src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.styles;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24
  25 import jalview.api.ViewStyleI;
  26
  27 /**
  28  * A container for holding alignment view properties. View properties are
  29  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  30  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  31  * rendering system.
  32  *
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  37 {
  38   private boolean abovePIDThreshold = false;
  39
  40   int charHeight;
  41
  42   int charWidth;
  43
  44   int idWidth = -1;
  45
  46   /**
  47    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  48    */
  49   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  50
  51   /**
  52    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  53    */
  54   boolean centreColumnLabels = false;
  55
  56   private boolean showdbrefs;
  57
  58   private boolean shownpfeats;
  59
  60   // --------END Structure Conservation
  61
  62   /**
  63    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  64    */
  65   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  66
  67   boolean conservationColourSelected = false;
  68
  69   /**
  70    * show the reference sequence in the alignment view
  71    */
  72   private boolean displayReferenceSeq = false;
  73
  74   private int increment;
  75
  76   /**
  77    * display gap characters
  78    */
  79   boolean renderGaps = true;
  80
  81   private boolean rightAlignIds = false;
  82
  83   boolean scaleAboveWrapped = false;
  84
  85   boolean scaleLeftWrapped = true;
  86
  87   boolean scaleRightWrapped = true;
  88
  89   boolean seqNameItalics;
  90
  91   /**
  92    * show annotation tracks on the alignment
  93    */
  94   private boolean showAnnotation = true;
  95
  96   /**
  97    * render each residue in a coloured box
  98    */
  99   boolean showBoxes = true;
 100
 101   /**
 102    * Colour sequence text
 103    */
 104   boolean showColourText = false;
 105
 106   /**
 107    * show blue triangles
 108    */
 109   boolean showHiddenMarkers = true;
 110
 111   /**
 112    * show /start-end in ID panel
 113    */
 114   boolean showJVSuffix = true;
 115
 116   /**
 117    * scale features height according to score
 118    */
 119   boolean showSeqFeaturesHeight;
 120
 121   /**
 122    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 123    */
 124   boolean showSequenceFeatures = false;
 125
 126   /**
 127    * display setting for showing/hiding annotation tracks reporting sequence
 128    * feature counts in columns of alignment view
 129    */
 130   boolean showSequenceFeatureCounts = false;
 131
 132   /**
 133    * display sequence symbols
 134    */
 135   boolean showText = true;
 136
 137   /**
 138    * show non-conserved residues only
 139    */
 140   protected boolean showUnconserved = false;
 141
 142   Color textColour = Color.black;
 143
 144   Color textColour2 = Color.white;
 145
 146   /**
 147    * PID or consensus threshold
 148    */
 149   int threshold;
 150
 151   /**
 152    * threshold for switching between textColour & textColour2
 153    */
 154   int thresholdTextColour = 0;
 155
 156   /**
 157    * upper case characters in sequence are shown in bold
 158    */
 159   boolean upperCasebold = false;
 160
 161   /**
 162    * name of base font for view
 163    */
 164   private String fontName;
 165
 166   /**
 167    * size for base font
 168    */
 169   private int fontSize;
 170
 171   /*
 172    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 173    * SplitFrame views only)
 174    */
 175   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 176
 177   /*
 178    * if true, font changes to protein or cDNA are applied to both
 179    * sides of a split screen
 180    */
 181   private boolean proteinFontAsCdna = true;
 182
 183   /**
 184    * Copy constructor
 185    *
 186    * @param vs
 187    */
 188   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 189   {
 190     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 191     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 192     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 193     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 194     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 195     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 196     setColourText(vs.getColourText());
 197     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 198     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 199     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 200     setFontName(vs.getFontName());
 201     setFontSize(vs.getFontSize());
 202     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 203     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 204     setIncrement(vs.getIncrement());
 205     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 206     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 207     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 208     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 209     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 210     setProteinFontAsCdna(vs.isProteinFontAsCdna());
 211     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 212     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 213     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 214     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 215     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 216     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 217     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 218     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 219     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 220     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 221     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 222     setShowComplementFeatures(vs.isShowComplementFeatures());
 223     setShowComplementFeaturesOnTop(vs.isShowComplementFeaturesOnTop());
 224     setShowText(vs.getShowText());
 225     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 226     setTextColour(vs.getTextColour());
 227     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 228     setThreshold(vs.getThreshold());
 229     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 230     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 231     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 232     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 233     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 234   }
 235
 236   public ViewStyle()
 237   {
 238   }
 239
 240   /**
 241    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 242    */
 243   @Override
 244   public boolean equals(Object other)
 245   {
 246     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 247     {
 248       return false;
 249     }
 250     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 251
 252     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 253             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 254             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 255             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 256             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 257                     .getColourAppliesToAllGroups()
 258             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 259             && getColourText() == vs.getColourText()
 260             && isConservationColourSelected() == vs
 261                     .isConservationColourSelected()
 262             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 263             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 264             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 265             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 266             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 267             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 268             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 269             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 270             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 271             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 272             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 273             && isProteinFontAsCdna() == vs.isProteinFontAsCdna()
 274             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 275             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 276             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 277             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 278             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 279             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 280             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 281             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 282             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 283             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 284                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 285             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 286             && isShowComplementFeatures() == vs.isShowComplementFeatures()
 287             && isShowComplementFeaturesOnTop() == vs
 288                     .isShowComplementFeaturesOnTop()
 289             && getShowText() == vs.getShowText()
 290             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 291             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 292             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 293             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 294             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment()
 295             && getWrappedWidth() == vs.getWrappedWidth());
 296     /*
 297      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 298      * values
 299      */
 300     match = match && String.valueOf(getFontName())
 301             .equals(String.valueOf(vs.getFontName()));
 302     match = match && String.valueOf(getTextColour())
 303             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour()));
 304     match = match && String.valueOf(getTextColour2())
 305             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 306     return match;
 307     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 308   }
 309
 310   /**
 311    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 312    * vs2.hashCode()
 313    */
 314   @Override
 315   public int hashCode()
 316   {
 317     /*
 318      * No need to include all properties, just a selection...
 319      */
 320     int hash = 0;
 321     int m = 1;
 322     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 323     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 324     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 325     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 326     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 327     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 328     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 329     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 330     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 331     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 332     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 333     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 334     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 335     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 336     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 337     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 338     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 339     hash += m++ * this.charHeight;
 340     hash += m++ * this.charWidth;
 341     hash += m++ * fontSize;
 342     hash += m++ * fontStyle;
 343     hash += m++ * idWidth;
 344     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 345     return hash;
 346   }
 347
 348   /**
 349    * @return the upperCasebold
 350    */
 351   @Override
 352   public boolean isUpperCasebold()
 353   {
 354     return upperCasebold;
 355   }
 356
 357   /**
 358    * @param upperCasebold
 359    *          the upperCasebold to set
 360    */
 361   @Override
 362   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 363   {
 364     this.upperCasebold = upperCasebold;
 365   }
 366
 367   /**
 368    * flag for wrapping
 369    */
 370   boolean wrapAlignment = false;
 371
 372   /**
 373    * number columns in wrapped alignment
 374    */
 375   int wrappedWidth;
 376
 377   private int fontStyle;
 378
 379   private boolean showComplementFeatures;
 380
 381   private boolean showComplementFeaturesOnTop;
 382
 383   /**
 384    * GUI state
 385    *
 386    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 387    */
 388   @Override
 389   public boolean getAbovePIDThreshold()
 390   {
 391     return abovePIDThreshold;
 392   }
 393
 394   /**
 395    * DOCUMENT ME!
 396    *
 397    * @return DOCUMENT ME!
 398    */
 399   @Override
 400   public int getCharHeight()
 401   {
 402     return charHeight;
 403   }
 404
 405   /**
 406    * DOCUMENT ME!
 407    *
 408    * @return DOCUMENT ME!
 409    */
 410   @Override
 411   public int getCharWidth()
 412   {
 413     return charWidth;
 414   }
 415
 416   /**
 417    *
 418    *
 419    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 420    */
 421   @Override
 422   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 423   {
 424     return colourAppliesToAllGroups;
 425   }
 426
 427   /**
 428    * DOCUMENT ME!
 429    *
 430    * @return DOCUMENT ME!
 431    */
 432   @Override
 433   public boolean getColourText()
 434   {
 435     return showColourText;
 436   }
 437
 438   /**
 439    * GUI state
 440    *
 441    * @return true if conservation based shading is enabled
 442    */
 443   @Override
 444   public boolean getConservationSelected()
 445   {
 446     return conservationColourSelected;
 447   }
 448
 449   /**
 450    * GUI State
 451    *
 452    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 453    */
 454   @Override
 455   public int getIncrement()
 456   {
 457     return increment;
 458   }
 459
 460   /**
 461    * DOCUMENT ME!
 462    *
 463    * @return DOCUMENT ME!
 464    */
 465   @Override
 466   public boolean getScaleAboveWrapped()
 467   {
 468     return scaleAboveWrapped;
 469   }
 470
 471   /**
 472    * DOCUMENT ME!
 473    *
 474    * @return DOCUMENT ME!
 475    */
 476   @Override
 477   public boolean getScaleLeftWrapped()
 478   {
 479     return scaleLeftWrapped;
 480   }
 481
 482   /**
 483    * DOCUMENT ME!
 484    *
 485    * @return DOCUMENT ME!
 486    */
 487   @Override
 488   public boolean getScaleRightWrapped()
 489   {
 490     return scaleRightWrapped;
 491   }
 492
 493   /**
 494    * DOCUMENT ME!
 495    *
 496    * @return DOCUMENT ME!
 497    */
 498   @Override
 499   public boolean getShowBoxes()
 500   {
 501     return showBoxes;
 502   }
 503
 504   @Override
 505   public boolean getShowHiddenMarkers()
 506   {
 507     return showHiddenMarkers;
 508   }
 509
 510   /**
 511    * DOCUMENT ME!
 512    *
 513    * @return DOCUMENT ME!
 514    */
 515   @Override
 516   public boolean getShowJVSuffix()
 517   {
 518     return showJVSuffix;
 519   }
 520
 521   /**
 522    * DOCUMENT ME!
 523    *
 524    * @return DOCUMENT ME!
 525    */
 526   @Override
 527   public boolean getShowText()
 528   {
 529     return showText;
 530   }
 531
 532   @Override
 533   public boolean getShowUnconserved()
 534   {
 535     return showUnconserved;
 536   }
 537
 538   /**
 539    * @return the textColour
 540    */
 541   @Override
 542   public Color getTextColour()
 543   {
 544     return textColour;
 545   }
 546
 547   /**
 548    * @return the textColour2
 549    */
 550   @Override
 551   public Color getTextColour2()
 552   {
 553     return textColour2;
 554   }
 555
 556   /**
 557    * DOCUMENT ME!
 558    *
 559    * @return DOCUMENT ME!
 560    */
 561   @Override
 562   public int getThreshold()
 563   {
 564     return threshold;
 565   }
 566
 567   /**
 568    * @return the thresholdTextColour
 569    */
 570   @Override
 571   public int getThresholdTextColour()
 572   {
 573     return thresholdTextColour;
 574   }
 575
 576   /**
 577    * DOCUMENT ME!
 578    *
 579    * @return DOCUMENT ME!
 580    */
 581   @Override
 582   public boolean getWrapAlignment()
 583   {
 584     return wrapAlignment;
 585   }
 586
 587   /**
 588    * DOCUMENT ME!
 589    *
 590    * @return DOCUMENT ME!
 591    */
 592   @Override
 593   public int getWrappedWidth()
 594   {
 595     return wrappedWidth;
 596   }
 597
 598   @Override
 599   public boolean isColourByReferenceSeq()
 600   {
 601     return colourByReferenceSeq;
 602   }
 603
 604   /**
 605    * @return the conservationColourSelected
 606    */
 607   @Override
 608   public boolean isConservationColourSelected()
 609   {
 610     return conservationColourSelected;
 611   }
 612
 613   @Override
 614   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 615   {
 616     return displayReferenceSeq;
 617   }
 618
 619   /**
 620    * @return the renderGaps
 621    */
 622   @Override
 623   public boolean isRenderGaps()
 624   {
 625     return renderGaps;
 626   }
 627
 628   @Override
 629   public boolean isRightAlignIds()
 630   {
 631     return rightAlignIds;
 632   }
 633
 634   /**
 635    * @return the seqNameItalics
 636    */
 637   @Override
 638   public boolean isSeqNameItalics()
 639   {
 640     return seqNameItalics;
 641   }
 642
 643   @Override
 644   public boolean isShowAnnotation()
 645   {
 646     return showAnnotation;
 647   }
 648
 649   /**
 650    * @return the showColourText
 651    */
 652   @Override
 653   public boolean isShowColourText()
 654   {
 655     return showColourText;
 656   }
 657
 658   /**
 659    * @return the showSeqFeaturesHeight
 660    */
 661   @Override
 662   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 663   {
 664     return showSeqFeaturesHeight;
 665   }
 666
 667   @Override
 668   public boolean isShowSequenceFeatures()
 669   {
 670     return showSequenceFeatures;
 671   }
 672
 673   /**
 674    * GUI state
 675    *
 676    *
 677    * @param b
 678    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 679    */
 680   @Override
 681   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 682   {
 683     abovePIDThreshold = b;
 684   }
 685
 686   /**
 687    * DOCUMENT ME!
 688    *
 689    * @param h
 690    *          DOCUMENT ME!
 691    */
 692   @Override
 693   public void setCharHeight(int h)
 694   {
 695     this.charHeight = h;
 696   }
 697
 698   /**
 699    * DOCUMENT ME!
 700    *
 701    * @param w
 702    *          DOCUMENT ME!
 703    */
 704   @Override
 705   public void setCharWidth(int w)
 706   {
 707     this.charWidth = w;
 708   }
 709
 710   /**
 711    * @param value
 712    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 713    *          to all groups
 714    */
 715   @Override
 716   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 717   {
 718     colourAppliesToAllGroups = b;
 719   }
 720
 721   @Override
 722   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 723   {
 724     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 725   }
 726
 727   /**
 728    * DOCUMENT ME!
 729    *
 730    * @param state
 731    *          DOCUMENT ME!
 732    */
 733   @Override
 734   public void setColourText(boolean state)
 735   {
 736     showColourText = state;
 737   }
 738
 739   /**
 740    * @param conservationColourSelected
 741    *          the conservationColourSelected to set
 742    */
 743   @Override
 744   public void setConservationColourSelected(
 745           boolean conservationColourSelected)
 746   {
 747     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 748   }
 749
 750   /**
 751    * GUI state
 752    *
 753    * @param b
 754    *          enable conservation based shading
 755    */
 756   @Override
 757   public void setConservationSelected(boolean b)
 758   {
 759     conservationColourSelected = b;
 760   }
 761
 762   @Override
 763   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 764   {
 765     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 766   }
 767
 768   /**
 769    *
 770    * @param inc
 771    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 772    *          conservation
 773    */
 774   @Override
 775   public void setIncrement(int inc)
 776   {
 777     increment = inc;
 778   }
 779
 780   /**
 781    * DOCUMENT ME!
 782    *
 783    * @param state
 784    *          DOCUMENT ME!
 785    */
 786   @Override
 787   public void setRenderGaps(boolean state)
 788   {
 789     renderGaps = state;
 790   }
 791
 792   @Override
 793   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 794   {
 795     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 796   }
 797
 798   /**
 799    * DOCUMENT ME!
 800    *
 801    * @param b
 802    *          DOCUMENT ME!
 803    */
 804   @Override
 805   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 806   {
 807     scaleAboveWrapped = b;
 808   }
 809
 810   /**
 811    * DOCUMENT ME!
 812    *
 813    * @param b
 814    *          DOCUMENT ME!
 815    */
 816   @Override
 817   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 818   {
 819     scaleLeftWrapped = b;
 820   }
 821
 822   /**
 823    *
 824    *
 825    * @param scaleRightWrapped
 826    *          - true or false
 827    */
 828
 829   @Override
 830   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 831   {
 832     scaleRightWrapped = b;
 833   }
 834
 835   @Override
 836   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 837   {
 838     seqNameItalics = italics;
 839   }
 840
 841   @Override
 842   public void setShowAnnotation(boolean b)
 843   {
 844     showAnnotation = b;
 845   }
 846
 847   /**
 848    * DOCUMENT ME!
 849    *
 850    * @param state
 851    *          DOCUMENT ME!
 852    */
 853   @Override
 854   public void setShowBoxes(boolean state)
 855   {
 856     showBoxes = state;
 857   }
 858
 859   /**
 860    * @param showColourText
 861    *          the showColourText to set
 862    */
 863   @Override
 864   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 865   {
 866     this.showColourText = showColourText;
 867   }
 868
 869   @Override
 870   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 871   {
 872     showHiddenMarkers = show;
 873   }
 874
 875   /**
 876    * DOCUMENT ME!
 877    *
 878    * @param b
 879    *          DOCUMENT ME!
 880    */
 881   @Override
 882   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 883   {
 884     showJVSuffix = b;
 885   }
 886
 887   @Override
 888   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 889   {
 890     showSeqFeaturesHeight = selected;
 891
 892   }
 893
 894   /**
 895    * set the flag
 896    *
 897    * @param b
 898    *          features are displayed if true
 899    */
 900   @Override
 901   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 902   {
 903     showSequenceFeatures = b;
 904   }
 905
 906   /**
 907    * DOCUMENT ME!
 908    *
 909    * @param state
 910    *          DOCUMENT ME!
 911    */
 912   @Override
 913   public void setShowText(boolean state)
 914   {
 915     showText = state;
 916   }
 917
 918   @Override
 919   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 920   {
 921     showUnconserved = showunconserved;
 922   }
 923
 924   /**
 925    * @param textColour
 926    *          the textColour to set
 927    */
 928   @Override
 929   public void setTextColour(Color textColour)
 930   {
 931     this.textColour = textColour;
 932   }
 933
 934   /**
 935    * @param textColour2
 936    *          the textColour2 to set
 937    */
 938   @Override
 939   public void setTextColour2(Color textColour2)
 940   {
 941     this.textColour2 = textColour2;
 942   }
 943
 944   /**
 945    * DOCUMENT ME!
 946    *
 947    * @param thresh
 948    *          DOCUMENT ME!
 949    */
 950   @Override
 951   public void setThreshold(int thresh)
 952   {
 953     threshold = thresh;
 954   }
 955
 956   /**
 957    * @param thresholdTextColour
 958    *          the thresholdTextColour to set
 959    */
 960   @Override
 961   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 962   {
 963     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 964   }
 965
 966   /**
 967    * DOCUMENT ME!
 968    *
 969    * @param state
 970    *          DOCUMENT ME!
 971    */
 972   @Override
 973   public void setWrapAlignment(boolean state)
 974   {
 975     wrapAlignment = state;
 976   }
 977
 978   /**
 979    * DOCUMENT ME!
 980    *
 981    * @param w
 982    *          DOCUMENT ME!
 983    */
 984   @Override
 985   public void setWrappedWidth(int w)
 986   {
 987     this.wrappedWidth = w;
 988   }
 989
 990   @Override
 991   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 992   {
 993     return this.equals(that);
 994   }
 995
 996   @Override
 997   public String getFontName()
 998   {
 999     return fontName;
1000   }
1001
1002   @Override
1003   public int getFontSize()
1004   {
1005     return fontSize;
1006   }
1007
1008   @Override
1009   public int getFontStyle()
1010   {
1011     return fontStyle;
1012   }
1013
1014   @Override
1015   public void setFontName(String name)
1016   {
1017     fontName = name;
1018   }
1019
1020   @Override
1021   public void setFontSize(int size)
1022   {
1023     fontSize = size;
1024
1025   }
1026
1027   @Override
1028   public void setFontStyle(int style)
1029   {
1030     fontStyle = style;
1031   }
1032
1033   @Override
1034   public int getIdWidth()
1035   {
1036     return idWidth;
1037   }
1038
1039   /**
1040    * @param idWidth
1041    *          the idWidth to set
1042    */
1043   @Override
1044   public void setIdWidth(int idWidth)
1045   {
1046     this.idWidth = idWidth;
1047   }
1048
1049   /**
1050    * @return the centreColumnLabels
1051    */
1052   @Override
1053   public boolean isCentreColumnLabels()
1054   {
1055     return centreColumnLabels;
1056   }
1057
1058   /**
1059    * @param centreColumnLabels
1060    *          the centreColumnLabels to set
1061    */
1062   @Override
1063   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1064   {
1065     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1066   }
1067
1068   /**
1069    * @return the showdbrefs
1070    */
1071   @Override
1072   public boolean isShowDBRefs()
1073   {
1074     return showdbrefs;
1075   }
1076
1077   /**
1078    * @param showdbrefs
1079    *          the showdbrefs to set
1080    */
1081   @Override
1082   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1083   {
1084     this.showdbrefs = showdbrefs;
1085   }
1086
1087   /**
1088    * @return the shownpfeats
1089    */
1090   @Override
1091   public boolean isShowNPFeats()
1092   {
1093     return shownpfeats;
1094   }
1095
1096   /**
1097    * @param shownpfeats
1098    *          the shownpfeats to set
1099    */
1100   @Override
1101   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1102   {
1103     this.shownpfeats = shownpfeats;
1104   }
1105
1106   @Override
1107   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1108   {
1109     return this.scaleProteinAsCdna;
1110   }
1111
1112   @Override
1113   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1114   {
1115     this.scaleProteinAsCdna = b;
1116   }
1117
1118   @Override
1119   public boolean isProteinFontAsCdna()
1120   {
1121     return proteinFontAsCdna;
1122   }
1123
1124   @Override
1125   public void setProteinFontAsCdna(boolean b)
1126   {
1127     proteinFontAsCdna = b;
1128   }
1129
1130   @Override
1131   public void setShowComplementFeatures(boolean b)
1132   {
1133     showComplementFeatures = b;
1134   }
1135
1136   @Override
1137   public boolean isShowComplementFeatures()
1138   {
1139     return showComplementFeatures;
1140   }
1141
1142   @Override
1143   public void setShowComplementFeaturesOnTop(boolean b)
1144   {
1145     showComplementFeaturesOnTop = b;
1146   }
1147
1148   @Override
1149   public boolean isShowComplementFeaturesOnTop()
1150   {
1151     return showComplementFeaturesOnTop;
1152   }
1153
1154   @Override
1155   public void setShowSequenceFeatureCounts(boolean show)
1156   {
1157     showSequenceFeatureCounts = show;
1158   }
1159
1160   @Override
1161   public boolean isShowSequenceFeatureCounts()
1162   {
1163     return showSequenceFeatureCounts;
1164   }
1165 }