src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  15  *
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  17  */
  18 package jalview.workers;
  19
  20 import jalview.analysis.Conservation;
  21 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  22 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26
  27 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker implements AlignCalcWorkerI
  28 {
  29
  30   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable property!
  31
  32   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport, AlignmentViewPanel alignPanel)
  33   {
  34     super(alignViewport, alignPanel);
  35     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  36   }
  37
  38   public void run()
  39   {
  40     try
  41     {
  42       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
  43
  44       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  45       {
  46         try
  47         {
  48           if (ap != null)
  49           {
  50             ap.paintAlignment(false);
  51           }
  52           Thread.sleep(200);
  53         } catch (Exception ex)
  54         {
  55           ex.printStackTrace();
  56         }
  57       }
  58       if (alignViewport.isClosed()) {
  59         abortAndDestroy();
  60       }
  61
  62       AlignmentI alignment=alignViewport.getAlignment();
  63       AlignmentAnnotation conservation=alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  64       AlignmentAnnotation quality=alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  65       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  66
  67       int alWidth;
  68
  69       if (alignment==null || (alWidth=alignment.getWidth())< 0)
  70       {
  71         calcMan.workerComplete(this);
  72         //.updatingConservation = false;
  73         //AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  74
  75         return;
  76       }
  77
  78       Conservation cons = Conservation.calculateConservation("All",
  79               jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,
  80               alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false, ConsPercGaps, quality!=null);
  81       cons.completeAnnotations(conservation,
  82               quality, 0, alWidth);
  83     } catch (OutOfMemoryError error)
  84     {
  85       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
  86       calcMan.workerCannotRun(this);
  87       // alignViewport.conservation = null;
  88       // this.alignViewport.quality = null;
  89
  90     }
  91     calcMan.workerComplete(this);
  92
  93     if (ap != null)
  94     {
  95       ap.paintAlignment(true);
  96     }
  97
  98   }
  99 }