src/jalview/ws/JPredClient.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import ext.vamsas.*;\r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.bin.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;\r
  31 import jalview.gui.*;\r
  32 import jalview.io.*;\r
  33 import jalview.util.*;\r
  34 import jalview.ws.WSThread.*;\r
  35 import vamsas.objects.simple.*;\r
  36 \r
  37 public class JPredClient\r
  38     extends WSClient\r
  39 {\r
  40   AlignFrame parentFrame=null;\r
  41     /**\r
  42      * crate a new GUI JPred Job\r
  43      * @param sh ServiceHandle\r
  44      * @param title String\r
  45      * @param msa boolean - true - submit alignment as a sequence profile\r
  46      * @param alview AlignmentView\r
  47      */\r
  48     public JPredClient(ext.vamsas.ServiceHandle sh, String title, boolean msa, AlignmentView alview, AlignFrame parentFrame) {\r
  49     wsInfo=setWebService(sh);\r
  50     this.parentFrame=parentFrame;\r
  51     startJPredClient(title, msa, alview);\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * startJPredClient\r
  57    *\r
  58    * @param title String\r
  59    * @param msa boolean\r
  60    * @param alview AlignmentView\r
  61    */\r
  62   private void startJPredClient(String title, boolean msa,\r
  63                                 jalview.datamodel.AlignmentView alview)\r
  64   {\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public JPredClient(ext.vamsas.ServiceHandle sh, String title, SequenceI seq, AlignFrame parentFrame)\r
  68   {\r
  69     wsInfo = setWebService(sh);\r
  70     this.parentFrame=parentFrame;\r
  71     startJPredClient(title, seq);\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public JPredClient(ext.vamsas.ServiceHandle sh, String title, SequenceI[] msa, AlignFrame parentFrame)\r
  75   {\r
  76     wsInfo = setWebService(sh);\r
  77     this.parentFrame=parentFrame;\r
  78     startJPredClient(title, msa);\r
  79   }\r
  80 \r
  81   public JPredClient(String title, SequenceI[] msf)\r
  82   {\r
  83     startJPredClient(title, msf);\r
  84   }\r
  85 \r
  86   public JPredClient(String title, SequenceI seq)\r
  87   {\r
  88     startJPredClient(title, seq);\r
  89   }\r
  90 \r
  91   private void startJPredClient(String title, SequenceI[] msf)\r
  92   {\r
  93     if (wsInfo == null)\r
  94     {\r
  95       wsInfo = setWebService();\r
  96     }\r
  97 \r
  98     SequenceI seq = msf[0];\r
  99 \r
 100     String altitle = "JNet prediction on " + seq.getName() +\r
 101         " using alignment from " + title;\r
 102 \r
 103     wsInfo.setProgressText("Job details for MSA based prediction (" +\r
 104                            title + ") on sequence :\n>" + seq.getName() + "\n" +\r
 105                            AlignSeq.extractGaps("-. ", seq.getSequence()) +\r
 106                            "\n");\r
 107     SequenceI aln[] = new SequenceI[msf.length];\r
 108     for (int i = 0, j = msf.length; i < j; i++)\r
 109     {\r
 110       aln[i] = new jalview.datamodel.Sequence(msf[i]);\r
 111     }\r
 112 \r
 113     Hashtable SequenceInfo = jalview.analysis.SeqsetUtils.uniquify(aln, true);\r
 114 \r
 115     Jpred server = locateWebService();\r
 116     if (server==null)\r
 117     {\r
 118       return;\r
 119     }\r
 120 \r
 121     JPredThread jthread = new JPredThread(wsInfo, altitle, server, SequenceInfo, aln);\r
 122     wsInfo.setthisService(jthread);\r
 123     jthread.start();\r
 124   }\r
 125 \r
 126   public void startJPredClient(String title, SequenceI seq)\r
 127   {\r
 128     if (wsInfo == null)\r
 129     {\r
 130       wsInfo = setWebService();\r
 131     }\r
 132     wsInfo.setProgressText("Job details for prediction on sequence :\n>" +\r
 133                            seq.getName() + "\n" +\r
 134                            AlignSeq.extractGaps("-. ", seq.getSequence()) +\r
 135                            "\n");\r
 136     String altitle = "JNet prediction for sequence " + seq.getName() + " from " +\r
 137         title;\r
 138 \r
 139     Hashtable SequenceInfo = jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterHash(seq);\r
 140 \r
 141     Jpred server = locateWebService();\r
 142     if (server==null)\r
 143     {\r
 144       return;\r
 145     }\r
 146 \r
 147     JPredThread jthread = new JPredThread(wsInfo, altitle, server, SequenceInfo, seq);\r
 148     wsInfo.setthisService(jthread);\r
 149     jthread.start();\r
 150   }\r
 151 \r
 152   private WebserviceInfo setWebService()\r
 153   {\r
 154     WebServiceName = "JNetWS";\r
 155     WebServiceJobTitle = "JNet secondary structure prediction";\r
 156     WebServiceReference =\r
 157         "\"Cuff J. A and Barton G.J (2000) Application of " +\r
 158         "multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary structure prediction, " +\r
 159         "Proteins 40:502-511\".";\r
 160     WsURL = "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/jpred";\r
 161 \r
 162     WebserviceInfo wsInfo = new WebserviceInfo(WebServiceJobTitle,\r
 163                                                WebServiceReference);\r
 164 \r
 165     return wsInfo;\r
 166   }\r
 167 \r
 168   private ext.vamsas.Jpred locateWebService()\r
 169   {\r
 170     ext.vamsas.JpredServiceLocator loc = new JpredServiceLocator(); // Default\r
 171     ext.vamsas.Jpred server=null;\r
 172     try\r
 173     {\r
 174       server = loc.getjpred(new java.net.URL(WsURL)); // JBPNote will be set from properties\r
 175       ( (JpredSoapBindingStub)server).setTimeout(60000); // one minute stub\r
 176       //((JpredSoapBindingStub)this.server)._setProperty(org.apache.axis.encoding.C, Boolean.TRUE);\r
 177 \r
 178     }\r
 179     catch (Exception ex)\r
 180     {\r
 181       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 182                                     "The Secondary Structure Prediction Service named " +\r
 183                                     WebServiceName + " at " + WsURL +\r
 184                                     " couldn't be located.",\r
 185                                     "Internal Jalview Error",\r
 186                                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 187       wsInfo.setProgressText("Serious! " + WebServiceName +\r
 188                              " Service location failed\nfor URL :" + WsURL +\r
 189                              "\n" +\r
 190                              ex.getMessage());\r
 191       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 192 \r
 193     }\r
 194 \r
 195     return server;\r
 196   }\r
 197 \r
 198   class JPredThread\r
 199       extends WSThread\r
 200       implements WSClientI\r
 201   {\r
 202     class JPredJob\r
 203         extends WSThread.WSJob\r
 204     {\r
 205 \r
 206       vamsas.objects.simple.Sequence sequence;\r
 207       vamsas.objects.simple.Msfalignment msa;\r
 208       java.util.Hashtable SequenceInfo = null;\r
 209       /**\r
 210        *\r
 211        * @return true if getResultSet will return a valid alignment and prediction result.\r
 212        */\r
 213       public boolean hasResults()\r
 214       {\r
 215         if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()\r
 216             && ( (JpredResult) result).getPredfile() != null &&\r
 217             ( (JpredResult) result).getAligfile() != null)\r
 218         {\r
 219           return true;\r
 220         }\r
 221         return false;\r
 222       }\r
 223 \r
 224       boolean hasValidInput()\r
 225       {\r
 226         if (sequence != null)\r
 227         {\r
 228           return true;\r
 229         }\r
 230         return false;\r
 231       }\r
 232 \r
 233       public Alignment getResultSet()\r
 234           throws Exception\r
 235       {\r
 236         if (result == null || !result.isFinished())\r
 237         {\r
 238           return null;\r
 239         }\r
 240         Alignment al = null;\r
 241         int FirstSeq = -1; // the position of the query sequence in Alignment al\r
 242         boolean noMsa = true; // set if no MSA has been returned by JPred\r
 243 \r
 244         JpredResult result = (JpredResult)this.result;\r
 245 \r
 246         jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output from JNet job.");\r
 247         // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt", "File");\r
 248         jalview.io.JPredFile prediction = new jalview.io.JPredFile(result.\r
 249             getPredfile(),\r
 250             "Paste");\r
 251         SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
 252         jalview.bin.Cache.log.debug("Got prediction profile.");\r
 253 \r
 254         if ( (this.msa != null) && (result.getAligfile() != null))\r
 255         {\r
 256           jalview.bin.Cache.log.debug("Getting associated alignment.");\r
 257           // we ignore the returned alignment if we only predicted on a single sequence\r
 258           String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(result.\r
 259               getAligfile(),\r
 260               "Paste");\r
 261 \r
 262           if (jalview.io.FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
 263           {\r
 264             al = new Alignment(new FormatAdapter().readFile(result.getAligfile(),\r
 265                 "Paste", format));\r
 266             SequenceI sqs[] = new SequenceI[al.getHeight()];\r
 267             for (int i = 0, j = al.getHeight(); i < j; i++)\r
 268             {\r
 269               sqs[i] = al.getSequenceAt(i);\r
 270             }\r
 271             if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify( (Hashtable)\r
 272                 SequenceInfo, sqs))\r
 273             {\r
 274               throw (new Exception(\r
 275                   "Couldn't recover sequence properties for alignment."));\r
 276             }\r
 277 \r
 278             noMsa = false;\r
 279             FirstSeq = 0;\r
 280           }\r
 281           else\r
 282           {\r
 283             throw (new Exception(\r
 284                 "Unknown format "+format+" for file : \n" +\r
 285                 result.getAligfile()));\r
 286           }\r
 287         }\r
 288         else\r
 289         {\r
 290           al = new Alignment(preds);\r
 291           FirstSeq = prediction.getQuerySeqPosition();\r
 292           if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash(\r
 293               al.getSequenceAt(FirstSeq), SequenceInfo))\r
 294           {\r
 295             throw (new Exception(\r
 296                 "Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!"));\r
 297           }\r
 298         }\r
 299 \r
 300         al.setDataset(null);\r
 301 \r
 302         jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al, FirstSeq,\r
 303             noMsa);\r
 304         return al; // , FirstSeq, noMsa};\r
 305       }\r
 306       public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI seq)\r
 307       {\r
 308         super();\r
 309         String sq = AlignSeq.extractGaps(Comparison.GapChars, seq.getSequence());\r
 310         if (sq.length() >= 20)\r
 311         {\r
 312           this.SequenceInfo = SequenceInfo;\r
 313           sequence = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 314           sequence.setId(seq.getName());\r
 315           sequence.setSeq(sq);\r
 316         }\r
 317       }\r
 318 \r
 319       public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf)\r
 320       {\r
 321         this(SequenceInfo, msf[0]);\r
 322         if (sequence != null)\r
 323         {\r
 324           if (msf.length > 1)\r
 325           {\r
 326             msa = new vamsas.objects.simple.Msfalignment();\r
 327             jalview.io.PileUpfile pileup = new jalview.io.PileUpfile();\r
 328             msa.setMsf(pileup.print(msf));\r
 329           }\r
 330         }\r
 331       }\r
 332     }\r
 333     ext.vamsas.Jpred server;\r
 334     String altitle = "";\r
 335     JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server) {\r
 336       this.altitle = altitle;\r
 337       this.server = server;\r
 338       this.wsInfo = wsinfo;\r
 339     }\r
 340 \r
 341 //    String OutputHeader;\r
 342 //    vamsas.objects.simple.JpredResult result;\r
 343 \r
 344     JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server, Hashtable SequenceInfo,SequenceI seq)\r
 345     {\r
 346       this(wsinfo, altitle, server);\r
 347       JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, seq);\r
 348       if (job.hasValidInput())\r
 349       {\r
 350         OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 351         jobs = new WSJob[]\r
 352             {\r
 353             job};\r
 354         job.jobnum = 0;\r
 355       }\r
 356     }\r
 357 \r
 358     JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server, Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf)\r
 359     {\r
 360       this(wsinfo, altitle, server);\r
 361       JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, msf);\r
 362       if (job.hasValidInput())\r
 363       {\r
 364         jobs = new WSJob[]\r
 365             {\r
 366             job};\r
 367         OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 368         job.jobnum = 0;\r
 369       }\r
 370     }\r
 371 \r
 372     /*\r
 373         public void run()\r
 374         {\r
 375           StartJob();\r
 376 \r
 377           while (!jobComplete && (allowedServerExceptions > 0))\r
 378           {\r
 379             try\r
 380             {\r
 381               if ( (result = server.getresult(jobId)) == null)\r
 382               {\r
 383                 throw (new Exception(\r
 384      "Timed out when communicating with server\nTry again later.\n"));\r
 385               }\r
 386               if (result.getState()==0)\r
 387                 jalview.bin.Cache.log.debug("Finished "+jobId);\r
 388               if (result.isRunning())\r
 389               {\r
 390                 wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
 391               }\r
 392               if (result.isQueued())\r
 393               {\r
 394                 wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_QUEUING);\r
 395               }\r
 396 \r
 397               wsInfo.setProgressText(OutputHeader + "\n" +\r
 398                                      result.getStatus());\r
 399 \r
 400               if (result.isFinished())\r
 401               {\r
 402 \r
 403                 parseResult();\r
 404                 jobComplete = true;\r
 405                 jobsRunning--;\r
 406               } else {\r
 407                 // catch exceptions\r
 408                 if (! (result.isJobFailed() || result.isServerError()))\r
 409                 {\r
 410                   try\r
 411                   {\r
 412                     Thread.sleep(5000);\r
 413                   }\r
 414                   catch (InterruptedException ex1)\r
 415                   {\r
 416                   }\r
 417 \r
 418                   //  System.out.println("I'm alive "+seqid+" "+jobid);\r
 419                 }\r
 420                 else\r
 421                 {\r
 422                   wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 423                   jobsRunning--;\r
 424                   jobComplete = true;\r
 425                 }\r
 426               }\r
 427             }\r
 428             catch (Exception ex)\r
 429             {\r
 430               allowedServerExceptions--;\r
 431 \r
 432               wsInfo.appendProgressText("\nJPredWS Server exception!\n" +\r
 433                                         ex.getMessage());\r
 434 \r
 435               try\r
 436               {\r
 437                 if (allowedServerExceptions > 0)\r
 438                 {\r
 439                   Thread.sleep(5000);\r
 440                 }\r
 441               }\r
 442               catch (InterruptedException ex1)\r
 443               {\r
 444               }\r
 445             }\r
 446             catch (OutOfMemoryError er)\r
 447             {\r
 448               jobComplete = true;\r
 449               wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 450               JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 451      "Out of memory handling result!!"\r
 452                                                     +\r
 453      "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 454                                                     , "Out of memory",\r
 455      JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 456               System.out.println("JPredClient: "+er);\r
 457               System.gc();\r
 458             }\r
 459           }\r
 460           if (result!=null)\r
 461             if (! (result.isJobFailed() || result.isServerError()))\r
 462             {\r
 463               wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK);\r
 464             }\r
 465             else\r
 466             {\r
 467               wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 468             }\r
 469         }\r
 470      */\r
 471     void StartJob(WSJob j)\r
 472     {\r
 473       if (! (j instanceof JPredJob))\r
 474       {\r
 475         throw new Error("Implementation error - StartJob(JpredJob) called on " +\r
 476                         j.getClass());\r
 477       }\r
 478       try\r
 479       {\r
 480         JPredJob job = (JPredJob) j;\r
 481         if (job.msa != null)\r
 482         {\r
 483           job.jobId = server.predictOnMsa(job.msa);\r
 484         }\r
 485         else\r
 486           if (job.sequence!=null)\r
 487           {\r
 488             job.jobId = server.predict(job.sequence);\r
 489           }\r
 490 \r
 491         if (job.jobId != null)\r
 492         {\r
 493           if (job.jobId.startsWith("Broken"))\r
 494           {\r
 495             job.result = (vamsas.objects.simple.Result)new JpredResult();\r
 496             job.result.setInvalid(true);\r
 497             job.result.setStatus("Submission " + job.jobId);\r
 498           }\r
 499           else\r
 500           {\r
 501             job.submitted = true;\r
 502             job.subjobComplete = false;\r
 503             Cache.log.info(WsURL + " Job Id '" + job.jobId + "'");\r
 504           }\r
 505         }\r
 506         else\r
 507         {\r
 508           throw new Exception("Server timed out - try again later\n");\r
 509         }\r
 510       }\r
 511       catch (Exception e)\r
 512       {\r
 513         if (e.getMessage().indexOf("Exception") > -1)\r
 514         {\r
 515           wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 516           wsInfo.setProgressText(j.jobnum,\r
 517                                  "Failed to submit the prediction. (Just close the window)\n"\r
 518                                  +\r
 519                                  "It is most likely that there is a problem with the server.\n");\r
 520           System.err.println(\r
 521               "JPredWS Client: Failed to submit the prediction. Quite possibly because of a server error - see below)\n" +\r
 522               e.getMessage() + "\n");\r
 523 \r
 524           jalview.bin.Cache.log.warn("Server Exception", e);\r
 525         }\r
 526         else\r
 527         {\r
 528           wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 529           // JBPNote - this could be a popup informing the user of the problem.\r
 530           wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
 531                                     "Failed to submit the prediction:\n"\r
 532                                     + e.getMessage() +\r
 533                                     wsInfo.getProgressText());\r
 534 \r
 535           jalview.bin.Cache.log.debug("Failed Submission of job " + j.jobnum, e);\r
 536 \r
 537         }\r
 538         j.allowedServerExceptions = -1;\r
 539         j.subjobComplete = true;\r
 540       }\r
 541     }\r
 542 \r
 543     /*  private void addFloatAnnotations(Alignment al, int[] gapmap,\r
 544                                        Vector values, String Symname,\r
 545                                        String Visname, float min,\r
 546                                        float max, int winLength)\r
 547       {\r
 548         Annotation[] annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 549 \r
 550         for (int j = 0; j < values.size(); j++)\r
 551         {\r
 552           float value = Float.parseFloat(values.get(j).toString());\r
 553           annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", value + "", ' ',\r
 554                                                   value);\r
 555         }\r
 556 \r
 557         al.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(Symname, Visname,\r
 558      annotations, min, max, winLength));\r
 559       }*/\r
 560 \r
 561     void parseResult()\r
 562     {\r
 563       int results = 0; // number of result sets received\r
 564       JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
 565       try\r
 566       {\r
 567         for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 568         {\r
 569           finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
 570           if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete && jobs[j].hasResults())\r
 571           {\r
 572             results++;\r
 573           }\r
 574         }\r
 575       }\r
 576       catch (Exception ex)\r
 577       {\r
 578 \r
 579         Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for " +\r
 580                         altitle, ex);\r
 581         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 582       }\r
 583       if (results > 0)\r
 584       {\r
 585         wsInfo.showResultsNewFrame\r
 586             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 587         {\r
 588           public void actionPerformed(\r
 589               java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 590           {\r
 591             displayResults(true);\r
 592           }\r
 593         });\r
 594         wsInfo.mergeResults\r
 595             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 596         {\r
 597           public void actionPerformed(\r
 598               java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 599           {\r
 600             displayResults(false);\r
 601           }\r
 602         });\r
 603         wsInfo.setResultsReady();\r
 604       }\r
 605       else\r
 606       {\r
 607         wsInfo.setFinishedNoResults();\r
 608       }\r
 609     }\r
 610 \r
 611     void displayResults(boolean newWindow)\r
 612     {\r
 613       if (jobs != null)\r
 614       {\r
 615         Alignment res = null;\r
 616         for (int jn = 0; jn < jobs.length; jn++)\r
 617         {\r
 618           Alignment jobres = null;\r
 619           JPredJob j = (JPredJob) jobs[jn];\r
 620 \r
 621           if (j.hasResults())\r
 622           {\r
 623             try\r
 624             {\r
 625               jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output of job " + jn);\r
 626               jobres = j.getResultSet();\r
 627               jalview.bin.Cache.log.debug("Finished parsing output.");\r
 628               if (jobs.length==1)\r
 629                 res = jobres;\r
 630               else {\r
 631                   // do merge with other job results\r
 632               }\r
 633             }\r
 634             catch (Exception e)\r
 635             {\r
 636               jalview.bin.Cache.log.error(\r
 637                   "JNet Client: JPred Annotation Parse Error",\r
 638                   e);\r
 639               wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 640               wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
 641                                         OutputHeader + "\n" +\r
 642                                         j.result.getStatus() +\r
 643                                         "\nInvalid JNet job result data!\n" +\r
 644                                         e.getMessage());\r
 645               j.result.setBroken(true);\r
 646             }\r
 647           }\r
 648         }\r
 649 \r
 650         if (res != null)\r
 651         {\r
 652           if (newWindow)\r
 653           {\r
 654             AlignFrame af = new AlignFrame(res);\r
 655             Desktop.addInternalFrame(af, altitle,\r
 656                                      AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 657                                      AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 658           }\r
 659           else\r
 660           {\r
 661             Cache.log.info("Append results onto existing alignment.");\r
 662           }\r
 663         }\r
 664       }\r
 665     }\r
 666     void pollJob(WSJob job)\r
 667         throws Exception\r
 668     {\r
 669       job.result = server.getresult(job.jobId);\r
 670     }\r
 671     public boolean isCancellable()\r
 672     {\r
 673       return false;\r
 674     }\r
 675 \r
 676     public void cancelJob()\r
 677     {\r
 678       throw new Error("Implementation error!");\r
 679     }\r
 680 \r
 681     public boolean canMergeResults()\r
 682     {\r
 683       return false;\r
 684     }\r
 685 \r
 686   }\r
 687 }\r
 688 \r