src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

   1 /**\r
   2  * \r
   3  */\r
   4 package jalview.ws.dbsources;\r
   5 \r
   6 import java.io.File;\r
   7 import java.util.Hashtable;\r
   8 import java.util.Iterator;\r
   9 import java.util.StringTokenizer;\r
  10 \r
  11 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  12 \r
  13 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  14 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  15 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  16 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  17 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;\r
  18 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;\r
  19 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  20 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  21 \r
  22 /**\r
  23  * @author JimP\r
  24  *\r
  25  */\r
  26 public class GeneDbSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
  27 {\r
  28 \r
  29   public GeneDbSource() {\r
  30     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);\r
  31     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
  32   }\r
  33   \r
  34   /* (non-Javadoc)\r
  35    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()\r
  36    */\r
  37   public String getAccessionSeparator()\r
  38   {\r
  39     // TODO Auto-generated method stub\r
  40     return null;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   /* (non-Javadoc)\r
  44    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()\r
  45    */\r
  46   public Regex getAccessionValidator()\r
  47   {\r
  48     // TODO Auto-generated method stub\r
  49     return null;\r
  50   }\r
  51 \r
  52   /* (non-Javadoc)\r
  53    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()\r
  54    */\r
  55   public String getDbSource()\r
  56   {\r
  57     return DBRefSource.GENEDB;\r
  58   }\r
  59   /* (non-Javadoc)\r
  60    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()\r
  61    */\r
  62   public String getDbVersion()\r
  63   {\r
  64     // TODO Auto-generated method stub\r
  65     return "0";\r
  66   }\r
  67 \r
  68   /* (non-Javadoc)\r
  69    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])\r
  70    */\r
  71   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  72   {\r
  73     // query of form http://www.genedb.org/genedb/ArtemisFormHandler?id=&dest=EMBL\r
  74     // \r
  75     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.GENEDB, queries);\r
  76   }\r
  77   /* (non-Javadoc)\r
  78    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)\r
  79    */\r
  80   public boolean isValidReference(String accession)\r
  81   {\r
  82     // TODO Auto-generated method stub\r
  83     return false;\r
  84   }\r
  85 \r
  86   /**\r
  87    * return T.Brucei Mannosyl-Transferase TbPIG-M \r
  88    */\r
  89   public String getTestQuery()\r
  90   {\r
  91     return "Tb927.6.3300";\r
  92   }\r
  93 \r
  94   public String getDbName()\r
  95   {\r
  96     return getDbSource();\r
  97   }\r
  98 }\r