src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 package jalview.viewmodel.styles;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4
   5 import jalview.api.ViewStyleI;
   6
   7 /**
   8  * A container for holding alignment view properties. View properties are
   9  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  10  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  11  * rendering system.
  12  *
  13  * @author jprocter
  14  *
  15  */
  16 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  17 {
  18   private boolean abovePIDThreshold = false;
  19
  20   int charHeight;
  21
  22   int charWidth;
  23
  24   int idWidth = -1;
  25
  26   /**
  27    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  28    */
  29   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  30
  31   /**
  32    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  33    */
  34   boolean centreColumnLabels = false;
  35
  36   private boolean showdbrefs;
  37
  38   private boolean shownpfeats;
  39
  40   // --------END Structure Conservation
  41
  42   /**
  43    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  44    */
  45   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  46
  47   boolean conservationColourSelected = false;
  48
  49   /**
  50    * show the reference sequence in the alignment view
  51    */
  52   private boolean displayReferenceSeq = false;
  53
  54   private int increment;
  55
  56   /**
  57    * display gap characters
  58    */
  59   boolean renderGaps = true;
  60
  61   private boolean rightAlignIds = false;
  62
  63   boolean scaleAboveWrapped = false;
  64
  65   boolean scaleLeftWrapped = true;
  66
  67   boolean scaleRightWrapped = true;
  68
  69   boolean seqNameItalics;
  70
  71   /**
  72    * show annotation tracks on the alignment
  73    */
  74   private boolean showAnnotation = true;
  75
  76   /**
  77    * render each residue in a coloured box
  78    */
  79   boolean showBoxes = true;
  80
  81   /**
  82    * Colour sequence text
  83    */
  84   boolean showColourText = false;
  85
  86   /**
  87    * show blue triangles
  88    */
  89   boolean showHiddenMarkers = true;
  90
  91   /**
  92    * show /start-end in ID panel
  93    */
  94   boolean showJVSuffix = true;
  95
  96   /**
  97    * scale features height according to score
  98    */
  99   boolean showSeqFeaturesHeight;
 100
 101   /**
 102    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 103    */
 104   boolean showSequenceFeatures = false;
 105
 106   /**
 107    * display sequence symbols
 108    */
 109   boolean showText = true;
 110
 111   /**
 112    * show non-conserved residues only
 113    */
 114   protected boolean showUnconserved = false;
 115
 116   Color textColour = Color.black;
 117
 118   Color textColour2 = Color.white;
 119
 120   /**
 121    * PID or consensus threshold
 122    */
 123   int threshold;
 124
 125   /**
 126    * threshold for switching between textColour & textColour2
 127    */
 128   int thresholdTextColour = 0;
 129
 130   /**
 131    * upper case characters in sequence are shown in bold
 132    */
 133   boolean upperCasebold = false;
 134
 135   /**
 136    * name of base font for view
 137    */
 138   private String fontName;
 139
 140   /**
 141    * size for base font
 142    */
 143   private int fontSize;
 144
 145   /*
 146    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 147    * SplitFrame views only)
 148    */
 149   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 150
 151   /**
 152    * Copy constructor
 153    *
 154    * @param vs
 155    */
 156   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 157   {
 158     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 159     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 160     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 161     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 162     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 163     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 164     setColourText(vs.getColourText());
 165     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 166     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 167     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 168     setFontName(vs.getFontName());
 169     setFontSize(vs.getFontSize());
 170     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 171     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 172     setIncrement(vs.getIncrement());
 173     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 174     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 175     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 176     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 177     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 178     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 179     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 180     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 181     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 182     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 183     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 184     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 185     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 186     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 187     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 188     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 189     setShowText(vs.getShowText());
 190     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 191     setTextColour(vs.getTextColour());
 192     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 193     setThreshold(vs.getThreshold());
 194     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 195     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 196     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 197     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 198     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 199   }
 200
 201   public ViewStyle()
 202   {
 203   }
 204
 205   /**
 206    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 207    */
 208   @Override
 209   public boolean equals(Object other)
 210   {
 211     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 212     {
 213       return false;
 214     }
 215     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 216
 217     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 218             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 219             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 220             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 221             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 222                     .getColourAppliesToAllGroups()
 223             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 224             && getColourText() == vs.getColourText()
 225             && isConservationColourSelected() == vs
 226                     .isConservationColourSelected()
 227             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 228             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 229             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 230             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 231             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 232             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 233             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 234             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 235             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 236             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 237             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 238             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 239             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 240             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 241             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 242             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 243             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 244             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 245             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 246             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 247             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 248                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 249             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 250             && getShowText() == vs.getShowText()
 251             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 252             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 253             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 254             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 255             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment() && getWrappedWidth() == vs
 256             .getWrappedWidth());
 257     /*
 258      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null values
 259      */
 260     match = match
 261             && String.valueOf(getFontName()).equals(
 262                     String.valueOf(vs.getFontName()));
 263     match = match
 264             && String.valueOf(getTextColour()).equals(
 265                     String.valueOf(vs.getTextColour()));
 266     match = match
 267             && String.valueOf(getTextColour2()).equals(
 268                     String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 269     return match;
 270     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 271   }
 272
 273   @Override
 274   public int hashCode()
 275   {
 276     return 0; // TODO
 277   }
 278   /**
 279    * @return the upperCasebold
 280    */
 281   @Override
 282   public boolean isUpperCasebold()
 283   {
 284     return upperCasebold;
 285   }
 286
 287   /**
 288    * @param upperCasebold
 289    *          the upperCasebold to set
 290    */
 291   @Override
 292   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 293   {
 294     this.upperCasebold = upperCasebold;
 295   }
 296
 297   /**
 298    * flag for wrapping
 299    */
 300   boolean wrapAlignment = false;
 301
 302   /**
 303    * number columns in wrapped alignment
 304    */
 305   int wrappedWidth;
 306
 307   private int fontStyle;
 308
 309   /**
 310    * GUI state
 311    *
 312    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 313    */
 314   @Override
 315   public boolean getAbovePIDThreshold()
 316   {
 317     return abovePIDThreshold;
 318   }
 319
 320   /**
 321    * DOCUMENT ME!
 322    *
 323    * @return DOCUMENT ME!
 324    */
 325   @Override
 326   public int getCharHeight()
 327   {
 328     return charHeight;
 329   }
 330
 331   /**
 332    * DOCUMENT ME!
 333    *
 334    * @return DOCUMENT ME!
 335    */
 336   @Override
 337   public int getCharWidth()
 338   {
 339     return charWidth;
 340   }
 341
 342   /**
 343    *
 344    *
 345    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 346    */
 347   @Override
 348   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 349   {
 350     return colourAppliesToAllGroups;
 351   }
 352
 353   /**
 354    * DOCUMENT ME!
 355    *
 356    * @return DOCUMENT ME!
 357    */
 358   @Override
 359   public boolean getColourText()
 360   {
 361     return showColourText;
 362   }
 363
 364   /**
 365    * GUI state
 366    *
 367    * @return true if conservation based shading is enabled
 368    */
 369   @Override
 370   public boolean getConservationSelected()
 371   {
 372     return conservationColourSelected;
 373   }
 374
 375   /**
 376    * GUI State
 377    *
 378    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 379    */
 380   @Override
 381   public int getIncrement()
 382   {
 383     return increment;
 384   }
 385
 386   /**
 387    * DOCUMENT ME!
 388    *
 389    * @return DOCUMENT ME!
 390    */
 391   @Override
 392   public boolean getScaleAboveWrapped()
 393   {
 394     return scaleAboveWrapped;
 395   }
 396
 397   /**
 398    * DOCUMENT ME!
 399    *
 400    * @return DOCUMENT ME!
 401    */
 402   @Override
 403   public boolean getScaleLeftWrapped()
 404   {
 405     return scaleLeftWrapped;
 406   }
 407
 408   /**
 409    * DOCUMENT ME!
 410    *
 411    * @return DOCUMENT ME!
 412    */
 413   @Override
 414   public boolean getScaleRightWrapped()
 415   {
 416     return scaleRightWrapped;
 417   }
 418
 419   /**
 420    * DOCUMENT ME!
 421    *
 422    * @return DOCUMENT ME!
 423    */
 424   @Override
 425   public boolean getShowBoxes()
 426   {
 427     return showBoxes;
 428   }
 429
 430   @Override
 431   public boolean getShowHiddenMarkers()
 432   {
 433     return showHiddenMarkers;
 434   }
 435
 436   /**
 437    * DOCUMENT ME!
 438    *
 439    * @return DOCUMENT ME!
 440    */
 441   @Override
 442   public boolean getShowJVSuffix()
 443   {
 444     return showJVSuffix;
 445   }
 446
 447   /**
 448    * DOCUMENT ME!
 449    *
 450    * @return DOCUMENT ME!
 451    */
 452   @Override
 453   public boolean getShowText()
 454   {
 455     return showText;
 456   }
 457
 458   @Override
 459   public boolean getShowUnconserved()
 460   {
 461     return showUnconserved;
 462   }
 463
 464   /**
 465    * @return the textColour
 466    */
 467   @Override
 468   public Color getTextColour()
 469   {
 470     return textColour;
 471   }
 472
 473   /**
 474    * @return the textColour2
 475    */
 476   @Override
 477   public Color getTextColour2()
 478   {
 479     return textColour2;
 480   }
 481
 482   /**
 483    * DOCUMENT ME!
 484    *
 485    * @return DOCUMENT ME!
 486    */
 487   @Override
 488   public int getThreshold()
 489   {
 490     return threshold;
 491   }
 492
 493   /**
 494    * @return the thresholdTextColour
 495    */
 496   @Override
 497   public int getThresholdTextColour()
 498   {
 499     return thresholdTextColour;
 500   }
 501
 502   /**
 503    * DOCUMENT ME!
 504    *
 505    * @return DOCUMENT ME!
 506    */
 507   @Override
 508   public boolean getWrapAlignment()
 509   {
 510     return wrapAlignment;
 511   }
 512
 513   /**
 514    * DOCUMENT ME!
 515    *
 516    * @return DOCUMENT ME!
 517    */
 518   @Override
 519   public int getWrappedWidth()
 520   {
 521     return wrappedWidth;
 522   }
 523
 524   @Override
 525   public boolean isColourByReferenceSeq()
 526   {
 527     return colourByReferenceSeq;
 528   }
 529
 530   /**
 531    * @return the conservationColourSelected
 532    */
 533   @Override
 534   public boolean isConservationColourSelected()
 535   {
 536     return conservationColourSelected;
 537   }
 538
 539   @Override
 540   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 541   {
 542     return displayReferenceSeq;
 543   }
 544
 545   /**
 546    * @return the renderGaps
 547    */
 548   @Override
 549   public boolean isRenderGaps()
 550   {
 551     return renderGaps;
 552   }
 553
 554   @Override
 555   public boolean isRightAlignIds()
 556   {
 557     return rightAlignIds;
 558   }
 559
 560   /**
 561    * @return the seqNameItalics
 562    */
 563   @Override
 564   public boolean isSeqNameItalics()
 565   {
 566     return seqNameItalics;
 567   }
 568
 569   @Override
 570   public boolean isShowAnnotation()
 571   {
 572     return showAnnotation;
 573   }
 574
 575   /**
 576    * @return the showColourText
 577    */
 578   @Override
 579   public boolean isShowColourText()
 580   {
 581     return showColourText;
 582   }
 583
 584   /**
 585    * @return the showSeqFeaturesHeight
 586    */
 587   @Override
 588   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 589   {
 590     return showSeqFeaturesHeight;
 591   }
 592
 593   @Override
 594   public boolean isShowSequenceFeatures()
 595   {
 596     return showSequenceFeatures;
 597   }
 598
 599   /**
 600    * GUI state
 601    *
 602    *
 603    * @param b
 604    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 605    */
 606   @Override
 607   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 608   {
 609     abovePIDThreshold = b;
 610   }
 611
 612
 613   /**
 614    * DOCUMENT ME!
 615    *
 616    * @param h
 617    *          DOCUMENT ME!
 618    */
 619   @Override
 620   public void setCharHeight(int h)
 621   {
 622     this.charHeight = h;
 623   }
 624
 625   /**
 626    * DOCUMENT ME!
 627    *
 628    * @param w
 629    *          DOCUMENT ME!
 630    */
 631   @Override
 632   public void setCharWidth(int w)
 633   {
 634     this.charWidth = w;
 635   }
 636
 637
 638   /**
 639    * @param value
 640    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 641    *          to all groups
 642    */
 643   @Override
 644   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 645   {
 646     colourAppliesToAllGroups = b;
 647   }
 648
 649   @Override
 650   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 651   {
 652     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 653   }
 654
 655   /**
 656    * DOCUMENT ME!
 657    *
 658    * @param state
 659    *          DOCUMENT ME!
 660    */
 661   @Override
 662   public void setColourText(boolean state)
 663   {
 664     showColourText = state;
 665   }
 666
 667   /**
 668    * @param conservationColourSelected
 669    *          the conservationColourSelected to set
 670    */
 671   @Override
 672   public void setConservationColourSelected(
 673           boolean conservationColourSelected)
 674   {
 675     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 676   }
 677
 678   /**
 679    * GUI state
 680    *
 681    * @param b
 682    *          enable conservation based shading
 683    */
 684   @Override
 685   public void setConservationSelected(boolean b)
 686   {
 687     conservationColourSelected = b;
 688   }
 689
 690   @Override
 691   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 692   {
 693     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 694   }
 695
 696   /**
 697    *
 698    * @param inc
 699    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 700    *          conservation
 701    */
 702   @Override
 703   public void setIncrement(int inc)
 704   {
 705     increment = inc;
 706   }
 707
 708   /**
 709    * DOCUMENT ME!
 710    *
 711    * @param state
 712    *          DOCUMENT ME!
 713    */
 714   @Override
 715   public void setRenderGaps(boolean state)
 716   {
 717     renderGaps = state;
 718   }
 719
 720   @Override
 721   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 722   {
 723     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 724   }
 725
 726   /**
 727    * DOCUMENT ME!
 728    *
 729    * @param b
 730    *          DOCUMENT ME!
 731    */
 732   @Override
 733   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 734   {
 735     scaleAboveWrapped = b;
 736   }
 737
 738   /**
 739    * DOCUMENT ME!
 740    *
 741    * @param b
 742    *          DOCUMENT ME!
 743    */
 744   @Override
 745   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 746   {
 747     scaleLeftWrapped = b;
 748   }
 749
 750   /**
 751    *
 752    *
 753    * @param scaleRightWrapped
 754    *          - true or false
 755    */
 756
 757   @Override
 758   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 759   {
 760     scaleRightWrapped = b;
 761   }
 762
 763   @Override
 764   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 765   {
 766     seqNameItalics = italics;
 767   }
 768
 769   @Override
 770   public void setShowAnnotation(boolean b)
 771   {
 772     showAnnotation = b;
 773   }
 774
 775   /**
 776    * DOCUMENT ME!
 777    *
 778    * @param state
 779    *          DOCUMENT ME!
 780    */
 781   @Override
 782   public void setShowBoxes(boolean state)
 783   {
 784     showBoxes = state;
 785   }
 786
 787   /**
 788    * @param showColourText
 789    *          the showColourText to set
 790    */
 791   @Override
 792   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 793   {
 794     this.showColourText = showColourText;
 795   }
 796
 797   @Override
 798   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 799   {
 800     showHiddenMarkers = show;
 801   }
 802
 803   /**
 804    * DOCUMENT ME!
 805    *
 806    * @param b
 807    *          DOCUMENT ME!
 808    */
 809   @Override
 810   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 811   {
 812     showJVSuffix = b;
 813   }
 814
 815   @Override
 816   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 817   {
 818     showSeqFeaturesHeight = selected;
 819
 820   }
 821
 822   /**
 823    * set the flag
 824    *
 825    * @param b
 826    *          features are displayed if true
 827    */
 828   @Override
 829   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 830   {
 831     showSequenceFeatures = b;
 832   }
 833
 834   /**
 835    * DOCUMENT ME!
 836    *
 837    * @param state
 838    *          DOCUMENT ME!
 839    */
 840   @Override
 841   public void setShowText(boolean state)
 842   {
 843     showText = state;
 844   }
 845
 846   @Override
 847   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 848   {
 849     showUnconserved = showunconserved;
 850   }
 851
 852   /**
 853    * @param textColour
 854    *          the textColour to set
 855    */
 856   @Override
 857   public void setTextColour(Color textColour)
 858   {
 859     this.textColour = textColour;
 860   }
 861
 862   /**
 863    * @param textColour2
 864    *          the textColour2 to set
 865    */
 866   @Override
 867   public void setTextColour2(Color textColour2)
 868   {
 869     this.textColour2 = textColour2;
 870   }
 871
 872   /**
 873    * DOCUMENT ME!
 874    *
 875    * @param thresh
 876    *          DOCUMENT ME!
 877    */
 878   @Override
 879   public void setThreshold(int thresh)
 880   {
 881     threshold = thresh;
 882   }
 883
 884   /**
 885    * @param thresholdTextColour
 886    *          the thresholdTextColour to set
 887    */
 888   @Override
 889   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 890   {
 891     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 892   }
 893
 894   /**
 895    * DOCUMENT ME!
 896    *
 897    * @param state
 898    *          DOCUMENT ME!
 899    */
 900   @Override
 901   public void setWrapAlignment(boolean state)
 902   {
 903     wrapAlignment = state;
 904   }
 905
 906   /**
 907    * DOCUMENT ME!
 908    *
 909    * @param w
 910    *          DOCUMENT ME!
 911    */
 912   @Override
 913   public void setWrappedWidth(int w)
 914   {
 915     this.wrappedWidth = w;
 916   }
 917
 918   @Override
 919   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 920   {
 921     return this.equals(that);
 922   }
 923
 924   @Override
 925   public String getFontName()
 926   {
 927     return fontName;
 928   }
 929
 930   @Override
 931   public int getFontSize()
 932   {
 933     return fontSize;
 934   }
 935
 936   @Override
 937   public int getFontStyle()
 938   {
 939     return fontStyle;
 940   }
 941
 942   @Override
 943   public void setFontName(String name)
 944   {
 945     fontName = name;
 946   }
 947
 948   @Override
 949   public void setFontSize(int size)
 950   {
 951     fontSize = size;
 952
 953   }
 954
 955   @Override
 956   public void setFontStyle(int style)
 957   {
 958     fontStyle = style;
 959   }
 960
 961   @Override
 962   public int getIdWidth()
 963   {
 964     return idWidth;
 965   }
 966
 967   /**
 968    * @param idWidth
 969    *          the idWidth to set
 970    */
 971   @Override
 972   public void setIdWidth(int idWidth)
 973   {
 974     this.idWidth = idWidth;
 975   }
 976
 977   /**
 978    * @return the centreColumnLabels
 979    */
 980   @Override
 981   public boolean isCentreColumnLabels()
 982   {
 983     return centreColumnLabels;
 984   }
 985
 986   /**
 987    * @param centreColumnLabels
 988    *          the centreColumnLabels to set
 989    */
 990   @Override
 991   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
 992   {
 993     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
 994   }
 995
 996   /**
 997    * @return the showdbrefs
 998    */
 999   @Override
1000   public boolean isShowDBRefs()
1001   {
1002     return showdbrefs;
1003   }
1004
1005   /**
1006    * @param showdbrefs
1007    *          the showdbrefs to set
1008    */
1009   @Override
1010   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1011   {
1012     this.showdbrefs = showdbrefs;
1013   }
1014
1015   /**
1016    * @return the shownpfeats
1017    */
1018   @Override
1019   public boolean isShowNPFeats()
1020   {
1021     return shownpfeats;
1022   }
1023
1024   /**
1025    * @param shownpfeats
1026    *          the shownpfeats to set
1027    */
1028   @Override
1029   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1030   {
1031     this.shownpfeats = shownpfeats;
1032   }
1033
1034   @Override
1035   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1036   {
1037     return this.scaleProteinAsCdna;
1038   }
1039
1040   @Override
1041   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1042   {
1043     this.scaleProteinAsCdna = b;
1044   }
1045 }