src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.dbsources;\r
  20 \r
  21 import java.io.File;\r
  22 import java.util.Hashtable;\r
  23 import java.util.Iterator;\r
  24 import java.util.StringTokenizer;\r
  25 \r
  26 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  30 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  32 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;\r
  33 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;\r
  34 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  35 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  36 \r
  37 /**\r
  38  * @author JimP\r
  39  * \r
  40  */\r
  41 public class EmblSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
  42 {\r
  43 \r
  44   public EmblSource()\r
  45   {\r
  46     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);\r
  47     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
  48   }\r
  49 \r
  50   /*\r
  51    * (non-Javadoc)\r
  52    * \r
  53    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()\r
  54    */\r
  55   public String getAccessionSeparator()\r
  56   {\r
  57     // TODO Auto-generated method stub\r
  58     return null;\r
  59   }\r
  60 \r
  61   /*\r
  62    * (non-Javadoc)\r
  63    * \r
  64    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()\r
  65    */\r
  66   public Regex getAccessionValidator()\r
  67   {\r
  68     // TODO Auto-generated method stub\r
  69     return null;\r
  70   }\r
  71 \r
  72   /*\r
  73    * (non-Javadoc)\r
  74    * \r
  75    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()\r
  76    */\r
  77   public String getDbSource()\r
  78   {\r
  79     return DBRefSource.EMBL;\r
  80   }\r
  81 \r
  82   /*\r
  83    * (non-Javadoc)\r
  84    * \r
  85    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()\r
  86    */\r
  87   public String getDbVersion()\r
  88   {\r
  89     // TODO Auto-generated method stub\r
  90     return "0";\r
  91   }\r
  92 \r
  93   /*\r
  94    * (non-Javadoc)\r
  95    * \r
  96    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])\r
  97    */\r
  98   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  99   {\r
 100     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);\r
 101   }\r
 102   \r
 103   /*\r
 104    * (non-Javadoc)\r
 105    * \r
 106    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)\r
 107    */\r
 108   public boolean isValidReference(String accession)\r
 109   {\r
 110     // most embl refs look like ..\r
 111     \r
 112     return (accession==null || accession.length()<2) ? false : new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+$").search(accession);\r
 113     \r
 114   }\r
 115 \r
 116   /**\r
 117    * return LHD_CHICK coding gene\r
 118    */\r
 119   public String getTestQuery()\r
 120   {\r
 121     return "X53828";\r
 122   }\r
 123 \r
 124   public String getDbName()\r
 125   {\r
 126     return "EMBL"; // getDbSource();\r
 127   }\r
 128 }\r