)\r
  88           {\r
  89             invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '"\r
  90                     + regexReplace + "'\n";\r
  91           }\r
  92         } catch (Exception e)\r
  93         {\r
  94           invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + regexReplace\r
  95                   + "'\n";\r
  96         }\r
  97       }\r
  98       else\r
  99       {\r
 100         regexReplace = null;\r
 101         // verify format is really correct.\r
 102         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") == psqid)\r
 103         {\r
 104           url_suffix = link.substring(psqid + 13);\r
 105           regexReplace = null;\r
 106         }\r
 107         else\r
 108         {\r
 109           invalidMessage = "Warning: invalid regex structure for URL link : "\r
 110                   + link;\r
 111         }\r
 112       }\r
 113     }\r
 114     else\r
 115     {\r
 116       target = link.substring(0, sep);\r
 117       label = link.substring(0, sep = link.lastIndexOf("|"));\r
 118       url_prefix = link.substring(sep + 1);\r
 119       regexReplace = null; // implies we trim any prefix if necessary //\r
 120       // regexReplace=".*\\|?(.*)";\r
 121       url_suffix = null;\r
 122     }\r
 123   }\r
 124 \r
 125   /**\r
 126    * @return the url_suffix\r
 127    */\r
 128   public String getUrl_suffix()\r
 129   {\r
 130     return url_suffix;\r
 131   }\r
 132 \r
 133   /**\r
 134    * @return the url_prefix\r
 135    */\r
 136   public String getUrl_prefix()\r
 137   {\r
 138     return url_prefix;\r
 139   }\r
 140 \r
 141   /**\r
 142    * @return the target\r
 143    */\r
 144   public String getTarget()\r
 145   {\r
 146     return target;\r
 147   }\r
 148 \r
 149   /**\r
 150    * @return the label\r
 151    */\r
 152   public String getLabel()\r
 153   {\r
 154     return label;\r
 155   }\r
 156 \r
 157   /**\r
 158    * @return the regexReplace\r
 159    */\r
 160   public String getRegexReplace()\r
 161   {\r
 162     return regexReplace;\r
 163   }\r
 164 \r
 165   /**\r
 166    * @return the invalidMessage\r
 167    */\r
 168   public String getInvalidMessage()\r
 169   {\r
 170     return invalidMessage;\r
 171   }\r
 172 \r
 173   /**\r
 174    * \r
 175    * @return true if URL string could not be parsed properly.\r
 176    */\r
 177   public boolean isValid()\r
 178   {\r
 179     return invalidMessage == null;\r
 180   }\r
 181 \r
 182   /**\r
 183    * return one or more URL strings by applying regex to the given idstring\r
 184    * \r
 185    * @param idstring\r
 186    * @param onlyIfMatches -\r
 187    *                when true url strings are only made if regex is defined and\r
 188    *                matches\r
 189    * @return String[] { part of idstring substituted, full substituted url , ..\r
 190    *         next part, next url..}\r
 191    */\r
 192   public String[] makeUrls(String idstring, boolean onlyIfMatches)\r
 193   {\r
 194     if (dynamic)\r
 195     {\r
 196       if (regexReplace != null)\r
 197       {\r
 198         com.stevesoft.pat.Regex rg = com.stevesoft.pat.Regex.perlCode("/"\r
 199                 + regexReplace + "/");\r
 200         if (rg.search(idstring))\r
 201         {\r
 202           int ns = rg.numSubs();\r
 203           if (ns == 0)\r
 204           {\r
 205             // take whole regex\r
 206             return new String[]\r
 207             { rg.stringMatched(),\r
 208                 url_prefix + rg.stringMatched() + url_suffix };\r
 209           } /*\r
 210              * else if (ns==1) { // take only subgroup match return new String[] {\r
 211              * rg.stringMatched(1), url_prefix+rg.stringMatched(1)+url_suffix }; }\r
 212              */\r
 213           else\r
 214           {\r
 215             // debug\r
 216             for (int s = 0; s <= rg.numSubs(); s++)\r
 217             {\r
 218               System.err.println("Sub " + s + " : " + rg.matchedFrom(s)\r
 219                       + " : " + rg.matchedTo(s) + " : '"\r
 220                       + rg.stringMatched(s) + "'");\r
 221             }\r
 222             // try to collate subgroup matches\r
 223             Vector subs = new Vector();\r
 224             // have to loop through submatches, collating them at top level\r
 225             // match\r
 226             int s = 0; // 1;\r
 227             while (s <= ns)\r
 228             {\r
 229               if (s + 1 <= ns && rg.matchedTo(s) > -1\r
 230                       && rg.matchedTo(s + 1) > -1\r
 231                       && rg.matchedTo(s + 1) < rg.matchedTo(s))\r
 232               {\r
 233                 // s is top level submatch. search for submatches enclosed by\r
 234                 // this one\r
 235                 int r = s + 1;\r
 236                 String mtch = "";\r
 237                 while (r <= ns && rg.matchedTo(r) <= rg.matchedTo(s))\r
 238                 {\r
 239                   if (rg.matchedFrom(r) > -1)\r
 240                   {\r
 241                     mtch += rg.stringMatched(r);\r
 242                   }\r
 243                   r++;\r
 244                 }\r
 245                 if (mtch.length() > 0)\r
 246                 {\r
 247                   subs.addElement(mtch);\r
 248                   subs.addElement(url_prefix + mtch + url_suffix);\r
 249                 }\r
 250                 s = r;\r
 251               }\r
 252               else\r
 253               {\r
 254                 if (rg.matchedFrom(s) > -1)\r
 255                 {\r
 256                   subs.addElement(rg.stringMatched(s));\r
 257                   subs.addElement(url_prefix + rg.stringMatched(s)\r
 258                           + url_suffix);\r
 259                 }\r
 260                 s++;\r
 261               }\r
 262             }\r
 263 \r
 264             String[] res = new String[subs.size()];\r
 265             for (int r = 0, rs = subs.size(); r < rs; r++)\r
 266             {\r
 267               res[r] = (String) subs.elementAt(r);\r
 268             }\r
 269             subs.removeAllElements();\r
 270             return res;\r
 271           }\r
 272         }\r
 273         if (onlyIfMatches)\r
 274         {\r
 275           return null;\r
 276         }\r
 277       }\r
 278       /* Otherwise - trim off any 'prefix' - pre 2.4 Jalview behaviour */\r
 279       if (idstring.indexOf("|") > -1)\r
 280       {\r
 281         idstring = idstring.substring(idstring.lastIndexOf("|") + 1);\r
 282       }\r
 283 \r
 284       // just return simple url substitution.\r
 285       return new String[]\r
 286       { idstring, url_prefix + idstring + url_suffix };\r
 287     }\r
 288     else\r
 289     {\r
 290       return new String[]\r
 291       { "", url_prefix };\r
 292     }\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public String toString()\r
 296   {\r
 297     return label\r
 298             + "|"\r
 299             + url_prefix\r
 300             + (dynamic ? ("$SEQUENCE_ID" + ((regexReplace != null) ? "="\r
 301                     + regexReplace + "=$" : "$")) : "")\r
 302             + ((url_suffix == null) ? "" : url_suffix);\r
 303 \r
 304   }\r
 305 \r
 306   private static void testUrls(UrlLink ul, String idstring, String[] urls)\r
 307   {\r
 308 \r
 309     if (urls == null)\r
 310     {\r
 311       System.out.println("Created NO urls.");\r
 312     }\r
 313     else\r
 314     {\r
 315       System.out.println("Created " + (urls.length / 2) + " Urls.");\r
 316       for (int uls = 0; uls < urls.length; uls += 2)\r
 317       {\r
 318         System.out.println("URL Replacement text : " + urls[uls]\r
 319                 + " : URL : " + urls[uls + 1]);\r
 320       }\r
 321     }\r
 322   }\r
 323 \r
 324   public static void main(String argv[])\r
 325   {\r
 326     String[] links = new String[]\r
 327     {\r
 328     /*\r
 329      * "AlinkT|Target|http://foo.foo.soo/",\r
 330      * "myUrl1|http://$SEQUENCE_ID=/[0-9]+/=$.someserver.org/foo",\r
 331      * "myUrl2|http://$SEQUENCE_ID=/(([0-9]+).+([A-Za-z]+))/=$.someserver.org/foo",\r
 332      * "myUrl3|http://$SEQUENCE_ID=/([0-9]+).+([A-Za-z]+)/=$.someserver.org/foo",\r
 333      * "myUrl4|target|http://$SEQUENCE_ID$.someserver.org/foo|too",\r
 334      * "PF1|http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID=/(?:PFAM:)?(.+)/=$",\r
 335      * "PF2|http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID=/(PFAM:)?(.+)/=$",\r
 336      * "PF3|http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID=/PFAM:(.+)/=$",\r
 337      * "NOTFER|http://notfer.org/$SEQUENCE_ID=/(?<!\\s)(.+)/=$",\r
 338      */\r
 339     "NESTED|http://nested/$SEQUENCE_ID=/^(?:Label:)?(?:(?:gi\\|(\\d+))|([^:]+))/=$/nested" };\r
 340     String[] idstrings = new String[]\r
 341     {\r
 342     /*\r
 343      * //"LGUL_human", //"QWIQW_123123", "uniprot|why_do+_12313_foo",\r
 344      * //"123123312", "123123 ABCDE foo", "PFAM:PF23943",\r
 345      */\r
 346     "Label:gi|9234|pdb|102L|A" };\r
 347     // TODO: test the setLabel method.\r
 348     for (int i = 0; i < links.length; i++)\r
 349     {\r
 350       UrlLink ul = new UrlLink(links[i]);\r
 351       if (ul.isValid())\r
 352       {\r
 353         System.out.println("\n\n\n");\r
 354         System.out.println("Link " + i + " " + links[i] + " : "\r
 355                 + ul.toString());\r
 356         System.out.println(" pref : "\r
 357                 + ul.getUrl_prefix()\r
 358                 + "\n suf : "\r
 359                 + ul.getUrl_suffix()\r
 360                 + "\n : "\r
 361                 + ((ul.getRegexReplace() != null) ? ul.getRegexReplace()\r
 362                         : ""));\r
 363         for (int ids = 0; ids < idstrings.length; ids++)\r
 364         {\r
 365           System.out.println("ID String : " + idstrings[ids]\r
 366                   + "\nWithout onlyIfMatches:");\r
 367           String[] urls = ul.makeUrls(idstrings[ids], false);\r
 368           testUrls(ul, idstrings[ids], urls);\r
 369           System.out.println("With onlyIfMatches set.");\r
 370           urls = ul.makeUrls(idstrings[ids], true);\r
 371           testUrls(ul, idstrings[ids], urls);\r
 372         }\r
 373       }\r
 374       else\r
 375       {\r
 376         System.err.println("Invalid URLLink : " + links[i] + " : "\r
 377                 + ul.getInvalidMessage());\r
 378       }\r
 379     }\r
 380   }\r
 381 \r
 382   public boolean isDynamic()\r
 383   {\r
 384     // TODO Auto-generated method stub\r
 385     return dynamic;\r
 386   }\r
 387 \r
 388   public void setLabel(String newlabel)\r
 389   {\r
 390     this.label = newlabel;\r
 391   }\r
 392 }\r