src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import jalview.datamodel.Alignment;
  21 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  22 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.util.ArrayList;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.Vector;
  29
  30 import MCview.PDBChain;
  31 import MCview.PDBfile;
  32
  33 import com.stevesoft.pat.Regex;
  34
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.io.FormatAdapter;
  37 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  38 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  39
  40 /**
  41  * @author JimP
  42  *
  43  */
  44 public class Pdb extends EbiFileRetrievedProxy implements DbSourceProxy
  45 {
  46   public Pdb()
  47   {
  48     super();
  49     addDbSourceProperty(DBRefSource.PROTSEQDB);
  50   }
  51
  52   /*
  53    * (non-Javadoc)
  54    *
  55    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  56    */
  57   public String getAccessionSeparator()
  58   {
  59     // TODO Auto-generated method stub
  60     return null;
  61   }
  62
  63   /*
  64    * (non-Javadoc)
  65    *
  66    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  67    */
  68   public Regex getAccessionValidator()
  69   {
  70     return new Regex("([1-9][0-9A-Za-z]{3}):?([ _A-Za-z0-9]?)");
  71   }
  72
  73   /*
  74    * (non-Javadoc)
  75    *
  76    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  77    */
  78   public String getDbSource()
  79   {
  80     return DBRefSource.PDB;
  81   }
  82
  83   /*
  84    * (non-Javadoc)
  85    *
  86    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  87    */
  88   public String getDbVersion()
  89   {
  90     return "0";
  91   }
  92
  93   /*
  94    * (non-Javadoc)
  95    *
  96    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  97    */
  98   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  99   {
 100     AlignmentI pdbfile = null;
 101     Vector result = new Vector();
 102     String chain = null;
 103     String id = null;
 104     if (queries.indexOf(":") > -1)
 105     {
 106       chain = queries.substring(queries.indexOf(":") + 1);
 107       id = queries.substring(0, queries.indexOf(":"));
 108     }
 109     else
 110     {
 111       id = queries;
 112     }
 113     if (queries.length() > 4 && chain == null)
 114     {
 115       chain = queries.substring(4, 5);
 116       id = queries.substring(0, 4);
 117     }
 118     if (!isValidReference(id))
 119     {
 120       System.err.println("Ignoring invalid pdb query: '" + id + "'");
 121       stopQuery();
 122       return null;
 123     }
 124     EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 125     file = ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw").getAbsolutePath();
 126     stopQuery();
 127     if (file == null)
 128     {
 129       return null;
 130     }
 131     try
 132     {
 133
 134       pdbfile = new FormatAdapter().readFile(file,
 135               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE, "PDB");
 136       if (pdbfile != null)
 137       {
 138         List<SequenceI> toremove=new ArrayList<SequenceI>();
 139         for (SequenceI pdbcs : pdbfile.getSequences())
 140         {
 141           String chid = null;
 142           // Mapping map=null;
 143           for (PDBEntry pid : (Vector<PDBEntry>) pdbcs.getPDBId())
 144           {
 145             if (pid.getFile() == file)
 146             {
 147               chid = (String) pid.getProperty().get("CHAIN");
 148
 149             }
 150             ;
 151
 152           }
 153           if (chain == null
 154                   || (chid != null && (chid.equals(chain)
 155                           || chid.trim().equals(chain.trim()) || (chain
 156                           .trim().length() == 0 && chid.equals("_")))))
 157           {
 158             pdbcs.setName(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB + "|" + id
 159                     + "|" + pdbcs.getName());
 160             // Might need to add more metadata to the PDBEntry object
 161             // like below
 162             /*
 163              * PDBEntry entry = new PDBEntry(); // Construct the PDBEntry
 164              * entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 165              * entry.setProperty(new Hashtable());
 166              * entry.getProperty().put("chains", pdbchain.id + "=" +
 167              * sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 168              * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
 169              */
 170             // Add PDB DB Refs
 171             // We make a DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from
 172             // a
 173             // verifiable source
 174             // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 175             // information
 176             DBRefEntry dbentry = new DBRefEntry(getDbSource(),
 177                     getDbVersion(), (chid == null ? id : id + chid));
 178             // dbentry.setMap()
 179             pdbcs.addDBRef(dbentry);
 180           }
 181           else
 182           {
 183             // mark this sequence to be removed from the alignment
 184             // - since it's not from the right chain
 185             toremove.add(pdbcs);
 186           }
 187         }
 188         // now remove marked sequences
 189         for (SequenceI pdbcs:toremove) {
 190           pdbfile.deleteSequence(pdbcs);
 191         }
 192       }
 193
 194       if (pdbfile == null || pdbfile.getHeight() < 1)
 195       {
 196         throw new Exception("No PDB Records for " + id + " chain "
 197                 + ((chain == null) ? "' '" : chain));
 198       }
 199
 200     } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 201     {
 202       stopQuery();
 203       throw (ex);
 204     }
 205     return pdbfile;
 206   }
 207
 208   /*
 209    * (non-Javadoc)
 210    *
 211    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 212    */
 213   public boolean isValidReference(String accession)
 214   {
 215     Regex r = getAccessionValidator();
 216     return r.search(accession.trim());
 217   }
 218
 219   /**
 220    * obtain human glyoxalase chain A sequence
 221    */
 222   public String getTestQuery()
 223   {
 224     return "1QIPA";
 225   }
 226
 227   public String getDbName()
 228   {
 229     return "PDB"; // getDbSource();
 230   }
 231
 232   @Override
 233   public int getTier()
 234   {
 235     return 0;
 236   }
 237 }