src/jalview/ws/MsaWServices.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19
  20 package jalview.ws;
  21 import java.util.Hashtable;
  22 /**
  23  * <p>Title: MsaWServices </p>
  24  *
  25  * <p>Description: Registry of MsaWSI style services </p>
  26  *
  27  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>
  28  *
  29  * <p>Company: Dundee University</p>
  30  *
  31  * @author not attributable
  32  * @version 1.0
  33  */
  34 /**
  35  * TODO: MsaWServices will be set from properties and be dynamically discovered.
  36  */
  37 public class MsaWServices {
  38   public static Hashtable info;
  39   static
  40   {
  41     info = new Hashtable();
  42     info.put("ClustalWS",
  43              new String[]
  44              {
  45              "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/ClustalWS",
  46              "ClustalW Alignment job",
  47              "\"Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple" +
  48              " sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice."
  49              + " Nucleic Acids Research, submitted, June 1994."
  50     });
  51     info.put("MuscleWS",
  52              new String[]
  53              {
  54              "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/MuscleWS",
  55              "Muscle Alignment job",
  56              "Edgar, Robert C. (2004), MUSCLE: multiple sequence alignment "
  57              +
  58              "with high accuracy and high throughput, Nucleic Acids Research 32(5), 1792-97."
  59     });
  60   };
  61 }