src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws;\r
  20 \r
  21 import java.net.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 \r
  26 import org.biojava.dasobert.das.*;\r
  27 import org.biojava.dasobert.das2.*;\r
  28 import org.biojava.dasobert.das2.io.*;\r
  29 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  30 import org.biojava.dasobert.eventmodel.*;\r
  31 import jalview.bin.Cache;\r
  32 import jalview.datamodel.*;\r
  33 import jalview.gui.*;\r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class DasSequenceFeatureFetcher\r
  42 {\r
  43   SequenceI[] sequences;\r
  44 \r
  45   AlignFrame af;\r
  46 \r
  47   FeatureSettings fsettings;\r
  48 \r
  49   StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
  50 \r
  51   Vector selectedSources;\r
  52 \r
  53   boolean cancelled = false;\r
  54   private void debug(String mesg)\r
  55   {\r
  56     debug(mesg, null);\r
  57   }\r
  58   private void debug(String mesg, Exception e)\r
  59   {\r
  60     if (Cache.log!=null)\r
  61     {\r
  62       Cache.log.debug(mesg, e);\r
  63     } else {\r
  64       System.err.println(mesg);\r
  65       if (e!=null)\r
  66       { \r
  67         e.printStackTrace(); \r
  68       }\r
  69     }\r
  70   }\r
  71   long startTime;\r
  72 \r
  73   /**\r
  74    * Creates a new SequenceFeatureFetcher object.\r
  75    * Uses default\r
  76    *\r
  77    * @param align DOCUMENT ME!\r
  78    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  79    */\r
  80   public DasSequenceFeatureFetcher(SequenceI[] sequences,\r
  81           FeatureSettings fsettings, Vector selectedSources)\r
  82   {\r
  83     this(sequences, fsettings, selectedSources, true, true);\r
  84   }\r
  85   public DasSequenceFeatureFetcher(SequenceI[] sequences,\r
  86           FeatureSettings fsettings, Vector selectedSources, boolean checkDbrefs, boolean promptFetchDbrefs)\r
  87   {\r
  88     this.selectedSources = selectedSources;\r
  89     this.sequences = sequences;\r
  90     if (fsettings!=null)\r
  91     {\r
  92       this.fsettings = fsettings;\r
  93       this.af = fsettings.af;\r
  94       af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);\r
  95     }\r
  96     int uniprotCount = 0;\r
  97     for (int i = 0; i < selectedSources.size(); i++)\r
  98     {\r
  99       DasSource source = (DasSource) selectedSources.elementAt(i);\r
 100       DasCoordinateSystem[] coords = source.getCoordinateSystem();\r
 101       for (int c = 0; c < coords.length; c++)\r
 102       {\r
 103         if (coords[c].getName().indexOf("UniProt") > -1)\r
 104         {\r
 105           uniprotCount++;\r
 106           break;\r
 107         }\r
 108       }\r
 109     }\r
 110 \r
 111     int refCount = 0;\r
 112     for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
 113     {\r
 114       DBRefEntry[] dbref = sequences[i].getDBRef();\r
 115       if (dbref != null)\r
 116       {\r
 117         for (int j = 0; j < dbref.length; j++)\r
 118         {\r
 119           if (dbref[j].getSource().equals(\r
 120                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT))\r
 121           {\r
 122             refCount++;\r
 123             break;\r
 124           }\r
 125         }\r
 126       }\r
 127     }\r
 128 \r
 129     if (checkDbrefs && refCount < sequences.length && uniprotCount > 0)\r
 130     {\r
 131 \r
 132       int reply = JOptionPane.YES_OPTION;\r
 133       if (promptFetchDbrefs)\r
 134       {\r
 135         reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 136              "Do you want Jalview to find\n"\r
 137                       + "Uniprot Accession ids for given sequence names?",\r
 138               "Find Uniprot Accession Ids", JOptionPane.YES_NO_OPTION,\r
 139               JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 140       }\r
 141               \r
 142 \r
 143       if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)\r
 144       {\r
 145         Thread thread = new Thread(new FetchDBRefs());\r
 146         thread.start();\r
 147       }\r
 148       else\r
 149       {\r
 150         startFetching();\r
 151       }\r
 152     }\r
 153     else\r
 154     {\r
 155       startFetching();\r
 156     }\r
 157 \r
 158   }\r
 159 \r
 160   class FetchDBRefs implements Runnable\r
 161   {\r
 162     public void run()\r
 163     {\r
 164       new DBRefFetcher(sequences, af).fetchDBRefs(true);\r
 165       startFetching();\r
 166     }\r
 167   }\r
 168 \r
 169   /**\r
 170    * Spawns a number of dasobert Fetcher threads to add features to sequences in the dataset\r
 171    */\r
 172   void startFetching()\r
 173   {\r
 174     cancelled = false;\r
 175     startTime = System.currentTimeMillis();\r
 176     if (af!=null)\r
 177     {\r
 178       af.setProgressBar("Fetching DAS Sequence Features", startTime);\r
 179     }\r
 180 \r
 181     DasSource[] sources = new jalview.gui.DasSourceBrowser().getDASSource();\r
 182 \r
 183     if (selectedSources == null || selectedSources.size() == 0)\r
 184     {\r
 185       String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 186               "uniprot");\r
 187       StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 188       Vector selectedSources = new Vector();\r
 189       String token;\r
 190       while (st.hasMoreTokens())\r
 191       {\r
 192         token = st.nextToken();\r
 193         for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 194         {\r
 195           if (sources[i].getNickname().equals(token))\r
 196           {\r
 197             selectedSources.addElement(sources[i]);\r
 198             break;\r
 199           }\r
 200         }\r
 201       }\r
 202     }\r
 203 \r
 204     if (selectedSources == null || selectedSources.size() == 0)\r
 205     {\r
 206       System.out.println("No DAS Sources active");\r
 207       cancelled = true;\r
 208       setGuiNoDassourceActive();\r
 209       return;\r
 210     }\r
 211 \r
 212     sourcesRemaining = selectedSources.size();\r
 213     //Now sending requests one at a time to each server\r
 214     for (int sourceIndex = 0; sourceIndex < selectedSources.size()\r
 215             && !cancelled; sourceIndex++)\r
 216     {\r
 217       DasSource dasSource = (DasSource) selectedSources\r
 218               .elementAt(sourceIndex);\r
 219 \r
 220       nextSequence(dasSource, sequences[0]);\r
 221     }\r
 222   }\r
 223 \r
 224   private void setGuiNoDassourceActive()\r
 225   {\r
 226 \r
 227     if (af!=null)\r
 228     {\r
 229       af.setProgressBar("No DAS Sources Active", startTime);\r
 230     }\r
 231     if (getFeatSettings()!=null)\r
 232     {\r
 233       fsettings.noDasSourceActive();\r
 234      }\r
 235   }\r
 236 \r
 237   /**\r
 238    * Update our fsettings dialog reference if we didn't have one when we were first initialised.\r
 239    * @return fsettings\r
 240    */\r
 241   private FeatureSettings getFeatSettings()\r
 242   {\r
 243     if (fsettings == null)\r
 244     {\r
 245       if (af != null)\r
 246       {\r
 247         fsettings = af.featureSettings;\r
 248       }\r
 249     }\r
 250     return fsettings;\r
 251   }\r
 252 \r
 253   public void cancel()\r
 254   {\r
 255     if (af!=null)\r
 256     {\r
 257       af.setProgressBar("DAS Feature Fetching Cancelled", startTime);\r
 258     }\r
 259     cancelled = true;\r
 260   }\r
 261 \r
 262   int sourcesRemaining = 0;\r
 263 \r
 264   void responseComplete(DasSource dasSource, SequenceI seq)\r
 265   {\r
 266     if (seq != null)\r
 267     {\r
 268       for (int seqIndex = 0; seqIndex < sequences.length - 1 && !cancelled; seqIndex++)\r
 269       {\r
 270         if (sequences[seqIndex] == seq)\r
 271         {\r
 272           nextSequence(dasSource, sequences[++seqIndex]);\r
 273           return;\r
 274         }\r
 275       }\r
 276     }\r
 277 \r
 278     sourcesRemaining--;\r
 279 \r
 280     if (sourcesRemaining == 0)\r
 281     {\r
 282       System.err.println("Fetching Complete.");\r
 283       setGuiFetchComplete();\r
 284     }\r
 285 \r
 286   }\r
 287 \r
 288   private void setGuiFetchComplete()\r
 289   {\r
 290 \r
 291     if (af != null)\r
 292     {\r
 293       af.setProgressBar("DAS Feature Fetching Complete", startTime);\r
 294     }\r
 295 \r
 296     if (af != null && af.featureSettings != null)\r
 297     {\r
 298       af.featureSettings.setTableData();\r
 299     }\r
 300 \r
 301     if (getFeatSettings() != null)\r
 302     {\r
 303       fsettings.complete();\r
 304     }\r
 305   }\r
 306 \r
 307   void featuresAdded(SequenceI seq)\r
 308   {\r
 309     if (af==null)\r
 310     {\r
 311       // no gui to update with features.\r
 312       return;\r
 313     }\r
 314     af.getFeatureRenderer().featuresAdded();\r
 315 \r
 316     int start = af.getViewport().getStartSeq();\r
 317     int end = af.getViewport().getEndSeq();\r
 318     int index;\r
 319     for (index = start; index < end; index++)\r
 320     {\r
 321       if (seq == af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(index)\r
 322               .getDatasetSequence())\r
 323       {\r
 324         af.alignPanel.paintAlignment(true);\r
 325         break;\r
 326       }\r
 327     }\r
 328   }\r
 329 \r
 330   void nextSequence(DasSource dasSource, SequenceI seq)\r
 331   {\r
 332     if (cancelled)\r
 333       return;\r
 334     DBRefEntry[] uprefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(\r
 335             seq.getDBRef(), new String[]\r
 336             {\r
 337             //  jalview.datamodel.DBRefSource.PDB,\r
 338             jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT,\r
 339             //  jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL - not tested on any EMBL coord sys sources\r
 340             });\r
 341     // TODO: minimal list of DAS queries to make by querying with untyped ID if distinct from any typed IDs\r
 342 \r
 343     boolean dasCoordSysFound = false;\r
 344 \r
 345     if (uprefs != null)\r
 346     {\r
 347       // do any of these ids match the source's coordinate system ?\r
 348       for (int j = 0; !dasCoordSysFound && j < uprefs.length; j++)\r
 349       {\r
 350         DasCoordinateSystem cs[] = dasSource.getCoordinateSystem();\r
 351 \r
 352         for (int csIndex = 0; csIndex < cs.length && !dasCoordSysFound; csIndex++)\r
 353         {\r
 354           if (cs.length > 0\r
 355                   && jalview.util.DBRefUtils.isDasCoordinateSystem(\r
 356                           cs[csIndex].getName(), uprefs[j]))\r
 357           {\r
 358             debug("Launched fetcher for coordinate system "\r
 359                     + cs[0].getName());\r
 360             //  Will have to pass any mapping information to the fetcher\r
 361             //- the start/end for the DBRefEntry may not be the same as the sequence's start/end\r
 362 \r
 363             System.out.println(seq.getName() + " "\r
 364                     + (seq.getDatasetSequence() == null) + " "\r
 365                     + dasSource.getUrl());\r
 366 \r
 367             dasCoordSysFound = true; // break's out of the loop\r
 368             createFeatureFetcher(seq, dasSource, uprefs[j]);\r
 369           }\r
 370           else\r
 371             System.out.println("IGNORE " + cs[csIndex].getName());\r
 372         }\r
 373       }\r
 374     }\r
 375 \r
 376     if (!dasCoordSysFound)\r
 377     {\r
 378       String id = null;\r
 379       // try and use the name as the sequence id\r
 380       if (seq.getName().indexOf("|") > -1)\r
 381       {\r
 382         id = seq.getName().substring(seq.getName().lastIndexOf("|") + 1);\r
 383         if (id.trim().length()<4)\r
 384         {\r
 385           // hack - we regard a significant ID as being at least 4 non-whitespace characters\r
 386           id = seq.getName().substring(0, seq.getName().lastIndexOf("|"));\r
 387           if (id.indexOf("|")>-1)\r
 388           {\r
 389             id = id.substring(id.lastIndexOf("|")+1);\r
 390           }\r
 391         }\r
 392       }\r
 393       else\r
 394       {\r
 395         id = seq.getName();\r
 396       }\r
 397       if (id != null)\r
 398       {\r
 399         // Should try to call a general feature fetcher that\r
 400         // queries many sources with name to discover applicable ID references\r
 401         createFeatureFetcher(seq, dasSource, id);\r
 402       }\r
 403     }\r
 404 \r
 405   }\r
 406 \r
 407   /**\r
 408    * fetch and add das features to a sequence using the given source URL and compatible DbRef id.\r
 409    * new features are mapped using the DbRef mapping to the local coordinate system.\r
 410    * @param seq\r
 411    * @param SourceUrl\r
 412    * @param dbref\r
 413    */\r
 414   protected void createFeatureFetcher(final SequenceI seq,\r
 415           final DasSource dasSource, final DBRefEntry dbref)\r
 416   {\r
 417 \r
 418     //////////////\r
 419     /// fetch DAS features\r
 420     final Das1Source source = new Das1Source();\r
 421     source.setUrl(dasSource.getUrl());\r
 422     source.setNickname(dasSource.getNickname());\r
 423     if (dbref == null || dbref.getAccessionId() == null\r
 424             || dbref.getAccessionId().length() < 1)\r
 425     {\r
 426       responseComplete(dasSource, seq); // reduce thread count anyhow\r
 427       return;\r
 428     }\r
 429     debug("new Das Feature Fetcher for " + dbref.getSource()\r
 430             + ":" + dbref.getAccessionId() + " querying "\r
 431             + dasSource.getUrl());\r
 432     FeatureThread fetcher = new FeatureThread(dbref.getAccessionId()\r
 433     //  +  ":" + start + "," + end,\r
 434             , source);\r
 435 \r
 436     fetcher.addFeatureListener(new FeatureListener()\r
 437     {\r
 438       public void comeBackLater(FeatureEvent e)\r
 439       {\r
 440         responseComplete(dasSource, seq);\r
 441         debug("das source " + e.getSource().getNickname()\r
 442                 + " asked us to come back in " + e.getComeBackLater()\r
 443                 + " secs.");\r
 444       }\r
 445 \r
 446       public void newFeatures(FeatureEvent e)\r
 447       {\r
 448 \r
 449         Das1Source ds = e.getSource();\r
 450 \r
 451         Map[] features = e.getFeatures();\r
 452         // add features to sequence\r
 453         debug("das source " + ds.getUrl() + " returned "\r
 454                 + features.length + " features");\r
 455 \r
 456         if (features.length > 0)\r
 457         {\r
 458           for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 459           {\r
 460             SequenceFeature f = newSequenceFeature(features[i], source\r
 461                     .getNickname());\r
 462             if (dbref.getMap() != null && f.getBegin() > 0\r
 463                     && f.getEnd() > 0)\r
 464             {\r
 465               debug("mapping from " + f.getBegin() + " - "\r
 466                       + f.getEnd());\r
 467               SequenceFeature vf[] = null;\r
 468 \r
 469               try\r
 470               {\r
 471                 vf = dbref.getMap().locateFeature(f);\r
 472               } catch (Exception ex)\r
 473               {\r
 474                 Cache.log\r
 475                         .info("Error in 'experimental' mapping of features. Please try to reproduce and then report info to help@jalview.org.");\r
 476                 Cache.log.info("Mapping feature from " + f.getBegin()\r
 477                         + " to " + f.getEnd() + " in dbref "\r
 478                         + dbref.getAccessionId() + " in "\r
 479                         + dbref.getSource());\r
 480                 Cache.log.info("using das Source " + ds.getUrl());\r
 481                 Cache.log.info("Exception", ex);\r
 482               }\r
 483 \r
 484               if (vf != null)\r
 485               {\r
 486                 for (int v = 0; v < vf.length; v++)\r
 487                 {\r
 488                   debug("mapping to " + v + ": "\r
 489                           + vf[v].getBegin() + " - " + vf[v].getEnd());\r
 490                   seq.addSequenceFeature(vf[v]);\r
 491                 }\r
 492               }\r
 493             }\r
 494             else\r
 495             {\r
 496               seq.addSequenceFeature(f);\r
 497             }\r
 498           }\r
 499 \r
 500           featuresAdded(seq);\r
 501         }\r
 502         else\r
 503         {\r
 504           //  System.out.println("No features found for " + seq.getName()\r
 505           //                     + " from: " + e.getDasSource().getNickname());\r
 506         }\r
 507         responseComplete(dasSource, seq);\r
 508 \r
 509       }\r
 510     }\r
 511 \r
 512     );\r
 513 \r
 514     fetcher.start();\r
 515   }\r
 516 \r
 517   protected void createFeatureFetcher(final SequenceI seq,\r
 518           final DasSource dasSource, String id)\r
 519   {\r
 520     //////////////\r
 521     /// fetch DAS features\r
 522     final Das1Source source = new Das1Source();\r
 523     source.setUrl(dasSource.getUrl());\r
 524     source.setNickname(dasSource.getNickname());\r
 525     \r
 526     if (id!=null)\r
 527     {\r
 528       id = id.trim();\r
 529     }\r
 530     if (id != null && id.length() > 0)\r
 531     {\r
 532       debug("new Das Feature Fetcher for " + id + " querying "\r
 533               + dasSource.getUrl());\r
 534       FeatureThread fetcher = new FeatureThread(id\r
 535       //  +  ":" + start + "," + end,\r
 536               , source);\r
 537 \r
 538       fetcher.addFeatureListener(new FeatureListener()\r
 539       {\r
 540         public void comeBackLater(FeatureEvent e)\r
 541         {\r
 542           responseComplete(dasSource, seq);\r
 543           debug("das source " + e.getSource().getNickname()\r
 544                   + " asked us to come back in " + e.getComeBackLater()\r
 545                   + " secs.");\r
 546         }\r
 547 \r
 548         public void newFeatures(FeatureEvent e)\r
 549         {\r
 550 \r
 551           Das1Source ds = e.getSource();\r
 552 \r
 553           Map[] features = e.getFeatures();\r
 554           // add features to sequence\r
 555           debug("das source " + ds.getUrl() + " returned "\r
 556                   + features.length + " features");\r
 557 \r
 558           if (features.length > 0)\r
 559           {\r
 560             for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 561             {\r
 562               SequenceFeature f = newSequenceFeature(features[i], source\r
 563                       .getNickname());\r
 564 \r
 565               seq.addSequenceFeature(f);\r
 566             }\r
 567 \r
 568             featuresAdded(seq);\r
 569           }\r
 570           else\r
 571           {\r
 572             //  System.out.println("No features found for " + seq.getName()\r
 573             //                     + " from: " + e.getDasSource().getNickname());\r
 574           }\r
 575           responseComplete(dasSource, seq);\r
 576 \r
 577         }\r
 578       }\r
 579 \r
 580       );\r
 581 \r
 582       fetcher.start();\r
 583     } else {\r
 584       // invalid fetch - indicate it is finished.\r
 585       debug("Skipping empty ID for querying "\r
 586               + dasSource.getUrl());\r
 587       responseComplete(dasSource, seq);\r
 588     }\r
 589   }\r
 590 \r
 591   /**\r
 592    * creates a jalview sequence feature from a das feature document\r
 593    * @param dasfeature\r
 594    * @return sequence feature object created using dasfeature information\r
 595    */\r
 596   SequenceFeature newSequenceFeature(Map dasfeature, String nickname)\r
 597   {\r
 598     if (dasfeature == null)\r
 599     {\r
 600       return null;\r
 601     }\r
 602     try\r
 603     {\r
 604       /**\r
 605        * Different qNames for a DAS Feature - are string keys to the HashMaps in features\r
 606        * "METHOD") ||\r
 607                   qName.equals("TYPE") ||\r
 608                   qName.equals("START") ||\r
 609                   qName.equals("END") ||\r
 610                   qName.equals("NOTE") ||\r
 611                   qName.equals("LINK") ||\r
 612                   qName.equals("SCORE")\r
 613        */\r
 614       String desc = new String();\r
 615       if (dasfeature.containsKey("NOTE"))\r
 616       {\r
 617         desc += (String) dasfeature.get("NOTE");\r
 618       }\r
 619 \r
 620       int start = 0, end = 0;\r
 621       float score = 0f;\r
 622 \r
 623       try\r
 624       {\r
 625         start = Integer.parseInt(dasfeature.get("START").toString());\r
 626       } catch (Exception ex)\r
 627       {\r
 628       }\r
 629       try\r
 630       {\r
 631         end = Integer.parseInt(dasfeature.get("END").toString());\r
 632       } catch (Exception ex)\r
 633       {\r
 634       }\r
 635       try\r
 636       {\r
 637         score = Integer.parseInt(dasfeature.get("SCORE").toString());\r
 638       } catch (Exception ex)\r
 639       {\r
 640       }\r
 641 \r
 642       SequenceFeature f = new SequenceFeature((String) dasfeature\r
 643               .get("TYPE"), desc, start, end, score, nickname);\r
 644 \r
 645       if (dasfeature.containsKey("LINK"))\r
 646       {\r
 647         f.addLink(f.getType() + " " + f.begin + "_" + f.end + "|"\r
 648                 + dasfeature.get("LINK"));\r
 649       }\r
 650 \r
 651       return f;\r
 652     } catch (Exception e)\r
 653     {\r
 654       System.out.println("ERRR " + e);\r
 655       e.printStackTrace();\r
 656       System.out.println("############");\r
 657       debug("Failed to parse " + dasfeature.toString(), e);\r
 658       return null;\r
 659     }\r
 660   }\r
 661   /**\r
 662    * query the default DAS Source Registry for sources.\r
 663    * Uses value of jalview property DAS_REGISTRY_URL and the DasSourceBrowser.DEFAULT_REGISTRY if that doesn't exist. \r
 664    * @return list of sources\r
 665    */\r
 666   public static DasSource[] getDASSources()\r
 667   {\r
 668 \r
 669     String registryURL = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
 670             DasSourceBrowser.DEFAULT_REGISTRY);\r
 671     return getDASSources(registryURL);\r
 672   }\r
 673   /**\r
 674    * query the given URL for DasSources.\r
 675    * @param registryURL\r
 676    * return sources from registryURL\r
 677    */\r
 678   public static DasSource[] getDASSources(String registryURL)\r
 679   {\r
 680     DasSourceReaderImpl reader = new DasSourceReaderImpl();\r
 681 \r
 682     try\r
 683     {\r
 684       URL url = new URL(registryURL);\r
 685 \r
 686       DasSource[] sources = reader.readDasSource(url);\r
 687 \r
 688       List das1sources = new ArrayList();\r
 689       for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 690       {\r
 691         DasSource ds = sources[i];\r
 692         if (ds instanceof Das2Source)\r
 693         {\r
 694           Das2Source d2s = (Das2Source) ds;\r
 695           if (d2s.hasDas1Capabilities())\r
 696           {\r
 697             Das1Source d1s = DasSourceConverter.toDas1Source(d2s);\r
 698             das1sources.add(d1s);\r
 699           }\r
 700 \r
 701         }\r
 702         else if (ds instanceof Das1Source)\r
 703         {\r
 704           das1sources.add((Das1Source) ds);\r
 705         }\r
 706       }\r
 707 \r
 708       return (Das1Source[]) das1sources.toArray(new Das1Source[das1sources\r
 709               .size()]);\r
 710     } catch (Exception ex)\r
 711     {\r
 712       ex.printStackTrace();\r
 713       return null;\r
 714     }\r
 715   }\r
 716 \r
 717 }\r