src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
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  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import java.util.Hashtable;
  21
  22 import com.stevesoft.pat.Regex;
  23
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  26 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  27
  28 public class EmblCdsSouce extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  29 {
  30
  31   public EmblCdsSouce()
  32   {
  33     super();
  34     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  35   }
  36
  37   public String getAccessionSeparator()
  38   {
  39     return null;
  40   }
  41
  42   public Regex getAccessionValidator()
  43   {
  44     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  45   }
  46
  47   public String getDbSource()
  48   {
  49     return DBRefSource.EMBLCDS;
  50   }
  51
  52   public String getDbVersion()
  53   {
  54     return "0"; // TODO : this is dynamically set for a returned record - not
  55     // tied to proxy
  56   }
  57
  58   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  59   {
  60     if (queries.indexOf(".") > -1)
  61     {
  62       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));
  63     }
  64     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);
  65   }
  66
  67   public boolean isValidReference(String accession)
  68   {
  69     // most embl CDS refs look like ..
  70     // TODO: improve EMBLCDS regex
  71     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
  72             : getAccessionValidator().search(accession);
  73   }
  74
  75   /**
  76    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence
  77    */
  78   public String getTestQuery()
  79   {
  80     return "CAA37824";
  81   }
  82
  83   public String getDbName()
  84   {
  85     return "EMBL (CDS)";
  86   }
  87
  88 }