src/jalview/ws/MsaWSThread.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.ws;\r
  19 \r
  20 import java.util.*;\r
  21 \r
  22 import jalview.analysis.*;\r
  23 import jalview.bin.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.gui.*;\r
  26 import vamsas.objects.simple.MsaResult;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * <p>\r
  30  * Title:\r
  31  * </p>\r
  32  * \r
  33  * <p>\r
  34  * Description:\r
  35  * </p>\r
  36  * \r
  37  * <p>\r
  38  * Copyright: Copyright (c) 2004\r
  39  * </p>\r
  40  * \r
  41  * <p>\r
  42  * Company: Dundee University\r
  43  * </p>\r
  44  * \r
  45  * @author not attributable\r
  46  * @version 1.0\r
  47  */\r
  48 class MsaWSThread extends JWS1Thread implements WSClientI\r
  49 {\r
  50   boolean submitGaps = false; // pass sequences including gaps to alignment\r
  51 \r
  52   // service\r
  53 \r
  54   boolean preserveOrder = true; // and always store and recover sequence\r
  55 \r
  56   // order\r
  57 \r
  58   class MsaWSJob extends WSJob\r
  59   {\r
  60     // hold special input for this\r
  61     vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * MsaWSJob\r
  65      * \r
  66      * @param jobNum\r
  67      *          int\r
  68      * @param jobId\r
  69      *          String\r
  70      */\r
  71     public MsaWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)\r
  72     {\r
  73       this.jobnum = jobNum;\r
  74       if (!prepareInput(inSeqs, 2))\r
  75       {\r
  76         submitted = true;\r
  77         subjobComplete = true;\r
  78         result = new MsaResult();\r
  79         result.setFinished(true);\r
  80         result.setStatus("Job never ran - input returned to user.");\r
  81       }\r
  82 \r
  83     }\r
  84 \r
  85     Hashtable SeqNames = new Hashtable();\r
  86 \r
  87     Vector emptySeqs = new Vector();\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * prepare input sequences for MsaWS service\r
  91      * \r
  92      * @param seqs\r
  93      *          jalview sequences to be prepared\r
  94      * @param minlen\r
  95      *          minimum number of residues required for this MsaWS service\r
  96      * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.\r
  97      */\r
  98     private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)\r
  99     {\r
 100       int nseqs = 0;\r
 101       if (minlen < 0)\r
 102       {\r
 103         throw new Error(\r
 104                 "Implementation error: minlen must be zero or more.");\r
 105       }\r
 106       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
 107       {\r
 108         if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
 109         {\r
 110           nseqs++;\r
 111         }\r
 112       }\r
 113       boolean valid = nseqs > 1; // need at least two seqs\r
 114       vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray = (valid) ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]\r
 115               : null;\r
 116       for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)\r
 117       {\r
 118 \r
 119         String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same\r
 120         // for\r
 121         // any\r
 122         // subjob\r
 123         SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils\r
 124                 .SeqCharacterHash(seqs[i]));\r
 125         if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
 126         {\r
 127           seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 128           seqarray[n].setId(newname);\r
 129           seqarray[n++].setSeq((submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()\r
 130                   : AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,\r
 131                           seqs[i].getSequenceAsString()));\r
 132         }\r
 133         else\r
 134         {\r
 135           String empty = null;\r
 136           if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())\r
 137           {\r
 138             empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq\r
 139                     .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]\r
 140                             .getSequenceAsString());\r
 141           }\r
 142           emptySeqs.add(new String[]\r
 143           { newname, empty });\r
 144         }\r
 145       }\r
 146       this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
 147       this.seqs.setSeqs(seqarray);\r
 148       return valid;\r
 149     }\r
 150 \r
 151     /**\r
 152      * \r
 153      * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.\r
 154      */\r
 155     public boolean hasResults()\r
 156     {\r
 157       if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()\r
 158               && ((MsaResult) result).getMsa() != null\r
 159               && ((MsaResult) result).getMsa().getSeqs() != null)\r
 160       {\r
 161         return true;\r
 162       }\r
 163       return false;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     public Object[] getAlignment()\r
 167     {\r
 168 \r
 169       if (result != null && result.isFinished())\r
 170       {\r
 171         SequenceI[] alseqs = null;\r
 172         char alseq_gapchar = '-';\r
 173         int alseq_l = 0;\r
 174         if (((MsaResult) result).getMsa() != null)\r
 175         {\r
 176           alseqs = getVamsasAlignment(((MsaResult) result).getMsa());\r
 177           alseq_gapchar = ((MsaResult) result).getMsa().getGapchar()\r
 178                   .charAt(0);\r
 179           alseq_l = alseqs.length;\r
 180         }\r
 181         if (emptySeqs.size() > 0)\r
 182         {\r
 183           SequenceI[] t_alseqs = new SequenceI[alseq_l + emptySeqs.size()];\r
 184           // get width\r
 185           int i, w = 0;\r
 186           if (alseq_l > 0)\r
 187           {\r
 188             for (i = 0, w = alseqs[0].getLength(); i < alseq_l; i++)\r
 189             {\r
 190               if (w < alseqs[i].getLength())\r
 191               {\r
 192                 w = alseqs[i].getLength();\r
 193               }\r
 194               t_alseqs[i] = alseqs[i];\r
 195               alseqs[i] = null;\r
 196             }\r
 197           }\r
 198           // check that aligned width is at least as wide as emptySeqs width.\r
 199           int ow = w, nw = w;\r
 200           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)\r
 201           {\r
 202             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);\r
 203             if (es != null && es[1] != null)\r
 204             {\r
 205               int sw = es[1].length();\r
 206               if (nw < sw)\r
 207               {\r
 208                 nw = sw;\r
 209               }\r
 210             }\r
 211           }\r
 212           // make a gapped string.\r
 213           StringBuffer insbuff = new StringBuffer(w);\r
 214           for (i = 0; i < nw; i++)\r
 215           {\r
 216             insbuff.append(alseq_gapchar);\r
 217           }\r
 218           if (ow < nw)\r
 219           {\r
 220             for (i = 0; i < alseq_l; i++)\r
 221             {\r
 222               int sw = t_alseqs[i].getLength();\r
 223               if (nw > sw)\r
 224               {\r
 225                 // pad at end\r
 226                 alseqs[i].setSequence(t_alseqs[i].getSequenceAsString()\r
 227                         + insbuff.substring(0, sw - nw));\r
 228               }\r
 229             }\r
 230           }\r
 231           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)\r
 232           {\r
 233             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);\r
 234             if (es[1] == null)\r
 235             {\r
 236               t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0],\r
 237                       insbuff.toString(), 1, 0);\r
 238             }\r
 239             else\r
 240             {\r
 241               if (es[1].length() < nw)\r
 242               {\r
 243                 t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(\r
 244                         es[0],\r
 245                         es[1] + insbuff.substring(0, nw - es[1].length()),\r
 246                         1, 1 + es[1].length());\r
 247               }\r
 248               else\r
 249               {\r
 250                 t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(\r
 251                         es[0], es[1]);\r
 252               }\r
 253             }\r
 254           }\r
 255           alseqs = t_alseqs;\r
 256         }\r
 257         AlignmentOrder msaorder = new AlignmentOrder(alseqs);\r
 258         // always recover the order - makes parseResult()'s life easier.\r
 259         jalview.analysis.AlignmentSorter.recoverOrder(alseqs);\r
 260         // account for any missing sequences\r
 261         jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs);\r
 262         return new Object[]\r
 263         { alseqs, msaorder };\r
 264       }\r
 265       return null;\r
 266     }\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly\r
 270      */\r
 271     void cancel()\r
 272     {\r
 273       cancelled = true;\r
 274       subjobComplete = true;\r
 275       result = null;\r
 276     }\r
 277 \r
 278     /**\r
 279      * \r
 280      * @return boolean true if job can be submitted.\r
 281      */\r
 282     public boolean hasValidInput()\r
 283     {\r
 284       if (seqs.getSeqs() != null)\r
 285       {\r
 286         return true;\r
 287       }\r
 288       return false;\r
 289     }\r
 290   }\r
 291 \r
 292   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.\r
 293 \r
 294   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be\r
 295 \r
 296   // associated.\r
 297 \r
 298   ext.vamsas.MuscleWS server = null;\r
 299 \r
 300   /**\r
 301    * set basic options for this (group) of Msa jobs\r
 302    * \r
 303    * @param subgaps\r
 304    *          boolean\r
 305    * @param presorder\r
 306    *          boolean\r
 307    */\r
 308   MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,\r
 309           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
 310           AlignmentView alview, String wsname, boolean subgaps,\r
 311           boolean presorder)\r
 312   {\r
 313     super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);\r
 314     this.server = server;\r
 315     this.submitGaps = subgaps;\r
 316     this.preserveOrder = presorder;\r
 317   }\r
 318 \r
 319   /**\r
 320    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa\r
 321    * \r
 322    * @param title\r
 323    *          String\r
 324    * @param _msa\r
 325    *          AlignmentView\r
 326    * @param subgaps\r
 327    *          boolean\r
 328    * @param presorder\r
 329    *          boolean\r
 330    * @param seqset\r
 331    *          Alignment\r
 332    */\r
 333   MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,\r
 334           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
 335           String wsname, String title, AlignmentView _msa, boolean subgaps,\r
 336           boolean presorder, Alignment seqset)\r
 337   {\r
 338     this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, subgaps, presorder);\r
 339     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 340     alTitle = title;\r
 341     dataset = seqset;\r
 342 \r
 343     SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');\r
 344     if (conmsa != null)\r
 345     {\r
 346       int njobs = conmsa.length;\r
 347       jobs = new MsaWSJob[njobs];\r
 348       for (int j = 0; j < njobs; j++)\r
 349       {\r
 350         if (j != 0)\r
 351         {\r
 352           jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);\r
 353         }\r
 354         else\r
 355         {\r
 356           jobs[j] = new MsaWSJob(0, conmsa[j]);\r
 357         }\r
 358         if (njobs > 0)\r
 359         {\r
 360           wsinfo\r
 361                   .setProgressName("region " + jobs[j].jobnum,\r
 362                           jobs[j].jobnum);\r
 363         }\r
 364         wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);\r
 365       }\r
 366     }\r
 367   }\r
 368 \r
 369   public boolean isCancellable()\r
 370   {\r
 371     return true;\r
 372   }\r
 373 \r
 374   public void cancelJob()\r
 375   {\r
 376     if (!jobComplete && jobs != null)\r
 377     {\r
 378       boolean cancelled = true;\r
 379       for (int job = 0; job < jobs.length; job++)\r
 380       {\r
 381         if (jobs[job].submitted && !jobs[job].subjobComplete)\r
 382         {\r
 383           String cancelledMessage = "";\r
 384           try\r
 385           {\r
 386             vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server\r
 387                     .cancel(jobs[job].jobId);\r
 388             if (cancelledJob.getStatus() == 2)\r
 389             {\r
 390               // CANCELLED_JOB\r
 391               cancelledMessage = "Job cancelled.";\r
 392               ((MsaWSJob) jobs[job]).cancel();\r
 393               wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
 394                       WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
 395             }\r
 396             else if (cancelledJob.getStatus() == 3)\r
 397             {\r
 398               // VALID UNSTOPPABLE JOB\r
 399               cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";\r
 400               cancelled = false;\r
 401               // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
 402               // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
 403             }\r
 404 \r
 405             if (cancelledJob.getJobId() != null)\r
 406             {\r
 407               cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");\r
 408             }\r
 409 \r
 410             cancelledMessage += "\n";\r
 411           } catch (Exception exc)\r
 412           {\r
 413             cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"\r
 414                     + exc + "\n");\r
 415             Cache.log.warn(\r
 416                     "Exception whilst cancelling " + jobs[job].jobId, exc);\r
 417           }\r
 418           wsInfo.setProgressText(jobs[job].jobnum, OutputHeader\r
 419                   + cancelledMessage + "\n");\r
 420         }\r
 421       }\r
 422       if (cancelled)\r
 423       {\r
 424         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
 425         jobComplete = true;\r
 426       }\r
 427       this.interrupt(); // kick thread to update job states.\r
 428     }\r
 429     else\r
 430     {\r
 431       if (!jobComplete)\r
 432       {\r
 433         wsInfo\r
 434                 .setProgressText(OutputHeader\r
 435                         + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");\r
 436       }\r
 437     }\r
 438   }\r
 439 \r
 440   public void pollJob(AWsJob job) throws Exception\r
 441   {\r
 442     ((MsaWSJob) job).result = server.getResult(((MsaWSJob) job).jobId);\r
 443   }\r
 444 \r
 445   public void StartJob(AWsJob job)\r
 446   {\r
 447     if (!(job instanceof MsaWSJob))\r
 448     {\r
 449       throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "\r
 450               + job.getClass());\r
 451     }\r
 452     MsaWSJob j = (MsaWSJob) job;\r
 453     if (j.submitted)\r
 454     {\r
 455       if (Cache.log.isDebugEnabled())\r
 456       {\r
 457         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "\r
 458                 + j.jobId);\r
 459       }\r
 460       return;\r
 461     }\r
 462     if (j.seqs.getSeqs() == null)\r
 463     {\r
 464       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...\r
 465       j.submitted = true;\r
 466       j.result = new MsaResult();\r
 467       j.result.setFinished(true);\r
 468       j.result.setStatus("Empty Alignment Job");\r
 469       ((MsaResult) j.result).setMsa(null);\r
 470     }\r
 471     try\r
 472     {\r
 473       vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.align(j.seqs);\r
 474 \r
 475       if ((jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))\r
 476       {\r
 477         j.jobId = jobsubmit.getJobId();\r
 478         j.submitted = true;\r
 479         j.subjobComplete = false;\r
 480         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");\r
 481       }\r
 482       else\r
 483       {\r
 484         if (jobsubmit == null)\r
 485         {\r
 486           throw new Exception(\r
 487                   "Server at "\r
 488                           + WsUrl\r
 489                           + " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");\r
 490         }\r
 491 \r
 492         throw new Exception(jobsubmit.getJobId());\r
 493       }\r
 494     } catch (Exception e)\r
 495     {\r
 496       // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly\r
 497       // For unexpected errors\r
 498       System.err\r
 499               .println(WebServiceName\r
 500                       + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"\r
 501                       + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"\r
 502                       + e.toString() + "\n");\r
 503       j.allowedServerExceptions = 0;\r
 504       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 505       wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 506       wsInfo\r
 507               .appendProgressText(\r
 508                       j.jobnum,\r
 509                       "Failed to submit sequences for alignment.\n"\r
 510                               + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"\r
 511                               + "Just close the window\n");\r
 512 \r
 513       // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG\r
 514     }\r
 515   }\r
 516 \r
 517   private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(\r
 518           vamsas.objects.simple.Alignment valign)\r
 519   {\r
 520     // TODO: refactor to helper class for vamsas.objects.simple objects\r
 521     vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();\r
 522     jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.length];\r
 523 \r
 524     for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)\r
 525     {\r
 526       msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]\r
 527               .getSeq());\r
 528     }\r
 529 \r
 530     return msa;\r
 531   }\r
 532 \r
 533   public void parseResult()\r
 534   {\r
 535     int results = 0; // number of result sets received\r
 536     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
 537     try\r
 538     {\r
 539       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 540       {\r
 541         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
 542         if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete\r
 543                 && jobs[j].hasResults())\r
 544         {\r
 545           results++;\r
 546           vamsas.objects.simple.Alignment valign =  ((MsaResult)((MsaWSJob) jobs[j]).result)\r
 547                   .getMsa();\r
 548           if (valign != null)\r
 549           {\r
 550             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum,\r
 551                     "\nAlignment Object Method Notes\n");\r
 552             String[] lines = valign.getMethod();\r
 553             for (int line = 0; line < lines.length; line++)\r
 554             {\r
 555               wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, lines[line] + "\n");\r
 556             }\r
 557             // JBPNote The returned files from a webservice could be\r
 558             // hidden behind icons in the monitor window that,\r
 559             // when clicked, pop up their corresponding data\r
 560           }\r
 561         }\r
 562       }\r
 563     } catch (Exception ex)\r
 564     {\r
 565 \r
 566       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "\r
 567               + alTitle, ex);\r
 568       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 569     }\r
 570     if (results > 0)\r
 571     {\r
 572       wsInfo.showResultsNewFrame\r
 573               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 574               {\r
 575                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 576                 {\r
 577                   displayResults(true);\r
 578                 }\r
 579               });\r
 580       wsInfo.mergeResults\r
 581               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 582               {\r
 583                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 584                 {\r
 585                   displayResults(false);\r
 586                 }\r
 587               });\r
 588       wsInfo.setResultsReady();\r
 589     }\r
 590     else\r
 591     {\r
 592       wsInfo.setFinishedNoResults();\r
 593     }\r
 594   }\r
 595 \r
 596   void displayResults(boolean newFrame)\r
 597   {\r
 598     // view input or result data for each block\r
 599     Vector alorders = new Vector();\r
 600     SequenceI[][] results = new SequenceI[jobs.length][];\r
 601     AlignmentOrder[] orders = new AlignmentOrder[jobs.length];\r
 602     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 603     {\r
 604       if (jobs[j].hasResults())\r
 605       {\r
 606         Object[] res = ((MsaWSJob) jobs[j]).getAlignment();\r
 607         alorders.add(res[1]);\r
 608         results[j] = (SequenceI[]) res[0];\r
 609         orders[j] = (AlignmentOrder) res[1];\r
 610 \r
 611         // SequenceI[] alignment = input.getUpdated\r
 612       }\r
 613       else\r
 614       {\r
 615         results[j] = null;\r
 616       }\r
 617     }\r
 618     Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());\r
 619     // trash references to original result data\r
 620     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 621     {\r
 622       results[j] = null;\r
 623       orders[j] = null;\r
 624     }\r
 625     SequenceI[] alignment = (SequenceI[]) newview[0];\r
 626     ColumnSelection columnselection = (ColumnSelection) newview[1];\r
 627     Alignment al = new Alignment(alignment);\r
 628     // TODO: add 'provenance' property to alignment from the method notes\r
 629     // accompanying each subjob\r
 630     if (dataset != null)\r
 631     {\r
 632       al.setDataset(dataset);\r
 633     }\r
 634 \r
 635     propagateDatasetMappings(al);\r
 636     // JBNote- TODO: warn user if a block is input rather than aligned data ?\r
 637 \r
 638     if (newFrame)\r
 639     {\r
 640       AlignFrame af = new AlignFrame(al, columnselection,\r
 641               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 642 \r
 643       // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.\r
 644       af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);\r
 645       // update orders\r
 646       if (alorders.size() > 0)\r
 647       {\r
 648         if (alorders.size() == 1)\r
 649         {\r
 650           af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + " Ordering",\r
 651                   (AlignmentOrder) alorders.get(0));\r
 652         }\r
 653         else\r
 654         {\r
 655           // construct a non-redundant ordering set\r
 656           Vector names = new Vector();\r
 657           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)\r
 658           {\r
 659             String orderName = new String(" Region " + i);\r
 660             int j = i + 1;\r
 661 \r
 662             while (j < l)\r
 663             {\r
 664               if (((AlignmentOrder) alorders.get(i))\r
 665                       .equals(((AlignmentOrder) alorders.get(j))))\r
 666               {\r
 667                 alorders.remove(j);\r
 668                 l--;\r
 669                 orderName += "," + j;\r
 670               }\r
 671               else\r
 672               {\r
 673                 j++;\r
 674               }\r
 675             }\r
 676 \r
 677             if (i == 0 && j == 1)\r
 678             {\r
 679               names.add(new String(""));\r
 680             }\r
 681             else\r
 682             {\r
 683               names.add(orderName);\r
 684             }\r
 685           }\r
 686           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)\r
 687           {\r
 688             af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName\r
 689                     + ((String) names.get(i)) + " Ordering",\r
 690                     (AlignmentOrder) alorders.get(i));\r
 691           }\r
 692         }\r
 693       }\r
 694 \r
 695       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 696               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 697 \r
 698     }\r
 699     else\r
 700     {\r
 701       System.out.println("MERGE WITH OLD FRAME");\r
 702       // TODO: modify alignment in original frame, replacing old for new\r
 703       // alignment using the commands.EditCommand model to ensure the update can\r
 704       // be undone\r
 705     }\r
 706   }\r
 707 \r
 708   public boolean canMergeResults()\r
 709   {\r
 710     return false;\r
 711   }\r
 712 }\r