src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.dbsources;\r
  20 \r
  21 import java.util.Hashtable;\r
  22 \r
  23 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  27 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  28 \r
  29 public class EmblCdsSouce extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
  30 {\r
  31 \r
  32   public EmblCdsSouce()\r
  33   {\r
  34     super();\r
  35     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public String getAccessionSeparator()\r
  39   {\r
  40     return null;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public Regex getAccessionValidator()\r
  44   {\r
  45     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public String getDbSource()\r
  49   {\r
  50     return DBRefSource.EMBLCDS;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public String getDbVersion()\r
  54   {\r
  55     return "0"; // TODO : this is dynamically set for a returned record - not\r
  56                 // tied to proxy\r
  57   }\r
  58 \r
  59   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  60   {\r
  61     if (queries.indexOf(".") > -1)\r
  62     {\r
  63       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));\r
  64     }\r
  65     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public boolean isValidReference(String accession)\r
  69   {\r
  70     // most embl CDS refs look like ..\r
  71     // TODO: improve EMBLCDS regex\r
  72     return (accession==null || accession.length()<2) ? false : getAccessionValidator().search(accession);\r
  73   }\r
  74 \r
  75   /**\r
  76    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence\r
  77    */\r
  78   public String getTestQuery()\r
  79   {\r
  80     return "CAA37824";\r
  81   }\r
  82 \r
  83   public String getDbName()\r
  84   {\r
  85     return "EMBL (CDS)";\r
  86   }\r
  87 \r
  88 }\r